株式会社ペルセウスプロテオミクス 有価証券届出書（組込方式）
| 提出書類 | 有価証券届出書（組込方式） |
|---|---|
| 提出日 | |
| 提出者 | 株式会社ペルセウスプロテオミクス |
| カテゴリ | 有価証券届出書（組込方式） |
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
【表紙】
【提出書類】 有価証券届出書
【提出先】 関東財務局長
【提出日】 2024年２月20日
【会社名】 株式会社ペルセウスプロテオミクス
【英訳名】 Perseus Proteomics Inc.
【代表者の役職氏名】 代表取締役社長執行役員 横川 拓哉
【本店の所在の場所】 東京都中央区日本橋箱崎町30番１号
（2023年７月１日より東京都目黒区駒場四丁目７番６号から上記
住所に本店を移転しております。）
【電話番号】 03-6264-8268（代表）
【事務連絡者氏名】 取締役執行役員管理部長 鈴川 信一
【最寄りの連絡場所】 東京都中央区日本橋箱崎町30番１号
【電話番号】 03-6264-8268（代表）
【事務連絡者氏名】 取締役執行役員管理部長 鈴川 信一
【届出の対象とした募集有価証券の種類】 新株予約権証券
（行使価額修正条項付新株予約権付社債券等）
【届出の対象とした募集金額】
（第28回新株予約権）
その他の者に対する割当 1,566,000円
新株予約権の払込金額の総額に新株予約権の行使に際して払い込
むべき金額の合計額を合算した金額
1,555,966,000円
（注） 第28回新株予約権の行使価額が修正又は調整された場
合には、新株予約権の払込金額の総額に新株予約権の
行使に際して出資される財産の価額の合計額を合算し
た金額は増加又は減少します。また、第28回新株予約
権の権利行使期間内に行使が行われない場合及び当社
が取得した第28回新株予約権を消却した場合には、新
株予約権の払込金額の総額に新株予約権の行使に際し
て出資される財産の価額の合計額を合算した金額は減
少します。
【安定操作に関する事項】 該当事項はありません。
【縦覧に供する場所】 株式会社東京証券取引所
（東京都中央区日本橋兜町２番１号）
1/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
第一部【証券情報】
第１【募集要項】
１【新規発行新株予約権証券】
（１）【募集の条件】
発行数 29,000個（新株予約権１個につき100株）
発行価額の総額 1,566,000円
発行価格 54円（本新株予約権の目的である株式１株当たり0.54円）
申込手数料 該当事項なし。
申込単位 １個
申込期間 2024年３月７日
申込証拠金 該当事項なし。
株式会社ペルセウスプロテオミクス 管理部
申込取扱場所
東京都中央区日本橋箱崎町30番１号
払込期日 2024年３月７日
割当日 2024年３月７日
払込取扱場所 株式会社三菱ＵＦＪ銀行 本郷支店
（注）１．株式会社ペルセウスプロテオミクス第28回新株予約権（以下「本新株予約権」といいます。）については、
2024年２月20日（以下「発行決議日」といいます。）開催の当社取締役会において発行を決議しておりま
す。
２．申込み及び払込みの方法は、本有価証券届出書の効力発生後、払込期日までに本新株予約権の総数引受契約
を締結し、払込期日までに上記払込取扱場所へ発行価額の総額を払い込むものとします。
３．本新株予約権の募集は第三者割当の方法によります。
４．本新株予約権証券の振替機関の名称及び住所
株式会社証券保管振替機構
東京都中央区日本橋兜町７番１号
2/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
（２）【新株予約権の内容等】
当該行使価額修正条項付 １．本新株予約権の目的である株式の総数は2,900,000株、交付株式数（別記「新株予約権
新株予約権付社債券等の の目的となる株式の数」欄第１項に定義する。以下同じ。）は100株で確定しており、
特質 株価の上昇又は下落により行使価額（別記「新株予約権の行使時の払込金額」欄第１項
第（２）号に定義する。以下同じ。）が修正されても変化しない（但し、別記「新株予
約権の目的となる株式の数」欄に記載のとおり、調整されることがある。）。なお、株
価の上昇又は下落により行使価額が修正された場合、本新株予約権による資金調達の額
は増加又は減少する。
２．行使価額の修正基準
2024年３月８日以降、行使価額は、本新株予約権の各行使請求の効力発生日（以下「修
正日」という。）に、修正日の直前取引日の株式会社東京証券取引所（以下「東京証券
取引所」という。）における当社普通株式の普通取引の終値（同日に終値がない場合に
は、その直前の終値）（以下「東証終値」という。）の93.5％に相当する金額に修正さ
れる。但し、かかる計算によると修正後の行使価額が下限行使価額（本欄第４項に定め
る。）を下回ることとなる場合には、下限行使価額を修正後の行使価額とする。
３．行使価額の修正頻度
払込期日の翌取引日以降別記「新株予約権の行使期間」欄に定める期間の満了日まで、
本新株予約権の修正日に、行使価額は修正される。
４．行使価額の下限
下限行使価額は268円とする。但し、別記「新株予約権の行使時の払込金額」欄第３項
の規定を準用して調整される。
５．交付株式数の上限
2,900,000株（2023年12月31日時点における発行済株式総数に対する割合は24.51％（小
数点以下第３位を四捨五入））
６．本新株予約権が全て行使された場合の資金調達額の下限
778,766,000円（但し、本新株予約権の全部又は一部は行使されない可能性がある。）
７．本新株予約権には、本新株予約権の取得が必要と当社取締役会が決議した場合は、当社
が、本新株予約権の払込期日の翌日以降、会社法第273条及び第274条の規定に従って通
知をしたうえで、当社取締役会で定める取得日に、本新株予約権に係る新株予約権者
（以下「本新株予約権者」という。）（当社を除く。）の保有する本新株予約権の全部
又は一部を取得することができる旨の条項が設けられている（詳細は別記「自己新株予
約権の取得の事由及び取得の条件」欄を参照）。
新株予約権の目的となる 当社普通株式
株式の種類 完全議決権株式であり、権利内容に何らの限定のない当社における標準となる株式である。
なお、単元株式数は100株である。
新株予約権の目的となる １．本新株予約権の目的である株式の種類及び総数は、当社普通株式2,900,000株とする
株式の数 （本新株予約権１個当たりの目的である株式の数（以下「交付株式数」という。）は
100株とする。）。但し、本欄第２項乃至第５項により交付株式数が調整される場合に
は、本新株予約権の目的である株式の総数は調整後交付株式数に応じて調整されるもの
とする。
２．当社が当社普通株式の分割、無償割当て又は併合（以下「株式分割等」と総称する。）
を行う場合には、交付株式数は次の算式により調整される。但し、調整の結果生じる１
株未満の端数は切り捨てる。
調整後交付株式数＝調整前交付株式数×株式分割等の比率
３．当社が別記「新株予約権の行使時の払込金額」欄第３項の規定に従って行使価額の調整
を行う場合（但し、株式分割等を原因とする場合を除く。）には、交付株式数は次の算
式により調整される。但し、調整の結果生じる１株未満の端数は切り捨てる。なお、か
かる算式における調整前行使価額及び調整後行使価額は、別記「新株予約権の行使時の
払込金額」欄第３項に定める調整前行使価額及び調整後行使価額とする。
調整前交付株式数×調整前行使価額
調整後交付株式数＝
調整後行使価額
3/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
４．本項に基づく調整において、調整後交付株式数の適用開始日は、当該調整事由に係る別
記「新株予約権の行使時の払込金額」欄第３項第（２）号、第（５）号及び第（６）号
による行使価額の調整に関し、各号に定める調整後行使価額を適用する日と同日とす
る。
５．交付株式数の調整を行うときは、当社は、調整後交付株式数の適用開始日の前日まで
に、本新株予約権者に対し、かかる調整を行う旨並びにその事由、調整前交付株式数、
調整後交付株式数及びその適用開始日その他必要な事項を書面で通知する。但し、別記
「新株予約権の行使時の払込金額」欄第３項第（２）号⑤に定める場合その他適用開始
日の前日までに上記通知を行うことができない場合には、適用開始日以降速やかにこれ
を行う。
新株予約権の行使時の払 １．本新株予約権の行使に際して出資される財産の価額又は算定方法
込金額 （１）各本新株予約権の行使に際して出資される財産は金銭とし、その価額は、行使価額
に交付株式数を乗じた額とするが、計算の結果１円未満の端数を生ずる場合は、そ
の端数を切り上げるものとする。
（２）本新株予約権の行使に際して出資される当社普通株式１株当たりの金銭の額（以下
「行使価額」という。）は、当初536円とする。但し、行使価額は、本欄第２項又
は第３項に従い修正又は調整される。
２．行使価額の修正
2024年３月８日以降、行使価額は、本新株予約権の修正日に、修正日の直前取引日の東
証終値の93.5％に相当する金額に修正される。但し、かかる計算によると修正後の行使
価額が下限行使価額を下回ることとなる場合には、下限行使価額を修正後の行使価額と
する。下限行使価額は268円とし、本欄第３項の規定を準用して調整される。
３．行使価額の調整
（１）当社は、本新株予約権の発行後、下記第（２）号に掲げる各事由により当社の普通
株式数に変更を生じる場合又は変更を生じる可能性がある場合には、次に定める算
式（以下「行使価額調整式」という。）をもって行使価額を調整する。
交付普通株式数×１株当たりの払込金額
既発行株式数＋
時価
調整後 調整前
＝ ×
行使価額 行使価額
既発行株式数＋交付普通株式数
（２）行使価額調整式により行使価額の調整を行う場合及び調整後行使価額の適用時期に
ついては、次に定めるところによる。
① 時価（下記第(4)号②に定義する。以下同じ。）を下回る払込金額をもって当社普
通株式を交付する場合（無償割当てによる場合を含む。）（但し、譲渡制限付株式
報酬制度に基づき株式を割り当てる場合、当社の発行した取得条項付株式、取得請
求権付株式若しくは取得条項付新株予約権（新株予約権付社債に付されたものを含
む。）の取得と引換えに当社普通株式を交付する場合、当社普通株式の交付を請求
できる新株予約権（新株予約権付社債に付されたものを含む。）その他の権利の行
使によって当社普通株式を交付する場合、又は会社分割、株式交換、株式交付若し
くは合併により当社普通株式を交付する場合を除く。）
調整後行使価額は、払込期日（募集に際して払込期間を定めた場合はその最終日と
する。以下同じ。）の翌日以降又は（無償割当ての場合は）効力発生日の翌日以降
これを適用する。但し、株主に割当てを受ける権利を与えるための基準日がある場
合には、その日の翌日以降これを適用する。
② 当社普通株式の株式分割をする場合
調整後行使価額は、当社普通株式の株式分割のための基準日の翌日以降これを適用
する。
4/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
③ 時価を下回る払込金額をもって当社普通株式を交付する定めのある取得請求権付株
式又は時価を下回る払込金額をもって当社普通株式の交付を請求できる新株予約権
（新株予約権付社債に付されたものを含む。）その他の権利を発行する場合（無償
割当てによる場合を含むが、ストックオプション制度に基づき新株予約権を割り当
てる場合を除く。）
調整後行使価額は、発行される取得請求権付株式の全部に係る取得請求権又は新株
予約権その他の権利の全部が当初の条件で行使されたものとみなして行使価額調整
式を適用して算出するものとし、払込期日（新株予約権（新株予約権付社債に付さ
れたものを含む。）の場合は割当日）の翌日以降又は（無償割当ての場合は）効力
発生日の翌日以降これを適用する。但し、株主に割当てを受ける権利を与えるため
の基準日がある場合には、その日の翌日以降これを適用する。
④ 当社の発行した取得条項付株式又は取得条項付新株予約権（新株予約権付社債に付
されたものを含む。）の取得と引換えに時価を下回る価額をもって当社普通株式を
交付する場合
調整後行使価額は、取得日の翌日以降これを適用する。
上記にかかわらず、当該取得条項付株式又は取得条項付新株予約権（新株予約権付
社債に付されたものを含む。）に関して、当該調整前に上記③による行使価額の調
整が行われている場合には、調整後行使価額は、当該調整を考慮して算出するもの
とする。
⑤ 上記①乃至③の場合において、基準日が設定され、かつ、効力の発生が当該基準日
以降の株主総会、取締役会その他当社の機関の承認を条件としているときには、上
記①乃至③にかかわらず、調整後行使価額は、当該承認があった日の翌日以降これ
を適用する。この場合において、当該基準日の翌日から当該承認があった日までに
本新株予約権を行使した本新株予約権者に対しては、次の算出方法により、当社普
通株式を交付する。
調整前行使価額により
（調整前行使価額－調整後行使価額）×
当該期間内に交付された株式数
株式数＝
調整後行使価額
この場合、１株未満の端数を生じたときはこれを切り捨て、現金による調整は行わ
ない。
（３）行使価額調整式により算出された調整後行使価額と調整前行使価額との差額が１円
未満にとどまる場合は、行使価額の調整は行わない。但し、その後行使価額の調整
を必要とする事由が発生し、行使価額を調整する場合には、行使価額調整式中の調
整前行使価額に代えて調整前行使価額からこの差額を差し引いた額を使用する。
（４）① 行使価額調整式の計算については、１円未満の端数を切り上げる。
② 行使価額調整式で使用する「時価」は、調整後行使価額が初めて適用される日
（但し、上記第（２）号⑤の場合は基準日）に先立つ45取引日目に始まる30取引
日（終値のない日数を除く。）の東証終値の平均値とする。平均値の計算につい
ては、１円未満の端数を切り上げる。
③ 行使価額調整式で使用する既発行株式数は、株主に割当てを受ける権利を与える
ための基準日がある場合はその日、また、かかる基準日がない場合は、調整後行
使価額を初めて適用する日の１か月前の日における当社の発行済普通株式の総数
から、当該日において当社の保有する当社普通株式を控除した数とする。また、
上記第（２）号②の場合には、行使価額調整式で使用する交付普通株式数は、基
準日において当社が有する当社普通株式に割り当てられる当社の普通株式数を含
まないものとする。
5/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
（５）上記第（２）号の行使価額の調整を必要とする場合以外にも、次に掲げる場合に
は、当社は、必要な行使価額の調整を行う。
① 株式の併合、資本金の額の減少、会社分割、株式交換、株式交付又は合併のために
行使価額の調整を必要とするとき。
② その他当社の発行済普通株式数の変更又は変更の可能性が生じる事由等の発生によ
り行使価額の調整を必要とするとき。
③ 行使価額を調整すべき複数の事由が相接して発生し、一方の事由に基づく調整後行
使価額の算出にあたり使用すべき時価につき、他方の事由による影響を考慮する必
要があるとき。
（６）上記第（２）号の規定にかかわらず、上記第（２）号に基づく調整後行使価額を初
めて適用する日が上記第２項に基づく行使価額の修正日と一致する場合には、当社
は、必要な行使価額の調整及び下限行使価額の調整を行う。
（７）行使価額の調整を行うとき（下限行使価額が調整されるときを含む。）は、当社
は、調整後行使価額の適用開始日の前日までに、本新株予約権者に対し、かかる調
整を行う旨並びにその事由、調整前行使価額、調整後行使価額（調整後の下限行使
価額を含む。）及びその適用開始日その他必要な事項を書面で通知する。但し、上
記第（２）号⑤に定める場合その他適用開始日の前日までに上記通知を行うことが
できない場合には、適用開始日以降速やかにこれを行う。
新株予約権の行使により 1,555,966,000円
株式を発行する場合の株 （注）行使価額が修正又は調整された場合には、本新株予約権の行使により株式を発行する
式の発行価額の総額 場合の株式の発行価額の総額は増加又は減少する。また、本新株予約権の行使期間内に行使
が行われない場合及び当社が取得した本新株予約権を消却した場合には、本新株予約権の行
使により株式を発行する場合の株式の発行価額の総額は減少する。
新株予約権の行使により １．本新株予約権の行使により株式を発行する場合の株式１株の発行価格
株式を発行する場合の株 本新株予約権の行使により発行する当社普通株式１株の発行価格は、行使請求に係る各
式の発行価格及び資本組 本新株予約権の行使に際して出資される財産の価額の総額に、行使請求に係る各本新株
入額 予約権の払込金額の総額を加えた額を、別記「新株予約権の目的となる株式の数」欄記
載の株式の数で除した額とする。但し、別記「新株予約権の目的となる株式の数」欄第
２項乃至第５項及び別記「新株予約権の行使時の払込金額」欄第３項によって調整が行
われることがある。
２．本新株予約権の行使により株式を発行する場合の増加する資本金及び資本準備金
本新株予約権の行使により株式を発行する場合の増加する資本金の額は、会社計算規則
第17条の定めるところに従って算定された資本金等増加限度額に0.5を乗じた金額と
し、計算の結果１円未満の端数を生じる場合はその端数を切り上げた額とする。増加す
る資本準備金の額は、資本金等増加限度額より増加する資本金の額を減じた額とする。
新株予約権の行使期間 2024年３月８日から2026年３月９日までとする。
新株予約権の行使請求の １．新株予約権の行使請求の受付場所
受付場所、取次場所及び 三菱ＵＦＪ信託銀行株式会社 証券代行部
払込取扱場所 ２．取次場所
該当事項なし。
３．払込取扱場所
株式会社三菱ＵＦＪ銀行 本郷支店
新株予約権の行使の条件 各本新株予約権の一部行使はできない。
6/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
自己新株予約権の取得の １．当社は、本新株予約権の取得が必要と当社取締役会が決議した場合は、本新株予約権の
事由及び取得の条件 払込期日の翌日以降、会社法第273条及び第274条の規定に従って通知をしたうえで、当
社取締役会で定める取得日に、本新株予約権１個当たり払込金額と同額で、本新株予約
権者（当社を除く。）の保有する本新株予約権の全部又は一部を取得することができ
る。一部取得をする場合には、抽選その他の合理的な方法により行うものとする。当社
は、取得した本新株予約権を消却するものとする。
２．当社は、当社が株式交換、株式交付又は株式移転により他の会社の完全子会社となるこ
とを当社の株主総会で承認決議した場合は、会社法第273条の規定に従って通知をした
うえで、当社取締役会で定める取得日（但し、当該株式交換、株式交付又は株式移転の
効力発生日よりも前の日とする。）に、本新株予約権１個当たり払込金額と同額で、本
新株予約権者（当社を除く。）の保有する本新株予約権の全部を取得する。当社は、取
得した本新株予約権を消却するものとする。
３．当社は、東京証券取引所において当社の普通株式の上場廃止が決定された場合、上場廃
止日又は上場廃止が決定した日から２週間後の日（証券保管振替機構の休業日等である
場合には、その翌営業日とする。）のいずれか後に到来する日に、本新株予約権１個当
たり払込金額と同額で、本新株予約権者（当社を除く。）の保有する本新株予約権の全
部を取得する。当社は、取得した本新株予約権を消却するものとする。
４．当社は、2026年３月９日に、本新株予約権１個当たり払込金額と同額で、本新株予約権
者（当社を除く。）の保有する本新株予約権の全部を取得する。
新株予約権の譲渡に関す 該当事項なし。但し、下記（注）「１．行使価額修正条項付新株予約権付社債券等の発行に
る事項 より資金の調達をしようとする理由 （４）資金調達方法の概要」④に記載のとおり、本第
三者割当契約（下記（注）「１．行使価額修正条項付新株予約権付社債券等の発行により資
金の調達をしようとする理由 （４）資金調達方法の概要」④に定義する。以下同じ。）に
おいて、譲渡制限を定める予定である。
代用払込みに関する事項 該当事項なし。
組織再編成行為に伴う新 該当事項なし。
株予約権の交付に関する
事項
（注）１．行使価額修正条項付新株予約権付社債券等の発行により資金の調達をしようとする理由
（１）当社の事業概要
当社は、2001年２月に設立された抗体医薬品（※１）による創薬を目指すバイオベンチャーです。抗体
は私たちの体に元々備わった生体防御システムであり、これを活用した抗体医薬品は副作用が少ないこと
が特徴の一つです。また、抗体医薬品は2022年度の世界の医薬品売上上位10品目の半分を占めており、現
在の医薬品の主流となっております。
当社の事業は医薬品事業のみですが、創薬、抗体研究支援、抗体・試薬販売の３つの分野で事業を展開
しております。創薬分野においてはこれまでに３つのパイプラインを導出した実績を有しており、現在
は、抗トランスフェリン受容体１抗体PPMX-T003、卵巣がん等の固形がんを適応疾患とする放射性同位体
（RI）標識抗体（※２）PPMX-T002、そして同じく固形がんを適応疾患とする抗体薬物複合体（ADC）（※
３）PPMX-T004の３つのパイプラインの開発を進めております。PPMX-T003は、真性多血症（PV）患者を対
象とする第Ｉ相試験及びアグレッシブNK細胞白血病（ANKL）患者を対象とする医師主導第Ｉ・Ⅱ相試験が
それぞれ進行中です。
創薬分野のビジネスモデルは、当社が開発した抗体医薬品を第Ｉ相試験の終了時等、一定のタイミング
において製薬企業に導出（※４）することで、契約一時金収入、開発の進捗に応じて支払われるマイルス
トーン収入、上市（※５）後に売上高の一定割合が支払われるロイヤリティ収入等を得られるものです。
一般的に、医薬品の開発には10年あまりの時間と多額の開発費用を要しますが、当社は創薬の他に抗体研
究支援及び抗体・試薬販売も実施しております。抗体・試薬販売では、当社が作出した各種の抗体・試薬
を研究機関や製薬企業等に販売することで、抗体研究支援では、創薬事業で培った技術を活かした抗体研
究支援サービスを研究機関や製薬企業等に提供することで、それぞれ対価を得ております。創薬分野にお
ける収益が計上されるまでの間は、この２つの分野の収益が当社の収益源となっております。
（２）事業の進展状況及び新たな資金調達の必要性
当社のパイプラインのうち、PPMX-T003は、PV患者を対象とする第Ｉ相試験を2024年３月期中に終了す
る計画で進めておりましたが、2024年２月２日にお知らせしたとおり、当該第Ｉ相試験は2024年６月の完
了を見込むこととなりました。一方、2025年３月期に導出する計画につきましては、変更はございませ
ん。
7/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
各パイプラインに係る進捗状況及び計画を図示したものが、下記の表です。各パイプラインの矢印の塗
りつぶし部分は本有価証券届出書提出日（2024年２月20日）現在の状況を、網掛部分は今後の計画を、黄
色枠内は当社が今後特に注力する項目を、それぞれ示しております。
上記表中、PPMX-T004は現在前臨床段階にあり、当社抗体に結合させる最適な薬物及びリンカー（※
６）の組み合わせを検討しております。ADCは、たとえばがんを対象疾患とした場合、抗体ががん細胞上
の標的に結合することで、薬物をがん細胞まで届け、薬物ががん細胞を殺傷する仕組みです。抗体の安全
性と薬物のがん殺傷性の高さを併せ持つ究極の分子標的薬として、現在世界各国で開発が進められてお
り、今後の成長が予測されています。一方、ADCの薬剤設計には、抗体と薬物それぞれの課題を克服する
技術力が必要となります。PPMX-T004で使用する当社の抗体は、多くの固形がんに発現しているカドヘリ
ン３（CDH3）に強く結合し、がん細胞内に取り込まれます。また、これに結合させる薬物及びリンカーに
つきましては、協業先から提供を受けて開発を進めます。これまでの実験結果から有望な組み合わせを見
出しており、今後、薬効や毒性の評価を進めてまいります。薬物及びリンカーを開発し、提供いただく協
業先の選定にあたっては、薬物の効果やリンカーの安定性といった低分子関連技術力等を重要な基準とし
て検討してまいります。一方、動物での毒性試験の実施に際しては、GLP（※７）対応及びGMP（※８）治
験薬製造準備が必要となります。ADCにおきましては抗体に薬物を結合する構造のため、GMP治験薬製造に
は通常の抗体の２倍程度の費用が必要になると見込まれます。
CDH3は卵巣がん、頭頚部扁平上皮がん、肺がん等多数の固形がんで発現しているため、多くの固形がん
に適応が可能と考えられます。PPMX-T004の開発を推進し、着実に導出を進めるためには、早期のGMP治験
薬製造が必要と考えております。
また、PPMX-T002及びPPMX-T003はすでに研究開発が収束段階にあり、2025年３月期の導出を計画してお
ります。したがって、持続的な成長に向けた新たなパイプラインの創出が必要となりますので、当社独自
の抗体技術の研鑽を進めてまいります。これまでに蓄積したファージディスプレイ法、ハイブリドーマ
法、抗体スクリーニング法（ICOS法）に加えて、ファージライブラリの改良や将来的なAI創薬への展開に
向けた技術の構築を進めて、新たなモダリティ（※９）と組み合わせた抗体医薬品や、新たなADCの研究
開発に努めます。また、アカデミアとの共同研究等を通じて、新規標的に対する抗体の探索を進めてまい
ります。
当社は2023年12月末現在で1,663百万円の現金及び預金を保有しておりますが、2024年３月期第３四半
期累計期間の営業損失は689百万円で、通期営業損失は991百万円を予想しております。また、2024年３月
期第３四半期の抗体研究支援及び抗体・試薬販売を合わせた売上は71百万円で、通期売上は100百万円を
予想しております。2021年６月に実施した新規上場に伴う資金調達においては、2,622百万円を調達いた
しましたが、当該調達資金については、PPMX-T003の研究開発、抗体医薬品の新規パイプラインの研究開
発及び事業運営を目的として2023年12月末時点で2,178百万円を充当しております。未充当額443百万円に
つきましても、予定どおり上記研究開発費用等として充当予定です。
このため、PPMX-T004の開発費用、PPMX-T002の治験薬保管費用及び品質保証のための検査費用等、
PPMX-T003の治験費用、新規パイプラインの開発及び運転資金として、新たな資金調達が必要であると判
断し、本新株予約権を発行することといたしました。本新株予約権の発行による調達資金によって当社事
業を推進していくことにより、長期的な事業価値の最大化につながるものと考えております。
（用語の説明）
※１ 抗体医薬品：抗体の様々な機能を利用した医薬品。抗体はその構造の同一性から、製造技術の確
立が進み、バイオ医薬品としての開発が盛んに行われています。
8/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
※２ 放射性同位体（RI）標識抗体：放射線を放出する同位体（同じ陽子数で中性子数が異なるものを
同位体といいます。）を連結した抗体。抗体は連結したRIの種類により診断や治療に用いること
が できます。
※３ 抗体薬物複合体（ADC）：強力な細胞傷害活性を持つ薬物が連結されている抗体。ADCは標的を介
して細胞内部に取り込まれ、連結している薬物の効果で細胞を殺傷します。
※４ 導出：特定の医薬品を販売・開発するために必要な知的財産権の使用を許可すること。
※５ 上市：医薬品として承認され、実際に市販されること。
※６ リンカー：ADCにおいて、抗体と薬物をつなぐ働きをするもの。
※７ GLP：「Good Laboratory Practice」の略。非臨床試験において、試験施設の設備・機器、組
織・職員、検査・手順・結果等が、安全かつ適切であることを保証する「優良試験所規範（基
準）」。
※８ GMP：「Good Manufacturing Practice」の略。製造所における製造管理、品質管理の基準を指し
ます。
※９ モダリティ：治療手段の種類。低分子医薬、抗体医薬、核酸医薬等。
（３）資金調達方法の選択理由
数あるファイナンス手法の中から今回の資金調達手法を選択するにあたり、当社は、資本政策の柔軟性
が確保されているかどうか、また、既存株主の皆様の利益に充分配慮するため、株価への影響の軽減や過
度な希薄化の抑制が可能となる仕組みが備わっているかどうかを最も重視いたしました。
その結果、以下に記載した本新株予約権のメリットを踏まえ、当社は、本新株予約権が当社のニーズを
充足し得る現時点での最良の選択肢であると判断し、その発行を決議いたしました。
① 本新株予約権の主なメリット
・過度な希薄化の抑制が可能なこと
（ⅰ）本新株予約権に係る潜在株式数は2,900,000株（2023年12月31日現在の発行済株式総数
11,830,000株の24.51％（小数点以下第３位を四捨五入））と一定であり、株式価値の希薄化
の割合が限定されております。
（ⅱ）本新株予約権者がその裁量により本新株予約権を行使することができる一方、当社は、株価動
向や市場環境等を勘案して適宜停止指示（停止指示の定義は、下記「（４）資金調達方法の概
要 ② 当社による行使停止」をご参照ください。以下同様です。）を行うことができます。
・株価への影響の軽減が可能なこと
下記の仕組みにより、株価への影響の軽減が可能となると考えられます。
（ⅰ）上記に記載のとおり、当社が適宜停止指示を行うことにより、株価動向や市場環境等に応じて
本新株予約権が行使されないようにすることができること。
（ⅱ）行使価額は修正日の直前取引日の東証終値を基準として修正される仕組みとなっていることか
ら、複数回による行使の分散が期待されるため、当社株式の供給が一時的に過剰となる事態が
回避されやすいこと。
（ⅲ）下限行使価額が268円（発行決議日直前取引日の東証終値の50％に相当する金額）に設定され
ること。
・資本政策の柔軟性が確保されていること
資本政策の変更が必要となった場合、当社の判断により、残存する本新株予約権をいつでも取得する
ことができ、資本政策の柔軟性を確保できます。
② 本新株予約権の主なデメリット
本新株予約権には、主に、下記のデメリットがありますが、当社としましては、上記のメリットから
得られる効果の方が大きいと考えています。
・本新株予約権については、新株予約権の特徴として、新株予約権者による権利行使があって初めて、
行使価額に行使の対象となる株式数を乗じた金額の資金調達がなされます。そのため、本新株予約権
の発行当初に満額の資金調達が行われるわけではありません。
・当社の株式の流動性が減少した場合には、資金調達の完了までに時間がかかる可能性があります。
・本新株予約権の下限行使価額は268円（発行決議日直前取引日の東証終値の50％に相当する金額）に
設定されており、当社普通株式の株価が下限行使価額を下回る水準で推移した場合には、本新株予約
権が行使されず、当社の想定した時期等に資金調達ができない可能性があります。
9/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
・株価の下落局面では、行使価額が下方修正されることにより、調達額が予定額を下回る可能性があり
ます。但し、行使価額は下限行使価額を下回ることはありません。
・第三者割当方式という当社とバークレイズ・バンク・ピーエルシー（以下「バークレイズ・バンク」
又は「割当予定先」といいます。）のみの契約であるため、不特定多数の新規投資家から資金調達を
募るという点において限界があります。
・本新株予約権の行使が進んだ場合、2,900,000株の新株式が交付されるため、既存株式の希薄化が生
じることになります。
・本新株予約権の行使価額は、本新株予約権の修正日に算定基準日の東証終値の93.5％に相当する金額
（但し、当該金額が下限行使価額を下回る場合には、下限行使価額）に修正されるため、本新株予約
権の行使により、大きなものであるとは考えておりませんが、株式価値の希薄化が発生します。
・割当予定先は当社普通株式を長期保有する意図を有しておらず、本新株予約権を行使して取得した株
式を売却することを前提としており、割当予定先による当社普通株式の市場売却により当社株価が下
落する可能性があります。
・下記「募集又は売出しに関する特別記載事項 ロックアップについて」に記載のとおり、本第三者割
当契約には、その締結日以降、未行使の本新株予約権が存在しなくなる日までの間、割当予定先の事
前の書面による承諾を受けることなく、当社は当社普通株式、当社普通株式に転換若しくは交換され
うる有価証券、又は当社普通株式を取得する権利若しくは義務の付された有価証券の発行等をしては
ならない旨が定められる予定です。当社は、上記期間中、資金調達方法について一定の制約を受ける
ことになります。但し、本第三者割当契約の締結日において存在する有価証券の行使等に基づき当社
普通株式を交付する場合や、当社や当社の関係会社の取締役、執行役、監査役、使用人及び従業員を
対象とする新株予約権の発行及び当該新株予約権の行使による当社普通株式の交付等、一定の場合を
除きます。
③ 他の資金調達方法との比較
・公募増資又は第三者割当による新株の発行は、資金調達が一時に可能となりますが、同時に１株当た
り利益の希薄化をも一時に引き起こすため、株価に対する直接的な影響が大きいと考えられます。一
方、本新株予約権の行使価額は、別記「新株予約権の行使時の払込金額」欄第２項記載のとおり、本
新株予約権の修正日に、算定基準日の東証終値の93.5％に相当する金額に修正されることから、複数
回による行使の分散が期待され、当社株式の供給が一時的に過剰となる事態が回避されやすいことに
加え、株価動向や市場環境等を勘案して当社が停止指示を行うことにより、バークレイズ・バンクに
よる本新株予約権の行使時期を一定程度コントロールすることができるため、株価に対する一時的な
影響を低減することが可能となるものと考えられます。
・株主割当による資金調達の場合は、希薄化懸念は払拭されますが、当社の財務状況から鑑みると割当
先である既存投資家の参加率が不透明であり、十分な額の資金を調達できるかどうかが不透明である
ことから、今回の資金調達方法として適当でないと判断いたしました。
・株価に連動して転換価額が修正される転換社債型新株予約権付社債（いわゆる「MSCB」）について
は、その発行条件及び行使条件等は多様化しているものの、一般的には、転換により交付される株数
が転換価額に応じて決定されるという構造上、転換の完了まで転換により交付される株式総数が確定
しないため、転換価額の水準によっては転換により交付される株式数が当初転換価額を前提とする想
定より増加する場合があり、株価に対する直接的な影響が大きいと考えられますが、今回の資金調達
手法では、本新株予約権の目的である株式の総数が一定であるため、株価動向によらず、最大増加株
式数は限定されています。
・行使価額が固定された新株予約権は、株価上昇時にその上昇メリットを当社が享受できず、一方で株
価下落時には行使が進まず資金調達が困難となるため、資金調達の確実性は本新株予約権と比較して
低いと考えられます。そのため、今回の資金調達方法として適当でないと判断いたしました。
・株主全員に新株予約権を無償で割り当てることによる増資、いわゆるライツ・オファリングには、当
社が金融商品取引業者と元引受契約を締結するコミットメント型ライツ・オファリングと、当社が金
融商品取引業者との元引受契約を締結せず新株予約権の行使は株主の決定に委ねられるノンコミット
メント型ライツ・オファリングがありますが、コミットメント型ライツ・オファリングについては国
内で実施された実績が乏しく、資金調達手法としてまだ成熟が進んでいない段階にある一方で、準備
及び実施に時間を要することから、現時点における適切な資金調達方法ではないと判断しました。ノ
ンコミットメント型ライツ・オファリングについては、当社は最近２年間において経常赤字を計上し
ており、東京証券取引所の定める有価証券上場規程に規定される上場基準を満たさないため、実施す
ることができません。
・社債、借入れによる資金調達は、一時に資金を調達できる反面、調達金額が負債となるため財務健全
性の低下が見込まれ、安定的に事業戦略を推進したいという当社のニーズに合致しません。一方、今
回の資金調達手法は資本性調達であるため、財務健全性の低下は見込まれないこととなります。また
当社の財務状況では、金融機関等からの融資による借入れによって当社の資金需要に応えられる金額
10/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
を調達することは困難であり、現時点で金融機関からの借入れ及びコミットメントラインの設定はご
ざいません。
（４）資金調達方法の概要
今回の資金調達は、当社が、バークレイズ・バンクに対し、別記「新株予約権の行使期間」欄記載の本
新株予約権を行使することができる期間（以下「行使期間」といいます。）を2024年３月８日から2026年
３月９日までとする行使価額修正条項付新株予約権を第三者割当の方法によって割り当て、バークレイ
ズ・バンクによる本新株予約権の行使に伴って当社の資本が増加する仕組みとなっています。
① 本新株予約権の構成
・本新株予約権１個当たりの目的である株式の数は100株であり、本新株予約権の目的である株式の総
数は2,900,000株です。
・本新株予約権者はその裁量により本新株予約権を行使することができます。但し、当社の資金需要動
向に応じて当社がバークレイズ・バンクに対して停止指示を行うことができるほか、停止指示を通じ
て、株価動向や市場環境等に応じて、当社が株価への影響を一定程度コントロールできる設計として
います。
・本新株予約権の行使価額は、当初は536円ですが、2024年３月８日以降本新株予約権の修正日の直前
取引日の東証終値の93.5％に相当する金額に修正されます。但し、下限行使価額は268円（発行決議
日直前取引日の東証終値の50％に相当する金額）です。
・本新株予約権の行使期間は、2024年３月８日から2026年３月９日までです。
② 当社による行使停止
当社は、行使期間中のいずれかの日において、バークレイズ・バンクが本新株予約権の全部又は一部
を行使することができない期間を指定（以下「停止指示」といいます。）することができます。な
お、当社は、一旦行った停止指示をいつでも取り消すことができます。当社は、研究開発を確実に推
進するためにはあらかじめ一定の資金を確保しておくことが必要と考えております。したがいまし
て、資金調達を優先する方針でありますが、本新株予約権発行後の当社の資金需要や市場環境等を勘
案して、停止指示を行う可能性があります。
また、当社は、停止指示を行うこと又は停止指示を取り消すことを決定した場合は、その旨を開示い
たします。
③ 当社による本新株予約権の取得
当社は、本新株予約権の取得が必要と判断した場合、当社取締役会の決議に基づき、本新株予約権１
個当たり払込金額と同額で、本新株予約権の全部又は一部を取得することができます。また、当社
は、2026年３月９日において未行使の本新株予約権が残存している場合、本新株予約権１個当たり払
込金額と同額で、本新株予約権者（当社を除きます。）の保有する本新株予約権の全部を取得しま
す。
④ 本新株予約権の譲渡
当社と割当予定先との間で締結予定の第三者割当契約（以下「本第三者割当契約」といいます。）に
おいて、バークレイズ・バンクは、当社取締役会の事前の承認がない限り、本新株予約権をバークレ
イズ・バンクの関連会社以外の第三者に譲渡することはできない旨及びバークレイズ・バンクが本新
株予約権を譲渡する場合には、あらかじめ譲渡先となる者に対して、当社との間で本第三者割当契約
の内容を約束させ、また、譲渡先となる者がさらに第三者に譲渡する場合にも当社に対して同様の内
容を約束させるものとする旨を規定する予定です。
２．企業内容等の開示に関する内閣府令第19条第９項に規定する場合に該当する場合にあっては、同項に規定す
るデリバティブ取引その他の取引として予定する取引の内容
該当事項はありません。
３．当該行使価額修正条項付新株予約権付社債券等に表示された権利の行使に関する事項について割当予定先と
の間で締結する予定の取決めの内容
当社は割当予定先との間で、金融商品取引法に基づく本有価証券届出書による届出の効力発生後に、上記
「１．行使価額修正条項付新株予約権付社債券等の発行により資金の調達をしようとする理由 （４）資金
調達方法の概要」②及び④に記載の内容に加え、下記「募集又は売出しに関する特別記載事項 ロックアッ
プについて」記載の内容及び「第３ 第三者割当の場合の特記事項 １ 割当予定先の状況 ｅ．株券等の
保有方針」記載の割当予定先の行使制限措置に係る内容について合意する予定であります。
４．当社の株券の売買について割当予定先との間で締結する予定の取決めの内容
該当事項はありません。
５．当社の株券の貸借に関する事項について割当予定先と当社の特別利害関係者等との間で締結される予定の取
決めの内容
当社並びに当社の役員、役員関係者及び大株主は、本新株予約権の割当予定先であるバークレイズ・バン
クとの間において、本新株予約権の行使により取得する当社株式に係る株券賃貸借契約を締結する予定はあ
りません。
11/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
６．その他投資者の保護を図るために必要な事項
該当事項はありません。
７．本新株予約権の行使請求の方法
（１）本新株予約権を行使する場合、行使期間中に別記「新株予約権の行使請求の受付場所、取次場所及び払
込取扱場所」欄記載の行使請求受付場所に対して、行使請求に必要な事項を通知するものとします。
（２）本新株予約権を行使する場合、前号の行使請求の通知に加えて、本新株予約権の行使に際して出資され
る財産の価額の全額を現金にて別記「新株予約権の行使請求の受付場所、取次場所及び払込取扱場所」欄
に定める払込取扱場所の当社が指定する口座に振り込むものとします。
（３）本新株予約権の行使請求の効力は、別記「新株予約権の行使請求の受付場所、取次場所及び払込取扱場
所」欄記載の行使請求受付場所に対する行使請求に必要な全部の事項の通知が行われ、かつ当該本新株予
約権の行使に際して出資される財産の価額の全額が前号に定める口座に入金された日に発生します。
（４）本項に従い行使請求を行った者は、その後これを撤回することはできません。
８．株券の交付方法
当社は、本新株予約権の行使請求の効力発生後、当該本新株予約権者が指定する振替機関又は口座管理機
関における振替口座簿の保有欄に振替株式の増加の記録を行うことにより株式を交付します。
９．新株予約権証券の不発行
当社は、本新株予約権に関して、新株予約権証券を発行しません。
（３）【新株予約権証券の引受け】
該当事項はありません。
12/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
２【新規発行による手取金の使途】
（１）【新規発行による手取金の額】
払込金額の総額（円） 発行諸費用の概算額（円） 差引手取概算額（円）
1,555,966,000 12,000,000 1,543,966,000
（注）１．払込金額の総額は、本新株予約権の発行に際して払い込まれる金額の総額（1,566,000円）に本新株予約権
の行使に際して出資される財産の価額（1,554,400,000円）を合算した金額であります。
２．本新株予約権の行使による調達額は、本新株予約権が全て当初行使価額で行使された場合の金額であり、行
使価額が修正又は調整された場合には、払込金額の総額及び差引手取概算額は増加又は減少します。また、
本新株予約権の行使期間内に行使が行われない場合及び当社が取得した本新株予約権を消却した場合には、
払込金額の総額及び差引手取概算額は減少します。
３．発行諸費用の概算額には、消費税等は含まれていません。また、発行諸費用の内訳は、価額算定費用、登記
費用、司法書士費用及び弁護士費用です。
４．調達した資金を実際に支出するまでは、当該資金は銀行等の安全な金融機関にて管理いたします。
（２）【手取金の使途】
具体的な使途 金額（百万円） 支出予定時期
① 研究開発資金 1,043 2024年４月～2026年３月
② 運転資金 500 2024年４月～2026年３月
① 研究開発資金
上記「１新規発行新株予約権証券(2)新株予約権の内容等（注）１．行使価額修正条項付新株予約権付社債券
等の発行により資金の調達をしようとする理由（２）事業の進展状況及び新たな資金調達の必要性」に記載のと
おり、当社は抗トランスフェリン受容体１抗体PPMX-T003、RI標識抗体PPMX-T002及びADCであるPPMX-T004の３つ
のパイプラインの自社開発を中心とした研究開発を推進しております。PPMX-T003については、2024年６月まで
実施予定のPV患者第Ⅰ相試験の費用として上場時及び今回の資金調達による調達資金を支出する予定であり、そ
の一部として、今回の資金調達による調達資金から69百万円の支出を予定しております。PPMX-T002につきまし
ては、治験薬保管費用及び品質保証のための検査費用等の一部として55百万円の充当を予定しております。
PPMX-T004につきましては、GLP対応（GLP試験の医薬品開発業務受託機関への委託）及びGMP治験薬製造準備（マ
スターセルバンクの製造及び製造機を用いての培養条件などを最適化するエンジニアリングバッチの製造）を予
定しており、当該費用の一部として、今回の資金調達による調達資金から530百万円を充当することを予定して
おります。また、新規パイプラインの開発、当社独自の抗体技術の研鑽、研究員の人件費等として、389百万円
の充当を予定しております。
② 運転資金
当社は、研究開発が先行する創薬バイオベンチャーであり、上記①のような研究開発資金の他に、管理部門の
人件費等の販売費・一般管理費として、年間約300～350百万円が発生しております。今回の資金調達により、当
社の運営資金（家賃・水道光熱費・消耗品、人件費等）の一部として500百万円を充当し、財務状況の安定性を
確保し、当社事業を推進する予定であります。
本新株予約権の行使価額は修正又は調整される可能性があり、現時点において調達できる資金の額及び支出予
定時期は確定したものではなく、現時点において想定している調達資金の額及び支出予定時期に差異が発生する
可能性があります。調達資金が不足した場合又は調達資金が超過した場合には、事業計画及び資金計画を見直
し、対応する予定であります。調達資金を充当する優先順位としては、支出時期の早いものより充当する予定で
あります。また、調達資金が大きく不足した場合には、手許資金の活用や他の方法による資金調達の実施につい
ても検討を行う予定です。なお、新規上場による資金使途は本新株予約権による資金使途と一部が同様でありま
すが、2025年３月期の早いタイミングでの充当完了を見込んでおります。支出予定時期の重複する期間において
は、新規上場による資金調達の未充当金を優先して充当する予定です。
13/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
第２【売出要項】
該当事項はありません。
【募集又は売出しに関する特別記載事項】
ロックアップについて
本新株予約権の募集に関連して、当社は、割当予定先との間で、本第三者割当契約の締結日以降、未行使の本新株
予約権が存在しなくなった日までの間、割当予定先の事前の書面による承諾を受けることなく、①ロックアップ対象
有価証券（以下に定義します。）の発行、分割、併合、無償割当て、募集、貸付け、売付け、売付契約の締結、当社
の株主によるロックアップ対象有価証券の売出しについて同意することその他譲渡若しくは処分を行うこと若しくは
それらのための機関決定を行うこと、②ロックアップ対象有価証券の所有権若しくはその経済的価値の全部若しくは
一部を直接若しくは間接的に譲渡するような、デリバティブ取引（差金決済若しくは現物決済のいずれも含みま
す。）その他の取引を行うこと、③当社の指示により行為する法人若しくは個人に①若しくは②に定める行為を行わ
せること、又は、④①若しくは②に記載する行為を行うことを企図していること若しくはそれに同意することを発表
若しくは公表（当社の発行する有価証券についての第三者からの公開買付けに対する賛成の意見表明を含みます。）
することを行わない旨合意しています。
但し、当社及びその関係会社（財務諸表等の用語、様式及び作成方法に関する規則第８条第８項に定める関係会社
をいいます。）の取締役、執行役、監査役、使用人及び従業員を対象とする新株予約権の発行及び当該新株予約権の
行使による当社株式の交付は上記の禁止される行為にはあたりません。また、本第三者割当契約の締結日において
ロックアップ対象有価証券が存在する場合における、当該ロックアップ対象有価証券の行使又は当該ロックアップ対
象有価証券に付された権利の行使若しくは義務の履行による当社普通株式の交付、及び会社法第194条第３項に基づ
く自己株式の売り渡しについても、上記の禁止される行為にはあたりません。
なお、「ロックアップ対象有価証券」とは、当社普通株式、当社普通株式に転換又は交換されうる有価証券並びに
当社普通株式を取得する権利又は義務の付された有価証券（新株予約権、新株予約権付社債及び当社普通株式への転
換予約権又は強制転換条項の付された株式を含みますがこれらに限られません。）をいいます。
14/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
第３【第三者割当の場合の特記事項】
１【割当予定先の状況】
ａ．割当予定先の概要
バークレイズ・バンク・ピーエルシー
(1）名称
（Barclays Bank PLC）
英国 ロンドン市 E14 5HP チャーチル・プレイス 1
(2）本店所在地
（1 Churchill Place, London E14 5HP, United Kingdom）
有価証券報告書（自 2022年１月１日 至 2022年12月31日）
(3）直近の有価証券報告書等 2023年６月30日 関東財務局長へ提出
の提出日 半期報告書（自 2023年１月１日 至 2023年６月30日）
2023年９月29日 関東財務局長へ提出
ｂ．提出者と割当予定先との間の関係
当社が保有している割当予定先
該当事項はありません。
の株式の数
出資関係
割当予定先が保有している当社
該当事項はありません。
の株式の数
人事関係 該当事項はありません。
資金関係 該当事項はありません。
技術又は取引関係 該当事項はありません。
（注） 割当予定先が保有している当社の株式の数には、割当予定先が短期取引を前提として一時的に保有している当
社株式は考慮しておりません。
ｃ．割当予定先の選定理由
当社は、複数の証券会社から提案を受けた複数の資金調達方法について検討してまいりましたが、バークレイ
ズ・バンクのグループに属する日本法人であるバークレイズ証券株式会社（以下「バークレイズ証券」といいま
す。）からの提案が、株価や既存株主の利益に充分に配慮しながら資金を調達したいという当社のニーズに最も合
致するものであったこと、バークレイズ・バンクが同種のファイナンスにおいて豊富な実績を有していること等を
総合的に勘案し、バークレイズ証券の提案を採用し、バークレイズ・バンクを割当予定先として選定いたしまし
た。
本新株予約権の割当ては、第一種金融商品取引業者であり日本証券業協会会員であるバークレイズ証券のあっせ
んを受けて行われるものであり、日本証券業協会の定める「第三者割当増資等の取扱いに関する規則」の適用を受
けて募集が行われるものです。
ｄ．割り当てようとする株式の数
新株予約権の目的である株式の総数2,900,000株
15/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
ｅ．株券等の保有方針
本新株予約権について、割当予定先であるバークレイズ・バンクとの間で、継続保有及び預託に関する取り決め
はありません。なお、当社と割当予定先との間で締結予定の本第三者割当契約において、割当予定先の関連会社以
外の者に対して本新株予約権を譲渡する場合には当社の取締役会による承認が必要である旨が定められる予定で
す。当社の承認により、本新株予約権の譲渡が行われる場合には、事前に譲受人の本人確認、反社会的勢力でない
ことの確認、行使の払込原資確認、本新株予約権及びその行使により取得する株式の保有方針の確認、本第三者割
当契約に定められた行使制限等の権利・義務についても譲受人が引継ぐことを確認いたします。また、譲渡が行わ
れた場合には、当社はその内容を開示いたします。当社と割当予定先との間で締結予定の本第三者割当契約におい
て、割当予定先は、本新株予約権の行使により取得する当社株式を長期間保有する意図を有しておらず当社株式に
係る議決権を行使しない旨を表明する予定です。
また、割当予定先に本新株予約権を譲渡する方針はないこと、割当予定先が当社の株価及び株式市場の動向等を
勘案しながら本新株予約権の行使を行う方針であること、並びに本新株予約権の行使により交付を受けることとな
る当社株式を原則として長期保有する意図を有しておらず、当社の株価及び株式市場の動向等を勘案しながら適時
適切に売却する方針であることを、割当予定先の代理人であるバークレイズ証券の担当者に口頭で確認しておりま
す。
さらに、当社と割当予定先は、東京証券取引所の定める有価証券上場規程第434条第１項及び同施行規則第436条
第１項乃至第５項並びに日本証券業協会の定める「第三者割当増資等の取扱いに関する規則」第13条の定めに基づ
き、割当予定先との間で締結予定の本第三者割当契約において、以下の内容について合意する予定です。
＜割当予定先による行使制限措置＞
① 当社は、東京証券取引所の定める有価証券上場規程第434条第１項及び同規程施行規則第436条第１項乃至
第５項、並びに日本証券業協会の定める「第三者割当増資等の取扱いに関する規則」に従い、MSCB等の買
受人による行使を制限するよう措置を講じるため、所定の適用除外の場合を除き、本新株予約権の制限超
過行使（単一暦月中に本新株予約権の行使により取得される株式数が、本新株予約権の払込日時点におけ
る上場株式数の10％を超える場合における、当該10％を超える部分に係る行使をいう。）を割当予定先に
行わせない。
② 割当予定先は、上記所定の適用除外の場合を除き、制限超過行使に該当することとなるような本新株予約
権の行使を行わないことに同意し、本新株予約権の行使にあたっては、あらかじめ当社に対し、本新株予
約権の行使が制限超過行使に該当しないかについて確認を行う。
③ 割当予定先は、本新株予約権を譲渡する場合（なお、本新株予約権の譲渡には当社の取締役会による承認
が必要。）、あらかじめ譲渡先となる者に対して、当社との間で制限超過行使に係る制限の内容を約束さ
せ、当社は譲渡先となる者に対して同内容を約束し、また、譲渡先となる者がさらに第三者に譲渡する場
合にも当社に対して同様の内容を約束させ、当社は当該第三者に対して同内容を約束する。
ｆ．払込みに要する資金等の状況
割当予定先からは、本新株予約権の払込金額（発行価額）の総額の払込み及び本新株予約権の行使に要する資金
は確保されている旨の報告を受けております。また、割当予定先が2023年９月29日に関東財務局長へ提出した半期
報告書（自 2023年１月１日 至 2023年６月30日）に記載されている2023年６月30日現在の主要キャッシュフ
ロー・データ中の「現金及び現金同等物」（232,380百万英ポンド（約42兆5,139億円））からも、割当予定先がか
かる払込みに要する十分な資金を保有していることが確認できていることから、当社としてかかる払込みに支障は
ないと判断しています。
（注） 英ポンドの円貨換算は、便宜上、2023年６月30日の仲値（１英ポンド＝182.95円）によります。
ｇ．割当予定先の実態
割当予定先は、ロンドン証券取引所及びニューヨーク証券取引所に株式上場しているバークレイズ・ピーエル
シーの完全子会社であり、英国において健全性監督機構（Prudential Regulation Authority）により承認され、
金融行為規制機構（Financial Conduct Authority）及び健全性監督機構の監督及び規制を受けています（登録番
号はNo.1026167）。
また、当社は、英国健全性監督機構ホームページ、金融行為規制機構ホームページ、割当予定先のアニュアルレ
ポート等で割当予定先の属するグループが諸外国の監督及び規制の下にある事実について確認しており、また本件
のあっせんを行うバークレイズ証券の担当者との面談によるヒアリング内容をも踏まえ、割当予定先、当該割当予
定先の役員又は主要株主（主な出資者）が反社会的勢力とは関係がないものと判断しており、その旨の確認書を東
京証券取引所に提出しています。
16/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
２【株券等の譲渡制限】
本新株予約権には譲渡制限は付されておりませんが、割当予定先との間で締結する予定の本第三者割当契約におい
て、割当予定先の関連会社以外の者に対して本新株予約権を譲渡する際には当社取締役会の承認が必要である旨が定
められます。
３【発行条件に関する事項】
（１）発行価格の算定根拠及び発行条件の合理性に関する考え方
当社は、本新株予約権の評価を第三者算定機関である株式会社赤坂国際会計に依頼しました。当該機関は、本新
株予約権の発行要項及び割当予定先であるバークレイズ・バンクとの間で締結する予定の本第三者割当契約に定め
られた諸条件を考慮し、一般的な価格算定モデルであるモンテカルロ・シミュレーションを基礎として、当社株式
の株価（536円）、当社株式のボラティリティ（66.0％）、予定配当額（０円）、無リスク利子率（0.1％）、割当
予定先の権利行使行動及び割当予定先の株式保有動向（市場出来高に対して一定割合の範囲内で株式処分を進める
こと）等について一定の前提（資金調達需要が発生している場合には当社による停止指示が行われないこと、及び
当社が当社取締役会の決議に基づく本新株予約権の取得を行わないことを含みます。）を置き、割当予定先が本新
株予約権を行使する際に、当社がその時点で公募増資等を実施したならば負担するであろうコストと同水準の割当
予定先に対するコストが発生することを仮定して評価を実施しました。当社は、この評価の結果を踏まえて、本新
株予約権１個の払込金額を当該機関の算定結果と同額である金54円としました。
また、本新株予約権の当初行使価額は、発行決議日直前取引日の東証終値に相当する金額としており、その後の
行使価額も、本新株予約権の修正日の直前取引日の東証終値の93.5％に相当する金額に修正されるものの、その価
額は下限行使価額である268円を下回ることはありません。そのため、本新株予約権の行使価額は、最近６か月間
及び発行決議日直前取引日の東証終値と比べて過度に低い水準となることはなく、かかる行使価額に照らしても、
本新株予約権の払込金額は適正な価額であると考えております。下限行使価額を発行決議日前日終値の50％とした
のは、資金調達の蓋然性を高めるために、割当予定先と協議し、決定したものであります。
また、当社監査等委員会から、会社法上の職責に基づいて監査を行った結果、本新株予約権の発行条件が有利発
行に該当しない旨の取締役会の判断について、法令に違反する重大な事実は認められない旨の意見を得ておりま
す。
（２）発行数量及び株式の希薄化の規模の合理性に関する考え方
本新株予約権の行使により新たに発行される予定の当社普通株式は、本新株予約権の全てが行使された場合にお
いて最大で2,900,000株であり、2023年12月31日現在の当社発行済株式総数11,830,000株に対し最大24.51％（2023
年９月30日現在の総議決権117,567個に対し最大24.67％）（小数点以下第３位を四捨五入）の希薄化が生じるもの
と認識しております。
当社は、当該資金調達により、上記「第１ 募集要項 １．新規発行新株予約権証券 (2) 新株予約権の内容
等（注）１．行使価額修正条項付新株予約権付社債券等の発行により資金の調達をしようとする理由」に記載のと
おり、今後収益の向上を図り、企業価値の増大を目指していくこととしております。よって、本新株予約権の行使
により新たに発行される予定の当社普通株式の希薄化による規模は合理的であると判断しております。
また、①本新株予約権全てが行使された場合の最大交付株式数2,900,000株に対し、当社株式の過去６か月間に
おける１日当たり平均出来高は1,886,539株であり、一定の流動性を有していること、②本新株予約権は当社株式
動向や市場環境等を勘案し停止指示を行うことによって、株式発行を行わないようにすることが可能であり、かつ
③当社の判断により新株予約権を取得することも可能であることから、本新株予約権の発行は、市場に過度の影響
を与える規模ではなく、希薄化の規模も合理的であると判断しました。
４【大規模な第三者割当に関する事項】
該当事項はありません。
17/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
５【第三者割当後の大株主の状況】
割当後の総
総議決権数
割当後の所 議決権数に
所有株式数 に対する所
氏名又は名称 住所 有株式数 対する所有
（株） 有議決権数
（株） 議決権数の
の割合
割合
1 Churchill Place, London
バークレイズ・バンク・ピーエ
－ － 2,900,000 19.79％
ルシー（Barclays Bank PLC）
E14 5HP, United Kingdom
NVCC８号投資事業有限責任組合
東京都千代田区丸の内二丁目４
無限責任組合員 日本ベン 1,274,370 10.84％ 1,274,370 8.69％
番１号
チャーキャピタル株式会社
東京都港区西麻布二丁目26番30
富士フイルム株式会社 1,187,710 10.10％ 1,187,710 8.10％
号
東京都港区南青山二丁目６番21
楽天証券株式会社 540,000 4.59％ 540,000 3.68％
号
東京都港区六本木一丁目６番１
株式会社SBI証券 494,400 4.21％ 494,400 3.37％
号
SBI４＆５投資事業有限責任組
合 東京都港区六本木一丁目６番１
444,400 3.78％ 444,400 3.03％
無限責任組合員 SBIインベス 号
トメント株式会社
DBJキャピタル投資事業有限責
任組合 東京都千代田区大手町一丁目９
344,400 2.93％ 344,400 2.35％
無限責任組合員 DBJキャピタ 番６号
ル株式会社
Newton Biocapital I Pricaf Av. de Tervueren, 273 B-1150
privée SA Brussels, Belgium
329,200 2.80％ 329,200 2.25％
（常任代理人 三田証券株式会 （東京都中央区日本橋兜町３番
社） 11号）
東京都中央区日本橋二丁目３番
三菱UFJキャピタル株式会社 284,910 2.42％ 284,910 1.94％
４号
アクシル・ライフサイエンス＆
ヘルスケアファンド１号投資事
業有限責任組合 東京都港区西新橋一丁目11番４
184,200 1.57％ 184,200 1.26％
無限責任組合員 アクシル・ 号
キャピタル・パートナーズ有限
責任事業組合
計 － 5,083,590 43.24％ 7,983,590 54.47％
（注）１．上記の割合は、小数点第３位以下を四捨五入して記載しております。
２．「割当後の所有株式数」は、割当前の「所有株式数」に、本新株予約権の目的である株式の数を加えた株式
数によって算出しております。また、「割当後の総議決権数に対する所有議決権数の割合」は、「割当後の
所有株式数」に係る議決権の数を、割当前の「総議決権数に対する所有議決権数の割合」の算出に用いた総
議決権数に本新株予約権の目的である株式に係る議決権の数を加えた数で除して算出しております。
３．2023年９月30日現在の株主名簿を基準として記載しております。
４．割当予定先であるバークレイズ・バンク・ピーエルシーの「割当後の所有株式数」は、割当予定先が、本新
株予約権の行使により取得する当社株式を全て保有した場合の数となります。上記「１ 割当予定先の状
況 ｅ．株券等の保有方針」欄に記載のとおり、割当予定先は本新株予約権の行使により取得する当社株式
を長期間保有する意図を有しておりません。
18/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
５．2023年４月６日付で公衆の縦覧に供されている株券等の大量保有に関する変更報告書において、野村證券株
式会社及びその共同保有者であるノムラ インターナショナル ピーエルシー（NOMURA INTERNATIONAL
PLC）が2023年３月31日現在で次の株式を所有している旨が記載されているものの、当社として2023年９月
30日現在における実質所有株式数の確認ができておりませんので、上記大株主の状況は株主名簿上の所有株
式数に基づき記載しております。なお、当該変更報告書の内容は次のとおりであります。
保有株券等の数 株券等保有割合
氏名又は名称 住所
（株） （％）
野村證券株式会社 東京都中央区日本橋一丁目13番１号 397,700 3.38
1 Angel Lane, London EC4R 3AB,
ノムラ インターナショナル ピーエ
159,500 1.36
ルシー（NOMURA INTERNATIONAL PLC）
United Kingdom
計 557,200 4.74
６．2023年９月28日付で公衆の縦覧に供されている株券等の大量保有に関する変更報告書において、SBIインベ
ストメント株式会社及びその共同保有者である株式会社SBI証券が2023年９月21日現在で次の株式を所有し
ている旨が記載されているものの、当社として2023年９月30日現在における実質所有株式数の確認ができて
おりませんので、上記大株主の状況は株主名簿上の所有株式数に基づき記載しております。なお、当該変更
報告書の内容は次のとおりであります。
保有株券等の数 株券等保有割合
氏名又は名称 住所
（株） （％）
SBIインベストメント株式会社 東京都港区六本木一丁目６番１号 444,400 3.78
株式会社SBI証券 東京都港区六本木一丁目６番１号 282,500 2.40
計 726,900 6.18
７．2023年12月28日付で適時開示している「主要株主である筆頭株主の異動に関するお知らせ」において、NVCC
８号投資事業有限責任組合 無限責任組合員 日本ベンチャーキャピタル株式会社が2023年12月27日現在で
587,370株を所有している旨が記載されているものの、当社として実質所有株式数の確認ができておりませ
んので、上記大株主の状況は株主名簿上の所有株式数に基づき記載しております。
６【大規模な第三者割当の必要性】
該当事項はありません。
７【株式併合等の予定の有無及び内容】
該当事項はありません。
８【その他参考になる事項】
該当事項はありません。
第４【その他の記載事項】
該当事項はありません。
19/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
第二部【公開買付け又は株式交付に関する情報】
第１【公開買付け又は株式交付の概要】
該当事項はありません。
第２【統合財務情報】
該当事項はありません。
第３【発行者（その関連者）と対象者との重要な契約（発行者（その関連者）と株式交付
子会社との重要な契約）】
該当事項はありません。
第三部【追完情報】
１ 「事業等のリスク」等について
「第四部 組込情報」の有価証券報告書（第23期、提出日2023年６月23日）、有価証券報告書の訂正報告書（第23
期、提出日2023年11月６日）及び四半期報告書（第24期第３四半期、提出日2024年２月14日）（以下、総称して「有
価証券報告書等」といいます。）に記載された「事業等のリスク」について、当該有価証券報告書等の提出後、本有
価証券届出書提出日（2024年２月20日）までの間に生じた変更はありません。また、当該有価証券報告書等に記載さ
れている将来に関する事項は、本有価証券届出書提出日（2024年２月20日）現在においても変更の必要はないものと
判断しております。なお、当該将来に関する事項については、その達成を保証するものではありません。
２ 臨時報告書の提出について
後記「第四部 組込情報」に記載の有価証券報告書（第23期）の提出日（2023年６月23日）以後、本有価証券届出
書提出日（2024年２月20日）までの間において、以下の臨時報告書を関東財務局長に提出しております。
（2023年６月23日提出の臨時報告書）
１ 提出理由
2023年６月23日開催の当社第22回定時株主総会において、決議事項が決議されましたので、金融商品取引法第
24条の５第４項及び企業内容等の開示に関する内閣府令第19条第２項第９号の２の規定に基づき、本臨時報告書
を提出するものであります。
２ 報告内容
（１）当該株主総会が開催された年月日
2023年６月23日
（２）当該決議事項の内容
第１号議案 定款一部変更の件
当社は、2023年５月に本社機能を移転いたしました。これに伴い、本店の所在地を東京都目黒
区から東京都中央区に変更するべく当社定款第３条を変更するものです。
なお、本変更は、2023年６月23日開催の株主総会以降に開催される取締役会において決定する
本店移転日をもって効力を生ずるものとし、附則にその旨の規定を設けるものであります。当
該附則は、本店移転の効力発生後に削除いたします。
第２号議案 取締役（監査等委員である者を除く。）５名選任の件
横川拓哉、鈴川信一、萩原真二、小南欽一郎及び花井陳雄を取締役に選任するものでありま
す。
第３号議案 監査等委員である取締役１名選任の件
大野貴史を監査等委員である取締役に選任するものであります。
第４号議案 補欠の監査等委員である取締役１名選任の件
島戸圭輔を補欠の監査等委員である取締役に選任するものであります。
20/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
（３）当該決議事項に対する賛成、反対及び棄権の意思の表示に係る議決権の数、当該決議事項が可決されるた
めの要件並びに当該決議の結果
決議の結果及び賛
決議事項 賛成（個） 反対（個） 棄権（個） 可決要件
成割合（％）
第１号議案 68,507 432 － （注）１ 可決 98.97
第２号議案
横川 拓哉 68,317 641 － （注）２ 可決 98.70
鈴川 信一 68,274 684 － 可決 98.64
萩原 真二 68,158 800 － 可決 98.47
小南 欽一郎 68,318 640 － 可決 98.70
花井 陳雄 68,131 827 － 可決 98.43
第３号議案
大野 貴史 68,264 675 － （注）２ 可決 98.62
第４号議案
島戸 圭輔 68,360 599 － （注）２ 可決 98.76
（注）１．議決権を行使することができる株主の議決権の３分の１以上を有する株主の出席及び出席した当該株主の議
決権の３分の２以上の賛成による。
２．議決権を行使することができる株主の議決権の３分の１以上を有する株主の出席及び出席した当該株主の議
決権の過半数の賛成による。
（４）議決権の数に株主総会に出席した株主の議決権の数の一部を加算しなかった理由
本株主総会前日までの事前行使分及び当日出席の一部の株主から各議案の賛否に関して確認できた議決権の
集計により各決議事項が可決されるための要件を満たし、会社法に則って決議が成立したため、本株主総会当
日出席の株主のうち、賛成、反対及び棄権の確認ができていない一部の議決権の数は加算しておりません。
21/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
（2024年１月４日提出の臨時報告書）
１ 提出理由
当社の主要株主及び主要株主である筆頭株主に異動がありましたので、金融商品取引法第24条の５第４項及び
企業内容等の開示に関する内閣府令第19条第２項第４号の規定に基づき、本臨時報告書を提出するものでありま
す。
２ 報告内容
（１）当該異動に係る主要株主及び主要株主である筆頭株主の名称
主要株主及び主要株主である筆頭株主でなくなるもの
ＮＶＣＣ８号投資事業有限責任組合無限責任組合員日本ベンチャーキャピタル株式会社
（２）当該異動の前後における当該主要株主の所有議決権の数及びその総株主等の議決権に対する割合
所有議決権の数 総株主等の議決権に対する割合
異動前 12,743個 10.83％
異動後 5,873個 4.99％
（注）１．総株主の議決権の数に対する割合は、2023年９月30日時点の発行済株式総数11,759,400株から議決権を有し
ない株式数2,700株を控除した117,567個に基づき、小数点以下第三位を切り捨てて算出しております。
２．当社の単元株式数は100株です。
（３）当該異動の年月日
2023年12月27日
（４）その他の事項
① 当該異動の経緯
当社は、2023年12月28日付でＮＶＣＣ８号投資事業有限責任組合無限責任組合員日本ベンチャーキャピタ
ル株式会社より大量保有報告書（変更報告書）が関東財務局に提出されたことにより、主要株主である筆頭
株主の異動を確認いたしました。なお、当該異動については、当社として当該株主名義の実質所有株式数の
確認ができたものではありません。
② 本報告書提出日現在の資本金の額及び発行済株式総数
資本金の額 1,953,055,000円
発行済株式総数 普通株式 11,830,000株
22/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
第四部【組込情報】
次に掲げる書類の写しを組み込んでおります。
事業年度 自 2022年４月１日 2023年６月23日
有価証券報告書
（第23期） 至 2023年３月31日 関東財務局長に提出
有価証券報告書の 事業年度 自 2022年４月１日 2023年11月６日
訂正報告書 （第23期） 至 2023年３月31日 関東財務局長に提出
事業年度 自 2023年10月１日 2024年２月14日
四半期報告書
（第24期第３四半期） 至 2023年12月31日 関東財務局長に提出
なお、上記書類は、金融商品取引法第27条の30の２に規定する開示用電子情報処理組織（ＥＤＩＮＥＴ）を使用して
提出したデータを開示用電子情報処理組織による手続の特例等に関する留意事項について（電子開示手続等ガイドライ
ン）Ａ４－１に基づき本有価証券届出書の添付書類としております。
23/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
第五部【提出会社の保証会社等の情報】
該当事項はありません。
第六部【特別情報】
第１【保証会社及び連動子会社の最近の財務諸表又は財務書類】
該当事項はありません。
24/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
独立監査人の監査報告書
2023年６月23日
株式会社ペルセウスプロテオミクス
取締役会 御中
有限責任 あずさ監査法人
東京事務所
指定有限責任社員
公認会計士
西野 聡人
業務執行社員
指定有限責任社員
公認会計士
岡本 悠甫
業務執行社員
監査意見
当監査法人は、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づく監査証明を行うため、「経理の状況」に掲げられて
いる株式会社ペルセウスプロテオミクスの2022年４月１日から2023年３月31日までの第23期事業年度の財務諸表、すなわ
ち、貸借対照表、損益計算書、株主資本等変動計算書、キャッシュ・フロー計算書、重要な会計方針、その他の注記及び
附属明細表について監査を行った。
当監査法人は、上記の財務諸表が、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠して、株式会社
ペルセウスプロテオミクスの2023年３月31日現在の財政状態並びに同日をもって終了する事業年度の経営成績及びキャッ
シュ・フローの状況を、全ての重要な点において適正に表示しているものと認める。
監査意見の根拠
当監査法人は、我が国において一般に公正妥当と認められる監査の基準に準拠して監査を行った。監査の基準における
当監査法人の責任は、「財務諸表監査における監査人の責任」に記載されている。当監査法人は、我が国における職業倫
理に関する規定に従って、会社から独立しており、また、監査人としてのその他の倫理上の責任を果たしている。当監査
法人は、意見表明の基礎となる十分かつ適切な監査証拠を入手したと判断している。
監査上の主要な検討事項
監査上の主要な検討事項とは、当事業年度の財務諸表の監査において、監査人が職業的専門家として特に重要であると
判断した事項である。監査上の主要な検討事項は、財務諸表全体に対する監査の実施過程及び監査意見の形成において対
応した事項であり、当監査法人は、当該事項に対して個別に意見を表明するものではない。
25/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
研究開発費の期間帰属の適切性
監査上の主要な検討事項の内容及び決定理由 監査上の対応
株式会社ペルセウスプロテオミクスは、がん及びその他 当監査法人は、研究開発費の期間帰属の適切性を検討す
疾患の治療用医薬品の研究開発及びその関連業務を行って るため、主に以下の手続を実施した。
おり、財務諸表注記（損益計算書関係）に記載のとおり研 (1）内部統制の評価
究開発費が494,494千円計上されている。 研究開発費に係るプロセスに関連する内部統制の整備及
研究開発費は、全て発生時に費用として処理される。な び運用の状況の有効性を評価した。評価に当たっては、特
お、外部に研究開発を委託した場合は、研究開発の内容に に研究開発費の期間帰属の適切性に対応するための統制に
ついて検収を行い、利用可能になった時点で費用として処 焦点を当てた。
理される。 (2）適切な期間に研究開発費が計上されているか否かの検
株式会社ペルセウスプロテオミクスの研究開発は、自社 討
での研究に加え、シーズの探索におけるアカデミアとの共 臨床開発及び臨床試験に係る研究開発費が適切な会計期
同研究、CMO（医薬品製造受託機関）への治験薬の製造委 間に認識されているか否か検討するため、以下の監査手続
託並びにCRO（開発業務受託機関）への臨床開発及び臨床 を実施した。
試験に関わる業務委託により行われている。これらの外部 ● 個々の研究開発の進捗状況について、経営者及び研究
機関への業務委託のうち、特に臨床開発及び臨床試験に関 開発責任者へ質問し、その回答と契約台帳の閲覧によ
わる業務委託については、委託する研究開発の内容が多岐 り理解した外部機関との契約の締結状況との整合性を
にわたることから、それぞれの研究開発の内容が利用可能 確認した。
となったと判断される時点も多岐にわたることになる。そ ● 金額的重要性があると判断した研究開発費の計上日に
のため、業務委託契約に従って研究開発の内容が利用可能 ついて、外部機関からの作業進捗報告資料等における
となる時点が適切に認識されず、不適切な会計期間に研究 研究開発の利用可能時点との整合性を確認した。
開発費が計上されるリスクが存在する。 ● 契約金額や契約先等を考慮して契約書台帳から業務委
以上から、当監査法人は、研究開発費の期間帰属の適切 託契約を抽出し、契約書により研究開発に係る契約か
性の検討が、当事業年度の財務諸表監査において特に重要 否かについて確認した。また、研究開発に係る契約に
であり、監査上の主要な検討事項に該当すると判断した。 関しては、作業進捗報告資料等を閲覧し、契約に従っ
て研究開発の内容が利用可能となった時点で研究開発
費が認識されているか否かを確認した。
その他の記載内容
その他の記載内容は、有価証券報告書に含まれる情報のうち、財務諸表及びその監査報告書以外の情報である。経営者
の責任は、その他の記載内容を作成し開示することにある。また、監査等委員会の責任は、その他の記載内容の報告プロ
セスの整備及び運用における取締役の職務の執行を監視することにある。
当監査法人の財務諸表に対する監査意見の対象にはその他の記載内容は含まれておらず、当監査法人はその他の記載内
容に対して意見を表明するものではない。
財務諸表監査における当監査法人の責任は、その他の記載内容を通読し、通読の過程において、その他の記載内容と財
務諸表又は当監査法人が監査の過程で得た知識との間に重要な相違があるかどうか検討すること、また、そのような重要
な相違以外にその他の記載内容に重要な誤りの兆候があるかどうか注意を払うことにある。
当監査法人は、実施した作業に基づき、その他の記載内容に重要な誤りがあると判断した場合には、その事実を報告す
ることが求められている。
その他の記載内容に関して、当監査法人が報告すべき事項はない。
財務諸表に対する経営者及び監査等委員会の責任
経営者の責任は、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠して財務諸表を作成し適正に表示
することにある。これには、不正又は誤謬による重要な虚偽表示のない財務諸表を作成し適正に表示するために経営者が
必要と判断した内部統制を整備及び運用することが含まれる。
財務諸表を作成するに当たり、経営者は、継続企業の前提に基づき財務諸表を作成することが適切であるかどうかを評
価し、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に基づいて継続企業に関する事項を開示する必要があ
る場合には当該事項を開示する責任がある。
監査等委員会の責任は、財務報告プロセスの整備及び運用における取締役の職務の執行を監視することにある。
財務諸表監査における監査人の責任
監査人の責任は、監査人が実施した監査に基づいて、全体としての財務諸表に不正又は誤謬による重要な虚偽表示がな
いかどうかについて合理的な保証を得て、監査報告書において独立の立場から財務諸表に対する意見を表明することにあ
る。虚偽表示は、不正又は誤謬により発生する可能性があり、個別に又は集計すると、財務諸表の利用者の意思決定に影
響を与えると合理的に見込まれる場合に、重要性があると判断される。
26/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
監査人は、我が国において一般に公正妥当と認められる監査の基準に従って、監査の過程を通じて、職業的専門家とし
ての判断を行い、職業的懐疑心を保持して以下を実施する。
・ 不正又は誤謬による重要な虚偽表示リスクを識別し、評価する。また、重要な虚偽表示リスクに対応した監査手続を
立案し、実施する。監査手続の選択及び適用は監査人の判断による。さらに、意見表明の基礎となる十分かつ適切な
監査証拠を入手する。
・ 財務諸表監査の目的は、内部統制の有効性について意見表明するためのものではないが、監査人は、リスク評価の実
施に際して、状況に応じた適切な監査手続を立案するために、監査に関連する内部統制を検討する。
・ 経営者が採用した会計方針及びその適用方法の適切性、並びに経営者によって行われた会計上の見積りの合理性及び
関連する注記事項の妥当性を評価する。
・ 経営者が継続企業を前提として財務諸表を作成することが適切であるかどうか、また、入手した監査証拠に基づき、
継続企業の前提に重要な疑義を生じさせるような事象又は状況に関して重要な不確実性が認められるかどうか結論付
ける。継続企業の前提に関する重要な不確実性が認められる場合は、監査報告書において財務諸表の注記事項に注意
を喚起すること、又は重要な不確実性に関する財務諸表の注記事項が適切でない場合は、財務諸表に対して除外事項
付意見を表明することが求められている。監査人の結論は、監査報告書日までに入手した監査証拠に基づいている
が、将来の事象や状況により、企業は継続企業として存続できなくなる可能性がある。
・ 財務諸表の表示及び注記事項が、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠しているかどう
かとともに、関連する注記事項を含めた財務諸表の表示、構成及び内容、並びに財務諸表が基礎となる取引や会計事
象を適正に表示しているかどうかを評価する。
監査人は、監査等委員会に対して、計画した監査の範囲とその実施時期、監査の実施過程で識別した内部統制の重要な
不備を含む監査上の重要な発見事項、及び監査の基準で求められているその他の事項について報告を行う。
監査人は、監査等委員会に対して、独立性についての我が国における職業倫理に関する規定を遵守したこと、並びに監
査人の独立性に影響を与えると合理的に考えられる事項、及び阻害要因を除去又は軽減するためにセーフガードを講じて
いる場合はその内容について報告を行う。
監査人は、監査等委員会と協議した事項のうち、当事業年度の財務諸表の監査で特に重要であると判断した事項を監査
上の主要な検討事項と決定し、監査報告書において記載する。ただし、法令等により当該事項の公表が禁止されている場
合や、極めて限定的ではあるが、監査報告書において報告することにより生じる不利益が公共の利益を上回ると合理的に
見込まれるため、監査人が報告すべきでないと判断した場合は、当該事項を記載しない。
利害関係
会社と当監査法人又は業務執行社員との間には、公認会計士法の規定により記載すべき利害関係はない。
以 上
（注）１ 上記は監査報告書の原本に記載された事項を電子化したものであり、その原本は当社(有価証券報告書提出
会社)が別途保管しております。
２ XBRLデータは監査の対象には含まれていません。
27/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
独立監査人の四半期レビュー報告書
2024年２月13日
株式会社ペルセウスプロテオミクス
取締役会 御中
有限責任 あずさ監査法人
東京事務所
指定有限責任社員
公認会計士
岡野 隆樹
業務執行社員
指定有限責任社員
公認会計士
岡本 悠甫
業務執行社員
監査人の結論
当監査法人は、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づき、「経理の状況」に掲げられている株式会社ペルセ
ウスプロテオミクスの2023年４月１日から2024年３月31日までの第24期事業年度の第３四半期会計期間（2023年10月１日
から2023年12月31日まで）及び第３四半期累計期間（2023年４月１日から2023年12月31日まで）に係る四半期財務諸表、
すなわち、四半期貸借対照表、四半期損益計算書及び注記について四半期レビューを行った。
当監査法人が実施した四半期レビューにおいて、上記の四半期財務諸表が、我が国において一般に公正妥当と認められ
る四半期財務諸表の作成基準に準拠して、株式会社ペルセウスプロテオミクスの2023年12月31日現在の財政状態及び同日
をもって終了する第３四半期累計期間の経営成績を適正に表示していないと信じさせる事項が全ての重要な点において認
められなかった。
監査人の結論の根拠
当監査法人は、我が国において一般に公正妥当と認められる四半期レビューの基準に準拠して四半期レビューを行っ
た。四半期レビューの基準における当監査法人の責任は、「四半期財務諸表の四半期レビューにおける監査人の責任」に
記載されている。当監査法人は、我が国における職業倫理に関する規定に従って、会社から独立しており、また、監査人
としてのその他の倫理上の責任を果たしている。当監査法人は、結論の表明の基礎となる証拠を入手したと判断してい
る。
四半期財務諸表に対する経営者及び監査等委員会の責任
経営者の責任は、我が国において一般に公正妥当と認められる四半期財務諸表の作成基準に準拠して四半期財務諸表を
作成し適正に表示することにある。これには、不正又は誤謬による重要な虚偽表示のない四半期財務諸表を作成し適正に
表示するために経営者が必要と判断した内部統制を整備及び運用することが含まれる。
四半期財務諸表を作成するに当たり、経営者は、継続企業の前提に基づき四半期財務諸表を作成することが適切である
かどうかを評価し、我が国において一般に公正妥当と認められる四半期財務諸表の作成基準に基づいて継続企業に関する
事項を開示する必要がある場合には当該事項を開示する責任がある。
監査等委員会の責任は、財務報告プロセスの整備及び運用における取締役の職務の執行を監視することにある。
四半期財務諸表の四半期レビューにおける監査人の責任
監査人の責任は、監査人が実施した四半期レビューに基づいて、四半期レビュー報告書において独立の立場から四半期
財務諸表に対する結論を表明することにある。
28/29
EDINET提出書類
株式会社ペルセウスプロテオミクス(E35510)
有価証券届出書（組込方式）
監査人は、我が国において一般に公正妥当と認められる四半期レビューの基準に従って、四半期レビューの過程を通じ
て、職業的専門家としての判断を行い、職業的懐疑心を保持して以下を実施する。
・主として経営者、財務及び会計に関する事項に責任を有する者等に対する質問、分析的手続その他の四半期レビュー手
続を実施する。四半期レビュー手続は、我が国において一般に公正妥当と認められる監査の基準に準拠して実施される年
度の財務諸表の監査に比べて限定された手続である。
・継続企業の前提に関する事項について、重要な疑義を生じさせるような事象又は状況に関して重要な不確実性が認めら
れると判断した場合には、入手した証拠に基づき、四半期財務諸表において、我が国において一般に公正妥当と認められ
る四半期財務諸表の作成基準に準拠して、適正に表示されていないと信じさせる事項が認められないかどうか結論付け
る。また、継続企業の前提に関する重要な不確実性が認められる場合は、四半期レビュー報告書において四半期財務諸表
の注記事項に注意を喚起すること、又は重要な不確実性に関する四半期財務諸表の注記事項が適切でない場合は、四半期
財務諸表に対して限定付結論又は否定的結論を表明することが求められている。監査人の結論は、四半期レビュー報告書
日までに入手した証拠に基づいているが、将来の事象や状況により、企業は継続企業として存続できなくなる可能性があ
る。
・四半期財務諸表の表示及び注記事項が、我が国において一般に公正妥当と認められる四半期財務諸表の作成基準に準拠
していないと信じさせる事項が認められないかどうかとともに、関連する注記事項を含めた四半期財務諸表の表示、構成
及び内容、並びに四半期財務諸表が基礎となる取引や会計事象を適正に表示していないと信じさせる事項が認められない
かどうかを評価する。
監査人は、監査等委員会に対して、計画した四半期レビューの範囲とその実施時期、四半期レビュー上の重要な発見事
項について報告を行う。
監査人は、監査等委員会に対して、独立性についての我が国における職業倫理に関する規定を遵守したこと、並びに監
査人の独立性に影響を与えると合理的に考えられる事項、及び阻害要因を除去するための対応策を講じている場合又は阻
害要因を許容可能な水準にまで軽減するためのセーフガードを適用している場合はその内容について報告を行う。
利害関係
会社と当監査法人又は業務執行社員との間には、公認会計士法の規定により記載すべき利害関係はない。
以 上
（注）１．上記の四半期レビュー報告書の原本は当社（四半期報告書提出会社）が別途保管しております。
２．XBRLデータは四半期レビューの対象には含まれていません。
29/29
