ペプチドリーム株式会社 有価証券報告書 第17期(2022/01/01－2022/12/31)
| 提出書類 | 有価証券報告書-第17期(2022/01/01－2022/12/31) |
|---|---|
| 提出日 | |
| 提出者 | ペプチドリーム株式会社 |
| カテゴリ | 有価証券報告書 |
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
【表紙】
【提出書類】 有価証券報告書
【根拠条文】 金融商品取引法第24条第１項
【提出先】 関東財務局長
【提出日】 2023年３月30日
【事業年度】 第17期(自 2022年１月１日 至 2022年12月31日)
【会社名】 ペプチドリーム株式会社
【英訳名】 PeptiDream Inc.
【代表者の役職氏名】 代表取締役社長CEO リード・パトリック
【本店の所在の場所】 神奈川県川崎市川崎区殿町三丁目25番23号
【電話番号】 044-270-1300
【事務連絡者氏名】 IR広報部ディレクター 沖本 優子
【最寄りの連絡場所】 神奈川県川崎市川崎区殿町三丁目25番23号
【電話番号】 044-223-6612
【事務連絡者氏名】 IR広報部ディレクター 沖本 優子
【縦覧に供する場所】 株式会社東京証券取引所
(東京都中央区日本橋兜町２番１号)
1/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
第一部 【企業情報】
第１ 【企業の概況】
１ 【主要な経営指標等の推移】
(1) 連結経営指標等
国際会計基準
回次
移行日 第16期 第17期
決算年月 2021年１月１日 2021年12月 2022年12月
売上収益 (千円) － 9,422,214 26,852,430
税引前利益 (千円) － 3,803,764 6,653,325
親会社の所有者に帰属
(千円) － 2,573,232 7,554,358
する当期利益
親会社の所有者に帰属
(千円) － 3,546,177 6,606,348
する当期包括利益
親会社の所有者に帰属
(千円) 21,278,808 25,350,250 32,041,465
する持分
総資産額 (千円) 26,140,976 27,034,596 63,865,200
１株当たり親会社
(円) 168.10 195.10 246.63
所有者帰属持分
基本的１株当たり
(円) － 19.96 58.19
当期利益
希薄化後１株当たり
(円) － 19.81 58.14
当期利益
親会社所有者帰属持分
(％) 81.4 93.8 50.2
比率
親会社所有者帰属持分
(％) － 11.0 26.3
利益率
株価収益率 (倍) － 127.51 35.69
営業活動による
(千円) － 6,654,708 △ 82,929
キャッシュ・フロー
投資活動による
(千円) － △ 2,283,450 △ 27,377,217
キャッシュ・フロー
財務活動による
(千円) － 66,067 20,789,451
キャッシュ・フロー
現金及び現金同等物
(千円) 7,149,358 11,746,529 5,247,665
の期末残高
従業員数 (名) 128 141 569
(注) １．第17期より国際会計基準(以下「IFRS」という。)に基づいて連結財務諸表を作成しております。
2/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
日本基準
回次
第17期
決算年月 2022年12月
売上高 (千円) 26,852,430
経常利益 (千円) 8,087,436
親会社株主に帰属する
(千円) 6,637,884
当期純利益
包括利益 (千円) 6,613,242
純資産額 (千円) 30,506,085
総資産額 (千円) 60,069,755
１株当たり純資産額 (円) 234.80
１株当たり当期純利益 (円) 51.13
潜在株式調整後
(円) －
１株当たり当期純利益
自己資本比率 (％) 50.5
自己資本利益率 (％) 24.4
株価収益率 (倍) 40.62
営業活動による
(千円) △ 349,698
キャッシュ・フロー
投資活動による
(千円) △ 27,328,029
キャッシュ・フロー
財務活動による
(千円) 21,007,032
キャッシュ・フロー
現金及び現金同等物
(千円) 5,247,665
の期末残高
従業員数 (名) 569
(注) １．第17期より連結財務諸表を作成しているため、それ以前については記載しておりません。
２．第17期の諸数値につきましては、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づく監査を受けておりませ
ん。
3/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(2) 提出会社の経営指標等
回次 第12期 第13期 第14期 第15期 第16期 第17期
決算年月 2018年６月 2019年６月 2019年12月 2020年12月 2021年12月 2022年12月
売上高 (千円) 6,426,891 7,216,622 1,037,337 11,677,253 9,365,964 15,406,109
経常利益又は経常損失(△) (千円) 3,154,489 3,806,852 △ 706,537 6,976,277 4,774,477 8,828,041
当期純利益又は当期純損失
(千円) 2,335,216 2,770,141 △ 488,464 4,448,357 3,606,407 4,298,050
(△)
持分法を適用した場合の
(千円) △ 26,152 △ 96,756 △ 140,711 △ 729,057 △ 470,053 －
投資損失(△)
資本金 (千円) 3,915,983 3,930,541 3,930,541 3,933,885 3,956,738 3,956,738
発行済株式総数 (株) 122,714,400 125,310,400 125,310,400 125,910,400 130,010,400 130,010,400
純資産額 (千円) 14,708,715 17,449,054 16,978,289 21,217,004 24,998,595 29,425,266
総資産額 (千円) 16,502,264 20,040,205 17,817,340 26,266,729 26,619,168 55,234,956
１株当たり純資産額 (円) 119.31 138.73 134.97 168.10 192.39 226.48
－ － － － － －
１株当たり配当額
(円)
(１株当たり中間配当額)
（ －） ( －) ( －) ( －) ( －) ( －)
１株当たり当期純利益金額
又は１株当たり当期純損失 (円) 19.35 22.42 △ 3.90 35.40 27.98 33.11
金額(△)
潜在株式調整後
(円) 17.79 21.33 － 34.26 27.78 －
１株当たり当期純利益金額
自己資本比率 (％) 88.6 86.6 94.8 80.5 93.8 53.2
自己資本利益率 (％) 17.4 17.3 － 23.4 15.6 15.8
株価収益率 (倍) 238.24 245.76 － 148.02 90.96 62.73
配当性向 (％) － － － － － －
営業活動による
(千円) 1,022,716 4,480,938 241,982 1,732,733 6,654,708 －
キャッシュ・フロー
投資活動による
(千円) △ 4,245,393 △ 1,258,726 △ 138,251 △ 1,200,025 △ 2,283,450 －
キャッシュ・フロー
財務活動による
(千円) 170,287 28,508 － △ 237,244 66,067 －
キャッシュ・フロー
現金及び現金同等物の
(千円) 3,505,349 6,853,150 6,986,722 7,149,358 11,746,529 －
期末残高
従業員数 (名) 83 104 107 128 141 155
株主総利回り (％) 129.7 155.0 157.5 147.4 71.6 58.4
(比較指標：TOPIX(配当込
(％) ( 109.7 ) ( 100.6 ) ( 113.0 ) ( 121.3 ) ( 136.8 ) ( 133.4 )
み))
最高株価 (円) 5,780 6,200 6,240 5,760 6,540 2,613
最低株価 (円) 3,065 3,290 4,585 3,165 2,445 1,204
4/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(注) １．第14期の潜在株式調整後１株当たり当期純利益及び自己資本利益率並びに株価収益率については、１株当た
り当期純損失であるため記載しておりません。
２．１株当たり当期純利益金額及び潜在株式調整後１株当たり当期純利益金額の算定上の基礎となる普通株式の
期中平均株式については、株式会社日本カストディ銀行（信託Ｅ口）が所有する当社株式を控除対象の自己
株式に含めて算出しております。また、１株当たり純資産額の算定においては、期末発行済株式総数から控
除する自己株式数に含めて算出しております。
３．従業員数は、就業人数であり、使用人兼務役員は含まれておりません。
４．最高株価及び最低株価は、2022年４月３日以前は東京証券取引所第一部におけるものであり、2022年４月４
日以降は東京証券取引所プライム市場におけるものであります。
５．2019年９月26日開催の第13期定時株主総会決議により、事業年度の末日を６月30日から12月31日に変更いた
しました。従って、第14期は2019年７月１日から2019年12月31日の６ヶ月間となっております。
６．第17期より連結財務諸表を作成しているため、第17期の持分法を適用した場合の投資損失、営業活動による
キャッシュ・フロー、投資活動によるキャッシュ・フロー、財務活動によるキャッシュ・フロー及び現金及
び現金同等物の期末残高は記載しておりません。
２ 【沿革】
当社は、2006年７月に国立大学法人東京大学駒場リサーチキャンパス内にある東京大学先端科学技術研究センター
（国際・産学共同研究センター）にて設立されました。当社は国立大学法人東京大学よりペプチドの創薬プラット
フォームシステムであるPDPS（Peptide Discovery Platform System）を構成するコア特許ポートフォリオの包括的な
第三者へのサブライセンス権付き独占実施許諾権を取得し、さらに当社内で技術改良及びノウハウの蓄積を進め、ペ
プチド創薬のスタンダード技術であるPDPSを確立してまいりました。当社ではこの当社独自のPDPSを活用し、自社あ
るいはパートナーとの共同研究等を通じて革新的医薬品の研究開発を進めております。また、2022年３月には放射性
医薬品事業を実施するPDRファーマ株式会社を子会社化し、創薬開発事業及び放射性医薬品事業の二つのセグメントで
事業を実施しております。当社グループでは、「医療のあり方や患者さんの人生に変革をもたらす次世代医薬品の創
出」をミッションとして全世界の病気で苦しんでいる方に「ありがとう」と言ってもらえる仕事に取り組んでまいり
ます。
当社設立以後の主な変遷は、以下のとおりです。
年月 概要
菅裕明（フレキシザイム技術の開発者であり、国立大学法人東京大学教授）、窪田規一（元当社
2006年７月 取締役会長）を創業者として、東京都千代田区にて当社設立（ラボは東京大学先端科学技術研究
センター内）
国立大学法人東京大学とフレキシザイムを中心とした包括的な第三者へのサブライセンス権付き
2006年12月
独占実施・許諾権を取得
ニューヨーク州立大学とフレキシザイム開発に係る基本特許に関して第三者へのサブライセンス
2007年５月
権付き独占実施・許諾権を取得
2009年３月 本社を東京都目黒区（東京大学先端科学技術研究センター内）に移転
本社及びラボ機能を東京都目黒区（国立大学法人東京大学駒場リサーチキャンパスKOL内）に移
2010年４月
転
当社独自の基盤技術である創薬開発プラットフォームシステム（PDPS: Peptide Discovery
Platform System）の確立、及びPDPSを用いた初期の創薬共同研究開発プログラムとして、
2010年10月
Bristol-Myers Squibb社と創薬開発に関する共同研究開発契約を締結
2013年６月
株式会社東京証券取引所マザーズ市場に上場
2015年12月
東京証券取引所市場第一部に市場変更
本社及び研究所を東京都目黒区（国立大学法人東京大学駒場リサーチキャンパスKOL内）から神
2017年７月
奈川県川崎市殿町にある国際戦略拠点「キングスカイフロント」内の新社屋に移転
創業メンバーの一人としてPDPSの基盤技術の確立、及び製薬企業との各種研究開発プログラムを
2017年９月
CSO（チーフ・サイエンス・オフィサー）として統括してきたリード・パトリックが代表取締役
社長に就任
塩野義製薬株式会社及び積水化学工業株式会社と合弁で特殊ペプチド原薬の製造プロセスに関す
2017年９月
る研究開発、製造及び販売を行うCDMO（Contract Development and Manufacturing
Organization：医薬品開発製造受託機関）、ペプチスター株式会社を設立
三菱商事株式会社と細胞培養向け培地の重要成分である、成長因子を代替するペプチドの開発、
2020年４月
製造及び販売を行う合弁会社、ペプチグロース株式会社を設立
富士通株式会社、みずほキャピタル株式会社、株式会社竹中工務店及びキシダ化学株式会社と新
2020年11月
型コロナウイルス感染症治療薬の開発を目的とした合弁会社、ペプチエイド株式会社を設立
2022年３月
放射性医薬品事業を実施するPDRファーマ株式会社（現 連結子会社）の株式を取得
2022年４月
東京証券取引所の市場区分見直しに伴い、東京証券取引所市場第一部からプライム市場に移行
5/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
３ 【事業の内容】
(1) 事業概要
当社グループは、当社独自の創薬開発プラットフォームシステム（*１）であるPDPS（Peptide Discovery Platform
System）を活用した創薬開発事業、及び当社の100%子会社であるPDRファーマ株式会社（以下 PDRファーマ）による放
射性医薬品事業を実施しております。
当社事業の系統図は、以下のとおりです。なお、当連結会計年度より、報告セグメントの区分を変更しており、当
社グループのセグメントは創薬開発事業と放射性医薬品事業の２つのセグメントになります。詳細は、「第５ 経理
の状況 １ 連結財務諸表等 （1）連結財務諸表 ⑥連結財務諸表注記 ５．セグメント情報」をご参照ください。
＜事業系統図＞ ※当社見解に基づく/当社作成
(注) 当社の各種売上金の詳細については後述「(3) 当社のビジネスモデルについて」に記載のとおりであります。
創薬開発事業において当社は、特殊環状ペプチド（*２）を基にした医薬品開発を中核とした事業を展開しておりま
す。「特殊環状ペプチド」とは、当社の造語であり、生体内タンパク質を構成する20種類のL体のアミノ酸だけではな
く、天然には存在しないD体のアミノ酸やN-メチルアミノ酸等の特殊なアミノ酸（非天然アミノ酸、*３）を含んだ特
殊なペプチドを環状構造にしたものです。当社では、創薬に適していると考えられるこの特殊環状ペプチドから医薬
品を創製することを主たる事業としております。当社は、PDPSを活用しターゲット（標的分子）に対して高い結合能
を持つ特殊環状ペプチドを短期間でスクリーニング（*４）し、得られた化合物の最適化を行い臨床試験に進めるため
の体制を整備しております。
当社の創薬開発事業における事業概要は、以下のとおりであります。(A)創薬共同研究開発：当社と製薬企業との間
で創薬共同研究開発契約に基づき製薬企業の興味のあるターゲットに対する共同研究開発を実施します。当社では、
PDPSを活用して多様性のある特殊環状ペプチドライブラリーを作製し、ターゲットに対して高い結合能を持つ特殊環
状ペプチドを製薬企業に提供します。その後製薬企業が提供した特殊環状ペプチドの創薬開発を進め、当社は契約一
時金に加え製薬企業の創薬開発・販売の進捗に応じて、マイルストーンフィーやロイヤルティー等の対価を受領する
ことができます。(B)PDPS技術ライセンス：製薬企業からのPDPSを当該製薬企業内で実施したいとの要望に応じ、当社
6/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
では研究開発コラボレーションの一環として、PDPS技術の非独占的な実施許諾（技術ライセンス契約、*５）を行って
おります。実施許諾契約の締結に伴い、当社は技術ライセンス料（契約一時金）を受け取ることになるほか、PDPSを
用 いることで創製された医薬品候補化合物について設定されたマイルストーンフィー及び上市後の売上高に応じたロ
イヤルティーを受け取ることができます。(C)戦略的提携による自社パイプラインの拡充(戦略的提携/自社創薬)：当
社は、自社で設定したターゲットに対する医薬品候補化合物に関するプログラムを複数有しており、これらの研究開
発を進めています。また、世界中の特別な技術を有する製薬企業やバイオベンチャー企業、アカデミア等の研究機関
と戦略的提携を実施し、自社又は共同での研究開発を推進しております。
放射性医薬品事業における事業概要は、PDRファーマを通じて国内において放射性医薬品等の研究・開発・製造・販
売を行っております。現在、PDRファーマでは放射性診断薬として、22品目のSPECT（Single Photon Emission
Computed Tomography）製剤と、２品目のPET（Positron Emission Tomography）製剤、及び８品目（３製品カテゴ
リー）の放射性治療薬を販売しております。また、放射性診断薬の画像読影の支援を目的とした画像解析ソフトウェ
アの開発・提供も行っております。
(2) 当社の技術について
① ペプチド医薬品について
一般的にペプチド（*６）とは、２個～50個の天然アミノ酸がペプチド（アミド）結合によりつながった化合物の総
称です。生体内の様々な場所で多種類のペプチドが造られており、それらはホルモンや各種伝達物質として生体維持
（筋肉の弛緩、血管の拡張、胃酸の分泌、自律神経の制御等）にとって不可欠なものとして働いており、古くから研
究対象とされております。“ペプチド医薬品”としては、1980年代にインスリンが遺伝子組み換え技術により大腸菌
もしくは酵母から製造され、糖尿病治療に使用され始め、その後も、心不全治療薬や前立腺癌治療薬としてペプチド
医薬品が承認され使用されております。
一方で、19世紀には植物等から単離・精製されたアルカロイド類の中から、分子量が500以下の小さな“低分子医薬
品”が使用され始め、1899年に現在でも使用され続けている消炎鎮痛薬アスピリンが市販されました。その後も多く
の低分子医薬品が様々な形で研究開発され、一時期は医薬品市場全体の９割近くを占め、現在においても約５割を占
める医薬品カテゴリーとなっております。
また“抗体医薬品”は1980年ころから技術革新が急速に進み、1990年代にいくつかの大型新薬が上市され、爆発的
に医薬品市場を開拓してまいりました。2020年代に入って、抗体医薬品は医薬品市場全体の２割強を占めるまで成長
しております。
低分子医薬品と抗体医薬品は、多くの項目（活性・特異性、体内動態、血液脳関門BBB通過の可能性、経口投与への
可能性、細胞内ターゲットへの可能性、製造コスト等)で顕著な違いがあり、それぞれの優れた特徴が活かせる疾患領
域への開発が進められております。
一方、2000年以降は分子量が低分子医薬品より大きく、抗体医薬品より小さいペプチド医薬品と核酸医薬品が“中
分子医薬品”と定義され、様々な技術革新と共に多くの製品が上市され始め、次世代創薬の中心的存在になるものと
考えられております。古典的ペプチド医薬品は、低分子・抗体と同じターゲットタンパク質に結合することを想定し
た場合、２つのモダリティと比較して活性・特異性などに大きな優位性はなく、さらに体内動態や経口投与の可能性
が無いなどの弱点も存在します。一方で、古典的ペプチド医薬品が有する数多くの弱点を克服可能とする“ペプチド
医薬品”を創製できれば、低分子医薬品では狙うことが困難なターゲットタンパク質への創薬が可能となり、さらに
抗体医薬品でしか狙うことが出来なかったターゲットタンパク質に対して、より小さな“ペプチド医薬品”により、
抗体医薬品では不可能な経口投与薬開発の可能性も生まれます。
そのような次世代型のペプチド医薬品として、当社では“環状ペプチド・特殊環状ペプチド”に注目しておりま
す。一般に、20残基以内のアミノ酸がリング状に連なった“環状ペプチド”は、同じ残基を有する“鎖状”のペプチ
ドと比較して、構造のフレキシビリティーが低減されることで、活性や特異性が向上するだけでなく、生体内安定性
が著しく高く、優れた体内動態を示すことが分かっています。さらに天然に存在するアミノ酸20種類だけでなく、そ
の光学異性体や側鎖修飾を施した“非天然型アミノ酸”を組み込むことで、医薬品研究開発で必要となるあらゆる物
性調整が可能となります。
特殊環状ペプチドは低分子医薬品、抗体医薬品と比較して素晴らしい特性があると当社では考えております。例え
ば、低分子医薬品は分子量が相対的に小さく細胞内標的を含めターゲットの多様性が優位点である一方、ターゲット
に対する結合力や特異性が劣り、ターゲット以外の分子に結合してしまうことなどにより副作用を引き起こしてしま
うリスクが相対的に高いことが問題点となります。
抗体医薬品は、低分子医薬品に比べて分子量が非常に大きいため、細胞外ターゲットしか対象にできず、その多様
性は低いものの、ターゲットに対する結合力や特異性に優れていることが優位点と考えられます。しかし、その分子
7/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
量の大きさゆえに細胞内のターゲットに対応できないこと、経口投与ができないこと、生体内で免疫反応を惹起して
しまう（生体が異物と判断してしまう）リスクが相対的に高いこと等の問題点が存在します。
低分子医薬品や抗体医薬品に比べて、特殊環状ペプチドは、分子量で評価すると低分子医薬品よりやや大きい程度
であることや、前述の物質的な特性から、従来の低分子医薬品や抗体医薬品の問題点を低減しながら、同時に双方の
優位点を実現できる可能性があります。
環状ペプチドの医薬品は過去20年で約20種類以上が上市されていますが、そのターゲット領域は内分泌や心血管に
関する疾患や抗生物質等が中心であり、ほとんどは天然（体内のホルモンや菌類・動物・植物由来）の環状ペプチド
を最適化したもの、もしくは最適化の過程で非天然アミノ酸を使用しているものです。当社は、そのようなベースと
なるペプチドが存在しないターゲットに対してもペプチドの薬を開発することができることが強みであり、これによ
り一気にペプチド創薬の可能性が広がると考えております。
② 当社の研究開発体制について
a. 当社における創薬研究開発技術の全体像
当社は設立以来、継続して研究開発機能を拡張してまいりました。設立当初はPDPSによるヒット化合物の取得に
フォーカスしておりましたが、タンパク質の調整、ペプチド合成/精製/QC、メディシナルケミストリー、In silicoモ
デリング及びインフォマティクス、タンパク質と化合物の共結晶化とその立体構造解析、薬物動態等の前臨床研究の
ほとんどの部分を自社で行える体制を構築いたしました。これにより従来と比べ多くのプロジェクトを同時進行させ
ることができるようになり、それぞれの創薬共同研究開発パートナーが求める高いレベルでの研究開発作業が行える
ようになりました。
＜当社の研究開発機能＞ ※当社見解に基づく/当社作成＞
さらにPDPSの自動化プラットフォームを構築したことにより、手作業で行っていた時と比較して飛躍的に作業の効率
化が図れました。特にヒットペプチド探索の際に、多種多様な条件（ターゲットタンパク質の種類、温度、アミノ酸
の種類等々）を一度に、しかも正確に実施することが容易になり、結果として確実に種々のヒットペプチドを見出す
ことができます。直近では、自社での臨床開発の実施まで視野に入れたin-houseプログラムの開発のため、研究と開
発をつなぐトランスレーショナルリサーチ機能も強化しております。
8/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
b. PDPSについて
PDPSは当社独自のペプチド創薬技術であり、以下のような特長を持つことから特殊環状ペプチドのヒット化合物を
早く、高い成功確率で見出すことができるという利点がございます。
PDPSの3つの特長
1. 数兆種類以上の特殊環状ペプチドのライブラリーへのアクセスが可能
PDPSを用いて数兆種類以上という非常に高い多様性を持つ特殊環状ペプチドのライブラリーを作製することが可能
です。PDPSの特徴は、ランダムDNAライブラリーを用いた無細胞系転写/翻訳システムであるという点と、ペプチドの
構成要素であるアミノ酸として天然アミノ酸だけでなく非天然アミノ酸も組み込めるという点です。ペプチドはそれ
ぞれ対応したmRNA/CDAタグによりバーコード化されており、迅速に配列を同定することができます。
2. 高い確率でのターゲット結合
ペプチドライブラリーを用いて、目的とする生体内のターゲットに対するスクリーニング、目的外のターゲットに
対するカウンタースクリーニングが実施され、高い結合性と選択性を持つヒットペプチドを取得します。ペプチドに
付加された「バーコード」により、セレクションサイクルを何回も実施することでヒットペプチドを増幅し、その配
列を迅速に同定することが可能です。PDPSはペプチドの最適化やヒット化合物の評価にも使うことができ、創薬のプ
ロセスを飛躍的に加速することができます。
3. 進化し続けるプラットフォーム
当社では常にPDPSの技術の改善・向上を行っています。ペプチドの構成要素であるアミノ酸の種類を増やすことで
より高い多様性を持たせたことや、自動化プロセスを開発したことでより安定的な結果が得られるようになったこと
などが挙げられます。さらに高品質なペプチドライブラリーの設計を行うためのin silico解析システムの開発を行う
等、当社は常にペプチド創薬の最先端の技術を産み出しています。
c. PDPSを起点とした3つの創薬アプローチ
当社では上述のPDPSによりターゲットタンパク質に対して高い結合性・特異性を有する特殊環状ペプチド（ヒット
化合物）を同定した後、大きく分けて3つの創薬アプローチ（①ペプチド医薬品／低分子医薬品、②ペプチド薬物複合
体（PDC：Peptide Drug Conjugate、*８）医薬品、③多機能ペプチド複合体（MPC：Multi-functional Peptide
Conjugate、*９）医薬品による創薬研究開発を行っております。
9/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
1. ペプチド医薬品／低分子医薬品
取得したヒットペプチドを出発点に、医薬品として求められる各種要件（生物活性、選択性、投与形態に沿った製
剤、体内薬物動態等）を最適化し、ペプチド医薬品候補化合物へ仕上げるのが当社の基本的なアプローチとなりま
す。その最適化においては、タンパク質Ｘ線結晶構造解析（*10）やクライオ電子顕微鏡などを用いてペプチドとター
ゲットタンパク質の複合体の立体構造解析を行い、抗体と同程度の生物活性や選択性を付与するのに最適な非天然型
アミノ酸の組み込みや薬物動態のコントロールを行います。最近の研究により、以前には困難と言われていた経口投
与可能な特殊環状ペプチドの創製も可能であることがわかってきました。また、特殊環状ペプチドの経口投与化が難
しい場合でも、得られた複合体の立体構造情報を基にin silicoモデリングや計算化学的手法等も活用し低分子化する
ことで、経口剤としての開発も可能になります。
2. PDC医薬品
①（ペプチド医薬品／低分子医薬品）とは異なり、取得したターゲットタンパク質に対して高い結合性・特異性を
有するペプチドに薬効を求めず、薬効を有する各種ペイロード（放射性核種、核酸、低分子、毒性化合物等）を、目
的の組織/細胞に選択的に送達させる（＝キャリアーペプチド）というコンセプトの医薬品です。この場合、キャリ
アーペプチドには高い結合性・特異性及び体内動態の調整が求められ、ペプチドはそれらの調整が容易なことがわ
かっています。PDC医薬品は薬効成分であるペイロードを直接体内に入れた場合に、1）目的の組織/細胞に届く前に代
謝・排泄を受けやすい、2）目的の組織/細胞以外に届くと毒性発現する等の様々な理由から、何かしらのキャリアー
を必要としているケースなどが考えられます。同様のコンセプトで抗体をキャリアーとして用い、毒性化合物等を選
択的に送達する抗体薬物複合体（ADC：Antibody Drug Conjugate）が先行して複数開発・承認されていますが、ペプ
チドをキャリアーとすることでPDCならではの特性（体内動態のコントロールが容易、免疫原性の低減が図れる、ペイ
ロードの種類を問わず複合体化・製造が比較的容易である等）を有しており、注目されている次世代の創薬アプロー
チです。
当社では、RI-PDC、核酸PDC、Cytotoxic-PDCなど各種ペイロードに対するPDC医薬品を開発しております。
3. MPC医薬品
複数の異なるターゲットタンパク質（異なるメカニズム）に対して、それぞれ薬効が異なるペプチド同士を結合
し、複数の薬効を１分子（１つの薬剤）で表現する医薬品となります。化学合成的に複数の異なるペプチドを結合し
複合体を得る手法は既に開発されており、多種多様なMPC医薬品を容易に展開することが可能となっております。これ
により、複数の医薬品をそれぞれ開発し、それらを合わせて投与するカクテル療法などを適用することに対してハー
ドルが高かった治療分野において、１剤で複数の薬効を有するMPC医薬品を置き換えることが可能となります。同様の
コンセプトに二重特異性抗体（bispecific抗体）や多重特異的抗体があり、近年はがんやがん免疫の分野での研究開
発競争が激化しています。
10/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
③ 知的財産権（特許等）について
当社は先端研究開発型製薬企業であり、知的財産権の開発、維持、発展は重要な経営課題と認識しております。
次の図は、当社の特許ポートフォリオ（*11）の概念図です。この図のように当社の特許ポートフォリオは、フレキ
シザイム技術開発に関わる特許をコアにして、周囲を取り囲むように関連する複数の特許・発明で固めることによ
り、特許（技術）が単独のものとして孤立することなく、特許ポートフォリオを同心円状に強化することが可能にな
りました。概念図中「ライブラリー特許」とあるのは、各種、特殊環状ペプチドライブラリーを作成する技術等を含
み、これらにより特殊環状ペプチドの可能性を拡大するとともにポートフォリオを強化することができます。ライブ
ラリーの発明は、今後、研究開発の進展によりさらに増加させていくことが可能と考えております。
概念図中「ノウハウ特許」とあるのは、特定の機能を持った特殊環状ペプチドをスクリーニングする技術ノウハウ
であり、各種機能を持ちうる特殊環状ペプチドを特定の機能に絞り込み、スクリーニングの段階で選別することが可
能になりました。
概念図中「物質特許」とあるのは、研究途上で発見された特殊環状ペプチドの物質特許（発明）であります。当社
の通常の共同研究活動では、特殊環状ペプチドの物質特許（発明）は、創薬開発権利金の支払いと引き換えに、クラ
イアントに対し提供されます。
ライブラリー特許（発明）、ノウハウ特許（発明）、物質特許（発明）に関しては随時権利化（出願）を進めてお
ります。
＜当社の特許ポートフォリオの概念図＞ ※当社見解に基づく/当社作成
11/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
PDPSの基盤技術となる特許・発明の詳細は次の表のとおりです。
＜当社の特許ポートフォリオ＞
発明の名称 出願人 出願国 出願・特許番号
US Patent 8,188,260 B2
米国（登録）
国立大学法
多目的アシル化触媒とその用途 EP Patent 1964916
欧州（登録）
人東京大学
特許第5119444号
日本（登録）
US Patent 8,557,542 B2
米国（登録）
N末端に非天然骨格をもつポリペプチドの翻訳合成と 国立大学法
EP Patent 2088202 B1
欧州（登録）
その応用 人東京大学
特許第5200241号
日本（登録）
US Patent 9,090,668 B2
EP Patent 2141175 B1
米国（登録）
国立大学法
環状ペプチド化合物の合成方法 欧州（登録） EP Patent 2990411 B1
人東京大学
日本（登録）
EP Patent 3012265 B1
特許第5605602号
US 20200199579 A1
米国（出願中）
EP Patent 2492344 B1
ペプチド翻訳合成におけるRAPIDディスプレイ法 当社 欧州（登録）
特許第5174971号
日本（登録）
特許第5837478号
US Patent 9,701,993 B2
米国（登録）
EP 2610348 A4
国立大学法 欧州（出願中)
新規人工翻訳合成系（FIT システム）
人東京大学 日本（登録）
特許第5725467号
中国（登録）
CN Patent 103189522 B
US Patent 9410148 B2
N-メチルアミノ酸及びその他の特殊アミノ酸を含む 米国（登録）
国立大学法
特殊ペプチド化合物ライブラリーの翻訳構築と活性 欧州（登録） EP Patent 2615455 B1
人東京大学
種探索法 日本（登録）
特許第5818237号
US Patent 10195578 B2
米国（登録）
ペプチドライブラリーの製造方法、ペプチドライブ 国立大学法
欧州（登録） EP Patent 2647720 B1
ラリー、及びスクリーニング方法 人東京大学
日本（登録）
特許第6206943号
US Patent 9657289 B2
米国（登録）
US Patent 10435439 B2
安定化された二次構造を有するペプチド、及びペプ 国立大学法 欧州（登録）
EP Patent 2647721 B1
チドライブラリー、それらの製造方法 人東京大学
日本（登録）
特許第6004399号
中国（登録）
CN Patent 103328648 B
US Patent 10711268 B2
米国（登録）
当社
ペプチドライブラリの製造方法、ペプチドライブラ
国立大学法
欧州（登録） EP Patent 2995683 B1
リ、及びスクリーニング方法
人東京大学
日本（登録）
特許第6440055号
US Patent 10234460 B2
米国（登録）
大環状ペプチド、その製造方法、及び大環状ペプチ 国立大学法
欧州（出願中) EP 3040417 A4
ドライブラリを用いるスクリーニング方法 人東京大学
日本（登録）
特許第6754997号
US Patent 10745692 B2
米国（登録）
当社
荷電性非タンパク質性アミノ酸含有ペプチドの製造
国立大学法
欧州（登録） EP Patent 3031915 B1
方法
人東京大学
日本（登録）
特許第6357154号
米国（出願中）
US 2020308572 A1
欧州（出願中）
EP 3699276 A1
Dアミノ酸の取り込みを増強するｔＲＮＡのＤ及びＴ 国立大学法
日本（登録）
アームの改変 人東京大学
特許第7079018号
シンガポール
SG 11202003483S A
（出願中）
米国（出願中）
WO2021/100833
欧州（出願中）
EP 4063377 A1
Ｎ－メチルアミノ酸の取り込みを増強するｔＲＮＡ 国立大学法
日本（出願中）
特開2021-78428
のＴステムの改変 人東京大学
シンガポール
SG 10202203885P
（出願中）
(注) 上図の「特許」には特許登録されているものと出願中のものがあります。
12/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(3) 当社のビジネスモデルについて
事業概要に記載のとおり、当社は創薬共同研究開発、PDPS技術ライセンス、戦略的提携/自社創薬、放射性医薬品の
研究・開発・製造・販売という複数のビジネスモデルを組み合わせることにより、リスクを分散し成功確率を高める
とともに創薬開発の早期から売上を生み出すことができると考えております。
各ビジネスモデルの収益源は下図のとおりです。
＜当社における各ビジネスモデルの収益源＞
創薬共同研究開発契約は、クライアントからターゲットを受領し、そのターゲットごとにプロジェクトを設定し、
順調に研究開発が進み一定のクライテリアを達成した場合「マイルストーンフィー」を受領する設計になっておりま
す。さらに、最終的に製品が上市された場合は製品売上金額に対して、一定の料率を乗じて得られる額を「売上ロイ
ヤルティー」として受領する権利を有しております。
PDPS技術ライセンスにおいては、クライアントにPDPS技術の非独占的な実施許諾を行い、その対価として「技術ラ
イセンス料（契約一時金）」を受領します。さらにクライアントがPDPSを用いることで創製された医薬品候補化合物
についてあらかじめ設定された「マイルストーンフィー」及び上市後の売上高に応じた「売上ロイヤルティー」を受
け取ることができます。
戦略的提携/自社創薬は自社又は自社と戦略的提携先と共同で研究開発活動を実施し、臨床開発及び事業化のために
製薬企業等にライセンスを行うことを目指します。
13/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
創薬開発事業における典型的な収益項目の例を下表に示します。
＜当社における一般的な研究開発の流れと各ステップで発生する可能性のある収益項目＞
PDPS
創薬共同研究開発 戦略的提携/自社創薬
技術ライセンス
契約一時金 〇 〇 〇
研究開発支援金 〇
非臨床マイルストーンフィー
ステップ１ 〇
ステップ２ 〇
ステップ３ 〇 〇
創薬開発権利金（又は知的財産譲
〇
渡）
臨床開発マイルストーンフィー
治験申請提出 〇 〇
第１相・臨床試験開始 〇 〇 〇
第２相・臨床試験開始 〇 〇 〇
第３相・臨床試験開始 〇 〇 〇
新薬承認申請提出 〇 〇 〇
米国にて新薬承認 〇 〇 〇
欧州にて新薬承認 〇 〇 〇
日本にて新薬承認 〇 〇 〇
売上ロイヤルティー 〇 〇 〇
販売マイルストーンフィー 〇 〇 〇
一方、放射性医薬品事業においては国内で販売している放射性医薬品の製品売上を主たるものとし、業務受託によ
るサービスフィーも受領しております。他社へのライセンスアウト製品が将来上市した際にはマイルストーン
フィー・売上ロイヤルティーを受領する権利を有しております。
14/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
＜用語解説＞
創薬開発プラットフォーム 創薬開発において、もととなる医薬品候補化合物を創出するための基盤とな
*１
システム る技術をシステムとして機能するようにしたもの。
天然の20種類のアミノ酸のみならず、特殊アミノ酸と呼ばれる天然アミノ酸
*２ 特殊環状ペプチド 以外のアミノ酸を組み込んだ、一般には６～20アミノ酸残基からなる環状構
造のペプチド。
*３ 非天然アミノ酸 20種類の天然アミノ酸以外のアミノ酸。
*４ スクリーニング 集団の中から探索条件にあうものを選択すること。
特許の実施権は独占的通常実施権と非独占的通常実施権があり、独占的通常
実施権は他社に実施権を付与しない旨の特約がついており、より強い効力を
*５ 実施許諾
持っている。加えて第三者サブライセンス権を持つことにより、最も強固な
特許契約となる。
アミノ酸が２つ以上結合してできた分子の総称。一般のペプチドは６～50ア
*６ ペプチド
ミノ酸残基からなり、さらに大きくなったものがタンパク質と呼称される。
タンパク・タンパク相互作 生体内のタンパク質分子間に起こる相互作用。PPIと呼ばれる。各種の生理作
*７
用 用が生じるため、PPI阻害剤など創薬ターゲットとして注目されている。
ペプチド-薬物複合体（Peptide Drug Conjugate）のことであり、ペプチドと
*８ PDC
薬理効果を持つ化合物を化学的に結合させた複合体。
複数の異なるターゲットタンパク質（異なるメカニズム）に対して、それぞ
*９ MPC れ得られた薬効が異なるペプチド同士を結合し、複数の薬効を１分子で発揮
できるペプチド複合体。
タンパク質Ｘ線結晶構造解 タンパク質の立体構造を解明するために、タンパク質を結晶化させ、Ｘ線を
*10
析 照射したことで得られる反射（回析という）データを基に解析する方法。
業界における技術動向を踏まえたうえで。自社が保有する特許群の評価を行
い、全体として自社特許群の強み・弱みを分析、判断する際に活用する指標
*11 特許ポートフォリオ のこと。特許ポートフォリオを利用することで、自社の特許群をさらに強固
なものに作り上げることができ、ひいては自社が保有する複数の特許群でさ
らに強い対外的な守りを作り上げることができる。
15/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
４ 【関係会社の状況】
資本金
議決権の所有
又は 主要な事業
（又は
名称 住所 関係内容
出資金
被所有）
の内容
割合(％)
(千円)
(連結子会社)
放射性医薬
品の研究開 直接 役員の兼任
PDRファーマ株式会社 東京都中央区 100,000
発及び製造 100.0 営業上の取引
販売
(関連会社及び共同支配企業)
細胞培養向
け成長因子
役員の兼任
代替ペプチ 直接
ペプチグロース株式会社 東京都千代田区 495,500 営業上の取引
ドの開発、 39.5
資金の貸付
製造及び販
売
医薬品の研
神奈川県川崎市
究、開発、 直接 役員の兼任
ペプチエイド株式会社 100,000
製造、販売 39.4 営業上の取引
川崎区
及び輸出入
(注) 有価証券届出書又は有価証券報告書を提出している会社はありません。
５ 【従業員の状況】
(1) 連結会社の状況
2022年12月31日 現在
セグメントの名称 従業員数(名)
創薬開発事業 155
放射性医薬品事業 414
合計 569
(注) １．従業員数は、契約社員を含む就業人員であります。
２．前連結会計年度末に比べ従業員数が428名増加しておりますが、これは主に業容の拡大に伴う採用の増加及
びPDRファーマ株式会社を連結子会社としたことによるものであります。
(2) 提出会社の状況
2022年12月31日 現在
従業員数(名) 平均年齢(歳) 平均勤続年数(年) 平均年間給与(千円)
155 38.7 4.2 9,662
セグメントの名称 従業員数(名)
創薬開発事業 155
合計 155
(注) １．従業員数は、契約社員を含む就業人員であります。
２．平均年間給与は、賞与及び基準外賃金を含んでおります。
(3) 労働組合の状況
労働組合は結成されておりませんが、労使関係は円満に推移しております。
16/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
第２ 【事業の状況】
１ 【経営方針、経営環境及び対処すべき課題等】
(1) 経営方針
当社グループでは、「医療のあり方や患者さんの人生に変革をもたらす次世代医薬品の創出」をグループ全体の
ミッションとして掲げております。当社の独自技術である世界最先端の創薬プラットフォームシステムPDPS（Peptide
Discovery Platform System）を基盤に、革新的医薬品の研究開発を先導するとともに、放射性医薬品領域における
PDRファーマの有する専門性を融合することで人々の健康と医療の発展に貢献し、全世界の病気で苦しんでいる方に
「ありがとう」と言ってもらえる仕事に取り組んでまいります。
(2) 経営戦略等
創薬開発事業における当社独自のPDPSを活用した３つの事業戦略：①創薬共同研究開発契約、②PDPS技術ライセン
ス、③戦略的提携/自社創薬の拡充を進めてまいりました。現在は、非臨床ステージにおける自社ケイパビリティ拡張
によって、自社パイプラインの開発を加速させるとともに、より一層、パートナー企業の多様なニーズに応えること
ができる体制を構築しております。また、医薬品やPDC領域での有望な自社独自ターゲットを含めて、自社の強みを活
かせる領域において戦略的、選択的に面の拡大を進めてまいります。特殊環状ペプチドの可能性については、従来の
医薬品や診断薬の領域のみならず、広くヘルスケア領域全般で期待が寄せられており、当社ビジネスモデルとフィッ
トの観点から優先順位を付けつつ、その可能性を最大化してまいります。
放射性医薬品事業については、PDRファーマにて放射性医薬品の研究・開発・製造・販売を行っております。ペプチ
ドリームとPDRファーマの技術、ノウハウ及び提携ネットワーク等を融合し、RI-PDC（ペプチド-放射性核種複合体）
を含む新たな放射性医薬品の創出、海外からの有望な放射性医薬品の導入等を進め、放射性医薬品事業の拡大を図っ
ております。
(3) 経営上の目標の達成状況を判断するための客観的な指標
当社グループは、収益性の向上を目指しており、経営指標として売上収益、Core営業利益及びCore営業利益率を重
視しております。2023年12月期は売上収益 30,000 百万円、Core営業利益 6,700 百万円、売上収益Core営業利益率22.3%
を目標としております。
(4) 会社の対処すべき課題
１. 創薬開発事業
当社グループの創薬開発事業においては、①創薬開発パイプラインのステージアップ及び臨床開発入り、②PDCプ
ログラム及びMPCプログラムのさらなる拡大、の２つを戦略フォーカスとしております。
当社は創薬開発に注力しており、前臨床・臨床パイプラインを拡充することが当社の価値向上に重要であると考
えております。現在、当社では４件の臨床プログラムが進行しております。2022年４月には、Bristol Myers
Squibb（BMS社）との間で進めている次世代PD-L1阻害剤の第1相試験が新たに開始いたしました。当プログラムは、
TM
両社が進めているPD-L1のイメージング剤（RI-PDC）と同時に開発が実施されております。BHV-1100（CD38-ARM ）
では、Biohaven社と共同で現在多発性骨髄腫の患者を対象に第１a/１b相臨床試験を実施しております。また、2022
年８月には、2022年２月に開始した新型コロナウイルス感染症治療薬候補であるPA-001プログラムでは、国内での
臨床研究において安全性・薬物動態に関する良好な結果が確認されております。臨床プログラムをさらに拡大する
ためには、当社の前臨床段階のパイプラインから新たな臨床/開発候補化合物を選定することが重要と考えておりま
す。2022年５月にAmolyt社は成長ホルモン受容体拮抗薬のプログラムの開発候補化合物について研究成果を発表し
ました。Amolyt社は当プログラムの2023年上期中の臨床入りを計画しております。2022年12月に当社はRayzeBio社
と共同開発を行っているRI-PDCプログラムの１つにおいて開発候補化合物を選定したことを発表いたしました。今
後、当プログラムの臨床開発を進めていく計画です。また、リード化合物-GLP安全性試験ステージのプログラム数
が対前年同期比で７個増加し、現在25個のプログラムが進められております。これらのプログラムの中から新たな
臨床候補化合物の選定を進めていきたいと考えております。また今後は、新たなプログラム数の拡大は最小限とし
つつ、研究後期プログラムのステージアップ加速にリソースを重点的に配分していくことを計画しております。
前臨床段階パイプラインの臨床入りを加速していくことに加え、PDCプログラム及びMPCプログラムを自社開発及
17/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
び提携を通じて推進していくことも重要と考えております。全世界的に当該領域への関心が高まっていることか
ら、この戦略フォーカスにより当社のさらなる成長が見込めると考えております。2022年12月には、新たに２つの
PDC プログラムの共同研究及びライセンス契約締結を発表いたしました。これまでの核酸PDCやRI-PDCに加えて、新
たに細胞傷害性ペイロードとの組み合わせによるPDCプログラムを開始し、PDCアプローチの幅が着々と拡大しつつ
あります。これらの提携は、短期的な企業価値向上に資するとともに中長期的な成長にも貢献するものと期待して
おります。さらに、放射性医薬品事業とのシナジーを最大化するため、当社は複数のRI-PDCプログラムの前臨床試
験を実施し、早期の臨床入りに向けた取り組みを進めております。
当社の創薬開発事業では、下表の中期目標達成に向けて各種取組みを進めております。これらの目標達成に向け
て、当社は前臨床プログラムを拡大し推進するための継続的な取組みとリソース投入を行っております。戦略的提
携パートナーや共同研究開発パートナーとの連携により臨床入りを加速するとともに、当社のプログラムに関心を
持つパートナー候補先との新たな提携を構築してまいります。また、こうした取組みを支える高い専門性をもつ人
財についても積極的な採用を継続してまいります。当社は、こうした取組みを通じて「Drug Discovery
Powerhouse」としての立ち位置を強固なものとし、グローバルな創薬エコシステムの中心的ハブであり続けること
が重要と考えております。
創薬開発事業における中期目標（2026年12月期末）※１ 2022年12月末時点
(１)治療薬の上市品数※２ ４件以上 ０件
(２)臨床開発プログラム数 32件以上 ４件
(３)創薬研究プログラム数 160件以上 122件
(４)2026年12月期末時点の人員数 220名以上 203名
(５)「Drug Discovery Powerhouse」としての基盤確立
※１ PDRファーマのパイプラインは含みません
※２ 治療薬以外の製品、及び診断薬は含みません
また、今後の５年間で「Drug Discovery Powerhouse」としての基盤をしっかりと確立していくため、以下の
５つの重点目標に向けた取組みを推進してまいります。
①ペプチド創薬におけるエコシステム＆パートナーネットワークの発展拡大をリードし、その中心的ハブと
しての当社の役割を継続的に拡大
②「世界で最も広く活用される創薬基盤技術」として、当社独自のペプチド創薬開発プラットフォームシス
テム（PDPS）のライセンス先を継続的に拡大
③安全安心でかつ多様性を尊重し合う職場環境の中、すべての社員が新たなチャレンジへの機会を与えら
れ、その能力を最大限発揮できる「最高の場」を実現
④機動性の高い経営体制を推進するとともに、規範遵守や執行の監督機能とのバランス、及び社内外ステー
クホルダーとの継続的対話による透明性の高い経営を実現
⑤社会全体の持続的成長に向けて事業活動の効率化を促進し、水や廃棄物の環境負荷を最小化するととも
に、2026年までに自社事業活動の「カーボンニュートラル」を実現
２. 放射性医薬品事業
当社グループの放射性医薬品事業においては、①既存製品の価値最大化、②今後成長が期待される中枢神経領域
での事業拡大、③がん領域を中心に中長期的な成長を牽引する新たな放射性治療薬の開発、の３つを戦略フォーカ
スとしております。
既存のSPECT製品では、効能追加や剤形追加、及び診断支援ソフトウェアの機能強化等による価値最大化を進めて
18
まいります。2022年11月には、Lilly社との間でアルツハイマー型認知症のPET診断薬であるflortaucipir( F)に関
する日本における共同開発契約の締結を発表いたしました。既存の脳内アミロイドβプラーク可視化を行うPET診断
薬であるアミヴィッド®静注に加えて、脳内の異常蓄積タウタンパク質による神経原線維変化（NFTs）を可視化する
18
PET診断薬であるflortaucipir( F)は、アルツハイマー領域のPET診断の２大分野とも言われており、両製品を有す
ることで、認知症の恐れがある患者さんの病態把握に有用な情報を患者さんならびに医療関係者に提供することが
18/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
可能となります。また、放射性医薬品事業において今後中枢神経領域での事業範囲を拡大していく上でも重要な布
石になるものと考えております。
中長期では、がん領域を中心とする新たな放射性治療薬の開発が成長を牽引していくものと考えております。当
社グループは、日本国内で放射性医薬品を開発・製造・販売するためのインフラや専門性、新規の放射性治療薬を
創製・開発する技術や専門性、さらにこれまでに構築してきた強力なグローバルネットワークを活用し、継続的に
開発パイプラインや製品ポートフォリオを拡大していくビジネスモデルを構築しております。これまでは、放射性
医薬品市場は製品間の差別化要素が大きくないとされる診断薬が市場の多くを占めていたこともあり、同質製品間
でのシェア争奪競争が中心でした。新たな放射性医薬品の時代に入り、特に治療薬を中心に有効性等の製品力によ
る市場競争が中心になってくるものと考えております。当社グループは、革新的治療薬・診断薬の開発を積極的に
進めていくことで、当該分野における医療の進歩に大きく貢献し、国内放射性医薬品No.１企業を目指してまいりま
す。
当該事業は、2022年３月にPDRファーマが当社グループに参画する以前は継続的に赤字が続いていたこともあり、
初年度となる2022年12月期では、継続赤字からの脱却と成長性の高いビジネスモデルへの転換を戦略フォーカスと
して実行してまいりました。次の５年間は「投資期」と位置づけ、既存製品の価値最大化やPET新製品による一次成
長を実現するとともに、収益増分は中長期的な成長最大化に向けて治療薬開発や設備/人財などへの再投資に回して
いくことが重要と考えております。また６年目以降は「収穫期」と位置づけ、治療薬新製品による二次成長ととも
に、当社グループの独自性でもあるパイプライン拡充モデルによるシナジーの本格的な具現化を進めていきたいと
考えております。
19/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
当社グループ全体の中長期プランでは、短期的には300億円の連結売上収益を達成し、中長期的には1,000億円規
模のグループ売上収益を目指してまいります。現行の経営体制に移行した2018年度以降、当初の４年間は共同研究
開発プログラム数の拡大を軸に、安定的な成長を実現しながらも100億円超の売上収益の達成に必要な足場づくりを
着々と進めてまいりました。今後は、化合物のライセンス収入や研究後期プログラムの進捗に伴う臨床/承認マイル
ストーン収入、売上ロイヤルティなど、創薬開発パイプラインからのより直接的な収益貢献によって成長を加速し
ていくことが重要と考えております。また、当社がこれまで注力してきたPDCプログラムに関して、放射性医薬品事
業（PDRファーマ）とのシナジー最大化も重要な成長の柱になっていくものと考えております。
20/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
２ 【事業等のリスク】
当社グループの事業展開その他に関するリスク要因となる可能性があると考えられる主な事項を記載しておりま
す。また、当社グループとして必ずしも重要なリスクと考えていない事項及び具体化する可能性が必ずしも高くな
いと想定される事項についても、投資判断の上で又は当社グループの事業活動を理解する上で重要と考えられる事
項については、投資家に対する積極的な情報開示の観点から開示しております。当社グループは、これらのリスク
発生の可能性を認識した上で、発生の回避及び発生した場合の対応に努める方針でありますが、リスクの発生をす
べて回避できる保証はございません。また、以下の記載内容は当社グループのリスクすべてを網羅するものではご
ざいませんのでご留意ください。
なお、本項記載の将来に関する事項は、本書提出日現在において当社グループが判断したものであり、不確実性
を内包しているため、実際の結果とは異なる可能性もございます。
(1) リスク管理体制
当社のリスク管理体制は以下のとおりです。
＜会社の機関・内部統制の関係図＞
詳細については、 「第４ 提出会社の状況 ４ コーポレート・ガバナンスの状況等 (１) コーポレート・ガバナ
ンスの概要 ③企業統治に関するその他の事項 b リスク管理体制」をご参照ください。
21/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(2) 主要な事業等のリスク
経営者が経営成績等に重大な影響を及ぼす可能性があると認識している主要な事業等のリスクは下記のとおりで
あります。各リスクについて発生可能性、影響度の観点から評価した結果を一元的に管理するために、同一のリス
クマップに掲載しております。
＜主要な事業等のリスク一覧＞ ※当社グループ見解に基づく/当社グループ作成
リスク No 内容
１ 特殊環状ペプチドの医薬品の可能性
(ⅰ)事業環境に関するリスク
２ 技術革新
特殊環状ペプチド医薬品をベースにした事業である
３
こと
複数の製薬企業との共同研究開発の実施しているこ
４
と
５ 収益計上
６ 法的な紛争の可能性
(ⅱ)事業内容に関するリスク
７ 経営上の重要な契約
８ 共同研究開発契約先への依存
９ 自社パイプライン(自社創薬)
10 他社との戦略的提携・企業買収等の成否
11 特許の取得・出願状況
(ⅲ)知的財産権に関するリスク
12 職務発明に対する社内対応
13 医薬品開発の不確実性
14 副作用発現
15 薬事法その他の薬事に関する規制
(ⅳ)医薬品の研究開発事業一般に関するリスク
製造・仕入れ
16
17 製造物責任
18 医薬品行政
(ⅴ)人材及び組織に関するリスク 19 人材確保・人材流出
20 新株予約権の行使による株式価値の希薄化
21 配当政策
22 情報管理
23 サイバー攻撃
24 外国為替相場の変動
25 感染症等の発生
(ⅵ)その他に関するリスク
地球環境に対する安全性や気候変動による自然災害
26
等の発生
27 資金の借入・返済
28 債務保証
29 保有投資有価証券
30 のれん・無形資産の減損
31 風説・風評の発生
22/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
＜主要な事業等のリスクマップ＞ ※当社グループ見解に基づく/当社グループ作成
(ⅰ) 事業環境に関するリスク
(１) 特殊環状ペプチドの医薬品としての可能性について
当社グループの特殊ペプチドは、タンパク質の合成に利用される20種類のL体のアミノ酸のみならず、特殊アミ
ノ酸と呼ばれるD体のアミノ酸やNメチルアミノ酸等を含んでいます。この性質により、当社グループは多様性の
ある特殊ペプチドのライブラリーを作製することができ、その中からターゲットタンパクに対して強い結合力・
特異性を有し、高い生体内安定性を保ち、細胞膜透過性をも有する特殊ペプチドを創製することができます。
このような特質から、当社グループの特殊ペプチドは、新たな医薬品候補物質として期待されており、製薬会
社との契約に結びついております。
当社グループの創薬開発プラットフォームシステム（PDPS）が稼働を開始したのは、2010年であります。医薬
品は基礎研究から製造販売承認等を取得するまでに、通常、多大な開発費用と10年以上の長い年月を必要としま
す。当社グループのPDPSを活用して創製された特殊ペプチドからこれまでに新薬が承認された実績はございませ
ん。（ただし、体内のホルモンや菌類・動物・植物由来等の天然の環状ペプチドを基に医薬品が開発され、販売
されている実績はございます。たとえば、1983年にスイスのSandoz社から発売された免疫抑制剤「Sandimmun（サ
ンディミュン）」は、ノルウェー南部のハルダンゲル高原の土壌から発見された真菌が産生していた特殊な構造
のペプチド（シクロスポリン）から作られています。）
将来において、当社グループの特殊ペプチドによる新薬開発実績が生み出せなかった場合や当社グループの特
殊ペプチド創薬技術がクライアントの医薬品開発に貢献できない事態が生じた場合には、当社グループの事業戦
略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
(２) 技術革新について
当社グループの創薬開発プラットフォームシステム（PDPS）は、特殊ペプチドを医薬品候補物質として運用す
るために必要となる一連の技術（（A）特殊ペプチドを創製し、（B）低分子医薬及び抗体医薬を超える多様性を
持ったライブラリーを構築し、（C）高速でスクリーニングを行う技術。）を組み込んでおり、この（A）から
（C）のいずれの技術をとってみても、同じくペプチドを医薬品候補物質として扱っている他社の技術と比べ、優
位性を保っているものと考えております。
23/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
しかしながら、技術は日々進歩するものであり、当社グループの特許技術に抵触しない技術をもって当社グ
ループPDPSを上回る技術が開発されることも考えられます。
当社グループとしては、PDPSを継続的に発展させるため、研究開発を積極的に実施し、PDPSに必要な知的財産
権の確保に努めていく方針でありますが、当社グループPDPSを上回る技術が開発された場合には、当社グループ
の競争優位性が低下する結果、当社グループの希望する条件でクライアントとの間で契約を締結することができ
なくなる可能性が増加するなど、当社グループの事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
(ⅱ) 事業内容に関するリスク
(３) 特殊環状ペプチド医薬品をベースにした事業であることについて
当社グループは、従来、特殊ペプチド医薬に特化して事業を展開しておりました。そのため、当社グループの
創薬開発プラットフォームシステム（PDPS）により創製される特殊ペプチドは、新規性・進歩性を有するオリジ
ナリティの高いものであり、容易に代替技術が生まれて当社グループの存在価値が危ぶまれるような事態になる
ことは想定し難いと考えておりますが、特殊ペプチドに対する製薬企業の評価が変化した場合や当社グループの
特殊ペプチド創薬技術がクライアントの医薬品開発に貢献できない事態が生じた場合には、当社グループの事業
戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
近時は特殊ペプチドを探索マーカーとして活用することによって、低分子医薬の開発につなげることができる
ことがわかっており、PDPSの応用範囲が以前に比べて大幅に拡がっております。そのため、特殊ペプチドに特化
していた事業内容が変わりつつあり、特殊ペプチドをベースとしてPDPSを創薬研究開発の基盤として当業界に広
めていき、特殊ペプチドのみならず低分子医薬の開発にも活用していこうという展開を試みています。こうし
た、低分子医薬の開発に貢献できない事態が生じた場合には、当社グループの事業戦略及び経営成績に影響を及
ぼす可能性がございます。
(４) 複数の製薬企業との共同研究開発を実施していることについて
当社グループの共同研究開発契約先の製薬会社は、それぞれ独自の創薬開発ターゲットを保有しており、当社
グループはその研究開発について提案を受けて推進していくことになりますが、まれに各製薬企業間で創薬開発
ターゲットが競合してしまうことがございます。競合が生じた際は、当社グループが各製薬企業との間に立って
差配することによって、トラブルを未然に防止しており、現在までにトラブルが生じた事例はございません。
しかし、今後、その調整が困難になる事態が生じた場合、当社グループは新たな共同研究開発契約や新たな
ターゲットタンパクが獲得できないなど、当社グループの事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がござい
ます。
(５) 収益計上について
創薬開発事業の共同研究開発契約に係る売上カテゴリーは、原則として（A）契約一時金（テクノロジカルアク
セスフィー）に始まり順次、（B）研究開発支援金、（C）追加研究開発支援金、（D）創薬開発権利金、（E）非
臨床・臨床開発マイルストーンフィー、（F）売上ロイヤルティー、（G）販売マイルストーンフィーで構成され
ております。
（A）契約一時金（テクノロジカルアクセスフィー）、（B）研究開発支援金及び（C）追加研究開発支援金は当
社グループの事業活動に依拠する部分が大きいものの、特に（B）及び（C）について、クライアントの方針転換
等の影響を受けてプロジェクトが終了し、それ以降の収益が計上できないことがございます。また、（A）は、相
対的に（B）及び（C）よりも額が大きく、一度に売上が計上されるため、当社グループの経営成績は（A）の計上
に少なからず影響を受けることになります。（D）創薬開発権利金や（E）各種マイルストーンフィーに至って
は、クライアントにおける業務の進行状況に大きく依存するものであり、当社グループでのコントロールは極め
て困難な売上カテゴリーです。
そのため、当社グループの計画に対してクライアントにおける研究開発の進捗が遅れた場合やクライアントの
研究開発方針に変更等があった場合、当社グループの事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございま
す。
(６) 法的な紛争の可能性について
当社グループは、事業を展開する上で、第三者の権利若しくは利益を侵害した場合又は侵害していない場合で
も相手側が侵害したと考える場合には、損害賠償等の訴訟を提起されるなど法的な紛争が生じる可能性がござい
ます。
24/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
本書提出日現在、法的な紛争は生じておりませんが、今後、当社グループと第三者との間に法的な紛争が生じ
た場合、紛争の解決に労力、時間及び費用を要するほか、法的紛争に伴うレピュテーションリスクにさらされる
可 能性があり、その場合、当社グループの事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
また、将来的な事業展開においては、他社が保有する特許権等への抵触により、事業上の制約を受けるなど、
当社グループの事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
さらに、これまでのところ当社グループが製薬企業と共同研究開発した特殊ペプチド医薬品が上市にまで至っ
た事例は未だございませんが、今後、万一、当社グループが共同研究開発に携わった医薬品において健康被害が
引き起こされた場合には、そのネガティブなイメージにより、当社グループ及び当社グループの創薬開発プラッ
トフォームシステム（PDPS）に対する信頼性に悪影響が生じ、当社グループの事業戦略及び経営成績に影響を及
ぼす可能性がございます。
(７) 経営上の重要な契約について
当社グループの事業展開上、重要と思われる契約が、当該契約が解除又はその他の事由に基づき終了した場合
又は契約の相手方の経営方針が変更された場合には、当社グループの事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能
性がございます。
なお、共同研究開発契約に係る金員（当社グループから見たときは売上に該当）は、原則として当社グループ
が前金として受領しており、これらの金員について当社グループは契約が中途終了する場合でも返還義務を負っ
ておりません。その反面、共同研究開発契約先は、契約の解除について任意（自由）に実行することができる契
約内容となっております。
(８) 共同研究開発契約先への依存について
当社グループアライアンス事業における収益は、ほとんどが共同研究開発契約先（クライアント）からのもの
でありますが、今後、これらのクライアントとの間で新たな標的分子に係る共同研究開発が開始されない場合
や、共同研究開発の結果がクライアントの要求水準を満たせない場合には、当社グループの事業戦略及び経営成
績に影響を及ぼす可能性がございます。
また、当社グループがライセンスアウトしたリード化合物は、クライアントが主体となって臨床試験及び承認
申請を行うことになりますが、その進捗と結果が当社グループの事業戦略及び経営成績に大きな影響を及ぼしま
す。当社グループは、ライセンスアウト後もクライアントをサポートいたしますが、臨床試験及び承認申請はク
ライアントが主体となって実施するものであり、当社グループでコントロールすることはできません。したがっ
て、臨床試験及び承認申請の進捗が当社グループの予期しない事由により遅滞することや、臨床試験及び承認申
請が断念される等の可能性がございます。
さらに、製造販売承認後の販売計画はクライアントに依存しており、クライアントの経営方針や販売計画の変
更、経営環境の悪化等により販売計画を達成できない等の可能性がございます。
そのほか、医薬品の研究開発には多額の資金が必要となることから、当業界においては組織再編やM&Aが盛んで
あり、クライアントにおいて組織再編が実施されることや、競合他社を買収する（競合他社から買収される）こ
となど、業界における競争の構図が短期間に塗り替えられる可能性がございます。こうした大規模な企業組織再
編が当社グループのクライアントに生じた場合、当社グループの事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性が
ございます。
(９) 自社パイプライン（自社創薬）について
当社グループでは、特殊ペプチドの特性を活かした自社パイプライン（自社創薬）の研究開発を進めておりま
す。
現在のところ、開発の方向性としては、特殊ペプチドを医薬品として活用するアプローチと特殊ペプチドの持
つ優れた選択性を活かして他の薬剤を誘導するPDC（Peptide Drug Conjugate）薬剤を開発するアプローチをとっ
ております。また、特殊ペプチドを探索マーカーとして活用することによって、低分子医薬の開発につなげるこ
とができることから、自社パイプラインにおいても低分子医薬品の開発に着手しております。
自社パイプラインについては、研究開発が順調に進展し、臨床試験まで当社グループの負担で実施する場合に
は、多額の開発費用を要する状態になる可能性がございます。また、自社パイプラインの研究開発が順調に進展
しない場合には、将来の事業化のオプションを一部失う可能性がございます。
25/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(10) 他社との戦略的提携・企業買収等の成否について
当社グループは、競争力の強化及び事業分野の拡大等のため、他社の事業部門の譲受け、他社の買収、他社と
の業務提携、合弁会社の設立、他社への投資等の戦略的提携など（以下「戦略的提携等」といいます。）を行う
こ とがございます。こうした戦略的提携等については、パートナー企業との思惑に相違が生じて提携・統合が円
滑に進まない可能性や当初期待していた効果が得られない可能性、投資した金額の全部又は一部が回収できない
可能性等がございます。また、パートナー企業が当社グループの利益に反する決定を行う可能性があり、パート
ナー企業が事業戦略を変更した場合など、当社グループは戦略的提携等の関係を維持することが困難になる可能
性もあり、当社グループの事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
(ⅲ) 知的財産権に関するリスク
(11) 特許の取得・出願状況について
当社グループは事業において様々な発明及び特許権を実施しておりますが、これらは当社グループ、国立大学
法人東京大学又はニューヨーク州立大学により登録済みになっているものと審査中のものがございます。
しかしながら、出願中の発明すべてについて特許査定がなされるとは限りません。また、特許権を設定登録し
た場合でも、特許異議申立制度により請求項が無効化される可能性がございます。また、特許権侵害訴訟の提起
や特許無効審判が請求されるなど特許権に係る法的な紛争が生じ、当社グループが実施する権利に何らかの悪影
響が生じる可能性がございます。また、当社グループが実施する特許権を上回る優れた技術の出現により、当社
グループが有する特許権に含まれる技術が陳腐化する可能性がございます。こうした事態が生じた場合には、当
社グループの事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
その他、当社グループは、国立大学法人東京大学又はニューヨーク州立大学が出願人である発明又は特許権に
関して、契約により第三者サブライセンス権付き独占実施・許諾権を獲得しておりますが、当該契約の内容が変
更される場合や、期間満了や解除等により契約が終了した場合等にも、当社グループの事業戦略及び経営成績に
影響を及ぼす可能性がございます。
(12) 職務発明に対する社内対応について
当社グループの役職員等が創出した職務発明について特許を受ける権利を取得したときは、当社グループは、
当該職務発明の発明者である役職員等に対し、特許法に定める「相当の利益」を支払うことになります。当社グ
ループでは、その取扱いについて社内規則等でルールを定めており、役職員等への周知及び運用を強化しており
ます。しかしながら、職務発明の取扱いにつき、相当の利益の支払請求等の問題が生じた場合には、当社グルー
プの事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
(ⅳ) 医薬品の研究開発事業一般に関するリスク
(13) 医薬品開発の不確実性について
一般に医薬品の開発には多額の研究開発投資と長い時間を要するだけでなく、その成功確率も他産業に比して
著しく低い状況にあります。研究開発の初期段階において有望だと思われる化合物であっても、前臨床試験や臨
床試験の過程で有用な効果を発見できないこと等により研究開発が予定通りに進行せず、開発の延長や中止の判
断をされることがございます。開発を延長した場合には、追加の資金投入が必要になるほか、特許権の存続期間
満了までの期間が短くなり、投資した資金の回収に影響を及ぼします。また、開発を中止した場合には、それま
でに投じた研究開発資金が回収できなくなることになります。
26/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(14) 副作用発現について
医薬品は、臨床試験段階から上市後に至るまで、予期せぬ副作用が発現する可能性がございます。これら予期
せぬ副作用が発現した場合、信用力の失墜、訴訟の提起等により、当社グループの事業戦略及び経営成績に影響
を及ぼす可能性がございます。
(15) 薬事法その他の薬事に関する規制について
医薬品業界は、研究、開発、製造及び販売のそれぞれの事業活動において、各国の薬事法（わが国においては
「医薬品医療機器等法」）及びその他の関連法規等により、様々な規制を受けております。
現在のところ、当社グループのパイプラインは研究開発段階にあり、わが国の厚生労働省、アメリカ食品医薬
品局(FDA)、欧州医薬品庁(EMA)等から上市のための認可は受けておりませんが、今後、各国の薬事法等の諸規制
に基づいて医薬品の製造販売承認申請を行い、承認を取得することを目指しております。
そのため、自社のパイプラインについて上記の規制をクリアするための体制整備が求められることになりま
す。また、各国の薬事法及びその他の関連法規等は随時改定がなされるものであり、これらの変化が当社グルー
プの生み出す特殊ペプチドにとって有利又は不利に働くことや、さらなる体制の整備・変更を求められる可能性
が考えられます。
こうした規制への対応が当社グループの事業戦略及び経営成績に影響を及ぼすことになります。
(16) 製造・仕入れについて
地震、水害、暴風雨等の自然災害、火災、原子力発電所の事故、長時間の停電等社会インフラの障害、戦争、
テロ等の発生により、当社グループの工場、研究所、事業所等の施設の損壊又は事業活動の停滞等の損害が発生
した場合、経営成績、財政状態等に影響を及ぼす可能性がございます。また、製品の一部は当社グループの工場
において独自の技術により製造しており、商品及び原材料の一部は、特定の取引先にその供給を依存しておりま
す。このため、何らかの理由により製造活動や仕入れが遅延又は停止した場合、経営成績、財政状態等に影響を
及ぼす可能性がございます。
(17) 製造物責任について
医薬品の開発及び製造には、製造物責任のリスクが内在しています。将来、開発したいずれかの医薬品が健康
障害を引き起こし、又は臨床試験、製造、営業若しくは販売において不適当な事象が発見された場合、当社グ
ループは製造物責任を負うこととなり、当社グループの事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございま
す。
また、製造物責任賠償請求がなされることによるネガティブなイメージにより、当社グループ及び当社グルー
プの医薬品に対する信頼に悪影響が生じ、当社グループの事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がござい
ます。
(18) 医薬品行政について
医療用医薬品の販売価格は、日本及びその他各国政府の薬価に関する規制の影響を受けます。当社グループで
は、これまでのところ自社で臨床試験を実施したことがなく、早期に開発候補化合物をクライアントに導出する
方針を採用しております。そのため、当社グループは薬価戦略についてはクライアントに依存しており、日本及
びその他各国政府の薬価政策の影響を間接的に受ける立場にあります。当社グループの開発候補化合物が上市さ
れた場合において、当該医薬品にとってネガティブな薬価改定やその他の医療保険制度の改定があった場合は、
当社グループの事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
(ⅴ) 人材及び組織に関するリスク
(19) 人材確保・人材流出について
当社グループは、創薬基盤技術の深化、創薬研究開発の進展を図るには、研究開発分野における専門的な知
識・技能をもった優秀な人材の確保が必要であると考えております。
当社グループの想定した人材の確保に支障が生じた場合、又は優秀な人材の社外流出が生じた場合には、当社
グループの事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
27/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(ⅵ) その他に関するリスク
(20) 新株予約権の行使による株式価値の希薄化について
当社グループは、役員及び従業員に対し新株予約権を付与しております。これらの新株予約権が権利行使され
た場合、当社グループ株式が新たに発行され、既存の株主が有する株式の価値及び議決権割合が希薄化する可能
性 がございます。本書提出日現在、 権利行使が可能な状態にある新株予約権による潜在株式数はございません。
(21) 配当政策について
当社グループは配当による株主様への利益還元も重要な経営課題だと認識しております。
当社グループは、将来においても安定的な収益の獲得が可能であり、かつ、研究開発資金を賄うに十分な利益
が確保できる場合には、将来の研究開発活動等に備えるための内部留保充実の必要性等を総合的に勘案した上
で、利益配当についても検討してまいります。
(22) 情報管理について
当社グループの事業は、クライアントである製薬企業からターゲットタンパクの情報を預かる立場にありま
す。そのため、当社グループは、当社グループの従業員との間において顧客情報を含む会社の情報に係る誓約書
を徴求し、会社情報の漏えいの未然防止に努めております。
しかしながら、万一顧客の情報を含む会社の情報が外部に漏えいした場合は、当社グループの信用低下を招
き、当社グループの事業等に影響を及ぼす可能性がございます。
(23) サイバー攻撃について
近年、サイバー攻撃はこれまで以上に技術が高度化し、攻撃手法も多様化・巧妙化しております。このような
状況を踏まえ、当社グループはサイバーセキュリティに関するリスクを最重要リスクの一つと認識し、ネット
ワーク及び設備の監視を始めとする各種サイバー攻撃対策を実施し、その管理には万全を期しております。
しかしながら、これらの対策にもかかわらず、サイバー攻撃やそれに伴う深刻なシステム障害等により実質的
に当社グループ事業が中断する等、当社グループの事業等に影響を及ぼす可能性がございます。
(24) 外国為替相場の変動について
当社グループのクライアントには海外の製薬企業が含まれていることから、売上収益の一部が外国通貨建て
（主に米ドル建て）となっており、為替変動の影響を受けます。したがって、為替相場が変動した場合には、当
社グループの財政状態及び経営成績に影響を及ぼすことになります。当社グループでは短期的な為替変動に対応
するため、適宜為替予約を用いて影響の最小化に努めております。
(25) 感染症等の発生について
当社グループは、事業活動や研究開発活動に必要な設備及び機能が本社・研究所に集中しており、在宅勤務等
へのシフトによって本社研究所以外の場所で継続できる業務が一部のオフィス業務に限定されます。感染症対策
としてオフィス内の衛生管理の強化や「密な接触機会」の回避を図る取り組みを継続して実施すること等によ
り、社員及びすべての関係取引先、並びにそのご家族の皆様の感染リスク軽減に引き続き努めておりますが、指
定感染症等が発生し、本社・研究所の一時閉鎖等の不測の事態が発生した場合には、当社グループの事業戦略及
び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
(26) 地球環境に対する安全性や気候変動による自然災害等の発生について
当社グループの研究開発の過程等で使用する化学物質の中には、人体や環境に悪影響を与える物質が含まれて
おります。当社グループは、研究開発活動で使用する環境汚染物質のモニタリングを実施しておりますが、万が
一、汚染物質による人への暴露、土壌汚染、大気汚染、水質汚染等が発生した場合、当社グループの事業戦略及
び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。
また当社グループは、神奈川県川崎市川崎区殿町に本社・研究所を設置しており、事業活動や研究開発活動に
関する設備及び人員が現所在地に集中しております。周辺には多摩川が流れており、気候変動に伴う洪水や津波
などの水害等の自然災害が発生し、当社グループ設備の損壊、各種インフラの供給制限等の不測の事態が発生し
た場合には、当社グループの事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
28/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(27) 資金の借入・返済について
当社グループの事業資金の一部は金融機関からの借入により調達しています。今後、長期金利や短期金利が上
昇した場合、借入コストの増加により当社グループの経営成績及び財務状況に影響が及ぶ可能性があります。
また、当社グループの借入金には財務制限条項が付されています。業績の悪化等により当該借入金の期限前弁
済義務が生じた場合には、当社グループの財政状態に影響を与える可能性があります。
(28) 債務保証について
当社グループは、一部の投資先に対して、債務保証を行っておりますが、将来、これら債務保証の履行を求め
られる状況が発生した場合には、当社グループの業績及び財政状態に影響を及ぼす可能性があります。これらの
リスクに対して、当社グループは投資先のモニタリングをするとともに、必要な施策を実施し、リスク低減に努
めております。
(29) 保有投資有価証券について
当社グループでは、共同研究開発を加速させる目的で投資有価証券を保有しております。投資有価証券の評価
は、株式発行会社の財政状態・経営成績等の状況によって判断されるため、実質価額の低下により減損処理を行
うこととなった場合には、投資有価証券評価損の計上により当社グループの経営成績に影響を及ぼす可能性がご
ざいます。
(30) のれん・無形資産の減損について
当社グループは、企業買収等を通じて獲得したのれん及び無形資産を計上しております。これらの資産につい
ては計画と実績の乖離等により価値が下落した場合には減損損失の計上等、当社グループの経営成績及び財政状
態に影響を及ぼす可能性がございます。
(31) 風説・風評の発生について
当社グループや当社グループの関係者、当社グループの取引先等に対する否定的な風説や風評が、マスコミ報
道、アナリストレポートやインターネット上の書き込み等により発生・流布した場合、それが正確な事実に基づ
いたものであるか否かにかかわらず、当社グループの社会的信用に影響を与える可能性がございます。当社グ
ループや当社グループの関係者、当社グループの取引先等に対して否定的な風説・風評が流布した場合には、そ
のネガティブなイメージにより、当社グループに対する信頼性に悪影響が生じ、当社グループの事業戦略及び経
営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
29/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
３ 【経営者による財政状態、経営成績及びキャッシュ・フローの状況の分析】
※当社グループは当連結会計年度（2022年１月１日から2022年12月31日まで）より、従来の日本基準に替えてIFRSを
適用しており、前連結会計年度の数値をIFRSに組み替えて比較分析を行っております。
当事業年度における当社グループの財政状態、経営成績及びキャッシュ・フロー（以下、「経営成績等」とい
う。）の状況の概要並びに経営者の視点による当社グループのセグメントごとの経営成績等の状況に関する認識及び
分析・検討内容は次のとおりであります。
なお、当連結会計年度より、報告セグメントの区分を変更しており、前連結会計年度との比較・分析は変更後の区
分に基づいて記載しております。
文中の将来に関する事項は、本書提出日現在において当社が判断したものであります。
(1) 経営成績
当連結会計年度（2022年１月１日から2022年12月31日）において、当社独自の創薬開発プラットフォームシステ
ムであるPDPS（Peptide Discovery Platform System）を活用した創薬開発事業、及び当社の100%子会社であるPDR
ファーマ株式会社による放射性医薬品事業を実施しております。
当事業年度において、創薬開発事業においては、当社独自の創薬開発プラットフォームシステムであるPDPSを活
用した３つの事業戦略：①創薬共同研究開発契約、②PDPS技術ライセンス、③戦略的提携/自社創薬の拡充を進めて
まいりました。
１つ目の事業戦略であるPDPSを活用した国内外の製薬企業との創薬共同研究開発契約については、2022年４月
に、Bristol-Myers Squibb社との創薬共同研究開発で見出された医薬品候補化合物について新たな第１相臨床試験
が開始されました(ISRCTN17572332,登録番号:QSC203717)。当社はこれまでBristol-Myers Squibb社との創薬共同研
究開発においてPD-L1阻害ペプチドを同定し、Bristol-Myers Squibb社は当該ペプチド(BMS-986189)の第１相臨床試
験を2016年12月に完了しておりました。新たな第１相臨床試験では、当該ペプチドから派生した薬剤の健常人ボラ
ンティアに対する安全性と忍容性の検証を目的としています。
また、2022年５月23日に、Genentech社とc-METアゴニストプログラムに関する創薬共同研究開発契約を締結いた
しました。本プログラムは、当社の関連会社であるペプチグロース株式会社との間で進めてきた、細胞治療・再生
医療領域における細胞培養の培地成分として使用される成長因子を代替するペプチドの共同開発から見出されたも
ので、当社はこの代替ペプチドの医薬品用途での開発・販売権を有しています。今回の提携により、Genentech社か
ら契約一時金を受領し、また今後、開発の進捗状況に応じたマイルストーンフィーや製品化後の売上金額に応じた
ロイヤルティーを受け取る可能性があります。
2022年12月に当社は、Merck＆Co.,Inc.,Rahway,N.J.,U.S.A.（「Merck社」）との間で、PDCの創製・開発に関す
る複数の創薬ターゲットに対する共同研究開発及びライセンス契約を締結いたしました。本契約に基づき、当社は
PDPSを用いて同定されたペプチド候補化合物を、Merck社が興味を持つターゲットに対するPDCとして提供すること
となります。Merck社は、細胞傷害性ペイロードと結合するペプチド候補化合物について独占的使用権を取得し、本
取組みから創製されるPDC製品の開発の全てを担います。本契約において、当社はMerck社から契約一時金を受領い
たしました（金額非開示）。また、今後開発、承認、販売マイルストーンフィーとして総額で最大21億ドルを受け
取る可能性があります。当社は上記に加え製品化後の売上高に応じたロイヤルティーを受領する権利を有します。
なお、Merck社とは2015年４月に複数ターゲットに対する創薬共同研究開発契約を締結しております。
2022年12月に当社は、Eli Lilly and Company（「Lilly社」）との間で、新規PDCに関する共同研究及びライセン
ス契約を締結いたしました。本契約において、当社はPDPSを活用し、目的とする細胞・組織にペイロードを送達す
るためLilly社が選定した複数のターゲットに対し、高い結合性を有する特殊環状ペプチドを同定します。当社がペ
プチドの創製・最適化を、Lilly社がペイロードの創製・最適化を実施いたします。本契約において、当社はLilly
社から契約一時金を受領いたしました（金額非開示）。また、今後開発、承認、販売マイルストーンフィーとして
総額で最大12.35億ドルを受け取る可能性があります。当社は上記に加え製品化後の売上高に応じたロイヤルティー
を受領する権利を有します。なお、Lilly社とは2013年12月に創薬共同研究開発契約を締結しております。
２つ目の事業戦略であるPDPSの技術ライセンスについては、2022年12月31日現在、11社；Bristol-Myers Squibb
社（2013年）、Novartis社（2015年）、Eli Lilly社（2016年）、Genentech社（2016年）、塩野義製薬株式会社
（2017年）、Merck社（2018年）、ミラバイオロジクス株式会社（2018年）、大鵬薬品工業株式会社（2020年）、
Janssen社（2020年）、小野薬品工業株式会社（2021年）、富士レビオ株式会社（2022年）との間で非独占的技術ラ
イセンス契約を締結しております。同事業においては、各ライセンス先企業から技術ライセンス料とともに開発プ
ログラムの進捗ごとのマイルストーンフィーが当社に支払われます。なお、マイルストーンを達成するまでの間
30/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
は、ライセンス先企業での研究内容や進捗について当社に知らされることはございません。また、当社はPDPSの技
術ライセンス契約に関心をもつ複数の企業との交渉を継続的に進めております。
2022年９月29日に、当社はH.U.グループホールディングス株式会社の連結子会社である富士レビオ・ホールディ
ングス株式会社（以下「富士レビオHD」）との間で、PDPSの自動化プラットフォームを用いた運用に関して、臨床
検査薬開発用途における非独占的ライセンス許諾契約を締結いたしました。体外での使用が前提となる臨床検査薬
開発に特化したPDPSの技術ライセンスは今回が初めてとなります。臨床検査薬は、抗原抗体反応等を活用し、検体
中の微量な疾患マーカーや細菌・ウイルス等の検出が可能であることから各種診断に活用されています。臨床検査
薬で使用される抗体をペプチドに代替することで、多様なターゲットの検出が可能になり様々な新規バイオマー
カーの開発・実用化が期待できるとともに、より安定した品質かつ常温でのサプライチェーン構築が可能になる
等、様々な利点をもつ次世代製品を開発できる可能性があります。富士レビオHDは、臨床検査薬企業として初めて
PDPSを活用し、主にがんを対象とした革新的なバイオマーカーの実用化に取組み、同社が持つ免疫検査システムに
おける新たな検査項目の開発を行います。また、自社プラットフォーム向けのみならず、CDMO（Contract
Development and Manufacturing Organization）事業を通じて大手グローバル臨床検査薬メーカー等のパートナー
企業へ供給する製品のラインアップ拡大も目指します。本契約の締結に伴い、当社は技術ライセンス料（契約一時
金）を受領し、PDPSを用いることで創製された臨床検査薬について上市後の売上高に応じたロイヤルティーを受領
する可能性があります。なお、これら技術ライセンス料等は当社の売上収益として計上されますが、その金額につ
いては、富士レビオHDとの契約に基づき非開示とさせていただきます。また、これまでの技術ライセンス契約と同
様に、PDCは本技術ライセンス契約に含まれておりません。
３つ目の事業戦略は、世界中の高い技術力を有する創薬企業・バイオベンチャー企業及びアカデミア等の研究機
関と戦略的提携を組むことで、自社の医薬品候補化合物（パイプライン）の推進・拡充を図ることが狙いです。同
事業においては、これらのプログラムを少なくともリード化合物/臨床候補化合物の選定完了まで、場合によっては
第１相臨床試験あるいは第２相臨床試験完了まで自社開発又は戦略的パートナーとの共同開発を進めることによ
り、通常の開発候補品よりも収益性の高い条件で大手製薬企業にライセンスアウト（導出）することを目標にして
おります。当社では、PDPS技術を用いて同定したヒット化合物を起点に、①特殊ペプチド医薬品、②低分子医薬
品、③ペプチド-薬物複合体（PDC医薬品）、④多機能ペプチド複合体（MPC医薬品）の４つのカテゴリーの医薬品開
発を進めていくために必要な能力の拡充を進めております。同事業では、戦略的パートナーの独自の技術・ノウハ
ウと当社の技術を組み合わせることでより高い価値のプログラムが生み出されることに加え、開発費用を両社で負
担することにより、開発に成功した場合には、多くの場合従来の創薬共同研究開発プログラムと比べてより高い比
率で当社に収益が分配されます。また、自社創薬についても、複数の創薬プログラムが進行しており、今後、臨床
開発に向けた新たな進捗の報告ができるものと考えております。
当社は、がん治療のため放射性核種と結合させRI-PDCを開発するにあたり、様々な重要ながん特異的ターゲット
に結合するペプチド候補化合物を同定し最適化する活動に重点を置いております。2022年にPDRファーマ株式会社の
事業を取得したことにより、有望な候補化合物をin vivoバイオイメージング研究に迅速に移行することが可能とな
りました。当社は2023年に１つ以上の開発候補化合物を同定することを目標に複数のプログラムの優先順位付けを
行っております。今後は、これらのRI-PDCプログラムの日本における権利を保持しつつ、興味を持った製薬企業に
対して日本以外の権利を導出する方針です。また、これらのがんをターゲットとしたペプチドを、既存の様々な
パートナーや新規パートナーとの共同研究開発により他のペイロードで活用する点についても積極的に検討を進め
ております。２つ目の重点領域は多機能ペプチド複合体（MPC）の創薬開発です。当社では、MPCが二重特異性抗体
をはじめとする他の多機能分子より優れたモダリティーである可能性があると考えております。がん特異的ター
ゲットに結合するペプチドと組み合わせることが可能なT細胞・NK細胞に結合する新規ペプチドの同定に注力してお
り、これまでにないT細胞・NK細胞Engagerを創製することで新たな治療の選択肢が増えることを期待しておりま
す。また、当社ではT細胞やNK細胞のEngagerに加えて、IL17をはじめとする様々な炎症誘発性サイトカインに対す
る選択的な候補化合物を有しております。複数の炎症誘発性経路を同時に阻害することがより良い治療戦略となる
可能性を示す臨床エビデンスが増えつつあることから、様々な化合物をMPCとして組み合わせた開発の可能性を積極
的に検討しております。
放射性医薬品事業においては、2022年3月28日に、当社は、富士フイルム富山化学株式会社から放射性医薬品事業
を吸収分割により承継する新会社（PDRファーマ株式会社）の全株式を取得いたしました。現在、PDRファーマでは
放射性診断薬として、22品目のSPECT（Single Photon Emission Computed Tomography）製剤と、２品目のPET
（Positron Emission Tomography）製剤、及び８品目（３製品カテゴリー）の放射性治療薬を販売しております。
また、放射性診断薬の画像読影の支援を目的とした画像解析ソフトウェアの開発・提供も行っております。
以上の結果、当連結会計年度における創薬開発事業の経営成績については、売上収益 15,406,109 千円（前年同期
31/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
比 5,983,895千円増加 ）、 セグメント利益9,179,911 千円（前年同期比 5,086,789千円増加 ）、放射性医薬品事業の経
営成績については、売上収益 11,446,321 千円、 セグメント利益235,908 千円となり、当社グループ全体としては 売上
収 益は26,852,430千円 (前年同期比 17,430,216千円増加 )、Core営業 利益9,637,433 千円(前年同期比 5,544,311千円増
加 )、 営業利益8,980,196千円 (前年同期比 4,913,949千円増加 )、 税引前利益6,653,325千円 (前年同期比 2,849,560千
円増加 )、 親会社の所有者に帰属する当期利益7,554,358千円 (前年同期比 4,981,126千円増加 )となりました。
当社グループは、 IFRS業績に加えて、 会社の経常的な収益性を示す指標として 非経常的な項目をNon-Core調整と
して除外した Coreベースの業績を開示しています。当該Coreベースの業績は、IFRS業績から当社グループが定める
非経常的な項目を調整項目として除外したものです。
Core営業利益は営業利益から企業買収に係る会計処理の影響及び買収関連費用、有形固定資産、無形資産及びの
れんに係る減損損失、損害賠償や和解等に伴う損益、非経常的かつ多額の損益、個別製品又は開発品導入による無
形資産の償却費を控除して算出しております。
なお、Core営業利益から営業利益への調整は以下のとおりです。
(単位：千円)
2021年12月期 2022年12月期 前年同期比 ％
Core営業利益 4,093,121 9,637,433 5,544,311 135.5
企業買収に係る会計処理の影響
26,875 622,643 595,768 2,216.8
及び買収関連費用
有形固定資産、無形資産及び
－ － － －
のれんに係る減損損失
損害賠償や和解等に伴う損益 － － － －
非経常的かつ多額の損益 － － － －
個別製品又は開発品導入による
－ 34,593 34,593 －
無形資産の償却費
営業利益 4,066,246 8,980,196 4,913,949 120.8
当社は第４四半期連結会計期間において1,978,850千円の金融費用を計上いたしました。2022年３月に実施した
PDRファーマ株式会社の株式取得に際し、2024年４月30日までに脳内アミロイドβプラーク可視化を行うPET診断薬
であるアミヴィッド®の軽度認知障害（MCI）への適用拡大が日本国内で承認された場合、4,000,000千円の追加支払
いが発生する旨の条件付対価が設定されておりました。昨今、認知症領域における治療薬の開発状況が大きく進展
したことに伴い、関連する診断薬であるアミヴィッド®の適用拡大承認の可能性が高まったことから、第４四半期連
結会計期間において将来の支払予定額の50％相当分について公正価値評価額を引き当てることが合理的と判断いた
しました。なお、2022年３月22日の当社開示資料において条件付対価として最大6,000,000千円の追加支払いが発生
する可能性があると記載いたしましたが、現時点での追加支払いの最大額は4,000,000千円と見込んでおります。
また、当社は当連結会計年度末においてPDRファーマ株式会社における繰延税金資産を計上いたしました。その結
果、法人所得税費用が2,625,227千円減少し、当連結会計期間における法人所得税費用は△901,033千円となりまし
た。PDRファーマ株式会社が当社グループに参画する以前は当該事業の赤字が続いていたこともあり、事業取得当初
から繰延税金資産を計上するのは適切ではないとの判断でしたが、当連結会計年度において当該事業が黒字化した
こと、また第４四半期連結会計期間においてPDRファーマ株式会社が新たに策定した中長期事業計画に基づく再評価
の結果、繰延税金資産の回収可能性が高まったことから繰延税金資産を計上することが合理的と判断いたしまし
た。
32/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
生産、受注及び販売の実績は、次のとおりであります。
① 生産実績
当連結会計年度の生産実績を示すと、以下のとおりです。
報告セグメント 金額（千円） 前連結会計年度比（％）
創薬開発事業 104,509 190.0
放射性医薬品事業 10,248,255 －
（注）金額は、販売価格によっております。
② 受注実績
当社グループの創薬開発事業及び放射性医薬品事業は受注形態をとっておりませんので、記載を省略しておりま
す。
③ 販売実績
当連結会計年度における販売実績は、次のとおりであります。
当連結会計年度
(自 2022年１月１日
セグメントの名称
至 2022年12月31日 )
販売高(千円) 前年同期比(％)
創薬開発事業 15,406,109 163.5
放射性医薬品事業 11,446,321 －
合計 26,852,430 285.0
（注）主な相手先別の販売実績及び当該販売実績の総販売実績に対する割合
前連結会計年度
(自 2021年１月１日
至 2021年12月31日 )
相手先
販売高 割合
(千円) (％)
イ社(注) 1,961,715 21.0
ロ社(注) 1,431,245 15.3
ハ社(注) 1,119,885 12.0
当連結会計年度
(自 2022年１月１日
至 2022年12月31日 )
相手先
販売高 割合
(千円) (％)
公益社団法人
8,428,641 31.4
日本アイソトープ協会
甲社(注) 7,757,559 28.9
乙社(注) 4,138,511 15.4
(注)顧客との共同研究開発契約においては秘密保持条項が存在するため、社名の公表は控えさせて頂きま
す。
(2) 財政状態
当連結会計年度の総資産は63,865,200千円となり、前連結会計年度末と比べて36,830,604千円増加しました。そ
の主な要因は、現金及び現金同等物が6,498,864千円減少したものの、営業債権及びその他の債権が15,778,049千円
増加、有形固定資産が11,688,263千円増加したこと等によるものです。資産の増加には、PDRファーマ株式会社の新
規連結による増加が含まれております。
負債は31,823,734千円となり、前連結会計年度末と比べて30,139,388千円増加しました。その主な要因は、借入
金が21,048,451千円増加したこと等によるものです。負債の増加には、PDRファーマ株式会社の新規連結による増加
が含まれております。
資本は32,041,465千円となり、前連結会計年度末と比べて6,691,215千円増加しました。その主な要因は、当期利
益により利益剰余金が7,554,358千円増加したこと等によるものです。
33/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(3) キャッシュ・フローの状況
当連結会計年度末における現金及び現金同等物は、前連結会計年度末に比べ6,498,864千円減少し、5,247,665千
円となりました。
当連結会計年度における各キャッシュ・フローの状況とそれらの要因は、次のとおりであります。
（営業活動によるキャッシュ・フロー）
営業活動によるキャッシュ・フローは、税引前利益6,653,325千円の計上等があったものの、営業債権及びその他
の債権の増加額11,286,614千円の計上等により、82,929千円の支出(前年同期は6,654,708千円の収入)となりまし
た。
（投資活動によるキャッシュ・フロー）
投資活動によるキャッシュ・フローは、子会社の取得による支出23,460,335千円等により、27,377,217千円の支
出(前年同期比25,093,766千円の支出増加)となりました。
（財務活動によるキャッシュ・フロー）
財務活動によるキャッシュ・フローは、長期借入れによる収入22,400,000千円等により、20,789,451千円の収入
(前年同期比20,723,383千円の収入増加)となりました。
(4) 資本の財源及び資金の流動性
財務政策につきましては、当社グループの事業活動の維持拡大に必要な資金は、手許資金を中心としながら必要
に応じて借入による資金調達を行っております。
主な資金需要につきましては、運転資金として製造原価、研究開発費を含む販売費及び一般管理費等がありま
す。また、設備資金として、研究開発のための設備投資等があります。
有価証券報告書提出日現在において支出が予定されている重要な資本的支出はありません。
(5) 重要な会計方針及び見積り
当社グループの重要な会計方針及び見積りについては、「第５ 経理の状況 １ 連結財務諸表等 (1) 連結財務
諸表 連結財務諸表注記 ２ 作成の基礎 、 ３ 重要な会計方針 及び ４ 重要な会計上の見積り及び判断」
に記載しております。
(6) 経営方針、経営戦略、経営上の目標の達成状況を判断するための客観的な指標等
経営方針・経営戦略、経営上の目標の達成状況を判断するための客観的な指標等につきましては、「第２ 事業の
状況１．経営方針、経営環境及び対処すべき課題等 （３）経営上の目標の達成状況を判断するための客観的な指
標」に記載のとおりであります。
当事業年度の期首時点においては、連結財務諸表を作成していなかったことから、当社の個別財務諸表における
売上高13,000,000千円以上、営業利益6,500,000千円以上、売上高営業利益率50.0％を目標としておりましたが、売
上高15,406,109千円、営業利益9,097,835千円、売上高営業利益率59.1％となり、目標を上回る結果となりました。
引き続きこれらの指標について、向上できるよう努めてまいります。
34/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(7) 並行開示情報
連結財務諸表規則(第７章及び第８章を除く。以下「日本基準」という。)により作成した要約連結財務諸表、要
約連結財務諸表作成のための基本となる重要な事項の変更は、次のとおりであります。
当連結会計年度より連結財務諸表を作成しているため、前連結会計年度の要約連結財務諸表については、記載し
ておりません。
なお、日本基準により作成した要約連結財務諸表については、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づく
監査を受けておりません。
① 要約連結貸借対照表
(単位：千円)
当連結会計年度
(2022年12月31日)
資産の部
流動資産 24,981,759
固定資産
有形固定資産 17,596,950
無形固定資産 9,192,594
8,298,449
投資その他の資産
固定資産合計 35,087,995
資産合計 60,069,755
負債の部
流動負債 10,483,399
19,080,269
固定負債
負債合計 29,563,669
純資産の部
株主資本 30,365,033
その他の包括利益累計額 119,562
新株予約権 21,490
－
非支配株主持分
純資産合計 30,506,085
負債純資産合計 60,069,755
35/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
② 要約連結損益計算書及び要約連結包括利益計算書
要約連結損益計算書
(単位：千円)
当連結会計年度
(自 2022年１月１日
至 2022年12月31日)
売上高 26,852,430
8,786,339
売上原価
売上総利益 18,066,091
販売費及び一般管理費 9,532,147
営業利益 8,533,944
営業外収益
58,821
505,328
営業外費用
経常利益 8,087,436
特別利益
145
1,163,050
特別損失
税金等調整前当期純利益 6,924,531
法人税等 286,647
当期純利益 6,637,884
非支配株主に帰属する当期純利益 －
親会社株主に帰属する当期純利益 6,637,884
要約連結包括利益計算書
(単位：千円)
当連結会計年度
(自 2022年１月１日
至 2022年12月31日)
当期純利益 6,637,884
△24,642
その他の包括利益合計
包括利益 6,613,242
(内訳)
親会社株主に係る包括利益 6,613,242
非支配株主に係る包括利益 －
③ 要約連結株主資本等変動計算書
当連結会計年度(自 2022年１月１日 至 2022年12月31日)
(単位：千円)
その他の
株主資本 新株予約権 純資産合計
包括利益累計額
当期首残高 23,801,194 144,204 21,490 23,966,889
当期変動額 6,563,838 △24,642 － 6,539,196
当期末残高 30,365,033 119,562 21,490 30,506,085
36/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
④ 要約連結キャッシュ・フロー計算書
(単位：千円)
当連結会計年度
(自 2022年１月１日
至 2022年12月31日)
営業活動によるキャッシュ・フロー △349,698
投資活動によるキャッシュ・フロー △27,328,029
財務活動によるキャッシュ・フロー 21,007,032
171,831
現金及び現金同等物に係る換算差額
現金及び現金同等物の増減額（△は減少） △6,498,864
現金及び現金同等物の期首残高 11,746,529
現金及び現金同等物の期末残高 5,247,665
⑤ 要約連結財務諸表作成のための基本となる重要な事項の変更
前事業年度(自 2021年１月１日 至 2021年12月31日)
該当事項はありません。
当連結会計年度(自 2022年１月１日 至 2022年12月31日)
新規取得により１社増加しております。
(8) 経営成績等の状況の概要に係る主要な項目における差異に関する情報
IFRSにより作成した連結財務諸表における主要な項目と日本基準により作成した場合の連結財務諸表におけるこ
れらに相当する項目との差異に関する事項は以下のとおりであります。
前事業年度(自 2021年１月１日 至 2021年12月31日)
「第５ 経理の状況 １ 連結財務諸表等 (1) 連結財務諸表 連結財務諸表注記」の「38．初度適用」をご参
照ください。
当連結会計年度(自 2022年１月１日 至 2022年12月31日)
(のれんの償却)
日本基準では、のれんをその効果が発現すると見積もられる期間にわたり均等償却しておりますが、IFRSで
は、のれんの償却は行われず、毎期減損テストを実施することが要求されます。この影響により、IFRSでは日
本基準に比べて販売費及び一般管理費が253,587千円減少しております。
(条件付対価の取扱い)
日本基準では、企業結合に係る株式売買契約における条件付対価について、契約で定めた条件が確定した時
点で、追加支払額を取得原価から増加させ、同額ののれんの金額を増加させますが、IFRSでは、条件付対価の
公正価値を見積もり、取得後の公正価値の変動額については純損益として処理することが要求されます。この
影響により、IFRSでは日本基準に比べ非流動負債のその他の金融負債が1,978,850千円、金融費用が1,978,850
千円増加しております。
（非上場株式の公正価値評価）
非上場株式について、日本基準では、原則として取得原価で計上しておりますが、IFRSでは、公正価値で測
定しております。この影響により、IFRSでは日本基準に比べ非流動資産のその他の金融資産が1,242,352千円増
加し、投資有価証券評価損が1,156,998千円減少しております。
37/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
４ 【経営上の重要な契約等】
(1) 基盤技術に関する独占ライセンス契約
相手先の名称
ニューヨーク州立大学 国立大学法人東京大学
Patent License Agreement（独占ライセンス契
契約名称 独占ライセンス契約
約）
①許諾内容 ①許諾内容
第三者に対する再実施権を含めた独占実施・ 第三者に対する再実施権を含めた独占実施・
許諾権 許諾権
主な契約内容 ②対象となる特許・発明 ②対象となる特許・発明
下表参照 下表参照
③契約期間 ③契約期間
下表参照 下表参照
対象発明の名称 出願者 出願日 登録日 登録/公開番号 契約期間
特許第4464684号
2003年２月18日
2010年２月26日
Ribozymes with Broad
ニ ュ ー 2007年３月21日
US 7,622,248 B2
2002年２月15日 2009年11月24日
tRNA Aminoacylation ヨーク州 から特許権の存続
EP 1483282 B1
2009年７月29日
2003年２月18日
立大学 期間終了の日まで
Activity
2012年４月17日
CA 2476425
2003年２月18日
特許第5119444号
2005年12月６日 2012年11月２日
国立大学
2006年12月１日
多目的アシル化触媒とその
US 8,188,260 B2
法人東京 2006年12月５日 2012年５月29日
から特許権の存続
用途
大学
EP 1964916 B1
2006年12月５日 2012年８月１日
期間終了の日まで
特許第5200241号
2006年11月17日
Ｎ末端に非天然骨格をもつ 国立大学 2013年２月22日
2006年12月１日
US 8,557,542 B2
ポリペプチドの翻訳合成と 法人東京 2007年11月13日 2013年10月15日
から特許権の存続
その応用 大学 2013年８月21日
EP 2088202 B1
2007年11月13日
期間終了の日まで
特許第5605602号
2014年10月15日
US 9,090,668 B2
2007年３月26日
国立大学 2015年７月28日
2008年２月１日
環状ペプチド化合物の合成
EP 2141175 B1
法人東京 2016年７月27日
2008年３月26日
から特許権の存続
方法
大学 2017年５月３日 EP 2990411 B1
2008年３月26日
期間終了の日まで
2017年６月28日
EP 3012265 B1
特許第5725467号
2010年８月27日
2015年５月27日
国立大学
2011年３月１日
US 9,701,993 B2
2011年８月26日
2017年７月11日
新規人工翻訳合成系 法人東京
から特許権の存続
― EP 2610348 A4
2011年８月26日
大学
期間終了の日まで
2015年９月８日 CN 103189522 B
2011年８月26日
N-メチルアミノ酸及びその
特許第5818237号
2010年９月９日 2015年11月18日
他の特殊アミノ酸を含む特 国立大学 2011年３月10日
US 9,410,148 B2
殊ペプチド化合物ライブラ 法人東京 2011年９月８日 2016年８月９日 から特許権の存続
リーの翻訳構築と活性種探 大学 期間終了の日まで
EP 2615455 B1
2011年９月８日 2017年11月１日
索法
特許第6004399号
2016年10月５日
2010年12月３日
安定化された二次構造を有
US 9,657,289 B2
2017年５月23日
国立大学 2011年３月１日
2011年12月５日
するペプチド、及びペプチ
US 10,435,439 B2
法人東京 から特許権の存続
2019年10月８日
ドライブラリー、それらの
2011年12月５日
大学 期間終了の日まで
EP 2647721 B1
2019年２月27日
製造方法
2015年９月８日
2015年11月25日 CN 103328648 B
ペプチドライブラリーの製
特許第6206943号
2010年３月12日
2017年10月４日
国立大学 2011年３月10日
造方法、ペプチドライブラ
US 10,195,578 B2
法人東京 2011年12月５日 から特許権の存続
2019年２月５日
リー、及びスクリーニング
大学 期間終了の日まで
2019年６月19日 EP 2647720 B1
2011年12月５日
方法
2018年５月11日
特許第6332965号
2012年３月９日
アゾリン化合物及びアゾー 国立大学 2019年４月26日
2011年３月10日
特許第6516382号
ル化合物のライブラリー、 法人東京 2012年３月９日 2019年２月５日
から特許権の存続
US 10,197,567 B2
並びにその製造方法 大学 2018年12月５日
2012年３月９日
期間終了の日まで
EP 2684952 B1
―
2012年６月６日 ― 特許第7049569号
pH依存的に標的分子に結合 国立大学 2012年８月１日
US 9,574,190 B2
するペプチドのスクリーニ 法人東京 2013年６月６日 2017年２月21日 から特許権の存続
ング方法 大学 EP 2868744 B1 期間終了の日まで
2013年６月６日 2018年10月24日
38/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
対象発明の名称 出願者 出願日 登録日 登録/公開番号 契約期間
国立大学
2013年３月８日
MATE活性阻害ペプチド 法人東京 2012年７月31日 2017年11月15日 特許第6229966号
から特許権の存続
大学
期間終了の日まで
2014年３月７日 特許第6257054号
2017年12月15日
国立大学 2013年３月８日
ヘテロ環を含む化合物の製
US 10,329,558 B2
法人東京 2014年３月７日
2019年６月25日
から特許権の存続
造方法
大学 EP 2966174 B1
2018年２月21日
2014年３月７日
期間終了の日まで
大環状ペプチド、その製造
2013年８月26日 特許第6754997号
国立大学 2020年８月27日 2013年８月１日
方法、及び大環状ペプチド
US 10,234,460 B2
法人東京 2014年８月26日 2019年３月19日 から特許権の存続
ライブラリを用いるスク
大学 ― EP 3040417 A4 期間終了の日まで
2014年８月26日
リーニング方法
2014年10月15日 特許第6426103号
2018年11月２日
国立大学
2014年３月１日
ｃ－Metタンパク質アゴニ
US 9,994,616 B2
2018年６月12日
法人東京 2014年10月15日
から特許権の存続
スト
大学 EP 3059244 B1
2020年８月26日
2014年10月15日
期間終了の日まで
2015年２月３日 特許第6643763号
2020年１月９日
国立大学
2014年３月１日
アゾール誘導体骨格を有す
US 9,783,800 B2
2017年10月10日
法人東京 2015年２月３日
から特許権の存続
るペプチドの製造方法
大学 EP 3103881 A4
―
2015年２月３日
期間終了の日まで
特許第7079018号
Ｄ－アミノ酸及びβ－アミ ―
国立大学
2018年３月１日か
US 2020308572 A1
ノ酸の取り込みを増強する ―
法人東京 2018年８月28日
ら特許権の存続期
EP 3699276 A1
ｔＲＮＡのＤ及びＴアーム ―
大学
間終了の日まで
の改変 ―
SG 11202003483S A
EP 4063377 A1
―
Ｎ－メチルアミノ酸の取り 国立大学
2021年５月26日か
― 特開2021-78428
込みを増強するｔＲＮＡの 法人東京 2019年11月19日
ら特許権の存続期
― SG 10202203885P
Ｔステムの改変 大学
間終了の日まで
―
WO2021/100833
(注) 上記契約の対価として一定料率のロイヤルティーを支払っております。
(2)合弁契約
相手先の名称 合弁会社名 事業内容 設立年月日
塩野義製薬株式会社 特殊ペプチド原薬の研究開発、
ペプチスター株式会社 2017年９月１日
積水化学工業株式会社 製造及び販売
細胞培養向け成長因子代替ペプ
三菱商事株式会社
ペプチグロース株式会社 2020年４月１日
チドの開発、製造及び販売
富士通株式会社
みずほキャピタル株式会社 医薬品の研究、開発、製造、販
ペプチエイド株式会社 2020年10月14日
株式会社竹中工務店 売及び輸出入
キシダ化学株式会社
(3)子会社における経営上の重要な契約
会社名 相手先の名称 契約名称 契約締結日 主な契約内容
公益社団法人日本 放射性医薬品の売買に
PDRファーマ株式会社 製品供給基本契約書 2014年２月18日
アイソトープ協会 関する基本事項
LICENSE AND
Cardiolite®及び
Lantheus Medical
PDRファーマ株式会社 DISTRIBUTION 2013年１月１日 Neurolite®に関する
Imaging, Inc.
ライセンス契約
AGREEMENT
39/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
５ 【研究開発活動】
当社グループの研究開発は、創薬開発事業においては当社独自のPDPSを活用することによる自社創薬及び世界中の
特別な技術を有する創薬企業、バイオベンチャー企業、アカデミア等と戦略的な提携を組むことで、放射性医薬品事
業においては海外製品の導入や当社グループの自社品又はパートナーとの共同開発品の国内開発・商業化等により自
社のパイプライン拡充を図っております。
(1) 創薬開発事業
当社がAmolyt Pharma（Amolyt社）にライセンス・アウトしたGhRアンタゴニストについてAmolyt社は2022年５月
の欧州内分泌学会（ECE）と2022年６月の米国内分泌学会（ENDO）において同様に成長ホルモン受容体拮抗薬である
Pfizer社のペグビソマントと比較して血中IGF-1濃度のコントロールに優れているという動物実験の結果を発表いた
しました。Amolyt社は、IND準備試験を開始しており、2023年中の臨床入りを目標にしています。
当社関連会社であるペプチエイド株式会社（以下、ペプチエイド）で新型コロナウイルス感染症治療薬として開
発を進めているPA-001について2022年２月より実施していた臨床研究法に基づく早期探索的臨床研究において健常
人における良好な安全性プロファイルが確認されたことを2022年８月に発表いたしました。
また、2022年12月、当社とRayzeBio社の戦略的提携プログラムから一つ目となる、ペプチド－放射性核種複合体
（RI-PDC）の開発候補化合物を選定いたしました。
自社/戦略的提携プログラムについての主な進捗は下表のとおりです。
ターゲット/作用機序 適応症 モダリティ 主な進捗
・Biohaven社との戦略的提携プログラ
ム
CD38 多発性骨髄腫 MPC
・2021/10より自家NK細胞との同時投与
による第1a/1b相臨床試験を実施中
・当社関連会社であるペプチエイドに
よる自社プログラム
S2 Protein antagonist
COVID-19 Peptide ・2022/8に臨床研究を完了し、良好な
安全性・薬物動態プロファイルを確
認
・Amolyt社との戦略的提携プログラム
先端巨大症/
・2021/9に当社からAmolyt社にライセ
GhR antagonist
Peptide
ンス、2023年中の臨床試験入りを目
神経内分泌腫瘍
指す
・川崎医科大学との共同研究を実施す
デュシェンヌ型
る自社プログラム
Myostatin antagonist
筋ジストロフィー/ Peptide
・臨床候補化合物の選定中、臨床開発
脊椎性筋萎縮症など
プラン/パートナリングの検討
・RayzeBio社との戦略的提携プログラ
ム
Glypican-3 肝臓がん RI-PDC ・臨床候補化合物の選定完了（2023年
３月）
・GLP安全性試験-INDステージ
・RayzeBio社との戦略的提携プログラ
ム
非開示 がん RI-PDC ・臨床候補化合物の選定完了（2022年
12月）
・GLP安全性試験-INDステージ
・モジュラス社との戦略的提携プログ
ラム
・キナーゼに対する選択的低分子阻害
c-Kit antagonist
アレルギー性疾患 低分子
剤を当社のPDPS技術で得られたヒッ
トペプチドの活用により開発
・パートナリング協議中
・自社プログラム
HA Protein antagonist
インフルエンザ Peptide ・グローバルな市場環境の変化を見据
えたパートナリング検討中
・JCRファーマとの共同研究において創
製
・2021/7に武田薬品工業とCNS疾患にお
中枢神経系疾患
ける複数のターゲットに対する提携
TfR binder
PDC
を実施、その他パートナー候補との
神経筋疾患
交渉を継続中
・2020/12に武田薬品工業と神経筋疾患
における包括的な提携を実施
40/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
ターゲット/作用機序 適応症 モダリティ 主な進捗
・Sosei Heptaresとの戦略的提携プロ
グラム
・2021/5に経口投与に適した新規ペプ
チドの創製に成功、炎症性腸疾患等
PAR2 antagonist
炎症性腸疾患 Peptide
の消化器疾患における炎症
・疼痛に対する経口治療薬として前臨
床試験を進めるとともに、様々な
パートナリングや導出の可能性を積
極的に協議
・自社プログラム
・他のサイトカイン阻害ペプチドと結
IL17 自己免疫疾患 Peptide/MPC
合させ、多機能ペプチド複合体の開
発を目指す
(2) 放射性医薬品事業
2022年11月、PDRファーマはLilly社との間で、アルツハイマー型認知症のPET診断薬であるflortaucipir(18F)
（米国での商品名：Tauvid®）の日本における共同開発契約を締結いたしました。PDRファーマは、これまでにLilly
社との間で脳内アミロイドβプラーク可視化を行うPET診断薬であるアミヴィッド®静注の日本における共同開発・
商業化に関して提携関係を構築してまいりました。アミヴィッド®（18F）は2016年に日本での承認を取得し、現
在、PDRファーマが販売しております。Flortaucipir(18F)は、PETを用いて脳内の異常蓄積タウタンパク質による神
経原線維変化（NFTs）を可視化する放射性診断薬です。タウタンパク質は、アルツハイマー型認知症等において神
経細胞死よりも先行して凝集・蓄積がみられることから神経変性疾患の進行に大きく関わると考えられておりま
す。Flortaucipir(18F)は、2020年５月に米国で承認されており、日本での承認取得後はPDRファーマが製造及び販
売を実施する予定です。PDRファーマは、これまでフルデオキシグルコース（18F）及びアミヴィッド®（18F）に関
してPET診断薬の開発・製造・販売の実績を有しており、今後さらにFlortaucipir(18F)が承認されることでアルツ
ハイマー型認知症領域におけるPET診断薬の活用範囲がより一層拡大していくことを期待しております。放射性医薬
品事業においては下表の４つの臨床開発プログラムを実施しております。
こうした活動の結果、当連結会計年度における研究開発費は 2,915,118 千円、売上高研究開発費比率は 10.9 ％となり
ました。
41/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
第３ 【設備の状況】
１ 【設備投資等の概要】
当連結会計年度の設備投資については、研究開発の充実・強化などを目的として総額 3,890,942 千円の設備投資を実
施いたしました。
２ 【主要な設備の状況】
当社グループにおける主要な設備は以下のとおりです。
(1) 提出会社
2022年12月31日 現在
帳簿価額(千円)
事業所名 セグメント 設備の 従業員
(所在地) の名称 数(名)
内容
建物及び 機械装置 工具、器具 土地
使用権資産 その他 合計
構築物 及び運搬具 及び備品 (面積㎡)
本社
(神奈川県 研究 4,131,495
創薬開発事業 3,435,393 － 1,290,583 － 261,267 9,118,739 155
川崎市 設備 (4,709.57)
川崎区)
(注) 現在休止中の主要な設備はありません。
(2) 国内子会社
①PDRファーマ株式会社
帳簿価額(千円)
事業所名 セグメント 設備の 従業員
(所在地) の名称 数(名)
内容
建物及び 機械装置 工具、器具 土地
使用権資産 その他 合計
構築物 及び運搬具 及び備品 (面積㎡)
医薬
千場事業所
放射性医薬品 品生 124,084
1,782,607 1,176,768 311,417 319,871 125,246 3,839,995 129
(千葉県
事業 産設 (65,227)
山武市)
備
川崎PETラボ
医薬
（神奈川県 品生 996,385
放射性医薬品
1,210,522 385,792 59,879 － 40,653 2,693,232 17
川崎市 事業 産設 (3,459)
備
川崎区）
医薬
茨木PETラボ
放射性医薬品 品生 608,854
（大阪府 1,130,078 385,646 58,365 228 41,068 2,224,242 20
事業 産設 (5,500)
茨木市）
備
(注) 現在休止中の主要な設備はありません。
３ 【設備の新設、除却等の計画】
(1）重要な設備の新設等
該当事項はありません。
(2）重要な設備の除却等
該当事項はありません。
42/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
第４ 【提出会社の状況】
１ 【株式等の状況】
(1) 【株式の総数等】
① 【株式の総数】
種類 発行可能株式総数(株)
普通株式 342,400,000
計 342,400,000
② 【発行済株式】
事業年度末現在 提出日現在
上場金融商品取引所
種類 発行数(株) 発行数(株) 名又は登録認可金融 内容
商品取引業協会名
( 2022年12月31日 ) (2023年３月30日)
完全議決権株式であり、権利内
容に何ら限定のない当社におけ
東京証券取引所
普通株式 130,010,400 130,010,400 る標準となる株式であります。
(プライム市場)
なお、単元株式数は100株であ
ります。
計 130,010,400 130,010,400 － －
（注）提出日現在発行数には、2023年３月１日からこの有価証券報告書提出日までの新株予約権の行使により発行さ
れた株式数は、含まれておりません。
43/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(2) 【新株予約権等の状況】
① 【ストックオプション制度の内容】
第８回新株予約権(2021年11月18日取締役会決議)
決議年月日 2021年11月18日
当社取締役 ６名
付与対象者の区分及び人数
当社従業員 23名
新株予約権の数（個） ※ 30,700 (注)１
新株予約権のうち自己新株予約権の数
－
(個) ※
新株予約権の目的となる株式の種類、
普通株式 3,070,000 (注)１
内容及び数（株） ※
新株予約権の行使時の払込金額
2,893(注)２
（円） ※
新株予約権の行使期間 ※ 2027年４月１日～2032年３月31日
新株予約権の行使により株式を発行す
発行価格 2,900
る場合の株式の発行価格及び資本組入
資本組入額 1,450
額（円） ※
新株予約権の行使の条件 ※ (注)３
第三者に対して、本新株予約権の全部又は一部につき譲渡、質入その他一
新株予約権の譲渡に関する事項 ※
切の処分をすることができないものとする。
組織再編成行為に伴う新株予約権の交
(注)４
付に関する事項 ※
※ 当事業年度の末日(2022年12月31日)における内容を記載しております。なお、提出日の前月末(2023年２月28日)
現在において、これらの事項に変更はありません。
(注) １. 新株予約権１個当たりの目的となる株式の数（以下「付与株式数」という。）は、当社普通株式100株であ
ります。
当社が株式分割又は株式併合を行う場合には、新株予約権の目的たる株式の数は次の算式により調整される
ものとします。ただし、この調整は、当該時点で権利行使をしていない本新株予約権の目的たる株数につい
てのみ行われ、調整の結果１株未満の端数が生じた場合はこれを切り捨てるものとします。
調整後株式数 ＝ 調整前株式数 × 分割・併合の比率
また、当社が株式の無償割当を行う場合、他社と吸収合併若しくは新設合併を行う場合、当社が他社との株
式交換若しくは株式移転を行う場合、又は、当社が吸収分割若しくは新設分割を行う場合、当社は未行使の
新株予約権の目的たる株式の数について合理的に必要と認める調整を行うことができるものとします。
２. 本新株予約権の割当日後、当社が株式分割又は株式併合を行う場合、次の算式により行使価額を調整し、調
整による１円未満の端数は切り上げるものとします。
1
調整後行使価額 ＝ 調整前行使価額 ×
分割（又は併合）の比率
また、本新株予約権の割当日後、当社が当社普通株式につき時価を下回る価額で新株の発行又は自己株式の
処分を行う場合（新株予約権の行使に基づく新株の発行及び自己株式の処分並びに株式交換による自己株式
の移転の場合を除く。）、次の算式により行使価額を調整し、調整による１円未満の端数は切り上げるもの
とします。
新規発行 １株当たり
×
既発行
株式数 払込金額
＋
株式数
新規発行前の１株当たりの時価
調整後 調整前
＝ ×
行使価額 行使価額
既発行株式数 ＋ 新規発行株式数
なお、上記算式において「既発行株式数」とは、当社普通株式に係る発行済株式総数から当社普通株式に係
る自己株式数を控除した数とし、また、当社普通株式に係る自己株式の処分を行う場合には、「新規発行株
式数」を「処分する自己株式数」に読み替えるものとします。
さらに、上記のほか、本新株予約権の割当日後、当社が他社と合併する場合、会社分割を行う場合、その他
これらの場合に準じて行使価額の調整を必要とする場合には、当社は、合理的な範囲で適切に行使価額の調
整を行うことができるものとします。
３. 新株予約権の行使の条件
(1)2022年12月期から2026年12月期までの事業年度において、EBITDAの累計額が、下記(a)又は(b)に定める水
準を超過した場合、それぞれに定められている割合（以下、「行使可能割合」という。）を上限として、こ
れ以降本新株予約権を行使することができる。
(a) EBITDAの累計額が450億円を超過した場合：行使可能割合 割り当てられた本新株予約権の50％
(b) EBITDAの累計額が500億円を超過した場合：行使可能割合 割り当てられた本新株予約権の100％
44/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
なお、上記におけるEBITDAは当社の損益計算書(連結損益計算書を作成している場合には連結損益計算書)に
記載された税引前当期純利益に支払利息及びM&A関連費用を加算し、キャッシュ・フロー計算書(連結キャッ
シュ・ フロー計算書を作成している場合には連結キャッシュ・フロー計算書)に記載された減価償却費、の
れん償却費、減損損失を加算した額をいう。加えて、当該損益計算書に本新株予約権に係る株式報酬費用が
計上されている場合には、これによる影響を排除した株式報酬費用控除前EBITDAをもって判定するものとす
る。
(2)本新株予約権１個未満の行使を行うことはできないものとする。
４. 組織再編成行為に伴う新株予約権の交付に関する事項
当社が、合併（当社が合併により消滅する場合に限る。）、吸収分割、新設分割、株式交換又は株式移転
（以上を総称して以下「組織再編行為」という。）を行う場合において、組織再編行為の効力発生日に新株
予約権者に対し、それぞれの場合につき、会社法第236条第１項第８号イからホまでに掲げる株式会社（以
下「再編対象会社」という。）の新株予約権を以下の条件に基づきそれぞれ交付することとします。ただ
し、以下の条件に沿って再編対象会社の新株予約権を交付する旨を、吸収合併契約、新設合併契約、吸収分
割契約、新設分割計画、株式交換契約又は株式移転計画において定めた場合に限るものとします。
(1) 交付する再編対象会社の新株予約権の数
新株予約権者が保有する本新株予約権の数と同一の数をそれぞれ交付します。
(2) 新株予約権の目的となる再編対象会社の株式の種類
再編対象会社の普通株式とします。
(3) 新株予約権の目的となる再編対象会社の株式の数
組織再編行為の条件を勘案の上、上記(注)１に準じて決定します。
(4) 新株予約権の行使に際して出資される財産の価額
交付される各新株予約権の行使に際して出資される財産の価額は、組織再編行為の条件等を勘案の上、上記
(注)２で定められる行使価額を調整して得られる再編後の行使価額に、上記(注)４(3)に従って決定される
当該新株予約権の目的となる再編対象会社の株式の数を乗じた額とします。
(5) 新株予約権を行使することができる期間
交付される新株予約権を行使することが出来る期間は、新株予約権の行使期間の初日と組織再編行為の効力
発生日のうち、いずれか遅い日から行使期間の末日までとします。
(6) 新株予約権の行使により株式を発行する場合における増加する資本金及び資本準備金に関する事項
上表の「新株予約権の行使により株式を発行する場合の株式の発行価格及び資本組入額（円）」に準じて決
定します。
(7) 譲渡による新株予約権の取得の制限
譲渡による取得の制限については、再編対象会社の取締役会の決議による承認を要するものとします。
(8) その他新株予約権の行使の条件
上記(注)３に準じて決定します。
(9) 新株予約権の取得事由及び条件
(a)当社が消滅会社となる合併契約、当社が分割会社となる会社分割についての分割契約若しくは分割計
画、又は当社が完全子会社となる株式交換契約若しくは株式移転計画について株主総会の承認（株主総会の
承認を要しない場合には取締役会決議）がなされた場合は、当社は、当社取締役会が別途定める日の到来を
もって、本新株予約権の全部を無償で取得することができます。
(b)新株予約権者が権利行使をする前に、上記(注)３に定める規定により本新株予約権の行使ができなく
なった場合は、当社は新株予約権を無償で取得することができます。
(c)新株予約権者が本新株予約権の全部又は一部の放棄を申し出た場合は、当社はこれを無償で取得するこ
とができます。
(10) その他の条件については、再編対象会社の条件に準じて決定します。
② 【ライツプランの内容】
該当事項はありません。
③ 【その他の新株予約権等の状況】
該当事項はありません。
45/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(3) 【行使価額修正条項付新株予約権付社債券等の行使状況等】
該当事項はありません。
(4) 【発行済株式総数、資本金等の推移】
発行済株式 発行済株式 資本金 資本金 資本準備金 資本準備金
年月日
総数増減数 総数残高 増減額 残高 増減額 残高
(株) (株) (千円) (千円) (千円) (千円)
2017年７月１日～
2018年６月30日 8,096,000 122,714,400 45,214 3,915,983 45,214 3,912,265
(注)
2018年７月１日～
2019年６月30日 2,596,000 125,310,400 14,558 3,930,541 14,558 3,926,823
(注)
2020年１月１日～
2020年12月31日 600,000 125,910,400 3,344 3,933,885 3,344 3,930,167
(注)
2021年１月１日～
2021年12月31日 4,100,000 130,010,400 22,852 3,956,738 22,852 3,953,020
(注)
(注) 新株予約権の行使によるものであります。
(5) 【所有者別状況】
2022年12月31日 現在
株式の状況（１単元の株式数 100 株）
単元未満
区分 外国法人等 株式の状況
政府及び
金融商品 その他の 個人
(株)
地方公共 金融機関 計
取引業者 法人 その他
団体
個人以外 個人
株主数
1 18 35 249 297 86 27,656 28,342 －
(人)
所有株式数
22 272,771 8,013 26,969 431,775 45,440 514,770 1,299,760 34,400
(単元)
所有株式数
0.001 20.986 0.616 2.074 33.219 3.496 39.605 100.000 －
の割合(％)
(注)自己株式 247 株は、「個人その他」の所有者区分に含まれております。
46/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(6) 【大株主の状況】
2022年12月31日 現在
発行済株式
(自己株式を
所有株式数
除く。)の総
氏名又は名称 住所
数に対する
(千株)
所有株式数
の割合(％)
日本マスタートラスト信託銀行
東京都港区浜松町２丁目11番３号 15,168 11.67
株式会社（信託口）
窪田 規一 東京都目黒区 13,612 10.47
菅 裕明 東京都文京区 12,092 9.30
株式会社日本カストディ銀行
東京都中央区晴海１丁目8番12号 9,705 7.47
（信託口）
TAIYO FUND, L.P.
5300 CARILLON POINT KIRKLAND, WA 98033, USA
5,039 3.88
（常任代理人 株式会社三菱UFJ
（東京都千代田区丸の内2丁目7-1）
銀行）
リード・パトリック 東京都渋谷区 4,490 3.45
村上 裕 愛知県名古屋市千種区 4,377 3.37
SSBTC CLIENT OMNIBUS ACCOUNT
ONE LICON STREET, BOSTON MA USA 02111
3,739 2.88
（常任代理人 香港上海銀行東
（東京都中央区日本橋3丁目11番1号）
京支店カストディ業務部）
TAIYO HANEI FUND, L.P.
5300 CARILLON POINT KIRKLAND, WA 98033, USA
2,520 1.94
（常任代理人 株式会社三菱UFJ
（東京都千代田区丸の内2丁目7-1）
銀行）
STATE STREET BANK AND TRUST
P.O.BOX 351 BOSTON MASSACHUSETTS 02101 USA
COMPANY 505227
2,167 1.67
（東京都港区港南2丁目15-1）
（常任代理人 株式会社みずほ
銀行決済営業部）
計 － 72,913 56.08
(注)１. 上記の所有株式数のうち、信託業務に係る株式数は次のとおりであります。
日本マスタートラスト信託銀行株式会社（信託口） 15,168千株
株式会社日本カストディ銀行（信託口） 9,705千株
２. 持株比率は自己株式（ 247株 ）を控除して計算しております。なお、自己株式の数には、株式給付信託の信
託財産として、株式会社日本カストディ銀行（信託Ｅ口）が保有する当社株式 179,200株 は含まれておりま
せん。
47/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(7) 【議決権の状況】
① 【発行済株式】
2022年12月31日 現在
区分 株式数(株) 議決権の数(個) 内容
無議決権株式 － － －
議決権制限株式(自己株式等) － － －
議決権制限株式(その他) － － －
完全議決権株式(自己株式等) 200 － －
完全議決権株式であり、権利内容に
普通株式 何ら限定のない当社における標準と
完全議決権株式(その他) 1,299,758
なる株式であり、単元株式数は100株
129,975,800
であります。
普通株式
単元未満株式 － －
34,400
発行済株式総数 130,010,400 － －
総株主の議決権 － 1,299,758 －
(注) １. 株式会社日本カストディ銀行（信託Ｅ口）が所有する当社株式 179,200 株（議決権の数1,792個）につき
ましては、「完全議決権株式（その他）」に含めて表示しております。
２.「単元未満株式」欄の普通株式には、当社所有の自己株式47株が含まれております。
② 【自己株式等】
2022年12月31日 現在
発行済株式
自己名義 他人名義 所有株式数
所有者の氏名 総数に対する
所有者の住所 所有株式数 所有株式数 の合計
又は名称 所有株式数
(株) (株) (株)
の割合(％)
神奈川県川崎市川崎区殿町
ペプチドリーム株式会社 200 - 200 0.00
三丁目25番23号
計 － 200 - 200 0.00
(注) 株式会社日本カストディ銀行（信託Ｅ口）が所有する当社株式 179,200 株は、上記自己名義株式数として記載
しておりません。
48/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(8) 【役員・従業員株式所有制度の内容】
当社は、2016年８月22日開催の取締役会において役員報酬制度の見直しを行い、新たに業績連動型株式報酬制度
「株式給付信託（ＢＢＴ（＝Board Benefit Trust））」（以下「本制度」といいます。）を導入しております。ま
た、同日開催の取締役会において、当社の株価や業績と従業員の処遇の連動性をより高め、経済的な効果を株主の皆
様と共有することにより、株価及び業績向上への従業員の意欲や士気を高めるため、従業員に対して自社の株式を給
付するインセンティブプラン「株式給付信託（Ｊ－ＥＳＯＰ）」（以下「本制度」といいます。）を導入しておりま
す。
(株式給付信託「ＢＢＴ」)
１．本制度の概要
本制度は、当社が拠出する金銭を原資として当社株式が信託を通じて取得され、当社取締役に対して、取締役会が
定める役員株式給付規程に従って、当社株式及び当社株式を時価で換算した金額相当の金銭（以下「当社株式等」と
いいます。）が信託を通じて給付される業績連動型の株式報酬制度です。なお、取締役が当社株式等の給付を受ける
時期は、原則として取締役の退任時といたします。
２．取締役に給付する予定の株式の総数
当事業年度末で、株式会社日本カストディ銀行（信託Ｅ口）が111,700株、363,431千円保有しております。
３．当該株式給付信託（ＢＢＴ）による受益権その他の権利を受けることができる者の範囲
当社取締役（社外取締役及び監査等委員である取締役は、本制度の対象外といたします。）
49/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(株式給付信託「Ｊ－ＥＳＯＰ」)
１．本制度の概要
本制度は、あらかじめ当社が定めた株式給付規程に基づき、一定の要件を満たした当社の従業員に対し当社株式を
給付する仕組みです。当社は、従業員に対し個人の貢献度等に応じてポイントを付与し、一定の条件により受給権
の取得をしたときに当該付与ポイントに相当する当社株式を給付します。従業員に対し給付する株式については、あ
らかじめ信託設定した金銭により将来分も含め取得し、信託財産として分別管理するものとします。
本制度の導入により、当社従業員の株価及び業績向上への関心が高まり、これまで以上に意欲的に業務に取り組むこ
とが期待されます。
２．従業員に給付する予定の株式の総数
当事業年度末で、株式会社日本カストディ銀行（信託Ｅ口）が67,500株、242,934千円保有しております。
３．当該株式給付信託（Ｊ－ＥＳＯＰ）による受益権その他の権利を受けることができる者の範囲
株式給付規程に定める受益者要件を満たした者
50/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
２ 【自己株式の取得等の状況】
【株式の種類等】
会社法155条第７号による普通株式の取得
(1) 【株主総会決議による取得の状況】
該当事項はありません。
(2) 【取締役会決議による取得の状況】
該当事項はありません。
(3) 【株主総会決議又は取締役会決議に基づかないものの内容】
区分 株式数(株) 価額の総額(千円)
当事業年度における取得自己株式 83 167
当期間における取得自己株式 - -
(注)当期間における取得自己株式には、2023年３月１日から有価証券報告書提出日までの単元未満株式の買取りに
よる株数は含めておりません。
(4) 【取得自己株式の処理状況及び保有状況】
当事業年度 当期間
区分
処分価額の総額 (千円)
株式数(株) 株式数(株) 処分価額の総額(千円)
引き受ける者の募集を
- - - -
行った取得自己株式
消却の処分を行った取得
- - - -
自己株式
合併、株式交換、株式交
付、会社分割に係る移転 - - - -
を行った取得自己株式
その他(－) - - - -
保有自己株式数 247 - 247 -
(注)当期間における保有自己株式数には、2023年３月１日から有価証券報告書提出日までの単元未満株式の買取り
による株式数は含めておりません。
３ 【配当政策】
一般には、バイオベンチャー企業の場合は研究開発活動のために剰余金は内部留保に充当すべきとの考え方も存在
します。しかしながら、当社においては配当による株主様への利益還元も重要な経営課題だと認識しております。
当社は、将来においても安定的な収益の獲得が可能であり、かつ、研究開発資金を賄うに十分な利益が確保できる
場合には、将来の研究開発活動等に備えるための内部留保充実の必要性等を総合的に勘案した上で、利益配当につい
ても検討してまいります。
なお、当社は「剰余金の配当等会社法第459条第１項各号に定める事項については、法令に別段の定めがある場合を
除き、取締役会の決議により定めることができる」旨を定款に定めております。
また、当社は「会社法第454条第５項の規定に基づき、取締役会の決議をもって中間配当を行うことができる」旨定
款に定めております。
51/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
４ 【コーポレート・ガバナンスの状況等】
(1) 【コーポレート・ガバナンスの概要】
① コーポレート・ガバナンスに関する基本的な考え方
当社は、経営理念である「独自の創薬開発プラットフォームシステム： PDPSを活用し、特殊環状ペプチドによ
る創薬を完成させることにより、世界中にいる疾病で苦しむ方々に貢献すること」を目的としております。その
実現のため、公正で透明性の高い経営を行い、企業価値を継続的に高め企業の社会的責任を果たし、当社のすべ
てのステークホルダー（利害関係者）から信頼を得ることが不可欠であると考えます。
今後とも、コンプライアンスの徹底を図るとともに、積極的かつ迅速な情報開示による透明性・健全性の向上
と効率経営を実現するための施策並びに組織体制の継続的な改善・強化に努めてまいります。
② 企業統治の体制の概要及び当該体制を採用する理由
当社は、取締役会における議決権を有する４名の監査等委員が経営の意思決定に関わることで、取締役会の監
査・監督機能を強化することができ、当社のコーポレート・ガバナンスをより一層充実させるとともに経営の効
率化を図ることが可能であると判断し、統治体制を監査等委員会設置会社としております。当社のコーポレー
ト・ガバナンス体制は以下のとおりであります。
a. 取締役会
取締役会は、当社経営上の重要事項に関する意思決定を行うとともに、取締役の業務執行についての監督を
行っております。有価証券報告書提出日現在、取締役会は取締役３名（監査等委員である取締役を除く。）、
監査等委員である取締役４名の計７名で構成されています。監査等委員である取締役４名のうち独立社外取締
役は４名おり、役員の過半数を独立社外取締役で構成することにより、取締役会の監視機能を強化しておりま
す。取締役会は、毎月１回の定例取締役会に加え、必要に応じて臨時取締役会を開催し、迅速かつ効率的な経
営監視体制をとっております。なお、取締役の氏名については、「(2)役員の状況」に記載しております。
取締役会の議長は、代表取締役社長CEOが務めております。
＜取締役会の構成及びスキルマトリックス＞ ※当社見解に基づく/当社作成
技術 法務
内部統制
人事・労
財務
グローバル
・ ・
企業
・
務・人財
・ 環境 社会
ビジネス
経営
研究 リスク
ガバナンス
開発
会計
開発 管理
リード・ 代表取締役
〇 〇 〇 〇 〇 〇 〇
パトリック 社長CEO
取締役
舛屋 圭一
〇 〇 〇 〇 〇 〇
副社長COO
取締役
金城 聖文
〇 〇 〇 〇 〇 〇 〇 〇
副社長CFO
社外取締役
笹岡 三千雄
（常勤監査 〇 〇 〇 〇 〇 〇
等委員）
社外取締役
長江 敏男
（監査等委 〇 〇 〇 〇 〇 〇
員）
社外取締役
花房 幸範
（監査等委 〇 〇 〇 〇 〇
員）
社外取締役
宇都宮 純子
（監査等委 〇 〇 〇 〇 〇
員）
b. 監査等委員会
監査等委員会は、取締役の職務の執行状況等についての監査を行い、会計監査人や内部監査部門とも連携
し、有効に監査が行えるように努めております。有価証券報告書提出日現在、社外取締役４名で構成してお
り、社外取締役４名全員を独立役員に指定しております。なお、監査等委員の氏名については、「(2)役員の状
況」に記載しております。
監査等委員会の議長は、常勤監査等委員が務めております。
c. 指名・報酬委員会
指名・報酬委員会は、取締役会の決議により選定された委員により構成され、取締役会の機能の独立性・客
52/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
観性と説明責任を強化することを目的とし、取締役会の任意の諮問機関として設置しております。代表取締役
及び役付取締役の選解任と取締役候補の指名を行うに当たっての方針と手続及び議案の原案、取締役の報酬等
を 決定するに当たっての方針及び議案の原案、取締役(監査等委員である取締役を除く)の個人別の報酬等の内
容に係る方針及び議案の原案 等について、諮問に対する審議及び答申を行っております。
有価証券報告書提出日現在、指名・報酬委員会は監査等委員である取締役２名(笹岡 三千雄、長江 敏男)、
取締役２名(リード・パトリック、金城 聖文)で構成されております。
指名・報酬委員会の議長は常勤監査等委員が務めております。
d. サステナビリティ・ガバナンス委員会
サステナビリティ・ガバナンス委員会は、取締役会の決議により選定された委員により構成され、当社のサ
ステイナビリティに係る取組みに対する取締役会のモニタリング機能を強化することを目的とし、取締役会の
任意の諮問機関として設置しております。サステナビリティ・ガバナンス委員会では、主に、サステイナビリ
ティに関する取組みの全体方針、サステイナビリティに関する取組みの進捗状況、その他、取締役会が必要と
認めた事項 等について、諮問に対する審議及び答申を行っております。
有価証券報告書提出日現在、サステナビリティ・ガバナンス委員会は監査等委員である取締役３名(笹岡 三
千雄、花房 幸範、宇都宮 純子)、取締役１名(金城 聖文)で構成されております。
サステナビリティ・ガバナンス委員会の議長は宇都宮 純子が務めております。
e. コンプライアンス・リスクマネジメント委員会
コンプライアンス・リスクマネジメント委員会は、経営管理部を所管する取締役等により構成され、会社の
コンプライアンス及びリスクマネジメントに関する事項を議論することを目的として設置された委員会であ
り、コンプライアンス・リスクマネジメント委員会では、主に、コンプライアンス・リスクマネジメント体制
の構築、管理及び維持、並びに、当社において想定されるリスクの洗い出し、評価、及び予防策の策定等を行
い、社長に報告を行っております。
有価証券報告書提出日現在、コンプライアンス・リスクマネジメント委員会は取締役１名(金城 聖文)、監査
等委員である取締役２名（長江 敏男、宇都宮 純子）、経営管理部法務・コンプライアンスグループから指名
された者１名等で構成されております。
コンプライアンス・リスクマネジメント委員会の議長は取締役１名（金城 聖文）及び監査等委員である取締
役１名（長江 敏男）が共同で務めております。
53/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
＜会社の機関・内部統制の関係図＞
③ 企業統治に関するその他の事項
a. 内部統制システム整備の状況
当社は、取締役会において、「内部統制システムの整備に関する基本方針」を決議し、業務の適正を確保す
るための体制作りと管理体制のより一層の整備を図ることとしております。
取締役会においては、経営の基本方針、法令及び定款、会社諸規程の定めるところにより、経営に関する重
要事項等について意思決定を行うとともに、取締役の職務の執行を監督しております。
b. リスク管理体制
当社は、「内部統制システムの整備に関する基本方針」に基づき、リスク管理を強化するため、「リスク管理
規程」を制定し、リスク情報を早期に把握・共有することでリスクの顕在化を未然に防止する体制の構築に努め
ております。
また、法律事務所、特許事務所及び会計事務所等の法務・会計専門家並びに社外の研究者等外部の専門家との
相談や意見交換を通じて、事業に係るリスクをはじめとする諸情報を得て、最善と考えられる経営判断を行うよ
う努めております。
c. 責任限定契約について
ア 社外取締役の責任限定契約
当社と社外取締役とは、会社法第427条第１項及び定款の規定に基づき、同法第423条第１項の損害賠償責任
を限定する契約を締結しております。当該契約に基づく損害賠償責任の限度額は、金100万円と法令の定める最
低責任限度額とのいずれか高い額としています。
イ 会計監査人との間の責任限定契約
当社と会計監査人とは、会社法第427条第１項及び定款の規定に基づき、同法第423条第１項の損害賠償責任
を限定する契約を締結しております。当該契約に基づく損害賠償責任の限度額は、金100万円と法令の定める最
低責任限度額とのいずれか高い額としています。
d. 取締役の定数及び取締役の選任の決議条件
当社は、取締役（監査等委員である取締役を除く。）の員数を７名以内、監査等委員である取締役の員数を
４名以内とする旨を定款に定めております。また、取締役の選任は、「監査等委員である取締役とそれ以外の
取締役とを区別して、株主総会において議決権を行使することができる株主の議決権の３分の１以上を有する
株主が出席し、その議決権の過半数をもって行う」ものとし、「累積投票によらないものとする」旨定款に定
めております。
54/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
e. 株主総会決議事項を取締役会で決議することができることとした事項
ア 取締役の責任免除
当社は、職務の遂行にあたり期待される役割を十分に発揮できるようにするため、会社法第426条第１項及び
定款の規定により、任務を怠ったことによる取締役（取締役であった者を含む。）の損害賠償責任を、法令の
定める限度額の範囲内において、取締役会の決議によって免除することができる旨、定款に定めております。
イ 中間配当に関する事項
当社は、株主への適切な利益還元を可能とするため、会社法第454条第５項の規定により、取締役会の決議に
よって中間配当をすることができる旨を定款に定めております。
ウ 自己株式の取得
当社は、機動的に自己株式の取得を行うことを目的として、会社法第165条第２項の規定により、取締役会の
決議によって市場取引等により自己の株式を取得することができる旨を定款に定めております。
f. 株主総会の特別決議要件
当社は、株主総会の円滑な運営を行うことを目的として、会社法第309条第２項に定める決議について、議決権
を行使することができる株主の議決権の３分の１以上を有する株主が出席し、その議決権の３分の２以上をもっ
て行う旨を定款に定めております。
g. 役員等賠償責任保険 契約の内容の概要等
当社は、会社法第430条の３第１項に規定する役員等賠償責任保険契約を保険会社との間で締結しており、その
内容は次のとおりであります。
①被保険者の範囲
当社の取締役の全員
②被保険者の実質的保険料負担割合
保険料は特約部分も含め当社が負担しており、被保険者(当社を除く。)の実質的な保険料負担はありませ
ん。
③補填対象となる保険事故の概要
当該保険契約では被保険者である役員等がその職務の執行に関し責任を負うこと、又は、当該責任の追及に
係る請求を受けることによって生ずることのある損害について補填することとされております。
④役員等の職務の執行の適正性が損なわれないようにするための措置
法令違反の行為であることを認識して行った行為に起因して生じた損害は補填されないなど、一定の免責事
由があります。
55/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(2) 【役員の状況】
① 役員一覧
男性 6 名 女性 1 名 （役員のうち女性の比率 14.3 ％）
所有株式数
役職名 氏名 生年月日 略歴 任期
(株)
2003年８月 Dartmouth Medical School
NRSA Post-doctoral Fellow
2004年４月 国立大学法人東京大学先端科学技
術研究センター 特任助教授
2005年１月 国立大学法人東京大学国際産学共
同研究センター 客員助教授
2006年４月 国立大学法人東京大学国際産学共
リード・
同研究センター 特任助教授
代表取締役社長CEO 1975年１月14日 (注)２ 4,490,000
パトリック
2007年１月 当社 入社
2008年８月 当社 取締役
2012年５月 当社 取締役研究開発部長
2012年９月 当社 常務取締役研究開発部長
2014年７月 当社 常務取締役研究開発部担当
2017年９月 当社 代表取締役社長
2022年１月 当社 代表取締役社長CEO（現任）
1998年４月 三菱化学株式会社 入社
2001年９月 ノバルティス ファーマ株式会社
入社
2006年４月 Novartis International AG 入社
2008年11月 同社 Head of PPI Drug Discovery
and Novartis Leading Scientist
2014年７月 当社 入社 研究開発部長
2015年９月 当社 取締役研究開発部長
2018年３月 当社 取締役エグゼクティブ・
取締役副社長COO 舛屋 圭一 1969年４月２日 (注)２ -
ヴァイスプレジデント
2018年10月 当社 取締役副社長
2020年４月 ペプチグロース株式会社取締役(現
任)
2020年11月 ペプチエイド株式会社代表取締役
社長（現任）
2022年１月 当社 取締役副社長COO（現任）
2022年３月 PDRファーマ株式会社常務取締役
（現任）
2003年４月 日本学術振興会特別研究員（DC）
2005年４月 国立大学法人東京大学国際産学共
同研究センター研究員
2006年４月 株式会社ボストン・コンサルティ
ング・グループ（BCG） 入社
2016年１月 同社 パートナー&マネージング
ディレクター
2018年１月 当社 入社 エグゼクティブ・
取締役副社長CFO 金城 聖文 1977年８月16日 (注)２ -
ヴァイスプレジデント
2018年10月 当社 取締役副社長
2020年11月 ペプチエイド株式会社取締役(現
任)
2022年１月 当社 取締役副社長CFO（現任）
2022年３月 PDRファーマ株式会社常務取締役
（現任）
56/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
所有株式数
役職名 氏名 生年月日 略歴 任期
(株)
1978年９月 Massachusetts Institute of
Technology
Postdoctoral Research Associate
1980年10月 大塚化学㈱ 入社
1988年１月 同社 合成研究室長
取締役
2003年11月 同社 探索研究所所長
笹岡 三千雄 1949年７月16日 (注)３ 200,000
(常勤監査等委員)
2007年３月 同社 常務執行役員
2009年８月 同社 顧問
2012年５月 当社 監査役
2015年９月 当社 取締役（監査等委員）（現
任）
1967年４月 塩野義製薬株式会社 入社
1970年10月 アイ・シー・アイファーマ株式会
社（現 アストラゼネカ株式会社）
入社
1981年６月 シェリング・プラウ株式会社 入
社
1997年５月 ローヌ・プーランローラー株式会
社（現サノフィ株式会社） 入社
2000年１月 アベンティスファーマ株式会社
執行役員（現サノフィ株式会社）
2003年５月 株式会社シミックエムピーエスエ
ス（現シミック・アッシュフィー
取締役
ルド株式会社） 代表取締役社長
長江 敏男 1943年12月２日 (注)３ 7,600
(監査等委員)
2003年６月 株式会社ＰＣＮ 代表取締役社長
（現株式会社ヘルスクリック）
2005年10月 ヨーク・ファーマ株式会社 代表
取締役社長
2010年１月 Pharma Business Consultant 設立
代表（現任）
2014年４月 岐阜薬科大学 客員教授（現任）
2015年９月 当社 取締役（監査等委員）（現
任）
2017年６月 ヒューマン・メタボローム・テク
ノロジーズ株式会社取締役（監査
等委員）(現任）
1998年４月 青山監査法人 入所
2001年７月 公認会計士登録
2009年８月 アカウンティングワークス株式会
社設立代表取締役（現任）
2015年３月 アークランドサービス株式会社
（現アークランドサービスホール
ディングス株式会社）監査役
2016年３月 同社取締役（監査等委員）
（現任）
取締役
花房 幸範 1975年５月10日 (注)３ -
2017年９月 当社 取締役（監査等委員）
(監査等委員)
（現任）
2018年５月 株式会社ギフト監査役
2019年１月 同社社外取締役（監査等委員）
（現任）
2020年６月 藍澤証券株式会社（現アイザワ証
券グループ株式会社）社外取締役
2021年６月 同社取締役（監査等委員）
（現任）
57/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
所有株式数
役職名 氏名 生年月日 任期
略歴
(株)
長島・大野・常松法律事務所入所
2000年４月
2007年10月 株式会社東京証券取引所出向
宇都宮総合法律事務所開設
2011年11月
株式会社スタートトゥデイ（現株
2012年６月
式会社ZOZO）社外監査役（現任）
株式会社ソラスト社外監査役
2013年４月
株式会社アドベンチャー社外取締
2013年９月
役
取締役
宇都宮 純子 1971年６月21日 (注)３ -
宇都宮・清水・陽来法律事務所開
2018年２月
(監査等委員)
設パートナー（現任）
ラクスル株式会社社外監査役
2018年10月
同社取締役（監査等委員）
2019年10月
（現任）
平和不動産株式会社社外取締役
2020年６月
（現任）
2021年３月 当社 取締役（監査等委員）
（現任）
計 4,697,600
(注) １．取締役 笹岡三千雄氏、長江敏男、花房幸範及び宇都宮純子氏の４名は、社外取締役であります。
２．取締役の任期は、2023年３月29日開催の定時株主総会終結の時から１年以内に終了する事業年度のうち最終のものに関する定時株
主総会の終結の時までであります。
３．監査等委員である取締役の任期は、2023年３月29日開催の定時株主総会終結の時から２年以内に終了する事業年度のうち最終のも
のに関する定時株総会の終結の時までであります。
４．監査等委員会の体制は、次のとおりであります。
委員長 笹岡三千雄氏 委員 長江敏男氏 委員 花房幸範氏 委員 宇都宮純子氏
② 社外役員の状況
a 員数
当社の社外取締役は４名であり、うち４名が監査等委員であります。
b 当社との人的関係、資本的関係又は取引関係その他の利害関係
社外取締役（監査等委員）である笹岡三千雄氏は、当社株式200,000株を所有しております。
社外取締役（監査等委員）である長江敏男氏は、ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ株式会社取締役
（監査等委員）を兼務しております。当社とヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ株式会社との間には特別
な利害関係はありません。また、同氏は、当社株式7,600株を所有しております。
社外取締役（監査等委員）である花房幸範氏は、アカウンティングワークス株式会社代表取締役、アークランド
サービスホールディングス株式会社取締役（監査等委員）、株式会社ギフト取締役（監査等委員）及びアイザワ証
券グループ株式会社(監査等委員)を兼務しております。当社とアカウンティングワークス株式会社、アークランド
サービスホールディングス株式会社、株式会社ギフト及びアイザワ証券グループ株式会社との間には特別な利害関
係はありません。
社外取締役（監査等委員）である宇都宮純子氏は、株式会社ZOZO（社外監査役）、宇都宮・清水・陽来法律事務
所（パートナー）、ラクスル株式会社（監査等委員）及び平和不動産株式会社（社外取締役）を兼務しておりま
す。当社と株式会社ZOZO、宇都宮・清水・陽来法律事務所、ラクスル株式会社及び平和不動産株式会社との間には
特別な利害関係はありません。
c 企業統治において果たす機能及び役割並びに独立性に関する基準又は方針の内容及び選任状況に関する考え方
各監査等委員である社外取締役は、経営、創薬、財務・会計に関する相当程度の知見を有しており、実効性の高
い監督・監査機能を果たすことが期待できるものと考えております。
当社は、社外取締役を選任するための独立性に関する基準又は方針として明確に定めたものはありませんが、東
京証券取引所の定める独立役員制度を参考にしており、笹岡三千雄氏、長江敏男氏、花房幸範氏及び宇都宮純子氏
を同取引所に独立役員として届け出ております。
③ 社外取締役による監督並びに内部統制部門との関係、監査等委員である社外取締役と内部監査、監査等委員会
監査及び会計監査との相互連携
社外取締役は、取締役会に出席し意見を述べることにより、取締役の業務執行状況を監督し経営の監視機能を果
たすとともに、適宜内部統制部門に対する質疑等を行っております。また、監査等委員である社外取締役について
は、監査等委員会監査基準に基づき監査を実施しております。
内部監査、監査等委員会監査及び会計監査との相互連携については、「(3)監査の状況 ① 監査等委員会の状
況」に記載のとおりです。
58/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(3) 【監査の状況】
① 監査等委員会の状況
a. 監査等委員会監査の組織、人員及び手続
監査等委員会の組織、人員及び手続については、「第４ 提出会社の状況 ４ コーポレート・ガバナンスの状況
等 (1)(コーポレート・ガバナンスの概要)②企業統治の体制の概要及び当該体制を採用する理由」並びに「第４
提出会社の状況 ４ コーポレート・ガバナンスの状況等 (2)（役員の状況）①役員一覧 ②社外役員の状況」を
ご参照ください。
b. 監査等委員及び監査等委員会の活動状況
当事業年度において当社は監査等委員会を15回開催し、個々の監査等委員の出席状況は次のとおりです。
役職名 氏名 出席回数/開催回数
常勤監査等委員 笹岡 三千雄 15回/15回
監査等委員 長江 敏男 15回/15回
監査等委員 花房 幸範 15回/15回
監査等委員 宇都宮 純子 15回/15回
監査等委員会は、当社における業務の適法、妥当かつ効率的な運営を確保するため、取締役会・その他の重要
会議に出席し、意思決定の過程及び内容を確認し、取締役等から職務執行に関する報告を受け、随時質問又は意
見を述べ、さらに、経営トップとの積極的な意見交換を行うとともに、主要な決裁並びに業務執行に関する重要
書類の閲覧等により業務及び財産状況の調査を行い、取締役等の職務執行の監査・監督を行っています。
常勤監査等委員は監査等委員会が定めた監査の方針、職務の分担等に従い、重要会議への出席、業務執行に関
わる報告聴取、会計監査人との連携、取締役との意見交換、重要書類の閲覧等を行っています。
花房幸範は、公認会計士及び税理士の資格を有しており、専門的見地から監査を行っております。
宇都宮純子は、弁護士の資格を有しており、専門的見地から監査を行っております。
内部監査人とは、定期的に内部監査及び財務報告に係る内部統制評価の報告を受け、必要に応じて指示をしま
す。
会計監査人とは、定期的に、また必要に応じて監査の実施経過について報告を受け、積極的な意見及び情報交
換を行っています。また、財務報告に係る内部統制評価についても定期的に報告を受けています。
② 内部監査の状況
内部監査については、内部監査人を１名選任しております。計画書に基づいて内部牽制及び法令遵守の状況等
の業務全般を監査し、その結果を社長及び被監査部門に報告するとともに、被監査部門に対して改善指示を提示
し、改善までのフォローアップ監査を行い、業務改善と従業員の意識向上に繋げております。
また、財務報告に係る内部統制の整備・運用に関する監査業務を行い、内部統制機能の向上を図るとともに、
適宜監査等委員及び監査等委員会、会計監査人と意見交換を行い、三様監査の体制のもと連携を図り、効率的か
つ効果的な監査を実施するように努めております。
59/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
③ 会計監査の状況
a. 監査法人の名称
有限責任 あずさ監査法人
b. 継続監査期間
2011年６月期以降
c. 業務を執行した公認会計士
指定有限責任社員 業務執行社員：上野 直樹
指定有限責任社員 業務執行社員：猪俣 雅弘
d. 監査業務に係る補助者の構成
当社の会計監査業務に係る補助者は、公認会計士６名、その他５名であります。
e. 監査法人の選定方針と理由
監査等委員会が有限責任 あずさ監査法人を会計監査人とした理由は、同法人の独立性、品質管理体制及びグ
ローバルな監査体制について監査等委員会で定める会計監査人評価・選定基準に基づき検討を行い、適任と判断
したためであります。
監査等委員会は、会計監査人が会社法第340条第１項各号に定める項目に該当すると認められる場合は、監査等
委員全員の同意に基づき、会計監査人を解任いたします。この場合、監査等委員会が選定した監査等委員は、解
任後最初に招集される株主総会におきまして、会計監査人を解任した旨と解任理由を報告いたします。
また、監査等委員会は、会計監査人の職務の執行状況や当社の監査体制等を勘案して会計監査人の変更が必要
であると認められる場合には、株主総会に提出する会計監査人の解任又は不再任に関する議案の内容を決定いた
します。
f. 監査等委員及び監査等委員会による監査法人の評価
監査等委員会は、外部会計監査人の監査報告、往査立会などを通じて監査実施内容を把握しており、品質管理
システム、監査体制、監査の適切性などの項目を勘案した基準に基づき、毎期監査等委員会審議の中で評価及び
再任の決議を行っております。
60/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
④ 監査報酬の内容等
a. 監査公認会計士等に対する報酬
提出会社
前事業年度
監査証明業務に 非監査業務に
基づく報酬(千円) 基づく報酬(千円)
33,700 －
当連結会計年度
区分
監査証明業務に 非監査業務に
基づく報酬(千円) 基づく報酬(千円)
提出会社 55,650 －
連結子会社 － －
計 55,650 －
b. 監査公認会計士等と同一のネットワーク（KPMGグループ）に対する報酬（a.を除く）
該当事項はありません。
c. その他重要な監査証明業務に基づく報酬の内容
該当事項はありません。
d. 監査報酬の決定方針
監査日数、監査内容及び当社の事業内容・規模等を勘案したうえで決定しております。
e. 監査等委員会が会計監査人の報酬等に同意した理由
取締役会が提案した会計監査人に対する報酬等に対して、当社の監査等委員会が会社法第399条第１項の同意を
した理由は、日本監査役協会が公表する「会計監査人との連携に関する実務指針」を踏まえ、会計監査人の監査
計画の内容、会計監査の職務遂行状況及び報酬見積りの算出根拠等について必要な検証を行った上で、適切であ
ると判断したためであります。
61/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(4) 【役員の報酬等】
① 役員の報酬等の額又はその算定方法の決定に関する方針に係る事項
＜役員報酬制度の基本方針＞
取締役の報酬については、短期業績目標及び中期目標の実現に向けて、優秀な人材の確保と適切な動機づけを可
能とし、グローバル企業としてふさわしい水準として決定する方針としております。また市場競争力を担保するた
め、国内の大手製薬企業をベンチマークとして、国内の大手企業が参加する報酬調査結果等も踏まえて、毎年報酬
水準の妥当性を検証しております。
＜役員報酬制度の概要＞
取締役（監査等委員である取締役を除く）の報酬については、日々の業務執行の対価として、期待される役割・
職務を踏まえた固定報酬を支給するとともに、業績目標等の達成状況を踏まえた業績連動報酬を支給しておりま
す。業績連動報酬は、固定報酬の０％から100％の範囲で決定され、報酬全体に占める業績連動部分の構成割合が
０％から50％の範囲となるよう設定しております。また、監査等委員である取締役の報酬については、その職責に
鑑み、業績連動報酬制度を採用せず、固定報酬のみとしております。
当社の業績連動報酬については、「株式給付信託（BBT）」と「賞与」の２つを導入しております。「株式給付信
託（BBT)」は、業績連動型株式報酬制度として、取締役（社外取締役及び監査等委員である取締役を除く）が在任
中に付与されたポイントに基づき、退任時に株式と金銭を受け取る仕組みであり、取締役の報酬と当社の業績及び
株式価値との連動性をより明確にし、取締役の中長期的な業績の向上と企業価値の増大への貢献意識を高めること
を目的としております。一方で「賞与」は、短期的な業績連動報酬として、対象事業年度における業績達成への貢
献意識を高めることを目的としております。当社は、取締役会において、取締役の個人別の報酬等の内容にかかる
決定方針を決議しております。
＜役員報酬の決定方法＞
取締役（監査等委員である取締役を除く）の個人別の報酬額については、会社全体の業績等を勘案しつつ、各取
締役の評価を行うには代表取締役社長CEOが適しているという理由から取締役会の決議により代表取締役社長CEO
リード・パトリックに一任しております。その権限の内容は、取締役の報酬等の決定方針に基づいた個人別の報酬
額の決定であります。なお、取締役の報酬額については、独立性及び客観性を担保する観点から、事前に独立社外
取締役とその他の取締役で構成される指名・報酬委員会に諮ることとしており、当該委員会からの答申を尊重する
形で代表取締役社長CEOが決定していることを取締役会が確認していることから、取締役会はその決定内容が会社の
方針に沿うものであると判断しております。
監査等委員である取締役の報酬額の決定については、監査等委員である取締役の協議により決定しております。
② 業績連動報酬に係る指標、その選定理由及び実績
＜業績連動報酬の算定方法＞
取締役（監査等委員である取締役を除く）の業績連動報酬は、下記の算式により算出しております。
・業績連動報酬＝固定報酬×（定量評価係数※１×ウエイト※２ ＋定性評価係数※１×ウエイト※２）
※１「定量評価係数」及び「定性評価係数」とは、会社の業績指標に対する達成度の評価結果であります。
62/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
当社は、取締役の短期的及び中長期的な成果を測るため、業績指標として「定量評価指標」と「定性評価指標」
の２つの指標を設定しており、各評価係数は下表に基づいて決定しております。
＜定量評価指標/定性評価指標＞ ※当社見解に基づく/当社作成
「定量評価指標」については、a.売上高成長率（対前年同期間比）、b.売上高業績目標の達成、c.営業利益業績
目標の達成についてあらかじめ達成基準を設定し、それらの達成状況に基づいて達成度（５段階）を決定しており
ます。当事業年度においては、売上高成長率（対前年同期間比）は10％超、売上高業績目標は13,000,000千円以
上、営業利益業績目標は6,500,000千円以上をそれぞれ基準として設定しておりました。
「定性評価指標」については、以下の８項目をあらかじめ指標として設定し、各項目について指名・報酬委員会
の各委員が独立に評価を行った上で、それらに基づく総合評価及び協議により達成度（７段階）を決定しておりま
す。
・無形資産の構築に関する項目
a. 研究開発パイプラインの価値向上
b. 新たなアライアンス契約・パートナー先の拡大
c. 新たな基盤技術の構築、知的財産の権利化に関する取り組み
d. ESG（サステイナビリティ）に関する取り組み
・資産喪失及びリスク回避に関する項目
e. 法的リスクの回避・解決
f. 事業継続性及びBCPに関する取り組み
g. 企業レピュテーションに関する取り組み
h. コスト最適化に関する取り組み
※２「定量評価係数」及び「定性評価係数」のウエイトについては、経営環境等から総合的な検討を行った上
で、指名・報酬委員会において年度ごとに適切な水準をあらかじめ決定しております。
当事業年度においては、「定量評価係数」のウエイトは全体の70％、「定性評価係数」のウエイトは全体の30％
として設定しておりました。
＜業績連動報酬に係る各評価指標の達成状況及び実績＞
定量評価指標については、当事業年度において売上高15,406,109千円、営業利益9,097,835千円となり、あらかじ
め設定した達成基準をいずれも満たしたことから、達成度は５段階中の５、定量評価係数は1.0と決定いたしまし
た。
定性評価指標については、各項目について指名・報酬委員会で検討した結果、達成度は７段階中の７（総合評価
は100点中の92点）、定性評価係数は1.0と決定いたしました。従いまして、当事業年度における業績連動報酬は固
定報酬の100％と決定いたしました。
63/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
③ 指名・報酬委員会に係る事項
＜指名・報酬委員会の役割、活動内容＞
指名・報酬委員会は、取締役会の諮問機関として、取締役の報酬等の決定方針、取締役（監査等委員である取締
役を除く）の個人別の報酬等の決定方針とその原案に関する審議を実施しております。
当事業年度の役員報酬については、以下のとおり審議いたしました。
・2022年２月15日：個人別の役員固定報酬額の原案の決定
・2022年９月20日：当社グループのインセンティブ制度設計に関する審議
・2022年12月８日：業績連動報酬算定に向けた定性評価の審議
・2022年12月27日：業績連動報酬金額の原案の決定
＜指名・報酬委員会の構成員＞
有価証券報告書提出日現在、指名・報酬委員会を構成する委員長及び委員は以下のとおりです。
委員長：独立社外取締役（笹岡三千雄独立社外取締役）
委 員：社内取締役２名（リード・パトリック代表取締役社長CEO、金城聖文取締役副社長CFO）
独立社外取締役２名（笹岡三千雄独立社外取締役、長江敏男独立社外取締役）
④ 役員の報酬等に関する株主総会の決議
当社の役員報酬については、株主総会決議により取締役及び監査等委員である取締役それぞれの報酬等の限度額
を決定しております。取締役（監査等委員である取締役を除く。）の報酬については、2015年９月18日開催の第９
回定時株主総会において、報酬限度額を年額1,000百万円以内（うち社外取締役分は100百万円以内）と定めており
ます。なお、かかる決議の対象となる取締役（監査等委員である取締役を除く。）は、当該決議時点において５名
（うち社外取締役１名）となります。また、これとは別枠で取締役（社外取締役及び監査等委員である取締役を除
く。）の業績連動型株式報酬については、2021年３月25日開催の第15回定時株主総会において、信託に拠出する上
限額（３事業年度を対象）を300百万円、かつ付与される１事業年度当たりのポイント数の合計の上限を16,666ポイ
ント（33,332株）と定めております。なお、かかる決議の対象となる取締役（監査等委員である取締役を除く。）
は、当該決議時点において３名となります。
監査等委員である取締役の報酬については、2015年９月18日開催の第９回定時株主総会において、報酬限度額を
年額200百万円以内と定めております。なお、かかる決議の対象となる監査等委員である取締役は、当該決議時点に
おいて３名となります。
64/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
⑤ 役員区分ごとの報酬等の総額、報酬等の種類別の総額及び対象となる役員の員数
報酬等の種類別の総額(千円)
対象となる
報酬等の総額
役員区分 業績連動報酬 役員の員数
(千円)
(名)
固定報酬 退職慰労金
株式給付信託
賞与
（BBT）
取締役
540,000 270,000 215,438 54,561 － 3
(監査等委員及び社
外取締役を除く。)
監査等委員(社外監
－ － － － － －
査等委員を除く。)
社外役員 22,620 22,620 － － － 4
⑥ 役員ごとの報酬等の総額等
報酬等の種類別の額(千円)
報酬等
業績連動
氏名 の総額 役員区分 会社区分
報酬
退職
(千円)
固定報酬
慰労金
株式給付信託
賞与
（BBT）
リード・パトリック 180,000 取締役 提出会社 90,000 71,812 18,187 －
舛屋 圭一 180,000 取締役 提出会社 90,000 71,812 18,187 －
金城 聖文 180,000 取締役 提出会社 90,000 71,812 18,187 －
(注) 報酬等の総額が１億円以上である者に限定して記載しております。
65/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(5) 【株式の保有状況】
① 投資株式の区分の基準及び考え方
当社は、専ら株式の価値の変動又は株式に係る配当によって利益を受けることを目的とする銘柄を純投資目的
と区分し、それ以外を目的とする銘柄を純投資目的以外の目的として区分しております。
② 保有目的が純投資目的以外の目的である投資株式
a．保有方針及び保有の 合理性を検証する方 法並びに個別銘柄の保有の適否に関する取締役会等における検証の内
容
当社は、取引先との安定的・中長期的な取引関係の維持・強化等により、当社の中長期的な企業価値の向上に
資することを目的として、政策的に必要であると判断する株式について保有していく方針です。世界中の高い技
術力を有する創薬企業・バイオベンチャー企業及びアカデミア等の研究機関と戦略的提携を組むことで、自社の
医薬品候補化合物の拡充を図ることが狙いです。
個別銘柄の保有の適否に関する取締役会等における検証の内容につきましては、継続的に保有先企業との共同
研究開発状況並びに保有先企業の財政状態及び経営成績の状況についてモニタリングを実施すると共に、計画と
実績の乖離状況や、当社との共同研究開発等の進捗からリスクを踏まえて保有の合理性及び必要性を検討し、政
策保有の継続の適否について定期的に検討を行っております。
b．銘柄数及び貸借対照表計上額
貸借対照表計上額の
銘柄数
（銘柄）
合計額（千円）
非上場株式 3 5,590,414
非上場株式以外の株式 － －
（当事業年度において株式数が増加した銘柄）
銘柄数 株式数の増加に係る取得
株式数の増加の理由
（銘柄） 価額の合計額（千円）
非上場株式 1 1,271,128 共同研究開発促進のため
非上場株式以外の株式 － － －
（当事業年度において株式数が減少した銘柄）
銘柄数 株式数の減少に係る売却
（銘柄） 価額の合計額（千円）
非上場株式 － －
非上場株式以外の株式 － －
c．特定投資株式及びみなし保有株式の銘柄ごとの株式数、貸借対照表計上額等に関する情報
該当事項はありません。
③ 保有目的が純投資目的である投資株式
該当事項はありません。
66/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
第５ 【経理の状況】
１．連結財務諸表及び財務諸表の作成方法について
(1) 当社の連結財務諸表は、「連結財務諸表の用語、様式及び作成方法に関する規則」（昭和51年大蔵省令第28号）
第93条の規定により、国際会計基準（以下「IFRS」という。）に準拠して作成しております。
(2) 当社の財務諸表は、「財務諸表等の用語、様式及び作成方法に関する規則」（昭和38年大蔵省令第59号。以下
「財務諸表等規則」という。）に基づいて作成しております。
また、当社は、特例財務諸表提出会社に該当し、財務諸表等規則第127条の規定により財務諸表を作成しておりま
す。
２．監査証明について
当社は、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づき、連結会計年度（2022年１月１日から2022年12月31日ま
で）の連結財務諸表及び事業年度（2022年１月１日から2022年12月31日まで）の財務諸表について、有限責任 あずさ
監査法人による監査を受けております。
３．連結財務諸表等の適正性を確保するための特段の取組み及びIFRSに基づいて連結財務諸表等を適正に作成すること
ができる体制の整備について
当社は、連結財務諸表等の適正性を確保するための特段の取組み及びIFRSに基づいて連結財務諸表等を適正に作成
することができる体制の整備を行っております。その内容は以下のとおりであります。
(1) 会計基準等の内容を適切に把握し、又は会計基準等の変更等について的確に対応できる体制を整備するため、
IFRSに関する十分な知識を有した従業員を配置するとともに、公益財団法人財務会計基準機構に加入し、同機構及
び監査法人等が主催するセミナー等に参加する等を行っております。
(2) IFRSの適用については、国際会計基準審議会が公表するプレスリリースや基準書を随時入手し、最新の基準の把
握を行っております。また、IFRSに基づく適正な連結財務諸表を作成するために、IFRSに準拠したグループ会計方
針及び会計指針を作成し、それらに基づいて会計処理を行っております。
67/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
１ 【連結財務諸表等】
(1) 【連結財務諸表】
① 【連結財政状態計算書】
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
注記
(2021年１月１日) (2021年12月31日) (2022年12月31日)
資産
流動資産
現金及び現金同等物 7 7,149,358 11,746,529 5,247,665
営業債権及びその他の債権 8 7,530,584 811,096 16,589,145
その他の金融資産 9,31,32 6,241 69,047 6,243
棚卸資産 10 585,981 925,138 2,678,699
未収法人所得税等 - 10,415 -
369,353 274,197 550,958
その他の流動資産 11
流動資産合計
15,641,519 13,836,425 25,072,713
非流動資産
有形固定資産 12 5,766,856 6,437,151 18,125,415
のれん 13 - - 8,370,677
無形資産 13 78,683 75,502 2,232,554
持分法で会計処理されている
14 294,927 603,003 399,728
投資
その他の金融資産 9,31,32 3,800,421 6,080,133 6,122,214
繰延税金資産 19 549,646 - 3,435,235
退職給付に係る資産 20 - - 65,441
8,921 2,379 41,218
その他の非流動資産 11
非流動資産合計 10,499,457 13,198,170 38,792,486
資産合計 26,140,976 27,034,596 63,865,200
68/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
注記
(2021年１月１日) (2021年12月31日) (2022年12月31日)
負債及び資本
負債
流動負債
営業債務及びその他の債務 15 2,562,788 886,124 4,080,097
借入金 16,31,32 - - 2,690,653
17,18,31,
その他の金融負債 - - 344,882
32
未払法人所得税等 1,586,784 14,404 2,325,030
引当金 - - 27,649
契約負債 376,194 244,063 669,757
336,401 231,453 892,332
その他の流動負債 21
流動負債合計
4,862,168 1,376,047 11,030,403
非流動負債
借入金 16,31,32 - - 18,357,797
17,18,31,
その他の金融負債 - - 2,327,082
32
繰延税金負債 19 - 308,298 -
- - 108,450
退職給付に係る負債 20
非流動負債合計 - 308,298 20,793,330
負債合計 4,862,168 1,684,345 31,823,734
資本
資本金 22 3,933,885 3,956,738 3,956,738
資本剰余金 22 10,305,306 4,452,358 4,524,436
自己株式 22 △ 655,383 △ 620,123 △ 607,334
利益剰余金 22 7,503,531 16,372,687 23,848,337
191,468 1,188,589 319,287
その他の資本の構成要素 22
親会社の所有者に帰属する
21,278,808 25,350,250 32,041,465
持分合計
資本合計 21,278,808 25,350,250 32,041,465
負債及び資本合計 26,140,976 27,034,596 63,865,200
69/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
② 【連結損益計算書】
（単位：千円）
前連結会計年度 当連結会計年度
注記 (自 2021年１月１日 (自 2022年１月１日
至 2021年12月31日) 至 2022年12月31日)
売上収益 5,24
9,422,214 26,852,430
2,393,436 8,738,942
売上原価
売上総利益
7,028,777 18,113,488
販売費及び一般管理費 25 1,354,534 6,220,618
研究開発費 1,654,429 2,915,118
その他の収益 26 46,624 13,517
191 11,073
その他の費用 26
営業利益
4,066,246 8,980,196
金融収益 27 309,901 189,047
金融費用 27 - 2,312,643
△ 572,383 △ 203,275
持分法による投資損失（△） 14
税引前利益
3,803,764 6,653,325
1,230,532 △ 901,033
法人所得税費用 19
当期利益 2,573,232 7,554,358
当期利益の帰属
2,573,232 7,554,358
親会社の所有者
当期利益 2,573,232 7,554,358
１株当たり当期利益
基本的１株当たり当期利益（円） 29 19.96 58.19
希薄化後１株当たり当期利益（円） 29 19.81 58.14
70/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
③ 【連結包括利益計算書】
（単位：千円）
前連結会計年度 当連結会計年度
注記 (自 2021年１月１日 (自 2022年１月１日
至 2021年12月31日) 至 2022年12月31日)
当期利益
2,573,232 7,554,358
その他の包括利益
純損益に振り替えられることのない項目
その他の包括利益を通じて公正価値で
28 972,945 △ 869,301
測定する金融資産
- △ 78,707
確定給付制度の再測定 20,28
純損益に振り替えられることのない項
972,945 △ 948,009
目合計
その他の包括利益 972,945 △ 948,009
当期包括利益 3,546,177 6,606,348
当期包括利益の帰属
3,546,177 6,606,348
親会社の所有者
当期包括利益 3,546,177 6,606,348
(注) 上記の計算書の項目は税引後で開示しております。
その他の包括利益の各内訳項目に関連する法人所得税は注記「28．その他の包括利益」にて開示しておりま
す。
71/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
④ 【連結持分変動計算書】
（単位：千円）
親会社の所有者に帰属する持分
その他の
合計
注記 資本金 資本剰余金 自己株式 利益剰余金 資本の 合計
構成要素
2021年１月１日時点の残高 3,933,885 10,305,306 △ 655,383 7,503,531 191,468 21,278,808 21,278,808
当期利益 - - - 2,573,232 - 2,573,232 2,573,232
- - - - 972,945 972,945 972,945
その他の包括利益
当期包括利益合計
- - - 2,573,232 972,945 3,546,177 3,546,177
新株の発行 22,852 22,852 - - - 45,704 45,704
自己株式の取得 - - △ 362 - - △ 362 △ 362
自己株式の処分 - - 35,622 - - 35,622 35,622
その他の資本の構成要素
9,22 - △ 6,320,100 - 6,295,924 24,175 - -
から利益剰余金への振替
- 444,299 - - - 444,299 444,299
株式報酬取引 23
所有者との取引額合計 22,852 △ 5,852,947 35,260 6,295,924 24,175 525,264 525,264
2021年12月31日時点の残高 3,956,738 4,452,358 △ 620,123 16,372,687 1,188,589 25,350,250 25,350,250
当期利益
- - - 7,554,358 - 7,554,358 7,554,358
- - - - △ 948,009 △ 948,009 △ 948,009
その他の包括利益
当期包括利益合計
- - - 7,554,358 △ 948,009 6,606,348 6,606,348
新株の発行 - - - - - - -
自己株式の取得 - - △ 167 - - △ 167 △ 167
自己株式の処分 - - 12,956 - - 12,956 12,956
その他の資本の構成要素
9,22 - - - △ 78,707 78,707 - -
から利益剰余金への振替
- 72,077 - - - 72,077 72,077
株式報酬取引 23
所有者との取引額合計 - 72,077 12,789 △ 78,707 78,707 84,866 84,866
2022年12月31日時点の残高 3,956,738 4,524,436 △ 607,334 23,848,337 319,287 32,041,465 32,041,465
72/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
⑤ 【連結キャッシュ・フロー計算書】
（単位：千円）
前連結会計年度 当連結会計年度
注記 (自 2021年１月１日 (自 2022年１月１日
至 2021年12月31日) 至 2022年12月31日)
営業活動によるキャッシュ・フロー
税引前利益 3,803,764 6,653,325
減価償却費及び償却費 633,006 1,973,379
受取利息及び受取配当金 △ 283 △ 1,334
支払利息 - 190,088
為替差損益（△は益） △ 159,845 △ 171,831
持分法による投資損益（△は益） 572,383 203,275
営業債権及びその他の債権の増減額（△は増
6,583,442 △ 11,286,614
加）
棚卸資産の増減額（△は増加） △ 339,157 △ 656,492
営業債務及びその他の債務の増減額（△は減
△ 1,621,162 1,453,713
少）
退職給付に係る資産及び負債の増減額 - 103,859
△ 433,749 1,992,444
その他
小計
9,038,397 453,813
利息及び配当金の受取額 283 1,334
利息の支払額 - △ 148,837
法人所得税の支払額 △ 2,384,104 △ 441,013
131 51,772
法人所得税の還付額
営業活動によるキャッシュ・フロー 6,654,708 △ 82,929
投資活動によるキャッシュ・フロー
有価証券の売却による収入 145,222 -
子会社の取得による支出 6 - △ 23,460,335
関係会社株式の取得による支出 △ 943,265 -
関係会社への貸付けによる支出 △ 414,097 -
貸付金の回収による収入 6,241 69,047
補助金の受取額 137,071 -
有形固定資産の取得による支出 △ 1,185,973 △ 3,720,595
無形資産の取得による支出 △ 28,705 △ 254,821
55 △ 10,511
その他
投資活動によるキャッシュ・フロー △ 2,283,450 △ 27,377,217
財務活動によるキャッシュ・フロー
短期借入金の純増減額（△は減少） 30 - 500,000
長期借入れによる収入 30 - 22,400,000
長期借入金の返済による支出 30 - △ 1,680,000
借入手数料の支払額 30 - △ 212,800
リース負債の返済による支出 30 - △ 217,581
新株予約権の行使に伴う株式の発行による収入 44,940 -
新株予約権の発行による収入 21,490 -
△ 362 △ 167
自己株式の取得による支出
財務活動によるキャッシュ・フロー 66,067 20,789,451
現金及び現金同等物に係る換算差額 159,845 171,831
現金及び現金同等物の増減額（△は減少） 4,597,171 △ 6,498,864
現金及び現金同等物の期首残高 7,149,358 11,746,529
現金及び現金同等物の期末残高 11,746,529 5,247,665
73/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
⑥【連結財務諸表注記】
１．報告企業
ペプチドリーム株式会社（以下、「当社」）は日本に所在する企業であります。その登記されている本社及び主
要な事業所の住所はホームページで開示しております。当社の連結財務諸表は、2022年12月31日を期末日とし、当
社及びその子会社（以下、「当社グループ」）並びに関連会社及び共同支配の取り決めに対する持分により構成さ
れております。
当社グループは、当社独自の創薬開発プラットフォームシステムであるPDPSを中核とした創薬開発基盤技術を活
用し、国内外の製薬企業との共同研究開発等を通じて、新しい医薬品候補化合物の研究開発を行っております。ま
た、当連結会計年度に富士フイルム富山化学株式会社から取得した放射性医薬品事業により、放射性医薬品領域の
経営も進めております。各事業の詳細については、「５．セグメント情報」に記載しております。
２．作成の基礎
(1) IFRSに準拠している旨及び初度適用に関する事項
当社グループの連結財務諸表は、「連結財務諸表の用語、様式及び作成方法に関する規則」（昭和51年大蔵省
令第28号）第１条の２の「指定国際会計基準特定会社」の要件を満たすことから、同第93条の規定により、国際
会計基準（以下、IFRS）に準拠して作成しております。
本連結財務諸表は、2023年３月29日に取締役会によって承認されております。当社グループは、2022年12月31
日に終了する連結会計年度からIFRSを初めて適用しており、IFRSへの移行日は2021年１月１日であります。IFRS
への移行日及び比較年度において、IFRSへの移行が当社グループの財政状態、経営成績及びキャッシュ・フロー
の状況に与える影響は、注記「38．初度適用」に記載しております。
早期適用していないIFRS及びIFRS第１号「国際財務報告基準の初度適用」（以下、IFRS第１号）の規定により
強制された例外規定及び認められた免除規定を除き、当社グループの会計方針は2022年12月31日に有効なIFRSに
準拠しております。
(2) 測定の基礎
当社グループの連結財務諸表は、注記「３．重要な会計方針」に記載のとおり、公正価値で測定されている特
定の金融商品及び退職後給付制度に係る資産・負債等を除き、取得原価を基礎として作成しております。
(3) 機能通貨及び表示通貨
当社グループの連結財務諸表は、当社の機能通貨である日本円を表示通貨としており、千円未満を切り捨てし
て表示しております。
(4) 新基準の早期適用
該当事項はありません。
74/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(5) 適用されていない新たな基準書及び解釈指針
連結財務諸表の承認日までに公表されている主な基準書及び解釈指針の新設又は改訂は以下のとおりであり、
当連結会計年度末（2022年12月31日）において、当社グループはこれらを早期適用しておりません。
強制適用時期 当社グループ
IFRS 新設・改訂の概要
適用時期
（以降開始年度）
重要な（significant）会計方針では
IAS第1号 財務諸表の表示 2023年１月１日 2023年12月期 なく、重要性がある（material）会
計方針の開示を要求する改訂
会計方針、会計上の
会計方針の開示を改善し、会計方針
IAS第8号 見積りの変更及び誤 2023年１月１日 2023年12月期
と会計上の見積りとの区別を明確化
謬
単一の取引から生じた資産及び負債
IAS第12号 法人所得税 2023年１月１日 2023年12月期
に係る繰延税金の会計処理の明確化
負債の流動負債又は非流動負債への
IAS第1号 財務諸表の表示 2024年１月１日 2024年12月期 分類及び特約条項付きの非流動負債
の取扱いの明確化
セール・アンド・リースバック取引
IFRS第16号 リース 2024年１月１日 2024年12月期 の取引発生日の後の会計処理を明確
化
IFRS第10号
連結財務諸表 投資者とその関連会社又は共同支配
（改訂）
関連会社及び共同支 未定 未定 企業との間の資産の売却又は拠出に
IFRS第28号
配企業に対する投資 係る会計処理の改訂
（改訂）
当社グループは上記に示した適用年度において、これらの基準書を適用します。
未適用の基準等については当社グループの連結財務諸表に重要な影響を及ぼすものはないと判断しておりま
す。
75/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
３．重要な会計方針
（1）連結の基礎
① 子会社
子会社とは、当社グループにより支配されている企業をいいます。当社グループがある企業への関与により
生じる変動リターンに対するエクスポージャー又は権利を有し、かつ、当該企業に対するパワーにより当該リ
ターンに影響を及ぼす能力を有している場合に、当社グループは当該企業を支配していると判断しておりま
す。
子会社の財務諸表は、当社グループが支配を獲得した日から支配を喪失する日まで、連結の対象に含めてお
ります。
子会社が適用する会計方針が当社グループの適用する会計方針と異なる場合には、必要に応じて当該子会社
の財務諸表に調整を加えております。当社グループ間の債権債務残高及び内部取引高、並びに当社グループ間
の取引から発生した未実現損益は、連結財務諸表の作成に際して消去しております。
② 関連会社
関連会社とは、当社グループが当該企業に対し、財務及び営業の方針に重要な影響力を有しているものの、
支配又は共同支配をしていない企業をいいます。当社グループが他の企業の議決権の20％以上50％以下を保有
する場合、当社グループは当該他の企業に対して重要な影響力を有していると推定されます。
関連会社への投資は、取得時には取得原価で認識され、以後は持分法によって会計処理しております。関連
会社に対する投資には、取得に際して認識されたのれん（減損損失累計額控除後）が含まれております。
関連会社が適用する会計方針が当社グループの適用する会計方針と異なる場合には、必要に応じて当該関連
会社の財務諸表に調整を加えております。
③ 共同支配企業
共同支配企業とは、当社グループを含む複数の当事者が経済活動に対する契約上合意された支配を共有し、
その活動に関連する戦略的な財務上及び営業上の決定に際して、支配を共有する当事者すべての合意を必要と
する企業をいいます。当社グループが有する共同支配企業については、持分法によって会計処理しておりま
す。
④ ストラクチャード・エンティティ（組成された事業体）
ストラクチャード・エンティティとは、支配の決定に際して議決権又は類似の権利が決定的な要因とならな
いように設計された企業のことです。当社グループが運営を支配し連結しているストラクチャード・エンティ
ティとして、役員及び従業員向け株式交付信託制度に基づき設定された株式給付信託があります。
（2）企業結合
企業結合は取得法を用いて会計処理しております。取得対価は、被取得企業の支配と交換に譲渡した資産、引
き受けた負債及び当社が発行する持分金融商品の取得日の公正価値の合計として測定しております。また、移転
された対価には、条件付対価の取決めから生じた資産又は負債の公正価値も含めております。企業結合において
取得した識別可能な資産並びに引き受けた負債及び偶発負債は、当初、原則として取得日の公正価値で測定して
おります。
取得対価が識別可能な資産及び負債の公正価値を超過する場合は、連結財政状態計算書においてのれんとして
計上しております。反対に下回る場合には、直ちに連結損益計算書において差額を純損益として認識しておりま
す。
仲介手数料、弁護士費用、デュー・デリジェンス費用等の、企業結合に関連して発生する取引費用は、発生時
に費用処理しております。
企業結合の当初の会計処理が、企業結合が発生した連結会計年度末までに完了していない場合は、完了してい
ない項目を暫定的な金額で報告しております。取得日時点に存在していた事実と状況を、取得日当初に把握して
いたとしたら認識される金額の測定に影響を与えていたと判断される期間（以下、測定期間）に入手した場合、
その情報を反映して、取得日に認識した暫定的な金額を遡及的に修正しております。新たに得た情報が、資産と
負債の新たな認識をもたらす場合には、追加の資産と負債を認識しております。測定期間は最長で１年間であり
ます。
76/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
（3）外貨換算
① 機能通貨及び表示通貨
当社グループの各会社はそれぞれの財務諸表をその会社の機能通貨を用いて作成しております。当社グルー
プの連結財務諸表は、当社の機能通貨である日本円を表示通貨としております。
② 外貨建取引
外貨建取引は、取引日の為替レート又はそれに近似するレートで当社グループの各社の機能通貨に換算して
おります。
期末日における外貨建貨幣性資産及び負債は、期末日の為替レートで機能通貨に換算しております。
公正価値で測定される外貨建非貨幣性資産及び負債は、当該公正価値の算定日における為替レートで機能通
貨に換算しております。これらの換算又は決済により生じる換算差額は、純損益として認識しております。た
だし、その他の包括利益を通じて測定する資本性金融商品については、その他の包括利益として認識しており
ます。
（4）金融商品
① 金融資産（デリバティブを除く）
(ⅰ) 当初認識及び測定
当社グループは、金融資産について契約の当事者となった時点で当初認識し、（a）償却原価で測定する金融
資産、（b）その他の包括利益を通じて公正価値で測定する負債性金融商品、（c）その他の包括利益を通じて
公正価値で測定する資本性金融商品、（d）純損益を通じて公正価値で測定する金融資産のいずれかに分類して
おります。この分類は、当初認識時に決定しております。
純損益を通じて公正価値で測定する区分に分類される金融資産は公正価値で測定しておりますが、それ以外
の金融資産は公正価値に取引費用を加算した金額で測定しております。また、重大な金融要素を含まない営業
債権は、取引価格で当初測定しております。
(a) 償却原価で測定する金融資産
以下の要件をともに満たす場合には、償却原価で測定する金融資産に分類しております。
・契約上のキャッシュ・フローを回収するために資産を保有することを目的とする事業モデルに基づいて、資
産が保有されている。
・金融資産の契約条件により、元本及び元本残高に対する利息の支払のみであるキャッシュ・フローが特定の
日に生じる。
(b) その他の包括利益を通じて公正価値で測定する負債性金融商品
以下の要件をともに満たす場合には、負債性金融商品をその他の包括利益を通じて公正価値で測定する金融
資産に分類しております。
・当該金融資産の契約上のキャッシュ・フローの回収と売却の両方を目的とする事業モデルにおいて保有して
いる場合
・契約条件が、特定された日に元本及び元本残高に係る利息の支払いのみによるキャッシュ・フローを生じさ
せる場合
なお、当社グループは、その他の包括利益を通じて公正価値で測定する負債性金融商品に該当するものはあ
りません。
(c) その他の包括利益を通じて公正価値で測定する資本性金融商品
投資先との取引関係の維持又は強化を主な目的として保有する株式などの資本性金融商品については、当初
認識時にその他の包括利益を通じて公正価値で測定する金融資産に指定し、当該指定を継続的に適用してお
ります。
(d) 純損益を通じて公正価値で測定する金融資産
上記(a)、(b)及び(c)以外の金融資産は、純損益を通じて公正価値で測定する金融資産に分類しております。
なお、当社グループは、純損益を通じて公正価値で測定する金融資産に該当するものはありません。
(ⅱ) 事後測定
77/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
金融資産の当初認識後の測定は、その分類に応じて以下のとおり測定しております。
(a) 償却原価で測定する金融資産
償却原価で測定する金融資産については、実効金利法を適用した総額の帳簿価額から損失評価引当金を控除
して測定しております。
(b) その他の包括利益を通じて公正価値で測定する負債性金融商品
当初認識後は公正価値で測定し、事業的な変動のうち、為替差損益、減損利得又は減損損失、実効金利法に
基づく受取利息は純損益に認識し、その他の変動は、その他の包括利益に含めて認識しております。
(c) その他の包括利益を通じて公正価値で測定する資本性金融商品
株式などの資本性金融商品の公正価値の事後的な変動額はその他の包括利益として認識しております。当該
金融商品を処分した場合は、その他の包括利益を通じて認識された利得又は損失の累計額をその他の資本の
構成要素から利益剰余金に振り替えております。
なお、当該金融資産からの配当金については、金融収益に含めて当期の純損益として認識しております。
(d) 純損益を通じて公正価値で測定する金融資産
当該金融資産の公正価値の事後的な変動額は純損益として認識しております。
(ⅲ) 金融資産の減損
償却原価で測定する金融資産の予想信用損失について、損失評価引当金を計上しております。
損失評価引当金は、期末日ごとに測定する金融資産に係る信用リスクが当初認識時点以降に著しく増大して
いるかどうかの評価に基づき測定しております。
期末日時点で金融商品に係る信用リスクが当初認識以降に著しく増大していない場合には、当該金融商品に
係る損失評価引当金を12ヶ月の予想信用損失と同額で測定しております。一方で、金融商品に係る信用リスク
が当初認識以降に著しく増大している場合には、当該金融商品に係る損失評価引当金を全期間の予想信用損失
と同額で測定しております。ただし、重大な金融要素のない営業債権については、常に損失評価引当金を全期
間の予想信用損失と同額で測定しております。
信用リスクの著しい増大の有無は、債務不履行発生のリスクの変化に基づいて判断しており、債務不履行と
は、債務者による契約上のキャッシュ・フローの支払いに重大な問題が生じ、金融資産の全体又は一部分を回
収するという合理的な予想を有していない状態と定義しております。債務不履行発生のリスクに変化があるか
どうかの判断においては、主に外部・内部の信用格付けの変動、期日経過の情報等の入手可能で合理的かつ裏
付け可能な情報を考慮しております。
予想信用損失は、契約上のキャッシュ・フローと回収可能なキャッシュ・フローとの差額に基づいており、
見積りに際しては、信用情報の変化、過去の貸倒実績、発行者又は債務者の財政状態並びに将来予測に関する
入手可能で合理的かつ裏付け可能な情報を含んでおります。
支払遅延の存在、支払期日の延長、外部信用調査機関による否定的評価、債務超過等悪化した財政状況や経
営成績の評価を含む、一つ又は複数の事象が発生している場合には、信用減損が生じた金融資産として個別的
評価を行い、主に過去の貸倒実績や将来の回収可能額等に基づき予想信用損失を測定しております。信用減損
が生じていない金融資産については、主に過去の貸倒実績に必要に応じて現在及び将来の経済状況等を踏まえ
て調整した引当率等に基づく集合的評価により予想信用損失を測定しております。
金融資産の全体又は一部分を回収するという合理的な予想を有していない場合には、当該金額を損失評価引
当金と相殺して帳簿価額を直接減額しています。
減損損失認識後に減損損失を減額する事象が発生した場合は、減損損失の減少額を純損益として戻入れてお
ります。
(ⅳ) 金融資産の認識の中止
当社グループの金融資産は、キャッシュ・フローに対する契約上の権利が消滅した場合、又は金融資産の
キャッシュ・フローを受け取る契約上の権利を譲渡し、当該金融資産の所有に係るリスクと経済価値のほとん
どすべてが移転している場合において、金融資産の認識を中止しております。当社グループが、移転した当該
金融資産に対する支配を継続している場合には、継続的関与を有している範囲において、資産と関連する負債
を認識いたします。
78/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
② 金融負債（デリバティブを除く）
(ⅰ) 当初認識及び測定
当社グループは、金融負債について契約の当事者となった時点で当初認識し、(a)償却原価で測定する金融負
債、(b)純損益を通じて公正価値で測定する金融負債、(c)企業結合において認識した条件付対価のいずれかに
分類しております。この分類は、当初認識時に決定しております。
償却原価で測定する金融負債については、直接帰属する取引費用を控除した金額で測定しておりますが、そ
れ以外の金融負債は公正価値で当初測定しております。
(ⅱ) 事後測定
金融負債の当初認識後の測定は、その分類に応じて以下のとおり測定しております。
(a) 償却原価で測定する金融負債
償却原価で測定する金融負債については、実効金利法による償却原価で測定しております。
実効金利法による償却及び認識が中止された場合の利得及び損失については、金融費用の一部として当期の
純損益として認識しております。
(b) 純損益を通じて公正価値で測定する金融負債
純損益を通じて公正価値で測定する金融負債については、公正価値で測定し、その変動については当期の純
損益として認識しております。
(c) 企業結合において認識した条件付対価
企業結合において認識した条件付対価については、公正価値で測定し、その変動については当期の純損益と
して認識しております。
(ⅲ)金融負債の認識の中止
当社グループは、金融負債が消滅したとき、すなわち、契約中に特定された債務が免責、取消し、又は失効
となった時に、金融負債の認識を中止いたします。
③ デリバティブ
当社グループでは、為替変動リスクをヘッジするために、為替予約のデリバティブ取引を行っております。デリ
バティブは公正価値で当初認識し、当初認識後も公正価値で再測定しております。デリバティブの公正価値の変動
は純損益として認識しております。
④ 金融資産及び金融負債の表示
金融資産及び金融負債は、当社グループが残高を相殺する法的権利を有し、かつ純額で決済するか又は資産の実
現と負債の決済を同時に行う意図を有する場合にのみ、連結財政状態計算書上で相殺し、純額で表示しておりま
す。
79/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
（5）現金及び現金同等物
現金及び現金同等物は、手許現金、随時引き出し可能な預金及び容易に換金可能であり、かつ、価値の変動につ
いて僅少なリスクしか負わない取得日から３ヶ月以内に償還期限の到来する短期投資から構成されております。
（6）棚卸資産
棚卸資産は、取得原価と正味実現可能価額のいずれか低い価額で測定しております。正味実現可能価額は、通常
の事業過程における見積売価から、完成までに要する見積原価及び見積販売費用を控除した額であります。取得原
価は、主として先入先出法に基づいて算定されており、購入原価、加工費及び現在の場所及び状態に至るまでに要
したすべての費用を含んでおります。
（7）有形固定資産
① 認識及び測定
有形固定資産については、有形固定資産の測定においては原価モデルを採用し、取得原価から減価償却累計額及
び減損損失累計額を控除した額で測定しております。
取得原価には、資産の取得に直接関連する費用、解体・除去及び土地の原状回復費用を含めることとしておりま
す。
有形固定資産の重要な構成要素の耐用年数が構成要素ごとに異なる場合は、それぞれ別個（主要構成要素）の有
形固定資産項目として会計処理をしております。
取得後コストは、当該項目に関連する将来の経済的便益が当社グループに流入する可能性が高く、かつ、当該項
目の取得原価が信頼性をもって測定できる場合には、当該資産の帳簿価額に含めるか、又は適切な場合には個別の
資産として認識しております。その他の修繕及び維持費は、発生時に費用として認識しております。
有形固定資産は処分時点、もしくは使用又は処分による将来の経済的便益が期待できなくなった時点で認識を中
止しております。有形固定資産の認識の中止から生じる利得又は損失は、正味処分対価と資産の帳簿価額との差額
として算定され、認識の中止時点で純損益として認識しております。当社グループは、有形固定資産の認識の中止
から生じる利得又は損失は、連結損益計算書の「その他の収益」又は「その他の費用」に計上しております。
② 減価償却費
土地及び建設仮勘定以外の各資産の減価償却費は、それぞれの見積耐用年数にわたり、主として定額法で計上さ
れています。土地及び建設仮勘定は償却しておりません。
主要な資産項目ごとの見積耐用年数は以下のとおりであります。
・建物 ２－50年
・構築物 ２－45年
・機械装置 ２－11年
・車両運搬具 ２－６年
・工具器具及び備品 ２－20年
なお、見積耐用年数、残存価額及び減価償却方法は、各連結会計年度末に見直しを行い、変更があった場合は、
会計上の見積りの変更として将来に向かって適用しております。
（8）のれん及び無形資産
① のれん
子会社の取得により生じたのれんは、連結財政状態計算書上、取得原価から減損損失累計額を控除した帳簿価額
で計上しております。
のれんは、取得対価が取得日時点における識別可能な資産及び負債の正味価額を上回る場合に、その超過額とし
て測定しております。この差額が負の金額である場合には、直ちに純損益として認識しております。
のれんの償却は行わず、毎年同時期又は減損の兆候が存在する場合には、その都度、減損テストを実施しており
ます。のれんの減損損失は連結損益計算書において認識され、その後の戻入れは行っておりません。
② 無形資産
（a) 認識及び測定
当社グループは、無形資産の測定において原価モデルを採用し、個別に取得した無形資産は、当初認識時に取得
原価で測定しております。企業結合により認識された無形資産は、取得日の公正価値で当初認識しております。ま
80/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
た、当社グループは、個別に取得した仕掛中の研究開発投資を、以下の認識要件を満たした場合に資産として認識
しております。
・将来の経済的便益をもたらす蓋然性が高いこと
・取得原価について信頼性をもって測定できること
他社から仕掛中の研究開発投資を取得する際の支出（契約一時金及びマイルストーンフィー）は、無形資産の認
識要件を満たす場合には、無形資産として認識しております。
一方、内部発生の研究活動に係る支出は、発生時に純損益として認識しております。内部発生の開発活動に係る
支出費用は以下の全ての条件を満たしたことを立証できる場合のみ、資産計上しており、そうでない場合は、発生
時に純損益で認識しております。
・使用又は売却に利用できるように無形資産を完成させることの技術上の実行可能性
・無形資産を完成させて、使用するか又は売却するという意図
・無形資産を使用又は売却できる能力
・無形資産が可能性の高い将来の経済的便益を創出する方法
・開発を完成させて、無形資産を使用するか又は売却するために必要となる、適切な技術上、財務上及びその
他の資源の利用可能性
・開発期間中の無形資産に起因する支出を信頼性をもって測定できる能力
資産計上した開発費用は当初認識後、取得価額から償却累計額及び減損損失累計額を差し引いて測定しておりま
す。
（b) 償却
のれん以外の無形資産は、当初認識後、耐用年数を確定できない無形資産を除いて、それぞれの見積耐用年数に
わたって定額法で償却され、取得原価から償却累計額及び減損損失累計額を控除した帳簿価額で計上されます。
主要な無形資産の見積耐用年数は以下のとおりであります。
・ソフトウェア ３－５年
・商標権 10年
・販売権 ８年
・技術関連資産 20年
なお、見積耐用年数、残存価額及び償却方法は、各連結会計年度末に見直しを行い、変更があった場合は、会計
上の見積りの変更として将来に向かって適用しております。
耐用年数を確定できない無形資産及びいまだ使用可能でない無形資産については償却を行わず、毎年同時期又は
減損の兆候が存在する場合には、その都度、減損テストを実施しております。
（9）リース
借手のリース
当社グループは、契約の締結時に契約がリースであるか又はリースを含んでいるかを判定しております。契約が
特定された資産の使用を支配する権利を一定期間にわたり対価と交換に移転する場合には、当該契約はリースであ
るか又はリースを含んでいると判断しております。
当社グループは、借手としてのリース取引について、リース開始日にリース負債を未払リース料総額の現在価値
で測定しております。未払リース料総額の現在価値の算定にあたって使用する割引率として、リースの計算利子率
が容易に算定できない場合には、当社グループの追加借入利子率を用いており、一般的に、当社グループは追加借
入利子率を割引率として使用しています。使用権資産については、リース負債の当初測定額に当初直接コスト、前
払リース料等を調整し、リース契約に基づき要求される原状回復義務等のコストを加えた額で当初の測定を行って
おります。使用権資産は、耐用年数とリース期間のいずれか短い年数にわたって定額法で減価償却を行っておりま
す。リース料支払額は、利息法に基づき金融費用とリース負債の返済額に配分し、金融費用は連結損益計算書にお
いて認識しております。
リース期間は、リースの解約不能期間に、行使することが合理的に確実な延長オプション又は行使しないことが
合理的に確実な解約オプションの期間を加えて決定しております。
ただし、リース期間が12ヶ月以内の短期リース及び原資産が少額のリースについては使用権資産及びリース負債
を認識せず、リース料総額をリース期間にわたって定額法又は他の規則的な基礎のいずれかにより認識しておりま
す。
81/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
（10）非金融資産の減損
棚卸資産及び繰延税金資産を除く当社の非金融資産の帳簿価額は、期末日ごとに減損の兆候の有無を判断してお
ります。減損の兆候が存在する場合は、当該資産の回収可能価額を見積っております。のれん及び耐用年数を確定
できない、又は未だ使用可能ではない無形資産については、回収可能価額を減損の兆候が存在する都度及び毎年同
じ時期に見積っております。
資産又は資金生成単位の回収可能価額は、使用価値と売却費用控除後の公正価値のうちいずれか大きい方の金額
としております。使用価値の算定において、見積将来キャッシュ・フローは、貨幣の時間的価値及び当該資産に固
有のリスクを反映した税引前割引率を用いて現在価値に割り引いております。減損テストにおいて個別にテストさ
れない資産は、継続的な使用により他の資産又は資産グループのキャッシュ・インフローから、概ね独立した
キャッシュ・インフローを生成する最小の資金生成単位に統合しております。のれんの減損テストを行う際には、
のれんが配分される資金生成単位を、のれんが関連する最小の単位を反映して減損がテストされるように統合して
おります。企業結合により取得したのれんは、結合のシナジーが得られると期待される資金生成単位に配分してお
ります。
当社グループの全社資産は、独立したキャッシュ・インフローを生成しません。全社資産に減損の兆候がある場
合、全社資産が帰属する資金生成単位の回収可能価額を見積もっております。
減損損失は、資産又は資金生成単位の帳簿価額が見積回収可能価額を超過する場合に純損益として認識します。
資金生成単位に関連して認識した減損損失は、まずその単位に配分されたのれんの帳簿価額を減額するように配分
し、次に資金生成単位内のその他の資産の帳簿価額を比例的に減額します。
のれんに関連する減損損失は戻入れしません。その他の資産については、過去に認識した減損損失は、毎期末日
において損失の減少又は消滅を示す兆候の有無を評価しております。回収可能価額の決定に使用した見積りが変化
した場合は、減損損失を戻入れます。減損損失は、減損損失を認識しなかった場合の帳簿価額から必要な減価償却
費及び償却額を控除した後の帳簿価額を超えない金額を上限として戻入れます。
（11）従業員給付
① 退職後給付
当社グループは、従業員の退職給付制度として確定拠出制度と確定給付制度を採用しております。
（a) 確定拠出制度
確定拠出制度に支払うべき拠出額を、従業員が関連するサービスを提供した時点で費用として計上してお
ります。
（b) 確定給付制度
当社グループは、確定給付制度債務の現在価値及び関連する当期勤務費用並びに過去勤務費用を、予測単
位積増方式を用いて算定しております。
割引率は、将来の毎年度の給付支払見込日までの期間を基に割引期間を設定し、その割引期間に対応した
期末日時点の優良社債の市場利回りに基づき算定しております。
確定給付制度に係る負債又は資産は、確定給付制度債務の現在価値から制度資産の公正価値を控除して算
定しております。
確定給付制度の再測定額は、発生した期においてその他の包括利益として一括認識し、直ちにその他の資
本の構成要素から利益剰余金に振り替えております。
制度改訂又は縮小により生じた過去勤務費用は、発生時に純損益として認識しております。
② 短期従業員給付
短期従業員給付については、割引計算は行わず、従業員が関連するサービスを提供した時点で費用として計上し
ております。
賞与及び有給休暇費用については、それらを支払う法的もしくは推定的な債務を負っており、信頼性のある見積
りが可能な場合に、それらの制度に基づき見積られる額を負債として認識しております。
（12）株式報酬
① ストック・オプション
当社グループは、役員及び従業員に対するインセンティブ制度として、持分決済型のストック・オプション制度
を導入しております。ストック・オプションは付与日における公正価値で測定しており、ストック・オプションの
82/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
公正価値は、ブラック・ショールズモデル等を用いて算定しております。
ストック・オプションの付与日に決定した公正価値は、最終的に権利が確定すると予想されるストック・オプ
ションの数の見積りに基づき、権利確定期間にわたって費用として認識し、同額を資本の増加として認識しており
ます。
② 株式給付信託(BBT及びJ-ESOP)
当社グループは、業績連動型株式報酬制度「株式給付信託（BBT（＝Board Benefit Trust））」を導入しており
ます。また、当社の株価や業績と従業員の処遇の連動性をより高め、経済的な効果を株主の皆様と共有することに
より、株価及び業績向上への従業員の意欲や士気を高めるため、従業員に対して自社の株式を給付するインセン
ティブプラン「株式給付信託（J-ESOP）」を導入しております。
上記の株式報酬制度は、持分決済型の株式報酬に該当し、受領した役務及び対応する資本の増加を付与日におけ
る（資本性金融商品の）公正価値で測定し、権利確定期間にわたって費用として計上したうえで、同額を資本の増
加として認識しております。付与日における公正価値は、株式の市場価格に予想配当利回りを考慮に入れて修正
し、算定しております。
（13）引当金
引当金は、過去の事象の結果として、当社グループが、現在の法的又は推定的債務を負っており、当該債務を決
済するために経済的資源の流出が生じる可能性が高く、当該債務の金額について信頼性のある見積りができる場合
に認識します。引当金は、貨幣の時間的価値が重要な場合には、見積将来キャッシュ・フローを貨幣の時間的価値
及び当該負債に特有のリスクを反映した税引前の利率を用いて現在価値に割り引いております。時の経過に伴う割
引額の割戻しは金融費用として認識します。
賃借契約終了時に原状回復義務のある賃借事務所等の原状回復費用見込額について、資産除去債務として引当金
を認識するとともに、当該資産の取得原価に加算しております。将来の見積費用及び適用された割引率は毎年見直
され、修正が必要と判断された場合は当該資産の帳簿価額に加算又は控除し、会計上の見積りの変更として処理し
ております。
83/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
（14）収益
当社グループでは、IFRS第９号「金融商品」に基づく利息及び配当収益等を除く顧客との契約について、顧客へ
の財又はサービスの移転との交換により、その権利を得ると見込む対価を反映した金額で以下のステップを適用す
ることにより、収益を認識しております。なお、顧客との契約における対価に変動対価が含まれている場合には、
変動対価に関する不確実性がその後に解消される際に、認識した収益の累計額の重大な戻入れが生じない可能性が
非常に高い範囲でのみ、取引価格に含めております。取引価格について、変動対価の額に重要性はありません。
また、取引の対価は履行義務を充足してから主として１年以内に受領しており、重大な金融要素は含んでおりま
せん。
ステップ１：顧客との契約を識別する。
ステップ２：契約における履行義務を識別する。
ステップ３：取引価格を算定する。
ステップ４：取引価格を契約における履行義務に配分する。
ステップ５：履行義務の充足時に（又は充足するにつれて）収益を認識する。
当社グループは、創薬開発事業として、第三者との間で締結した創薬共同研究開発契約やライセンス契約に基づ
き収益を得ております。また、当第１四半期連結会計期間において、富士フイルム富山化学株式会社から放射性医
薬品事業を吸収分割により承継する新会社であるPDRファーマ株式会社の株式を100％取得したことに伴い、放射性
医薬品事業として、診断用放射性医薬品（SPECT用診断薬、PET用診断薬）及び治療用放射性医薬品等の製品の販売
に基づき収益を得ております。
顧客に移転を約束した製品又はサービスの内容及び収益認識方法は次のとおりです。
① 製品の製造・販売・物流
顧客との契約に基づき、製品の引渡時点において、顧客が当該製品に対する支配を獲得することから、履行義務
が充足されると判断しており、当該製品の引渡時点で収益を認識しております。また、収益は、顧客との契約にお
いて約束された対価から、値引き、リベート及び返品などを控除した金額で算定しております。当社グループの製
品の販売契約における対価は、顧客との契約に基づき、顧客へ製品を引渡時点から主として１ヶ月～４ヶ月で代金
を回収しております。
製品の輸出入手続きや国内での製造、販売、物流等の業務を提供する場合等で、顧客との契約に基づき一定の契
約期間にわたってサービスを提供することを履行義務とする取引については、当社グループが顧客との契約におけ
る義務を履行するにつれて、顧客が便益を享受すると判断しており、契約期間にわたり一定の期間で収益を認識し
ております。製品の輸出入手続きや国内での製造、販売、物流等の業務を提供するにおける対価は、顧客との契約
に基づき、顧客へ役務提供時点から主として１年内に代金を回収しております。
② 契約一時金、マイルストーンフィー及びロイヤルティーによる収入
当社グループは、当社の独自技術であるPDPSライセンスを活用した事業を行っており、当該ライセンスに係る契
約一時金、マイルストーンフィー及び売上高ベースのロイヤルティーに係る収益を認識しております。当該ライセ
ンスは他の財又はサービスと区分され、また、当社グループは顧客が権利を有する知的財産に著しく影響を与える
活動を行う予定はないため「使用権」に該当すると判断しております。
契約一時金は、顧客にライセンスを付与した時点で、ライセンスから便益を享受することが可能になり、ライセ
ンスに対する支配が顧客に移転することから、履行義務を充足していると考えており、収益を認識しております。
マイルストーン収入は、事後に重大な戻入れが生じる可能性を考慮し、契約上定められたマイルストーンが達成
された時点で収益として認識しております。
また、売上高ベースのロイヤルティーに係る収益は、算定基礎となる売上が発生した時点と売上高ベースのロイ
ヤルティーが配分されている履行義務が充足される時点のいずれか遅い時点で収益を認識しております。
契約一時金は、顧客との契約に基づき、契約時点から主として１ヶ月～３ヶ月で代金を回収しており、マイルス
トーン収入は、顧客との契約に基づき、マイルストーンが達成された時点から主として１ヶ月～３ヶ月で代金を回
収しております。
③ 研究開発支援金
研究開発支援においては、顧客からの依頼に基づき、契約期間にわたって研究開発業務を提供することを履行義
84/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
務としております。当社グループが当該研究開発に係る業務を履行するにつれて研究成果を創出し、契約期間にわ
たって支配が移転するため、その期間にわたって履行義務が充足されると判断していることから、一定の期間にわ
たっ て定額で収益を認識しております。また、収益の金額は、契約時に事前に顧客との間で取り決めることから、
顧客との契約において約束された対価に基づいて算定しております。研究開発支援における対価は、顧客との契約
に基づき、研究開発業務の提供前に一括で対価を受領するか、又は研究開発業務の提供時点から主として１ヶ月～
３ヶ月で代金を回収しております。
④ 技術アップデートフィー
顧客に対して実施許諾したPDPS技術ライセンスの技術に関するアップデートサービスについては、契約に基づく
サービス提供期間にわたってアップデートサービスを提供することを履行義務としております。当該技術アップ
デートサービスについては、当社グループがサービス提供期間にわたって支配が移転するため、その期間にわたっ
て履行義務が充足されると判断していることから、一定の期間にわたって定額で収益を認識しております。技術
アップデートサービスにおける対価は、顧客との契約に基づき、サービス提供前に一括で対価を受領するか、又は
技術アップデートサービスの提供時点から主として１ヶ月～３ヶ月で代金を回収しております。
なお、一括で受領した対価について、上記のPDPSライセンスを活用した事業と研究開発支援の事業に係る対価が
含まれる場合があります。その場合、PDPSライセンスを活用した事業に係る履行義務と、研究開発支援に係る履行
義務に区分し、独立販売価格の比率で各履行義務に配分した上で、それぞれ収益を認識しております。
（15）政府補助金
補助金交付のための条件を満たし、補助金を受領することに合理的な保証がある場合は、補助金収入を公正価値
で測定し、認識しております。発生した費用に対する補助金は、費用の発生と同じ連結会計年度に収益として計上
しております。
資産に関する政府補助金は、当該補助金の金額を資産の取得原価から控除しております。
（16）法人所得税
法人所得税は、当期税金及び繰延税金から構成されております。これらは、企業結合に関連するもの、及び直接
資本の部又はその他の包括利益で認識される項目を除き、純損益として認識しております。
① 当期税金
当期税金は、税務当局に対する納付又は税務当局から還付が予想される金額で測定されます。税額の算定にあ
たっては、当社グループが事業活動を行い、課税対象となる損益を稼得する国において、連結会計年度末日までに
制定又は実質的に制定されている税率及び税法に従っております。
② 繰延税金
繰延税金は、決算日における資産及び負債の会計上の帳簿価額と税務上の金額との一時差異、繰越欠損金及び繰
越税額控除に対して認識しております。
なお、以下の一時差異に対しては、繰延税金資産及び負債を計上しておりません。
・のれんの当初認識から生じる一時差異
・企業結合取引を除く、会計上の利益にも税務上の課税所得にも影響を与えない取引によって発生する資産及び
負債の当初認識により生じる一時差異
・子会社及び関連会社に対する投資に係る将来加算一時差異のうち、解消時期をコントロールでき、かつ予測可
能な期間内に一時差異が解消しない可能性が高い場合
繰延税金負債は原則としてすべての将来加算一時差異について認識され、繰延税金資産は将来減算一時差異を使
用できるだけの課税所得が稼得される可能性が高い範囲内で、すべての将来減算一時差異について認識されます。
繰延税金資産の帳簿価額は毎期見直され、繰延税金資産の全額又は一部が使用できるだけの十分な課税所得が稼
得されない可能性が高い部分については、帳簿価額を減額しております。未認識の繰延税金資産は毎期再評価さ
れ、将来の課税所得により繰延税金資産が回収される可能性が高くなった範囲内で認識されます。
繰延税金資産及び負債は、連結会計年度末日において制定されている、又は実質的に制定されている法定税率及
び税法に基づいて資産が実現する期間又は負債が決済される期間に適用されると予想される税率及び税法によって
測定されます。
85/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
繰延税金資産及び負債は、当期税金負債と当期税金資産を相殺する法律上強制力のある権利を有し、かつ同一の
税務当局によって同一の納税主体に課されている場合、相殺しております。
（17）１株当たり利益
基本的１株当たり当期利益は、親会社の普通株主に帰属する当期損益を、その期間の自己株式を調整した発行済
普通株式の加重平均株式数で除して計算しております。希薄化後１株当たり当期利益は、希薄化効果を有する全て
の潜在株式の影響を調整して計算しております。
（18）セグメント情報
事業セグメントとは、他の事業セグメントとの取引を含む、収益を稼得し費用を発生させる事業活動の構成単位
であります。すべての事業セグメントの事業の成果は、個別にその財務情報が入手可能なものであり、かつ各セグ
メントへの経営資源の配分及び業績の評価を行うために、当社の取締役会が定期的にレビューしております。
（19）株主資本
① 普通株式
当社が発行した資本性金融商品は、発行価額を資本金及び資本剰余金に計上し、直接発行費用（税効果考慮後）
は資本から控除しております。
② 自己株式
自己株式は取得原価で評価され、資本から控除しております。当社の自己株式の購入、売却又は消却において利
得又は損失は認識しておりません。なお、帳簿価額と売却時の対価との差額は、資本として認識されます。
（20）借入コスト
適格資産、すなわち意図した使用又は販売が可能となるまでに相当の期間を要する資産に関して、その資産の取
得、建設又は生産に直接起因する借入コストは、当該資産の取得原価の一部として資産化しております。その他の
借入コストは全て、発生した期間に費用として認識しております。
４．重要な会計上の見積り及び判断
IFRSに準拠した連結財務諸表の作成において、経営者は当社グループの会計方針の適用、資産・負債・収益及び費用
の報告額に影響を及ぼす判断、見積り並びに仮定の設定を行っております。これらの見積り及び仮定は、過去の経験及
び利用可能な情報を収集し、報告日において合理的であると考えられる様々な要因等を勘案した経営者の最善の判断に
基づいております。しかし、その性質上、これらの見積り及び仮定に基づく数値は実際の結果と異なる可能性がありま
す。また、見積り及び仮定は継続して見直されます。会計上の見積りの変更は、見積りが変更された会計期間及び影響
を受ける将来の会計期間において認識されます。
翌連結会計年度において資産や負債の帳簿価額の重要な修正につながるリスクを伴う見積りを行った項目は以下のと
おりであります。
なお、新型コロナウイルス感染症による当社グループへの影響は、収束時期の見通しが不透明な状況であり、事業に
よってその影響や程度が異なるものの、提出日現在においては、当連結会計年度末の見積りに大きな影響を与えるもの
ではないと想定しております。
86/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
① のれんを含む非金融資産の減損
当社グループは、非金融資産(棚卸資産及び繰延税金資産を除く)について、回収可能価額が帳簿価額を下回る兆
候がある場合には、減損テストを実施しております。ただし、のれん及び耐用年数を確定できない又は未だ使用可
能ではない無形資産については、毎年同時期及び減損の兆候を識別した時に減損テストを実施しております。減損
テストを実施する契機となる重要な要素には、過去あるいは見込まれる営業成績に対しての著しい実績の悪化、取
得した資産の用途の著しい変更ないし戦略全体の変更、業界トレンドや経済トレンドの著しい悪化等が含まれま
す。
のれんについては、事業の種類に基づいて識別された資金生成単位又は資金生成単位グループに配分し、毎年同
時期及び減損の兆候を識別した時に、減損テストを行っております。減損テストにおける回収可能価額の算定にお
いては、資産の耐用年数、将来キャッシュ・フロー、当該資産の固有のリスクを反映した割引率及び長期成長率等
について一定の仮定を設定しております。これらの仮定は、経営者の最善の見積りと判断により決定しております
が、将来の不確実な経済条件の変動の結果により影響を受ける可能性があり、見直しが必要となった場合、翌連結
会計年度以降の連結財務諸表において認識する金額に重要な影響を与える可能性があります。
回収可能価額の算定方法については、注記「12．有形固定資産」及び「13. のれん及び無形資産」に記載してお
ります。
② 繰延税金資産の回収可能性
繰延税金資産は、将来減算一時差異を利用できる課税所得が生じる可能性が高い範囲内で認識しております。繰
延税金資産の認識に際しては、課税所得が生じる可能性の判断において、将来獲得しうる課税所得の時期及び金額
を合理的に見積り、金額を算定しております。
当該見積りの基礎となる課税所得が生じる時期及び金額は、将来の不確実な経済条件の変動などにより、実際に
発生した課税所得の時期及び金額が見積りと異なった場合、繰延税金資産の回収可能性の評価が異なる可能性があ
ります。
繰延税金資産に関連する内容及び金額については、注記「19．法人所得税」に記載しております。
③ 金融商品の公正価値
当社グループは、非上場株式等金融商品の公正価値を評価する際に市場における観察可能でないインプットを利
用する評価技法を使用しております。観察可能でないインプットを含む評価技法によって算定される公正価値は、
適切な基礎率及び採用する計算モデルの選択等の仮定を前提としております。観察可能でないインプットは、将来
の連結財務諸表に重要な影響を与える可能性のある不確実な将来の経済状況の変化により影響を受ける可能性があ
ります。
金融商品の評価に関連する詳細は、注記「32．金融商品の公正価値」に記載しております。
87/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
５．セグメント情報
(1) 報告セグメントの概要
前連結会計年度においては、当社グループは、創薬開発事業のみの単一セグメントであるため、報告セグメント別の
記載を省略しております。なお、当連結会計年度より、従来の「アライアンス事業」のセグメント名称を「創薬開発事
業」に変更しております。当該変更は、より事業の内容を明確にするため、名称のみの変更であり、セグメント情報に
与える影響はありません。これに伴い、前連結会計年度につきましても、変更後の名称で記載しております。
また、当社は、当第１四半期連結会計期間の2022年３月28日において、富士フイルム富山化学株式会社から放射性医
薬品事業を吸収分割により承継する新会社であるPDRファーマ株式会社の株式を100％取得したことに伴い、当第２四半
期連結会計期間以降において、当社の取締役会は、経営資源の配分の決定及び業績の評価をするために、「創薬開発事
業」と「放射性医薬品事業」の２つの報告セグメントを定期的にモニタリングしております。そのため、当第２四半期
連結会計期間以降当社グループは、「創薬開発事業」と「放射性医薬品事業」の２つの報告セグメントに区分しており
ます。
(報告セグメントの内容)
報告セグメント 事業内容
創薬開発事業として、当社は当社独自の創薬プラットフォームシステムであるPDPSを中
創薬開発事業 核とした創薬基盤技術を活用した①創薬共同研究開発、②PDPSの技術ライセンス、③戦
略的提携による自社パイプラインの拡充を行っております。
放射性医薬品事業として、心臓、脳の血流やがんの骨転移などを検査する診断用放射性
放射性医薬品事業 医薬品（SPECT用診断薬、PET用診断薬）及び褐色細胞腫等のアンメットメディカルニー
ズに対応する治療用放射性医薬品の研究開発から製造販売までを行っております。
88/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(2) セグメント収益及び業績
当社グループの報告セグメントによる収益及び業績は以下のとおりであります。なお、セグメント間の売上収益は、
市場実勢価格に基づいております。
前連結会計年度（自 2021年１月１日 至 2021年12月31日 ）
前連結会計年度における当社グループは創薬開発事業のみの単一セグメントのため、記載を省略しております。
当連結会計年度（自 2022年１月１日 至 2022年12月31日 ）
（単位：千円）
報告セグメント
調整額
連結
放射性
創薬開発
（注１）
計
事業
医薬品事業
売上収益
外部顧客への売上収益 15,406,109 11,446,321 26,852,430 － 26,852,430
－ 27,182 27,182 △ 27,182 －
セグメント間収益
合計
15,406,109 11,473,503 26,879,612 △ 27,182 26,852,430
セグメント利益 9,179,911 235,908 9,415,819 － 9,415,819
（調整項目）
企業結合関連費用（注）１ 435,622
営業利益 8,980,196
金融収益 189,047
金融費用 2,312,643
△ 203,275
持分法による投資損失（△）
税引前利益 6,653,325
その他の項目
減価償却費及び償却費（注）２ 682,667 1,290,711 1,973,379 － 1,973,379
（注）１.企業結合関連費用には、企業結合による取得関連費用 368,122千円 及び企業結合により新たに取得した無形資
産の償却費 67,500千円 が含まれております。
２.減価償却費及び償却費には買収無形資産の償却費を含めております。有形固定資産及び無形資産の減価償却
費及び償却費は、連結損益計算書の「売上原価」、「販売費及び一般管理費」及び「研究開発費」に含まれ
ております。売上原価として計上されている減価償却費及び償却費は、前連結会計年度304,384千円、当連結
会計年度1,309,140千円、販売費及び一般管理費として計上されている減価償却費及び償却費は、前連結会計
年度70,058千円、当連結会計年度298,716千円、研究開発費として計上されている減価償却費及び償却費は、
前連結会計年度258,563千円、当連結会計年度365,523千円であります。
89/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(3) 製品及びサービスに関する情報
製品及びサービスの区分が報告セグメントと同一であるため、記載を省略しております。
(4) 地域別に関する情報
売上収益及び非流動資産の地域別内訳は以下のとおりであります。
① 外部顧客からの売上収益
（単位：千円）
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
日本
55,013 11,386,342
米国 6,265,601 13,812,709
欧州 1,751,055 1,442,184
1,350,544 211,194
その他
合計 9,422,214 26,852,430
(注) 売上収益は顧客の所在地を基礎とし、国又は地域に分類しております。
② 非流動資産
国内所在地に帰属する非流動資産の帳簿価額が、連結財政状態計算書の非流動資産の全てを占めているため、地
域別の非流動資産の記載を省略しております。
(5) 主要な顧客に関する情報
前連結会計年度（自 2021年１月１日 至 2021年12月31日 ）
（単位：千円）
売上収益 関連するセグメント名
顧客名
イ社
1,961,715 創薬開発事業
ロ社 1,431,245 創薬開発事業
ハ社 1,119,885 創薬開発事業
(注) 当社顧客との共同研究開発契約においては秘密保持条項が存在するため、社名の公表は控えさせて頂きます。
当連結会計年度（自 2022年１月１日 至 2022年12月31日 ）
（単位：千円）
売上収益 関連するセグメント名
顧客名
公益社団法人日本アイソトープ協会
8,428,641 放射性医薬品事業
甲社 (注)１
7,757,559 創薬開発事業
乙社 (注)１、２
4,138,511 創薬開発事業、放射性医薬品事業
(注) １．当社顧客との共同研究開発契約においては秘密保持条項が存在するため、社名の公表は控えさせて頂きま
す。
２．乙社について3,846,995千円は創薬開発事業、291,516千円は放射性医薬品事業にかかる売上収益でありま
す。
90/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
６．企業結合
前連結会計年度（自 2021年１月１日 至 2021年12月31日 ）
該当事項はありません。
当連結会計年度（自 2022年１月１日 至 2022年12月31日 ）
富士フイルム富山化学株式会社の放射性医薬品事業の取得
(1) 企業結合の概要
① 被取得企業の名称及び事業の内容
当社は、富士フイルム富山化学株式会社から放射性医薬品事業を吸収分割により承継する新会社であるPDR
ファーマ株式会社の株式を100％取得し、当社の子会社としました。
② 企業結合を行った主な理由
当社は、当社独自の創薬開発プラットフォームであるPDPS(Peptide Discovery Platform System)を活用し、特
殊環状ペプチドを用いた創薬に加えて、ヒットペプチドを介して得られるファーマコフォア情報を用いた低分子
創薬及びペプチド-薬物複合体（以下「PDC」）への展開を進めております。PDCは、放射性核種・核酸（siRNAや
DNA等）・抗体・タンパク質・ペプチド・低分子化合物等のペイロードを生体内の特定の部位や臓器に送達する
キャリアとして特殊環状ペプチドを活用し、治療が必要な細胞・組織への選択的な薬物の送達を可能とすること
で、健康な細胞・組織への影響や副作用を最小限に抑えながら、治療効果の最大化を狙う創薬アプローチであり
ます。当社では、このPDCの活用用途の拡大を積極的に進めてまいりましたが、その中でも、放射性医薬品領域に
おけるPDCの活用については、次世代放射性核種との組み合わせにより、今後さまざまな疾患に対する診断薬・治
療薬としての開発ポテンシャルを有することから、この領域でのPDCの活用を重要戦略の一つと位置付けてまいり
ました。
他方、PDRファーマ株式会社は放射性医薬品領域においては国内の放射性医薬品リーディングカンパニーの一社
としてSPECT（Single Photon Emission Computed Tomography）用診断薬、PET（Positron Emission
Tomography）用診断薬、放射性治療薬を提供しております。PDRファーマ株式会社を当社の子会社とすることで、
当社が有するPDC技術と放射性医薬品の研究開発から製造販売までの実績・ノウハウを組み合わせることにより、
放射性医薬品の創製、研究開発から製造販売まで一気通貫で最適化された新たなプラットフォームを構築するこ
とが可能となります。
放射性医薬品領域は、技術革新が進む次世代放射性核種と選択的なデリバリー技術の組み合わせにより、今後
治療と診断の両分野において、ますます臨床応用の範囲が拡大していくものと想定しております。放射性医薬品
領域におけるPDC事業のさらなる拡大と開発スピードの加速、並びに当該領域のグローバルネットワークにおける
中心的ハブの実現を目指しております。
③ 取得日
2022年３月28日
④ 被取得企業の支配の獲得方法
現金を対価とした株式の取得
91/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(2) 取得対価の公正価値及びその内訳
金額
（単位：千円）
24,637,929
現金
合計 24,637,929
（注)１．当第２四半期連結会計期間において、運転資本の変動等に応じた価格調整を行っており、157,895千円の追
加の支払いを行っております。なお、当該取得対価の金額は確定しております。
２．当企業結合に係る取得関連費用は394,997千円であり、「販売費及び一般管理費」にて費用処理しておりま
す。なお、前連結会計年度に費用として認識した取得関連費用は26,875千円、当連結会計年度に費用として
認識した取得関連費用は368,122千円です。
３．契約の一部として、最大6,000,000千円の支払いが発生する条件付対価が付されております。当社グループ
として、達成可能性等を見積もった結果、取得日時点においては条件付対価を認識しておりません。条件付
対価の詳細は、注記「32.金融商品の公正価値」に記載しております。
(3) 取得日現在における支払対価、既保有持分、取得資産及び引受負債の公正価値
金額
(単位：千円)
24,637,929
取得対価の公正価値
合計
24,637,929
取得資産及び引受負債の公正価値
流動資産
現金及び現金同等物 1,177,593
営業債権及びその他の債権 4,491,435
棚卸資産 1,097,068
その他 219,285
非流動資産
有形固定資産 9,806,596
無形資産 2,104,493
1,065,079
その他
資産合計 19,961,552
流動負債
営業債務及びその他の債務 1,595,701
その他 525,636
非流動負債
繰延税金負債 958,020
614,942
その他
負債合計 3,694,300
取得資産及び引受負債の公正価値（純額） 16,267,252
のれん 8,370,677
（注）１．取得対価は、支配獲得日における公正価値を基礎として、取得した資産及び引き受けた負債に配分しており
ます。取得原価の配分について、当第１四半期連結会計期間においては暫定的な会計処理を行っておりまし
たが、当第３四半期連結会計期間に確定しています。この暫定的な会計処理の確定に伴い新たな情報を反映
させた結果、取得原価の当初配分額を見直し以下のとおり遡及修正しております。
92/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
（単位：千円）
当初の暫定的な
その後の修正 修正後の公正価値
項目
公正価値
取得資産及び引受負債
の公正価値
棚卸資産 1,032,068 65,000 1,097,068
有形固定資産 8,821,773 984,823 9,806,596
無形資産 304,493 1,800,000 2,104,493
その他の資産 6,278,366 675,027 6,953,393
繰延税金負債 322,055 635,965 958,020
2,736,280 - 2,736,280
その他の負債
取得資産及び引受負債
13,378,366 2,888,885 16,267,252
の公正価値（純額）
のれん 11,101,667 △2,730,990 8,370,677
合計
24,480,033 157,895 24,637,929
移転対価の公正価値
24,480,033 157,895 24,637,929
現金
合計 24,480,033 157,895 24,637,929
２．取得した債権の公正価値、契約上の未収金額及び、回収不能見込額取得した営業債権及びその他の債権の公
正価値4,491,435千円について、契約金額の総額は4,491,435千円であり、回収不能と見込まれるものはあり
ません。
３．取得した無形資産
無形資産に配分された主要な内訳は、技術関連資産1,800,000千円です。技術関連資産は20年で均等償却
しております。
４．のれん
のれんは、個別に認識要件を満たさない、取得から生じることが期待される既存事業とのシナジー効果と
超過収益力です。認識されたのれんのうち、税務上損金算入が見込まれるものはありません。
(4) 取得に伴うキャッシュ・フロー
金額
(単位：千円)
支払対価の公正価値の合計 24,637,929
△1,177,593
取得時に被取得会社が保有していた現金及び現金同等物
合計 23,460,335
(5) 業績に与える影響
当社グループの連結損益計算書には、取得日以降に被取得企業から生じた売上収益11,446,321千円、及び当期利
益3,543,572千円が含まれております。
(6) 企業結合が期首に完了したと仮定した場合の連結に与える影響（プロフォーマ情報）
企業結合が期首に実施されたと仮定した場合、当連結会計年度における当社グループの売上収益及び当期利益
は、それぞれ30,763,721千円、7,664,830千円であったと算定されます。このプロフォーマ情報は概算額であり監査
証明を受けておりません。また、当該情報は必ずしも将来起こりうるべき事象を示唆するものではありません。ま
た、実際に出資が期首時点に行われた場合の当社グループの経営成績を示すものではありません。
93/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
７．現金及び現金同等物
現金及び現金同等物の内訳は以下のとおりであります。
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
現金及び預金 7,149,358 11,746,529 5,247,665
合計 7,149,358 11,746,529 5,247,665
移行日、前連結会計年度及び当連結会計年度の連結財政状態計算書における「現金及び現金同等物」の残高と連結
キャッシュ・フロー計算書における「現金及び現金同等物」の期末残高は一致しております。
移行日、前連結会計年度及び当連結会計年度において、引出制限のある重要な現金及び現金同等物は有しておりま
せん。
現金及び現金同等物は償却原価で測定する金融資産に分類しております。
８．営業債権及びその他の債権
営業債権及びその他の債権の内訳は以下のとおりであります。
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
売掛金
5,655,460 810,818 16,540,153
1,875,123 277 48,992
未収入金
合計 7,530,584 811,096 16,589,145
営業債権及びその他の債権は償却原価で測定する金融資産に分類しております。
９．その他の金融資産
(1) その他の金融資産の内訳
その他の金融資産の内訳は以下のとおりであります。
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
その他の金融資産（流動）：
償却原価で測定する金融資産
１年内回収予定の
6,241 69,047 6,243
長期貸付金
合計 6,241 69,047 6,243
その他の金融資産（非流動）：
償却原価で測定する金融資産
長期貸付金 89,598 497,452 347,504
その他 8,541 11,159 184,295
その他の包括利益を通じて
公正価値で測定する金融資産
株式 3,702,282 5,571,521 5,590,414
合計 3,800,421 6,080,133 6,122,214
94/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(2) その他の包括利益を通じて公正価値で測定する金融資産
株式等は資本性金融商品であり、取引先との関係維持、強化による収益基盤の拡大を目的として保有しているた
め、その他の包括利益を通じて公正価値で測定する金融資産に分類しております。
当該金融資産の主な銘柄及び公正価値は次のとおりであります。
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
銘柄
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
RayzeBio Inc.,
1,264,234 3,313,521 3,301,414
ペプチスター株式会社 1,900,000 1,900,000 1,971,000
モジュラス株式会社 358,000 358,000 318,000
180,048 － －
その他
3,702,282 5,571,521 5,590,414
合計
(3) その他の包括利益を通じて公正価値で測定する金融資産の認識の中止
当社グループは、資産の効率化や取引関係の見直し等を目的として、その他の包括利益を通じて公正価値で測定
する金融資産の一部を売却することにより、認識を中止しております。
各連結会計年度における売却時の公正価値及びその他の包括利益として認識されていた累積利得又は損失は以下
のとおりであります。
（単位：千円）
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
認識中止時の公正価値
145,222 －
認識中止時の累積利得又は損失 △34,825 －
(4) 利益剰余金への振替
当社グループでは、その他の包括利益を通じて公正価値で測定する金融資産に指定した資本性金融商品に対する
投資は、その認識を中止した場合あるいは公正価値が著しく下落し、かつ回復可能性がないと認められる場合には
その他の包括利益として認識されていた累積利得又は損失を利益剰余金に振り替えることとしております。利益剰
余金へ振り替えたその他の包括利益の累積利得又は損失（税引後）は、前連結会計年度において24,175千円で、当
連結会計年度はありません。
95/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
10．棚卸資産
棚卸資産の内訳は以下のとおりであります。
（単位：千円）
移行日
前連結会計年度 当連結会計年度
（ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
（2021年１月１日）
商品及び製品（半製品を含む）
－ － 393,552
585,981 925,138 2,285,146
原材料及び貯蔵品
合計 585,981 925,138 2,678,699
移行日、前連結会計年度及び当連結会計年度において12ヶ月より後に回収が見込まれる予定の棚卸資産、負債の担
保に差し入れている棚卸資産はありません。
期中に費用として認識された棚卸資産の金額は、前連結会計年度893,903千円（うち、売上原価に含まれる原材料及
び製品仕入は535,951千円）、当連結会計年度が6,965,363千円（うち、売上原価に含まれる原材料及び製品仕入は
3,104,446千円）であります。
当連結会計年度において、費用として認識された棚卸資産の評価減の金額は、95,497千円です。なお、前連結会計
年度において、費用として認識された棚卸資産の評価減の金額はありません。
11．その他の資産
その他の資産の内訳は以下のとおりであります。
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
その他の流動資産：
前払費用 253,841 62,889 242,241
未収消費税等 104,919 182,533 277,367
10,592 28,774 31,349
その他
合計 369,353 274,197 550,958
その他の非流動資産：
8,921 2,379 41,218
長期前払費用
合計 8,921 2,379 41,218
96/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
12．有形固定資産
(1) 帳簿価額の増減表
有形固定資産の取得価額、減価償却累計額及び減損損失累計額並びに帳簿価額の増減は以下のとおりです。
取得原価、減価償却累計額及び減損損失累計額
移行日（2021年１月１日）
（単位：千円）
建物及び 機械装置 工具器具
土地 建設仮勘定 使用権資産 合計
構築物 及び運搬具 及び備品
取得原価
904,628 4,347,490 - 2,688,588 - - 7,940,707
減価償却累計額
及び減損損失
- △ 574,797 - △ 1,599,053 - - △ 2,173,851
累計額
帳簿価額 904,628 3,772,693 - 1,089,535 - - 5,766,856
前連結会計年度（ 2021年12月31日 ）
（単位：千円）
建物及び 機械装置 工具器具
土地 建設仮勘定 使用権資産 合計
構築物 及び運搬具 及び備品
取得原価
904,628 4,349,927 － 3,303,330 644,400 － 9,202,286
減価償却累計額
及び減損損失
－ △ 744,652 － △ 2,020,483 － － △ 2,765,135
累計額
帳簿価額 904,628 3,605,275 － 1,282,847 644,400 － 6,437,151
当連結会計年度（ 2022年12月31日 ）
（単位：千円）
建物及び 機械装置 工具器具
土地 建設仮勘定 使用権資産 合計
構築物 及び運搬具 及び備品
取得原価
5,860,819 8,856,747 2,468,340 4,328,754 468,235 656,194 22,639,091
減価償却累計額
及び減損損失 － △ 1,265,332 △ 520,131 △ 2,573,614 － △ 154,597 △ 4,513,676
累計額
帳簿価額 5,860,819 7,591,414 1,948,208 1,755,140 468,235 501,596 18,125,415
97/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
有形固定資産の帳簿価額の増減は以下のとおりであります。
（単位：千円）
建物及び 機械装置 工具器具
建設仮勘定
土地 使用権資産 合計
（注１）
構築物 及び運搬具 及び備品
2021年１月１日
904,628 3,772,693 － 1,089,535 － － 5,766,856
取得 － 2,436 － 624,576 644,400 － 1,271,413
減価償却費（注）２ － △169,854 － △431,264 － － △601,118
売却又は処分 － － － － － － －
－ － － － － － －
科目振替
2021年12月31日
904,628 3,605,275 － 1,282,847 644,400 － 6,437,151
取得 26,867 76,931 67,454 590,112 2,904,230 5,644 3,671,241
企業結合による取得
1,729,324 4,428,837 2,385,462 430,868 181,554 650,549 9,806,596
（注）３
減価償却費（注）２ － △520,680 △520,506 △588,133 － △154,597 △1,783,918
売却又は処分 － － △3,890 △1,765 － － △5,655
3,200,000 1,050 19,688 41,211 △3,261,949 － －
科目振替
2022年12月31日 5,860,819 7,591,414 1,948,208 1,755,140 468,235 501,596 18,125,415
（注）１．建設仮勘定には、建設中の有形固定資産に関する支出額が含まれております。
２．有形固定資産の減価償却費は、連結損益計算書の「売上原価」、「販売費及び一般管理費」及び「研究開
発費」に含まれております。
３．当連結会計年度の企業結合による取得は、富士フイルム富山化学株式会社から放射性医薬品事業を吸収分
割により承継する新会社の株式を取得したことによるものです。企業結合の詳細は「６．企業結合」に記
載しております。
４．有形固定資産の取得原価に含めた借入コストはありません。
(2) 使用権資産の帳簿価額の内訳
使用権資産の帳簿価額の内訳は以下のとおりです。
移行日（ 2021年１月１日 ）
使用権資産はありません。
前連結会計年度（ 2021年12月31日 ）
使用権資産はありません。
当連結会計年度（ 2022年12月31日 ）
（単位：千円）
原資産の区分
建物及び 機械装置 工具器具
土地 合計
構築物 及び運搬具 及び備品
使用権資産の帳簿価額
－ 233,772 251,991 15,833 501,596
(注) 当連結会計年度における使用権資産の増加は、 656,194 千円です。
98/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
13．のれん及び無形資産
(1) 帳簿価額の調整表
のれん及び無形資産の取得価額、償却累計額及び減損損失累計額並びに帳簿価額の増減は以下のとおりです。
取得原価、償却累計額及び減損損失累計額
移行日（2021年１月１日）
（単位：千円）
無形資産
のれん 合計
技術関連
ソフトウェア 商標権 販売権 その他
資産
取得原価
－ 165,482 － － － 1,950 167,432
償却累計額及び
－ △ 88,290 － － － △ 458 △ 88,748
減損損失累計額
帳簿価額 － 77,192 － － － 1,491 78,683
前連結会計年度（ 2021年12月31日 ）
（単位：千円）
無形資産
のれん 合計
技術関連
ソフトウェア 商標権 販売権 その他
資産
取得原価
－ 167,303 － － － 28,834 196,138
償却累計額及び
－ △ 120,047 － － － △ 588 △ 120,636
減損損失累計額
帳簿価額 － 47,256 － － － 28,245 75,502
当連結会計年度（ 2022年12月31日 ）
（単位：千円）
無形資産
のれん 合計
技術関連
ソフトウェア 商標権 販売権 その他
資産
取得原価
8,370,677 655,084 1,800,000 885 65,343 21,339 10,913,329
償却累計額及び
－ △ 207,127 △ 67,500 △ 66 △ 34,593 △ 809 △ 310,097
減損損失累計額
帳簿価額 8,370,677 447,956 1,732,500 819 30,750 20,529 10,603,232
99/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
帳簿価額
（単位：千円）
無形資産
のれん 合計
技術関連資
ソフトウェア 商標権 販売権 その他
産
2021年１月１日
－ 77,192 － － － 1,491 78,683
個別取得 － 1,821 － － － 26,884 28,705
償却費 － △31,756 － － － △130 △31,887
－ － － － － － －
科目振替
2021年12月31日
－ 47,256 － － － 28,244 75,501
個別取得 － 201,142 － － － 40,878 242,020
企業結合による取得
8,370,677 210,750 1,800,000 885 65,343 27,514 10,475,170
（注）２
償却費 － △87,080 △67,500 △66 △34,593 △220 △189,461
－ 75,887 － － － △75,887 －
科目振替
2022年12月31日 8,370,677 447,956 1,732,500 819 30,750 20,529 10,603,232
(注) １．無形資産の償却費は、連結損益計算書の「売上原価」、「販売費及び一般管理費」及び「研究開発費」に含
まれております。
２．当連結会計年度の企業結合による取得は、富士フイルム富山化学株式会社から放射性医薬品事業を吸収分割
により承継する新会社の株式を取得したことによるものです。企業結合の詳細は「６．企業結合」に記載し
ております。
(2) 個別に重要な無形資産
連結財政状態計算書に計上されている無形資産で個別に重要なものは、技術関連資産です。技術関連資産は、富
士フイルム富山化学株式会社から放射性医薬品事業を取得した際に発生したもの1,800,000千円です。当連結会計年
度末における帳簿価額は1,732,500千円です。当連結会計年度末時点での残存償却年数は19.3年であり、定額法で均
等償却をしております。
(3) のれんを含む資金生成単位の減損テスト
資金生成単位へ配分したのれんの帳簿価額は、以下のとおりであります。
（単位：千円）
資金生成単位又は 移行日
前連結会計年度 当連結会計年度
報告セグメント
（ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
資金生成単位グループ （2021年１月１日）
放射性医薬品事業 PDRファーマ株式会社 － － 8,370,677
当社グループは、のれんについて、毎年同時期又は減損の兆候がある場合には随時、減損テストを実施しており
ます。減損テストの回収可能価額は、使用価値に基づき算定しております。企業結合で生じたのれんは、取得日
に、企業結合から利益がもたらされる資金生成単位に配分しております。
100/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
使用価値は、経営者が承認した今後10年度分の事業計画を基礎としたキャッシュ・フローの見積額を、当該資金
生成単位の割引率（税引前加重平均資本コスト）12.1％により現在価値に割り引いて算定しております。事業計画
は、業界の将来の趨勢に関する経営者の評価と過去のデータを反映したものであり、外部情報及び内部情報に基づ
き作成しており 、放射性医薬品の開発・製造販売を扱う放射性医薬品事業の製品開発の特性等から、５年を超えた
計画期間に基づき使用価値を算定しております。 事業計画を超える期間のキャッシュ・フローについては、資金生
成単位が属する市場もしくは国の長期平均成長率を勘案して成長率0.3％により算定しており、市場の長期の平均成
長率を超過しておりません。
なお、資金生成単位において、仮に上記の減損判定に用いた主要な仮定が合理的に考えうる範囲で変化した場合
でも、重要な減損損失が発生する可能性は低いと判断しております。
14．持分法で会計処理されている投資
(1) 個々には重要性のない関連会社に対する投資の帳簿価額の内訳
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
関連会社に対する投資
－ 44,447 10,965
294,927 558,556 388,763
共同支配企業に対する投資
合計 294,927 603,003 399,728
(2) 持分法を適用している関連会社及び共同支配企業の包括利益に対する当社グループの持分
① 関連会社
持分法を適用している関連会社に対する当社グループの当期利益、その他の包括利益及び当期包括利益に対す
る持分は以下のとおりであります。なお、前連結会計年度及び当連結会計年度において、関連会社のうち、個々
に重要性のある関連会社は該当ありません。
（単位：千円）
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
当期利益（△損失）に対する持分取込額
△330,012 △33,481
－ －
その他の包括利益に対する持分取込額
当期包括利益に対する持分取込額 △330,012 △33,481
② 共同支配企業
持分法を適用している関連会社に対する当社グループの当期利益、その他の包括利益及び当期包括利益に対す
る持分は以下のとおりであります。なお、前連結会計年度及び当連結会計年度において、共同支配企業のうち、
個々に重要性のある共同支配企業は該当ありません。
（単位：千円）
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
当期利益（△損失）に対する持分取込額
△242,370 △169,793
－ －
その他の包括利益に対する持分取込額
当期包括利益に対する持分取込額 △242,370 △169,793
101/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
15．営業債務及びその他の債務
営業債務及びその他の債務の内訳は以下のとおりであります。
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
買掛金
55,276 100,868 641,111
未払金 1,867,694 281,076 1,617,150
639,817 504,180 1,821,834
未払費用
合計 2,562,788 886,124 4,080,097
営業債務及びその他の債務は償却原価で測定する金融負債に分類しております。
16．借入金
(1) 借入金の内訳
借入金の内訳は以下のとおりであります。
（単位：千円、％）
移行日
前連結会計年度 当連結会計年度
平均利率 返済期限
（2021年１月１
（ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
日）
流動負債：
短期借入金 － － 500,000 0.5 －
１年内返済予定
－ － 2,190,653
1.1 －
長期借入金
合計 － － 2,690,653 － －
非流動負債：
－ － 18,357,797
長期借入金 1.1 2024年～2027年
合計 － － 18,357,797 － －
(注)平均利率については、借入金の期末残高に対する加重平均利率を記載しております。
借入金は償却原価で測定する金融負債に分類しております。
(2) 担保に供している資産
借入金の担保に供している資産はありません。
102/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
17．その他の金融負債
その他の金融負債の内訳は以下のとおりです。
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
その他の金融負債（流動）：
リース負債
－ － 280,116
純損益を通じて公正価値で
測定する金融負債
－ － 64,766
デリバティブ負債
合計 － － 344,882
その他の金融負債（非流動）：
リース負債 － － 348,232
－ － 1,978,850
条件付対価
合計 － － 2,327,082
18．リース取引
(借手のリース取引)
(1) 概要
当社グループは、主として事務所、駐車場、社宅、車両、倉庫、設備及び事務機器をリースしております。な
お、重要な購入選択権、エスカレーション条項及びリース契約によって課された制限（配当、追加借入及び追加
リースに関する制限等）はありません。
(2) 純損益で認識された金額
リースに係る損益の内訳は以下のとおりであります。
(単位：千円)
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
使用権資産の減価償却費
建物及び構築物 － 125,186
機械装置及び運搬具 － 23,985
工具器具及び備品 － 5,425
－ 154,597
合計
リース負債に係る金利費用
－ 5,034
短期リース費用 723 67,144
少額資産リース費用 993 3,988
(3) キャッシュ・アウトフローの合計額
リースに係るキャッシュ・アウトフローの合計額は以下のとおりです。
(単位：千円)
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
リースに係るキャッシュ・アウトフローの合計額
1,417 294,048
(4) 使用権資産及びリース負債
使用権資産の帳簿価額の内訳及び増加額は、注記「12．有形固定資産」に記載しております。また、
リース負債の満期分析については、注記「31.金融商品（２）②流動性リスク管理」に記載しております。
(5) 延長オプション及び解約オプション
当社グループにおいては、各社がリース管理に責任を負っており、リース条件は個々に交渉され、幅広く異なる
103/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
契約条件となっております。
リース契約の一部については、延長オプション及び解約オプションが付与されております。延長及び解約オプ
ションは、当社グループの事務所及び社宅に係るリースに多く含まれており、これらの条件は、当社グループが事
業を活用する上で、必要な場合に使用しております。
19．法人所得税
(1) 繰延税金資産及び繰延税金負債
繰延税金資産及び繰延税金負債の主な発生原因別の内訳は以下のとおりであります。
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
繰延税金資産
契約負債 115,040 74,634 47,070
従業員給付 23,571 24,843 283,466
株式報酬 85,906 85,814 67,501
リース負債 － － 214,266
金融商品 292,421 － 605,132
資産調整勘定 － － 2,272,211
税務上の繰越欠損金 － － 407,455
117,049 29,990 615,939
その他
合計 633,989 215,283 4,513,044
繰延税金負債
従業員給付 － － △72,118
使用権資産 － － △213,583
無形資産 － － △590,782
金融商品 △84,343 △523,582 △140,648
－ － △60,675
その他
合計 △84,343 △523,582 △1,077,808
繰延税金資産純額 549,646 △308,298 3,435,235
104/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
繰延税金資産及び繰延税金負債の増減の内訳は以下のとおりであります。
（単位：千円）
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
繰延税金資産(△負債)の純額の期首残高
549,646 △308,298
企業結合による減少額
リース負債 － 252,917
その他 － 462,404
従業員給付 － △127,997
使用権資産 － △252,917
無形資産 － △617,400
純損益を通じて認識された額 △418,705 3,602,866
その他包括利益を通じて認識された額
従業員給付 － 40,727
△439,239 382,933
金融商品
繰延税金資産(△負債)の純額の期末残高 △308,298 3,435,235
当連結会計年度において、新規に事業取得したPDRファーマ株式会社は、経営統合される以前において、当該事
業の赤字が続いていたこともあり、繰越欠損金が生じていることから、取得日時点では繰延税金資産の回収可能
性が低いとして、繰延税金資産を計上しておりませんでした。当連結会計年度末において当該事業が黒字化した
こと、また当連結会計年度末においてPDRファーマ株式会社が新たに策定した中長期事業計画に基づいて再評価を
行った結果、繰延税金資産の回収可能性が高まったと判断したことから繰延税金資産を計上しております。
(2) 未認識の繰延税金資産及び繰延税金負債
繰延税金資産を認識していない税務上の繰越欠損金及び将来減算一時差異は以下のとおりであります。
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
税務上の繰越欠損金
－ － －
140,460 315,495 377,657
将来減算一時差異
合計 140,460 315,495 377,657
移行日、前連結会計年度及び当連結会計年度において、将来の課税所得の発生が見込まれる範囲内で繰延税金資
産を認識しております。 繰延税金資産の回収可能性の評価においては、予定される将来加算一時差異の解消、予測
される 将来の課税所得及びタックスプランニングを考慮しています。予測される将来の課税所得は経営者が承認し
た事業計画のもとで想定されたものであり、過去の計画と実績の推移からその実現可能性は高いと考えられるた
め、回収可能性があると判断しております。
当連結会計年度において、繰延税金負債を認識していない子会社等に対する投資に係る将来加算一時差異の合計
額は、2,890,636千円であります。これらは当社グループが一時差異を解消する時期をコントロールでき、かつ予測
可能な期間内に当該一時差異が解消しない可能性が高いことから、繰延税金負債を認識しておりません。
移行日、前連結会計年度において、繰延税金負債を認識していない子会社等に対する投資に係る将来加算一時差
異はありません。
105/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(3) 法人所得税費用
法人所得税費用の内訳は以下のとおりであります。
（単位：千円）
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
当期税金費用
811,827 2,701,833
418,705 △3,602,866
繰延税金費用
合計 1,230,532 △901,033
(4) その他の包括利益で認識される法人所得税
その他の包括利益で認識された法人所得税は、注記「28．その他の包括利益」に記載しております。
(5) 実効税率の調整表
法定実効税率と平均実際負担税率との差異要因は以下のとおりです。実際負担税率は全社の年間の税引前当期利
益に対する法人所得税の負担割合を表示しております。なお、当社グループは、主に法人税、住民税及び事業税を
課されており，これらを基礎として計算した繰延税金資産及び繰延税金負債の計算に使用する法定実効税率は、
2021年12月期及び2022年12月期いずれも30.6％であります。
（単位：％）
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
法定実効税率
30.6 ％ 30.6 ％
交際費等永久に算入されない項目 3.6 ％ 2.1 ％
未認識の繰延税金資産の増減 4.6 ％ △41.9 ％
試験研究費の特別控除 △7.1 ％ △4.9 ％
0.6 ％ 0.6 ％
その他
実際負担税率 32.4 ％ △13.5 ％
20．従業員給付
当社は、確定拠出型制度を設けております。当連結会計年度に富士フイルム富山化学株式会社からPDRファーマ株式
会社の株式を取得し、当社の子会社としたことに伴い、確定給付型の制度として確定給付型企業年金制度及び退職一
時金制度（非積立型）を採用しております。
(1) 確定給付制度
① 採用している確定給付制度の概要
当社グループでは、退職給付制度にポイント制を採用しており、勤務年数、退職時の給与支給額、及びその他
の要素に基づき付与されるポイントの累計数に基づいて、給付額が計算されます。確定給付制度は金融商品に係
る投資リスク及び割引率等の数理計算のリスクにさらされております。また、制度設計上の退職給付債務に見
合った運用収益を得られない場合、掛金の追加拠出が求められる可能性があります。
当社グループが設けている年金制度は、当社より法的に独立した企業年金基金によって運営されており、基金
の理事は、法令、法令に基づき行われる厚生労働大臣又は地方厚生局長の処分、規約及び代議員会の議決を遵守
し、基金のために忠実にその職務を遂行する義務を負っています。
当社グループには、企業年金基金に対する掛金の拠出が要求されており、将来にわたって企業年金基金が定め
る掛金の拠出義務を負っています。また、掛金は法令が認める範囲で定期的に見直されています。
現在の市場環境下では、割引率の著しい変動は想定されず負債の著しい変動は見込まれません。したがって、
資産・負債マッチング戦略としては、中長期的な運用上の期待リターンが割引率を上回るように設定し、資産・
負債のミスマッチを抑制するような投資戦略としております。投資戦略は主に、収益を最大化させるのではな
く、下落リスクの管理強化に重点を置いております。この投資政策は、長期契約を履行できる収益を生み出すこ
とができると予想されます。
106/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
② 確定給付制度債務及び制度資産の調整表
確定給付制度債務及び制度資産と連結財政状態計算書に計上された確定給付負債及び資産の純額との関係は以下
のとおりであります。
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
積立型の確定給付制度債務の
－ － 2,643,519
現在価値
制度資産の公正価値 － － △3,490,000
－ － 781,038
アセット・シーリングの影響
小計
－ － △65,441
非積立型の確定給付制度債務の
－ － 108,450
現在価値
確定給付負債及び資産の純額 － － 43,008
連結財政状態計算書上の金額
確定給付負債 － － 108,450
－ － △65,441
確定給付資産
連結財政状態計算書に計上された
－ － 43,008
確定給付負債及び資産の純額
③ 確定給付制度債務の現在価値の調整表
確定給付制度債務の現在価値の増減は以下のとおりであります。
（単位：千円）
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
確定給付制度債務の現在価値の期首残高 － －
企業結合による影響額
－ 2,951,232
当期勤務費用 － 108,963
利息費用 － △906
再測定
人口統計上の仮定の変化により生じた
－ △1,147
数理計算上の差異
財務上の仮定の変化により生じた
－ △196,133
数理計算上の差異
給付支払額 － △110,039
－ 2,751,970
確定給付制度債務の現在価値の期末残高
確定給付制度債務の加重平均デュレーションは、当連結会計年度において12.0年であります。
107/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
④ 制度資産の公正価値の調整表
制度資産の公正価値の増減は以下のとおりであります。
（単位：千円）
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
制度資産の公正価値の期首残高 － －
企業結合による影響額
－ 3,847,650
利息収益 － 1,168
再測定
制度資産に係る収益 － △372,412
事業主からの拠出金 － 98,858
給付支払額 － △85,265
－ 3,490,000
制度資産の公正価値の期末残高
当社グループは、翌連結会計年度（2023年12月期）に133,200千円の掛金を拠出する予定であります。
⑤ 制度資産の項目ごとの内訳
制度資産の主な項目ごとの内訳は以下のとおりであります。
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度
当連結会計年度
（ 2022年12月31日 ）
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ）
活発な市場 活発な市場 活発な市場 活発な市場 活発な市場 活発な市場
価格のある 価格のない 合計 価格のある 価格のない 合計 価格のある 価格のない 合計
資産 資産 資産 資産 資産 資産
資本性金融
－ － － － － － 56,000 695,000 751,000
商品
負債性金融
－ － － － － － － 1,160,000 1,160,000
商品
－ － － － － － 2,000 1,577,000 1,579,000
その他
合計 － － － － － － 58,000 3,432,000 3,490,000
（注）１．当社グループの投資方針の基本は、分散投資による効率的なリターンの追求及びリスクの低減にありま
す。当社グループの年金資産運用については、従業員に対する年金給付や一時金給付の支払を将来にわた
り確実に行うため、許容されるリスクの下で、必要とされる総合収益を長期的に確保することを目指して
おります。投資方針については確定給付型制度の財政状況や運用環境を勘案しながら、必要に応じて見直
しを行うこととしています。なお、確定給付型の退職給付制度には、投資リスク、数理計算上のリスクが
内在しております。制度設計上の退職給付債務に見合った運用収益を得られない場合、掛金の追加拠出が
求められる可能性があります。当連結会計年度に富士フイルム株式会社から株式を取得し、当社の子会社
になったPDRファーマ株式会社で確定給付制度が発生しております。PDRファーマ株式会社は、富士フイル
ムグループ確定給付企業年金に加入しており、その制度の下で、退職給付制度による支払いを行っており
ます。
２．当連結会計年度末において、富士フイルム株式会社からの報告結果に基づいて、上記資産の内訳を開示し
ております。
３．「その他」には、不動産、オルタナティブ、現金及び現金同等物が含まれております。
108/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
⑥ アセット・シーリングの影響の変動
アセット・シーリングの影響の変動は以下のとおりであります。
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
アセット・シーリングの影響の期
－ － －
首残高
企業結合による影響
835,566
再測定
確定給付資産の純額を資産上限
－ － △54,528
額に制限していることの影響
アセット・シーリングの影響の期
－ － 781,038
末残高
⑦ 主な数理計算上の仮定
数理計算に用いた主な仮定は以下のとおりであります。
（単位：％）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
割引率
－ － 1.4
⑧ 感応度分析
数理計算に用いた割引率が0.5％変動した場合に、確定給付制度債務の現在価値に与える影響は以下のとおりであ
ります。
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
割引率が0.5％上昇した場合
－ － △126,047
割引率が0.5％低下した場合 － － 138,604
上記の分析は割引率以外の数理計算上の仮定が一定であることを前提として計算されておりますが、実際には他
の数理計算上の仮定の変化が影響する可能性があります。
(2) 確定拠出制度
確定拠出制度に関して費用として認識された金額は、前連結会計年度が114,503千円、当連結会計年度が431,398
千円であります。
なお、本邦の厚生年金保険法に基づく厚生年金保険料の事業主負担分を含んでおります。
(3) 複数事業主制度
PDRファーマ株式会社は、富士フイルムグループ確定給付企業年金に加入しております。当該制度は、以下の点で
単一事業主制度とは異なります。
① 複数事業主制度への掛金の額は、加入員の標準給与等の額に一定の率を乗ずる方法により算定されます。ま
た、将来にわたって財政の均衡を保つことができるように、法令に定める基準に従って掛金の額がみなおされ
ます。
② 複数事業主制度に拠出した資産は、拠出事業主以外の事業主の従業員への給付に使用される可能性がありま
す。
③ 一部の事業主が掛金拠出を中断した場合、他の事業主に未積立債務の負担が求められる可能性があります。
④ 複数事業主制度が解散した場合又は複数事業主制度から脱退する場合、未積立額を解散時あるいは脱退時特
別掛金として拠出することが求められる可能性があります。
当該制度に関しては、自社の拠出に対応する年金資産の額を合理的に算定できることから、確定給付制度の注記
に含めて記載しております。
(4) 従業員給付費用
連結損益計算書に含まれている従業員給付費用は、前連結会計年度及び当連結会計年度においてそれぞれ、
109/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
1,612,351千円及び5,127,893千円です。
従業員給付費用には、給与、賞与、法定福利費及び退職給付費用等が含まれており、連結損益計算書の「売上原
価」、「販売費及び一般管理費」及び「研究開発費」に含まれております。売上原価として計上されている従業員
給付費用は前連結会計年度670,776千円、当連結会計年度1,787,117千円、販売費及び一般管理費として計上されて
いる従業員給付費用は前連結会計年度458,611千円、当連結会計年度2,347,012千円、研究開発費として計上されて
いる従業員給付費用は前連結会計年度482,963千円、当連結会計年度993,763千円であります。
21．その他の負債
その他の負債の内訳は以下のとおりであります。
（ 単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
流動負債：
預り金 136,777 122,093 180,014
未払消費税等 － － 211,367
未払有給休暇 77,080 81,241 341,499
122,543 28,118 159,450
その他
合計 336,401 231,453 892,332
22．資本及びその他の資本項目
(1) 授権株式数、発行済株式数
授権株式数、発行済株式数の増減は以下のとおりであります。
（単位：株）
授権株式数 発行済株式数
移行日（2021年１月１日）
342,400,000 125,910,400
－ 4,100,000
期中増減（注）２
前連結会計年度（2021年12月31日）
342,400,000 130,010,400
－ －
期中増減
当連結会計年度（2022年12月31日） 342,400,000 130,010,400
(注) １．当社の発行する株式は、すべて権利内容に何ら限定のない無額面の普通株式であり、発行済株式は全額払込
済みとなっております。
２．新株予約権の行使による増加であります。
(2) 資本剰余金
日本における会社法（以下、「会社法」）では、株式の発行に対しての払込み又は給付の２分の１以上を資本金
に組み入れ、残りは資本剰余金に含まれている資本準備金に組み入れることが規定されております。また、会社法
では、資本準備金は株主総会の決議により、資本金に組み入れることができます。
(3) 自己株式
自己株式数及び残高の増減は以下のとおりであります。
（単位：株、千円）
株式数 金額
移行日（2021年１月１日）
193,694 655,383
△10,730 △35,260
期中増減（注）
前連結会計年度（2021年12月31日）
182,964 620,123
△3,517 △12,789
期中増減（注）
当連結会計年度（2022年12月31日） 179,447 607,334
(注)期中増減の主な要因は、株式給付信託に係る処分による減少及び単元未満株式の買取請求によるものでありま
す。
(4) その他の資本の構成要素
前連結会計年度及び当連結会計年度におけるその他の資本の構成要素の変動は以下のとおりです。
110/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
（単位：千円）
その他の包括利益を
確定給付制度の再測定 通じて公正価値で 合計
測定する金融資産
2021年１月１日残高
－ 191,468 191,468
その他の包括利益 － 972,945 972,945
その他の資本の構成要素から
－ 24,175 24,175
利益剰余金への振替
－ 1,188,589 1,188,589
2021年12月31日残高
その他の包括利益
△78,707 △869,301 △948,009
その他の資本の構成要素から
78,707 － 78,707
利益剰余金への振替
－ 319,287 319,287
2022年12月31日残高
上記は全て税引後の金額です。
① その他の包括利益を通じて公正価値で測定する金融資産
その他の包括利益を通じて公正価値で測定する金融資産の公正価値の評価差額であります。
② 確定給付制度の再測定
確定給付制度の再測定は、期首時点の数理計算上の仮定と実際の結果との差異による影響額及び数理計算上の
仮定の変更による影響額であります。これについては、発生時にその他の包括利益で認識し、その他の資本の構
成要素から利益剰余金に直ちに振り替えております。
(5) 利益剰余金
会社法では、剰余金の配当として支出する金額の10分の１を、資本準備金及び利益準備金の合計額が資本金の４
分の１に達するまで資本準備金又は利益準備金として積み立てることが規定されています。積み立てられた利益準
備金は、欠損填補に充当できます。また、株主総会の決議をもって、利益準備金を取り崩すことができます。
111/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
23．株式報酬
当社グループは、取締役及び従業員等に対しインセンティブを与えることによって、中長期の業績及び企業価値を
向上させることを目的として株式報酬制度を採用しております。
(1) ストック・オプション
① 制度の内容
当社グループは、持分決済型の株式に基づく報酬としてストック・オプション制度を導入しております。
前連結会計年度及び当連結会計年度に存在するストック・オプション制度は、以下のとおりです。
第５回新株予約権
第７回新株予約権 第８回新株予約権
(注)２
当社取締役 １名 当社取締役 ３名 当社取締役 ６名
付与対象者の
当社退任取締役 １名 当社従業員 10名 当社従業員 23名
区分及び人数
株式の種類別
のストック・
普通株式 4,100,000 普通株式 2,400,000 普通株式 3,070,000
オプションの
数(注)１
付与日 2011年６月１日 2018年３月27日 2021年12月14日
(1) 新株予約権の割当を受け (1) 新株予約権者は、当社が (1) 2022年12月期から2026年
た者は、権利行使時にお 金融商品取引法に基づき 12月期までの事業年度に
いても当社の役員、顧 提出する2020年12月期か おいて、EBITDAの累計額
問、従業員、経営陣とし ら2023年12月期のいずれ が、下記(a)又は(b)に定
て株主総会にて承認され かの事業年度における有 める水準を超過した場
た者の地位であることを 価証券報告書に記載され 合、それぞれに定められ
要する。ただし、それら た損益計算書（連結損益 ている割合（以下、「行
の地位を失った場合で 計算書を作成している場 使可能割合」という。）
あっても当社の取締役会 合、連結損益計算書）に を上限として、これ以降
が本新株予約権の行使を おいて、営業利益が6,000 本新株予約権を行使する
権利確定条件 承認した場合は、この限 百万円を超過した場合、 ことができる。
りでない。 各新株予約権者に割り当 (a) EBITDAの累計額が450億円
(2) 本新株予約権の行使にあ てられた本新株予約権を
を超過した場合：行使可
行使することができま
たっては、新株予約権１ 能割合 割り当てられた
す。なお、国際財務報告
個の一部についてこれを 本新株予約権の50％
基準の適用等により参照
行使することはできない
すべき項目の概念に重要
ものとする。
な変更があった場合に
は、別途参照すべき指標
を当社取締役会にて定め
るものとします。
112/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(2) 上記(1)に拘わらず、新株 (b) EBITDAの累計額が500億円
予約権者は、割当日から を超過した場合：行使可
本新株予約権の行使期間 能割合 割り当てられた
の終期に至るまでの間 本新株予約権の100％
に、いずれかの連続する なお、上記における
21取引日において東京証 EBITDAは当社の損益計算
券取引所における当社普 書(連結損益計算書を作成
通株式の普通取引終値 している場合には連結損
（当日に終値がない場合 益計算書)に記載された税
は、過去に遡って直近の 引前当期純利益に支払利
取引日の終値）の平均値 息及びM&A関連費用を加算
が一度でも行使価額に し、キャッシュ・フロー
50％を乗じた価格を下 計算書(連結キャッシュ・
回った場合、新株予約権 フロー計算書を作成して
者は残存するすべての本 いる場合には連結キャッ
新株予約権を行使するこ シュ・フロー計算書)に記
とができないものとしま 載された減価償却費、の
す。 れん償却費、減損損失を
(3) 新株予約権者は、新株予 加算した額をいう。加え
て、当該損益計算書に本
約権の権利行使時におい
新株予約権に係る株式報
ても、当社又は当社関係
酬費用が計上されている
会社（財務諸表等の用
場合には、これによる影
語、様式及び作成方法に
響を排除した株式報酬費
関する規則において規定
用控除前EBITDAをもって
される関係会社をい
判定するものとする。
う。）の取締役、監査役
(2) 本新株予約権１個未満の
又は従業員であることを
要する。ただし、任期満 行使を行うことはできな
了による退任、定年退 いものとする。
職、その他正当な理由が
あると取締役会が認めた
場合は、この限りではあ
りません。
(4) 新株予約権者の相続人に
よる本新株予約権の行使
は認めないものとしま
す。
(5) 本新株予約権の行使に
よって、当社の発行済株
式総数が当該時点におけ
る授権株式数を超過する
こととなるときは、当該
本新株予約権の行使を行
うことはできないものと
します。
(6) 本新株予約権１個未満の
行使を行うことはできな
いものとする。
2011年６月１日～2021年５月 2020年10月１日～2028年９月 2027年４月１日～2032年３月
権利行使期間
31日 30日 31日
(注)１．株式数に換算して記載しております。
２．IFRS移行日より前に権利が確定しているため、IFRS第２号「株式報酬」を適用しておりません。
113/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
② ストック・オプションの数及び加重平均行使価格
付与されたストック・オプションの数量及び加重平均行使価格は、以下のとおりです。ストック・オプション
の数量については、株式数に換算して記載しております。
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
株数（株) 加重平均行使価格（円） 株数（株) 加重平均行使価格（円）
期首未行使残高
6,500,000 2,052 3,070,000 2,893
付与 3,070,000 2,893 － －
行使 4,100,000 11 － －
失効 2,400,000 5,540 － －
－ － － －
満期消滅
期末未行使残高 3,070,000 2,893 3,070,000 2,893
期末行使可能残高 － － － －
行使価格範囲 2,893円 2,893円
加重平均残存契約年数 10.3年 9.3年
権利行使日時点の加重平均株価 5,196円 －
③ 付与されたストック・オプションの公正価値及び公正価値の見積方法
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
使用した評価技法 ブラック・ショールズモデル －
公正価値(円)
700 －
算定基準日時点の株式評価額(円) 2,893 －
行使価格(円/株) 2,893 －
予想ボラティリティ(％) 51.36 －
オプションの残存期間(年) 10.25 －
予想配当(円/株) 0 －
無リスク利子率(％) 0.092 －
(注)予想ボラティリティは、オプションの残存期間に対応する過去の株価実績を基に算定しております。
④ 株式報酬費用
当該株式報酬制度に関して計上された費用は、前連結会計年度405,011千円、当連結会計年度はありません。
(2) 株式給付信託(BBT)
① 制度の内容
当社は取締役（社外取締役及び監査等委員である取締役を除きます。）に対し、中長期にわたる業績向上と企
業価値の増大への貢献意識を高めるため、取締役に対する新たな株式報酬制度「株式給付信託（BBT）」を導入し
ております。
本制度は、あらかじめ当社が定めた役員株式給付規程に基づき、一定の要件を満たした当社の取締役に対し、
当社株式を給付する仕組みであります。
当社は取締役に対して、役員株式給付規程に従いポイントを付与し、原則として退任時に当該付与ポイントに
相当する当社株式（１ポイント＝２株）を給付いたします。取締役に対して給付する株式については、あらかじ
め信託設定した金銭により将来分も含めて取得し、信託財産として分別管理しております。
当該株式給付制度は、持分決済型の株式報酬として会計処理しております。
114/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
② ポイント数
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
期首残高
43,638 43,164
付与 4,226 16,665
行使 △4,700 －
失効 － －
期末未行使残高 43,164 59,829
期末行使可能残高 － －
③ 付与されたポイントの公正価値及び公正価値の見積方法
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
加重平均公正価値(円)
5,824 3,274
(注) １．付与日の公正価値は、付与日の当社株式の株価に近似していると判断されたことから、付与日の株価を使用
して算定しております。なお、予想配当を考慮に入れた修正、及びその他の修正は行っておりません。
２．付与日以降、権利確定日まで継続して勤務していることが権利確定条件となっております。
④ 株式報酬費用
当該株式報酬制度に関して計上された費用は、前連結会計年度24,612千円、当連結会計年度54,561千円であり
ます。
(3) 株式給付信託(J-ESOP)
① 制度の内容
当社は従業員の帰属意識を醸成することや株価及び業績向上への意欲を高めることを目的として、従業員に対
して自社の株式を給付するインセンティブプラン「株式給付信託（J-ESOP）」を導入しております。
本制度は、あらかじめ当社が定めた株式給付規程に基づき、一定の要件を満たした当社の従業員に対し、当社
株式を給付する仕組みであります。
当社は従業員に対して、個人の貢献度等に応じたポイントを付与し、一定の条件により受給権の取得をしたと
きに当該付与ポイントに相当する当社株式（１ポイント＝２株）を給付いたします。従業員に対して給付する株
式については、あらかじめ信託設定した金銭により将来分も含めて取得し、信託財産として分別管理しておりま
す。
当該株式給付制度は、持分決済型の株式報酬として会計処理しております。
② ポイント数
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
期首残高
8,600 9,750
付与 2,250 10,400
行使 △650 △1,800
失効 △450 △250
期末未行使残高 9,750 18,100
期末行使可能残高 － －
115/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
③ 付与されたポイントの公正価値及び公正価値の見積方法
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
加重平均公正価値(円)
5,454 3,084
（注）１．付与日の公正価値は、付与日の当社株式の株価に近似していると判断されたことから、付与日の株価を使用
して算定しております。なお、予想配当を考慮に入れた修正、及びその他の修正は行っておりません。
２．付与日以降、権利確定日まで継続して勤務していることが権利確定条件となっております。
④ 株式報酬費用
当該株式報酬制度に関して計上された費用は、前連結会計年度29,047千円、当連結会計年度30,832千円であり
ます。
24．売上収益
(1) 収益の内訳
当社グループは、前連結会計年度においては、創薬開発事業のみを行っておりますが、当第１四半期連結累計期
間において、富士フイルム富山化学株式会社から放射性医薬品事業を吸収分割により承継する新会社であるPDR
ファーマ株式会社の株式を100％取得したことに伴い、当第２四半期連結会計期間以降において、創薬開発事業と放
射性医薬品事業の２つの報告セグメントに区分しています。
当社は創薬開発事業として、従来から独自の創薬開発プラットフォームシステムであるPDPSを活用した３つの事
業戦略：①創薬共同研究開発、②PDPS技術ライセンス、③戦略的提携/自社創薬の拡充を進めております。この３つ
の事業戦略はすべてPDPSライセンスを活用しており、創薬開発事業の主要な収益の源泉は、PDPSライセンスに係る
契約一時金、マイルストーンフィー及びロイヤルティーによる収益及び研究開発業務提供に係る研究開発支援金で
あります。また、放射性医薬品事業の当社グループの主要な収益の源泉は診断用放射性医薬品（SPECT用診断薬、
PET用診断薬）及び治療用放射性医薬品等の製品の販売であります。なお、当社グループの売上収益は全て顧客との
契約から生じたものであります。
以上から、各報告セグメントの売上収益と収益の源泉ごとに分解した売上収益の関連情報として、以下を開示し
ております。
前連結会計年度（自 2021年１月１日 至 2021年12月31日 ）
（ 単位：千円）
創薬 放射性 連結財務諸表
合計 調整額
開発事業 医薬品事業 計上額
収益の分解
製品の製造・販売・物流 55,013 － 55,013 － 55,013
契約一時金、マイルストーンフィー
6,265,601 － 6,265,601 － 6,265,601
及びロイヤルティーによる収入
研究開発支援金 1,751,055 － 1,751,055 － 1,751,055
1,350,544 － 1,350,544 － 1,350,544
その他
合計 9,422,214 － 9,422,214 － 9,422,214
売上収益の認識時期
一時点で移転される財・サービス 6,652,432 － 6,652,432 － 6,652,432
一定の期間にわたり移転される
2,769,781 － 2,769,781 － 2,769,781
サービス
合計 9,422,214 － 9,422,214 － 9,422,214
(注) 「その他」には、技術アップデートフィー等が含まれております。
116/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
当連結会計年度（自 2022年１月１日 至 2022年12月31日 ）
（ 単位：千円）
創薬 放射性 連結財務諸表
合計 調整額
開発事業 医薬品事業 計上額
収益の分解
製品の製造・販売・物流 104,509 11,312,611 11,417,121 － 11,417,121
契約一時金、マイルストーンフィー
13,852,913 9,196 13,862,109 － 13,862,109
及びロイヤルティーによる収入
研究開発支援金 1,151,844 151,695 1,303,539 △27,182 1,276,357
296,842 － 296,842 － 296,842
その他
合計 15,406,109 11,473,503 26,879,612 △27,182 26,852,430
売上収益の認識時期
一時点で移転される財・サービス 14,041,823 10,305,980 24,347,803 △27,182 24,320,621
一定の期間にわたり移転される
1,364,286 1,167,523 2,531,809 － 2,531,809
サービス
合計 15,406,109 11,473,503 26,879,612 △27,182 26,852,430
(注) 「その他」には、技術アップデートフィー等が含まれております。
(2) 契約残高
契約残高の内訳は以下のとおりであります。
（ 単位：千円）
当連結会計年度
移行日 前連結会計年度
（ 2022年12月31日 ）
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ）
顧客との契約から生じた債権
7,394,260 810,818 16,589,145
契約負債 376,194 244,063 669,757
契約負債は主に、研究開発支援等の役務提供前に顧客から受け取った対価です。顧客からの入金時に契約負債を
計上し、顧客への役務の提供等、契約に基づいた履行義務を充足した時点で契約負債を収益へ振り替えておりま
す。前連結会計年度及び当連結会計年度に認識した収益のうち、期首時点における契約負債に関連する金額は
374,194千円及び242,063千円であります。
なお、前連結会計年度及び当連結会計年度において、過去の期間に充足した履行義務から認識した収益の額に重
要なものはありません。
(3) 残存履行義務
当社グループにおいては、個別の予想契約期間が１年を超える重要な取引はありません。また、顧客との契約か
ら生じる対価の中に、取引価格に含まれていない重要な金額はありません。
(4) 顧客との契約獲得又は履行のためのコストから認識した資産
当連結会計年度において、顧客との契約の獲得又は履行のためのコストから認識した資産に重要なものはありま
せん。また、認識すべき資産の償却期間が１年以内である場合には、実務上の便法を使用し、契約の獲得の増分コ
ストを発生時に費用として認識しております。
117/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
25．販売費及び一般管理費
販売費及び一般管理費の内訳は以下のとおりであります。
(単位：千円)
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
従業員給付費用
458,611 2,347,012
株式報酬費用 400,428 60,399
減価償却費及び償却費 70,058 298,716
採用費 26,340 20,692
水道光熱費 18,820 30,092
業務委託費 159,115 722,530
租税公課 121,627 235,369
荷造運賃 － 1,271,484
99,532 1,234,321
その他
合計 1,354,534 6,220,618
26．その他の収益及び費用
その他の収益の内訳は以下のとおりであります。
(単位：千円)
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
保険金収入
－ 11,584
政府補助金及び助成金（注） 9,379 1,167
固定資産売却益 － 145
37,245 620
その他
合計 46,624 13,517
（注）政府補助金及び助成金は主として、雇用調整助成金に係るものであります。
その他の費用の内訳は以下のとおりであります。
(単位：千円)
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
固定資産除売却損
－ 6,051
修繕費用 － 3,700
191 1,321
その他
合計 191 11,073
118/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
27．金融収益及び金融費用
金融収益の内訳は以下のとおりであります。
(単位：千円)
当連結会計年度
前連結会計年度
（自 2022年１月１日
（自 2021年１月１日
至 2022年12月31日）
至 2021年12月31日）
受取利息
償却原価で測定する金融資産 283 1,334
309,617 187,712
為替差益
合計 309,901 189,047
金融費用の内訳は以下のとおりであります。
(単位：千円)
当連結会計年度
前連結会計年度
（自 2022年１月１日
（自 2021年１月１日
至 2022年12月31日）
至 2021年12月31日）
支払利息
償却原価で測定する金融負債 － 185,054
リース負債 － 5,034
条件付対価に係る公正価値の変動 － 1,978,850
－ 143,704
損失評価引当金繰入額
合計 － 2,312,643
28．その他の包括利益
その他の包括利益の各項目別の当期発生額及び損益への組替調整額、並びに税効果の影響は以下のとおりでありま
す。
前連結会計年度（自 2021年１月１日 至 2021年12月31日 ）
(単位：千円)
当期発生額 組替調整額 税効果前 税効果 税効果後
純損益に振り替えられることのない
項目
その他の包括利益を通じて公正価値
1,401,535 － 1,401,535 △428,589 972,945
で測定する金融資産
－ － － － －
確定給付制度の再測定
純損益に振り替えられることの
1,401,535 － 1,401,535 △428,589 972,945
ない項目合計
合計 1,401,535 － 1,401,535 △428,589 972,945
当連結会計年度（自 2022年１月１日 至 2022年12月31日 ）
(単位：千円)
当期発生額 組替調整額 税効果前 税効果 税効果後
純損益に振り替えられることのない
項目
その他の包括利益を通じて公正価値
△1,252,235 － △1,252,235 382,933 △869,301
で測定する金融資産
△119,434 － △119,434 40,727 △78,707
確定給付制度の再測定
純損益に振り替えられることの
△1,371,670 － △1,371,670 423,660 △948,009
ない項目合計
合計 △1,371,670 － △1,371,670 423,660 △948,009
119/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
29．１株当たり利益
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
親会社の所有者に帰属する当期利益（千円）
2,573,232 7,554,358
－ －
当期利益調整額（千円）
希薄化後の親会社の所有者に帰属する当期利益
2,573,232 7,554,358
（千円）
期中平均普通株式数（株）
128,904,153 129,829,576
希薄化効果を有する潜在的普通株式の影響 1,021,803 105,919
新株予約権（株） 917,292 －
104,511 105,919
株式給付信託（株）
希薄化後の期中平均普通株式数（株） 129,925,956 129,935,495
基本的１株当たり当期利益（円）
19.96 58.19
19.81 58.14
希薄化後１株当たり当期利益（円）
30．キャッシュ・フロー情報
(1) 財務活動から生じた負債の変動
財務活動から生じた負債の変動は以下のとおりであります。
前連結会計年度（自 2021年１月１日 至 2021年12月31日 ）
該当事項はありません。
当連結会計年度（自 2022年１月１日 至 2022年12月31日 ）
（単位：千円）
キャッシュ・フローを伴わない変動
キャッシュ・
2022年 2022年
フローを伴う
連結範囲
１月１日 12月31日
新規リース その他
変動
の変動
短期借入金
－ 500,000 － － － 500,000
長期借入金 － 20,507,200 － － 41,251 20,548,451
リース負債 － △217,581 737,367 121,345 △12,782 628,348
－ 20,789,618 737,367 121,345 28,469 21,676,800
合計
(2) 重要な非資金取引
重要な非資金取引の内容は以下のとおりであります。
（単位：千円）
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
株式を対価とする売上
612,926 1,271,128
120/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
31．金融商品
(1) 資本管理
当社は、当社の所有者に帰属する持分を自己資本として管理しています。 当社グループは、持続的な成長と中長
期的な企業価値の向上を目指して、事業活動のための適切な資金調達、財務の健全性を確保することを資本管理に
おいて重視しております。特に、成長基盤及び事業領域の進化、並びに研究開発資金の確保のため、現金及び現金
同等物、営業活動によるキャッシュ・フロー及び有利子負債に注意しており、これらの指標は経営者に定期的に報
告され、モニタリングしております。
なお、当社グループが適用を受ける重要な資本規制はありません。
(2) 財務上のリスク管理
当社グループは、経営活動を行う過程において、財務上のリスクとして信用リスク・流動性リスク・市場リスク
として為替リスク及び金利リスクに晒されており、当該財務上のリスクを軽減するために、リスク管理を行ってお
ります。当社は、資金の運用については、投機的な取引は行わない方針であり、安全性の高い金融資産に限定して
おります。
① 信用リスク管理
信用リスクは、保有する金融資産の相手先が契約上の債務に関して債務不履行になり、当社グループに財務上
の損失を発生させるリスクです。信用リスクは、主に当社グループの顧客に対する営業債権及び貸付金から生じ
ます。
（ⅰ）営業債権
当社グループでは、営業債権について、期日が経過している債権がなく、過去に貸倒実績等は生じておらず、信
用リスクが当初認識以降著しく増大した営業債権及び信用減損が生じている営業債権は有しておりません。連結財
務諸表に表示されている営業債権の帳簿価額は、当社グループの営業債権の信用リスクに対するエクスポージャー
の最大値であります。当社グループの営業債権は多数の取引先に対するものであり、特定の取引先に対して一時金
等の多額の債権が計上される場合があるものの、単独の相手先又はその相手先が所属するグループについて、過度
に集中した信用リスクを有しておりません。
営業債権については、取引先毎に期日及び残高を管理しており、相手先の状況を定期的にモニタリングし、財務
状況の悪化等の早期把握によりリスク軽減を図っております。
（ⅱ）貸付金等
当社グループの貸付金については、貸付金の回収が返済日以降に遅延（又は支払延期要請を含む。）した場合
に、金融商品の信用リスクが当初認識以降に著しく増大したものと判定しています。ただし、支払遅延及び支払延
期要請があった場合でも、その原因が一時的な資金需要によるものであり、債務不履行のリスクが低く、近い将来
に契約上のキャッシュ・フローの義務を履行するための強い能力を有していると判断された場合には信用リスクの
著しい増大とは判定しておりません。
一方、支払遅延及び支払延期要請の原因が一時的な資金需要によるものではなく、債務者の重大な財政的困難等
に起因するものであり延期後債権の回収可能性が特に懸念されるものであると判断された場合には、信用減損が発
生しているものと判定しています。
当社グループは、将来予測情報等に基づき、貸付金等の回収に係る全期間の予想信用損失を見積もることによ
り、損失評価引当金を算定しております。
貸付金の信用リスクに対する最大エクスポージャーは、連結財政状態計算書に表示している金融資産の減損後の
帳簿価額であります。
121/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
貸付金の信用リスク・エクスポージャーの期日経過ごとの内訳は以下のとおりであります。
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年１月１日） （2021年12月31日） （2022年12月31日）
期日経過前及び３ヶ月以内
95,839 566,500 497,452
1年超３ヶ月以内 － － －
－ － －
１年超
合計
95,839 566,500 497,452
損失評価引当金の計上対象となる貸付金の帳簿価額の総額は、次のとおりであります。
全期間の予想信用損失に等しい金額で計上されるもの
12ヶ月の予想
信用損失と等
信用リスクが当初
単純化したアプ
しい金額で計 合計
認識以降に著しく
信用減損
ローチを適用
上される金融
増大した
金融資産
資産 した金融資産
金融資産
移行日
95,839 － － － 95,839
（2021年１月１日）
前連結会計年度
566,500 － － － 566,500
（2021年12月31日）
当連結会計年度
－ － 497,452 － 497,452
（2022年12月31日）
貸付金等に対する損失評価引当金の増減は以下のとおりであります。
前連結会計年度（自 2021年１月１日 至 2021年12月31日）
該当事項はありません。
当連結会計年度（自 2022年１月１日 至 2022年12月31日）
12ヶ月の予想
全期間の予想信用損失に等しい金額で計上されるもの
信用損失と等
単純化したアプ 信用リスクが当初
しい金額で計 合計
信用減損
ローチを適用した 認識以降に著しく
上される金融
金融資産
金融資産 増大した金融資産
資産
2022年1月１日残高
－ － － － －
期中増加額 － － 143,704 － 143,704
期中減少額
－ － － － －
（目的使用）
期中減少額（戻入） － － － － －
期中減少額
－ － － － －
（その他）
－ － 143,704 － 143,704
2022年12月31日残高
122/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
② 流動性リスク管理
流動性リスクは、現金又はその他の金融資産により決済する金融負債に関連する債務を履行する際に困難に直
面するリスクです。当社グループは、自己資金及び銀行借入により必要な資金を調達しておりますが、それら負
債は財務状況及び資金調達環境の悪化等により支払期日にその支払いを実行できなくなる流動性リスクに晒され
ております。
当社グループは、各部署からの報告に基づき、適時に資金繰り計画を作成・更新するとともに、不測の事態に
おいても必要支払予定額に不足することのないように手元流動性の維持とともに、借入金の返済のため計画的に
資金を確保することで流動性リスクを管理しております。また、当社グループでは資金繰り状況及び見通しの把
握を随時行っており、かつ、大手金融機関との間で当座借越契約を締結していることで、流動性リスクを軽減し
ております。
１) 金融負債の期日別内訳
金融負債の期日別内訳は以下のとおりであります。
移行日（2021年１月１日）
(単位：千円)
契約上の
１年超
帳簿価額 キャッシュ １年以内 ５年超
５年以内
・フロー
非デリバティブ金融負債
2,562,788 2,562,788 2,562,788 － －
営業債務及びその他の債務
合計 2,562,788 2,562,788 2,562,788 － －
前連結会計年度（ 2021年12月31日 ）
(単位：千円)
契約上の
１年超
帳簿価額 キャッシュ １年以内 ５年超
５年以内
・フロー
非デリバティブ金融負債
886,124 886,124 886,124 － －
営業債務及びその他の債務
合計 886,124 886,124 886,124 － －
当連結会計年度（ 2022年12月31日 ）
(単位：千円)
契約上の
１年超
帳簿価額 キャッシュ １年以内 ５年超
５年以内
・フロー
非デリバティブ金融負債
営業債務及びその他の債務 4,080,097 4,080,097 4,080,097 － －
短期借入金 500,000 500,000 500,000 － －
長期借入金
（１年以内返済予定を 20,548,451 21,315,153 2,411,645 18,903,508 －
含む）
その他の金融負債
条件付対価契約に係る
1,978,850 2,000,000 － 2,000,000 －
金融負債
628,348 652,776 285,086 202,133 165,556
リース負債
合計
27,735,747 28,548,027 7,276,829 21,105,642 165,556
デリバティブ金融負債
64,766 64,766 64,766 － －
その他の金融負債
64,766 64,766 64,766 － －
合計
（注）デリバティブ取引によって生じた正味の債権・債務は純額で表示しております。
満期分析に含まれているキャッシュ・フローが著しく早期に発生すること、又は著しく異なる金額で発生するこ
とは見込まれておりません。
123/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
２) 当座貸越契約
当座貸越契約に基づく借入未実行残高は下記のとおりであります。
(単位：千円)
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年１月１日） （ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
当座貸越極度額の総額
－ 5,000,000 10,826,302
－ － 500,000
借入実行残高
差引額 － 5,000,000 10,326,302
③ 市場リスク管理
(ⅰ)為替リスク管理
為替リスクは、機能通貨と異なる通貨による取引から生じております。当社グループは、外貨取引として、
外貨預金及び外貨建ての債権及び債務を有しており、為替の変動リスクに晒されているため、定期的に為替相
場を把握し為替変動リスクを管理しております。また、当社グループは、一部の外貨建ての金融資産にかかる
為替の変動リスクに対して、先物為替予約等を利用してヘッジしております。そのため、外貨建債権及び債務
等は為替レートの変動により、将来キャッシュ・フローが変動するリスクを有しておりますが、このリスクは
為替予約等と相殺されるため影響は限定的であります。
為替感応度分析
各報告期間の日本円を機能通貨とする会社において、日本円が米ドル、ユーロに対して１％円高になった場
合に、連結損益計算書の純損益に与える影響は以下のとおりであります。ただし、本分析においては、その他
の変動要因（残高、金利等）は一定であることを前提としております。
(単位：千円)
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
純損益
米ドル △11,248 △87,503
ユーロ － 861
デリバティブ ( 為替予約 )
為替変動リスクをヘッジするための為替予約取引の内訳は、以下のとおりです。
１．ヘッジ会計が適用されていないデリバティブ取引
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年1月１日） （2021年12月31日） 2022年12月31日）
帳簿価額 帳簿価額 帳簿価額
その他の その他の その他の その他の その他の その他の
金融資産 金融負債 金融資産 金融負債 金融資産 金融負債
為替予約取引
－ － － － － 64,766
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
（2021年１月１日） （2021年12月31日） （2022年12月31日）
うち うち うち
契約額等 １年 公正価値 契約額等 １年 公正価値 契約額等 １年 公正価値
超 超 超
為替予約取引
売建（米ドル） － － － － － － 11,167,075 － 64,766
124/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(ⅱ)金利リスク管理
金利リスクは、市場金利の変動によって金融商品の公正価値又は将来キャッシュ・フローが変動するリスク
です。
当社グループは、事業活動の中で様々な金利変動リスクに晒されており、特に、外部への変動金利による貸
付及び変動金利による借入を行っているため、金利変動リスクに晒されております。当社グループは、市場金
利の動向を常時モニタリングし、損益に与える影響を試算するとともに、年間予算に基づく資金計画を適時に
作成・更新し、貸付金の回収及び借入金の返済及び金利の支払のための資金を計画的に確保することで金利リ
スクを管理しております。
金利感応度分析
各報告期間において、金利が１％上昇した場合に、連結損益計算書の純損益に与える影響は以下のとおりで
あります。ただし、本分析においては、その他の変動要因（残高、為替レート等）は一定であることを前提と
しております。
(単位：千円)
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
純損益
2,002 △142,099
32．金融商品の公正価値
(1) 公正価値で測定される金融商品
公正価値で測定される金融商品について、測定に用いたインプットの観察可能性及び重要性に応じた公正価値測
定額を、レベル１からレベル３まで分類しております。当該分類において、それぞれの公正価値のヒエラルキー
は、以下のように定義しております。
レベル１：活発な市場における同一の資産又は負債の市場価格
レベル２：レベル１以外の、観察可能なインプットを直接又は間接的に使用して算出された公正価値
レベル３：観察不能なインプットを含む評価技法から算出された公正価値
125/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(2) 経常的に公正価値で測定する金融資産及び金融負債の公正価値
① 公正価値のヒエラルキー
公正価値のヒエラルキーごとに分類された、連結財政状態計算書に公正価値で認識する金融資産及び金融負債
は以下のとおりです。
移行日（2020年１月１日）
（単位：千円）
レベル１ レベル２ レベル３ 合計
金融資産
その他の金融資産
その他の包括利益を通じて公正価値で
測定する金融資産
－ － 3,702,282 3,702,282
株式
合計 － － 3,702,282 3,702,282
前連結会計年度（ 2021年12月31日 ）
（単位：千円）
レベル１ レベル２ レベル３ 合計
金融資産
その他の金融資産
その他の包括利益を通じて公正価値で
測定する金融資産
－ － 5,571,521 5,571,521
株式
合計 － － 5,571,521 5,571,521
当連結会計年度（ 2022年12月31日 ）
（単位：千円）
レベル１ レベル２ レベル３ 合計
金融資産
その他の金融資産
その他の包括利益を通じて公正価値で
測定する金融資産
－ － 5,590,414 5,590,414
株式
合計 － － 5,590,414 5,590,414
金融負債
その他の金融負債
純損益を通じて公正価値で測定する金融負債
デリバティブ金融負債 － 64,766 － 64,766
－ － 1,978,850 1,978,850
条件付対価
合計 － 64,766 1,978,850 2,043,616
レベル間の重要な振替が行われた金融商品の有無は毎報告期間の末日に判断しております。前連結会計年度及び当連
結会計年度において、レベル１、２の間で重要な振替が行われた金融商品はありません。
② 金融資産及び金融負債の公正価値の測定方法
(a) 非上場株式
活発な市場における公表価格が入手できない非上場株式の公正価値は、合理的に入手可能なインプットに
より、主に直近ファイナンス実績に基づく取引事例法及び割引キャッシュ・フロー法を使用して測定してお
り、公正価値ヒエラルキーのレベル３に分類しております。
なお、一部の非上場株式については、移行日及び前連結会計年度において、割引キャッシュ・フロー法で
公正価値を測定していましたが、当連結会計年度において、新しい情報が利用可能となったことにより取引
事例法の方がより適切な測定になると考えられるため、評価技法を変更しております。
また、一部の非上場株式については、移行日及び前連結会計年度において取引事例法で公正価値を測定し
ていましたが、直近で参照可能な取引事例が存在しなかったことから、当連結会計年度より評価技法を割引
126/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
キャッシュ・フロー法に変更しております。
移行日
重要な観察可能でないインプットと公正価値
種類 評価技法 重要な観察可能でないインプット
測定間の関係
非上場
割 引 キ ャ ッ 評価額は割引率の上昇(低下)により減少(増
割引率：45％
シュ・フロー法 加)します。
株式
前連結会計年度
重要な観察可能でないインプットと公正価値
種類 評価技法 重要な観察可能でないインプット
測定間の関係
非上場
割 引 キ ャ ッ 評価額は割引率の上昇(低下)により減少(増
割引率：45％
シュ・フロー法 加)します。
株式
当連結会計年度
重要な観察可能でないインプットと公正価値
種類 評価技法 重要な観察可能でないインプット
測定間の関係
非上場
割 引 キ ャ ッ 評価額は割引率の上昇(低下)により減少(増
割引率：8.4％
シュ・フロー法 加)します。
株式
（b）デリバティブ
外国為替先物予約の公正価値は、連結会計年度の期末日現在の先物為替レートを用いて算定した価値を現在価
値に割引くことにより算定しております。そのため、為替予約については、公正価値ヒエラルキーレベル２に
区分しております。
（c）条件付対価：
条件付対価は、富士フイルム富山化学株式会社から放射性医薬品事業を取得したことによるものであります。
脳内アミロイドβプラーク可視化を行うPET診断薬であるアミヴィッドが2024年4月30日までに日本において軽
度認知障害に対する適用拡大を受けた際に追加で最大4,000,000千円を支払うという条件付対価が設定されており
ます。当第3四半期連結会計期間まで当社グループでは達成可能性等を見積もった結果、条件付対価を認識してお
りませんでしたが、認知症領域における治療薬の開発状況などを鑑みた結果、条件付対価の達成可能性が高まっ
ていること等から、当社グループは当連結会計年度末において、1,978,850千円の条件付対価を認識しておりま
す。その条件付対価の公正価値の算定にあたっては、期待キャッシュ・フロー法に基づいて算定しており、その
承認が見込まれる時期、見込まれる支払額、その発生可能性並びに貨幣の時間価値を考慮して、公正価値を算定
しております。見積りにあたって、発生可能性は開発状況や過去の実績等を勘案し50％とし、割引率は0.8％とし
ております。なお、見積りにあたって、割引率等の観察可能でないインプットを含む評価技法から算出している
ため、いずれも公正価値ヒエラルキーレベル３に区分しております。
上記以外に、最大2,000,000千円を支払う条件付対価がありますが、達成可能性等を見積もった結果、条件付対
価を認識しておりません。
127/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
③ レベル３に分類された金融商品
レベル３に分類された金融商品については、経営管理部門責任者により承認された評価方針及び手続きに従
い、外部の評価専門家又は適切な評価担当者が評価及び評価結果の分析を実施しております。評価結果は経営管
理部門責任者によりレビューされ承認されております。
④ レベル３に分類された金融商品の期首残高から期末残高への調整表
レベル３に分類された金融資産の各連結会計年度の期首から期末までの変動は、以下のとおりであります。
( 単位：千円 )
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ） 至 2022年12月31日 ）
期首残高
3,702,282 5,571,521
利得又は損失合計
純損益（注）１ － －
その他の包括利益（注）２ 1,401,535 △1,252,235
取得 612,926 1,271,128
△145,222 －
売却
期末残高 5,571,521 5,590,414
(注) １．純損益に含まれている利得及び損失は、決算日時点の純損益を通じて公正価値で測定する金融資産及び金融
負債に関するものであります。これらの純損益は連結損益計算書の「金融収益」に含まれております。
２．その他の包括利益に含まれている利得及び損失は、決算日時点のその他の包括利益を通じて公正価値で測定
する金融資産に関するものであります。これらの利得及び損失は連結包括利益計算書の「その他の包括利益
を通じて公正価値で測定する金融資産」に含まれております。
レベル３に分類された金融負債の各連結会計年度の期首から期末までの変動は、以下のとおりであります。
( 単位：千円 )
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日） 至 2022年12月31日）
期首残高
－ －
企業結合 － －
決済 － －
－ 1,978,850
公正価値の変動（注）２
期末残高 － 1,978,850
(注) １．当該金融負債は、上記に記載している条件付対価です。
２．連結損益計算書の「金融費用」に含まれております。
⑤ 重要な観察可能でないインプットの変動に係る感応度分析
レベル３に分類した金融資産は非上場株式であり、観察可能でないインプットを合理的に考え得る代替的な仮
定に変更した場合に重要な公正価値の増減は見込まれておりません。
レベル３に分類した金融負債は条件付対価であり、上記のとおり、発生可能性及び割引率の変動により、０円
から4,000,000千円の範囲で公正価値が増減する可能性があります。
128/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(3) 経常的に公正価値で測定されていないが、公正価値が開示されている金融資産及び金融負債の公正価値
① 公正価値及び帳簿価額
経常的に公正価値で測定されていないが、公正価値が開示されている金融商品の帳簿価額及び公正価値は以下
のとおりです。
（単位：千円）
前連結会計年度 当連結会計年度
移行日
（ 2021年12月31日 ） （ 2022年12月31日 ）
（2021年１月１日）
帳簿価額 公正価値 帳簿価額 公正価値 帳簿価額 公正価値
その他の金融資産
貸付金 95,839 94,999 89,598 88,440 6,243 1,568
関係会社貸付金 － － 476,902 476,902 347,504 347,504
借入金
借入金 － － － － 21,048,451 21,048,451
(注) １．連結財政状態計算書上の流動資産及び非流動資産の「その他の金融資産」のうち、貸付金を記載しておりま
す。
２．１年内のその他の金融資産の残高を含んでおります。
３．１年内返済予定の借入の残高を含んでおります。
② 金融資産及び金融負債の公正価値の算定方法
金融商品の公正価値の算定方法は以下のとおりです。
(a) 貸付金
貸付金の公正価値は、信用リスクを加味した利率で割り引いた現在価値により算定しており、公正価値ヒエ
ラルキーレベル３に分類しております。
(b) 借入金
借入金は変動金利であり、短期間で市場金利を反映し、公正価値が帳簿価額に近似していると考えられるた
め、当該帳簿価額によっております。借入金の公正価値ヒエラルキーはレベル２に分類しております。
33．重要な子会社
(1) 子会社の状況
当連結会計年度末の主要な子会社の状況は以下のとおりです。特に記載のない限り、子会社の資本金は当社グ
ループに直接所有される普通株式から構成され、持分は当社グループにより所有される議決権と同じです。会社の
所在地は主要な事業所と同様です。
議決権の所有割合（％）
前連結 当連結
移行日
会社名 所在地 主要な事業内容
会計年度 会計年度
（2021年
（2021年 （2022年
１月１日）
12月31日） 12月31日）
放射性医薬品事業（心臓、脳の血流やがんの
骨転移などを検査する診断用放射性医薬品
PDRファーマ
（SPECT用診断薬、PET用診断薬）及び褐色細
株式会社 日本 － － 100
胞腫等のアンメットメディカルニーズに対応
（注１）
する治療用放射性医薬品の研究開発から製造
販売まで実施）
（注）１．当連結会計年度において、富士フイルム富山化学株式会社から放射性医薬品事業を吸収分割により承継す
る新会社の株式を取得したことによるものです。企業結合の詳細は「６．企業結合」に記載しております。
(2) 重要な非支配持分がある子会社
重要性のある非支配持分を有している子会社はありません。
129/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
34．関連当事者
(1) 関連当事者との取引
財務諸表提出会社の子会社及び関連会社等
移行日（2021年１月１日）
議決権等
資本金又は
関連当事
会社等の
の 所 有 期末残高
出資金
種類 所在地 事業の内容又は職業 者との関 取引の内容 科目
(被所有) (千円)
名称
係
(千円)
割合(％)
研究受託(注)１ 売掛金 491,500
ペプチ 細胞培養向け成長因子
役員の兼任
関連 東京都 (所有)
及び
グロース 495,500 代替ペプチドの開発、
設立及び
会社 千代田区 直接39.5
関係会社株式 391,445
共同開発
株式会社 製造及び販売
増資の引受(注)２
ペプチ 神奈川県 役員の
医薬品の研究、開発、
関連 (所有) 設立及び
エイド 川崎市 599,500 兼任及び 関係会社株式 300,000
製造、販売及び
会社 直接25.0 増資の引受(注)３
輸出入
株式会社 川崎区 研究受託
（注）１．取引条件については市場価格を勘案し、両者で協議し決定しております。
２．株式は１株５千円で引受したものであります。
３．株式は１株1,000千円で引受したものであります。
前連結会計年度（自 2021年１月１日 至 2021年12月31日）
議決権等
資本金又は
関連当事
会社等の
の 所 有 取引金額 期末残高
出資金
種類 所在地 事業の内容又は職業 者との関 取引の内容 科目
(被所有) (千円) (千円)
名称
係
(千円)
割合(％)
関係会社
増資の引受
437,265 828,710
(注)１
株式
ペプチ 細胞培養向け成長因子
関連 東京都 (所有)
関係会社
グロース 1,049,000 代替ペプチドの開発、 役員の兼任
会社 千代田区 直接39.5
資金の貸付 短期貸付金、
株式会社 製造及び販売
414,097 476,902
(注)２ 関係会社
長期貸付金
ペプチ 神奈川県 役員の
医薬品の研究、開発、
関連 (所有)
増資の引受 関係会社
エイド 川崎市 100,000 兼任及び 506,000 806,000
製造、販売及び
(注)３ 株式
会社 直接39.4
輸出入
株式会社 川崎区 研究受託
（注)１．株式は１株５千円で引受したものであります。
２．資金の貸付については、市場金利を勘案して利率を合理的に決定しております。
３．株式は１株1,100千円で引受したものであります。
当連結会計年度（自 2022年１月１日 至 2022年12月31日）
議決権等
資本金又は
関連当事
会社等の
の 所 有 取引金額 期末残高
出資金
種類 所在地 事業の内容又は職業 者との関 取引の内容 科目
(被所有) (千円) (千円)
名称
係
(千円)
割合(％)
ペプチ 細胞培養向け成長因子
関係会社
関連 東京都 役員の
(所有)
グロース 495,500 代替ペプチドの開発、 資金の貸付 414,097
長期貸付金
－
直接39.5
会社 千代田区 兼任
(注)１
株式会社 製造及び販売
（注)１．当該貸付金に対し、66,593千円の損失評価引当金を計上しております。
(2) 主要な経営幹部に対する報酬
(単位：千円)
前連結会計年度 当連結会計年度
（自 2021年１月１日 （自 2022年１月１日
至 2021年12月31日） 至 2022年12月31日）
短期従業員給付
273,500 485,438
24,612 54,561
株式に基づく報酬
298,112 540,000
合計
(注)主要な経営幹部に対する報酬は、当社の取締役に対する報酬です。
130/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
35．コミットメント
決算日以降の支出に関するコミットメントは以下のとおりであります。
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
(2021年１月１日) (2021年12月31日) (2022年12月31日)
有形固定資産の取得
220,217 240,730 326,175
－ － 76,526
無形資産の取得
220,217 240,730 402,701
合計
36．偶発事象
保証債務
下記の会社の国立研究開発法人日本医療研究開発機構(AMED)の医療研究開発革新基盤創成事業として締結された環
境整備契約に基づく債務残高に対して、次のとおり債務保証を行っております。
（単位：千円）
移行日 前連結会計年度 当連結会計年度
(2021年１月１日) ( 2021年12月31日 ) ( 2022年12月31日 )
ペプチスター株式会社 9,000,000 9,000,000 9,000,000
9,000,000 9,000,000 9,000,000
合計
37．後発事象
該当事項はありません。
38．初度適用
(1) IFRSに基づく財務報告への移行
当社グループは、当連結会計年度からIFRSに準拠した連結財務諸表を開示しております。日本基準に準拠して作
成された直近の財務諸表は2021年12月31日に終了する事業年度に関するものであり、IFRSへの移行日は2021年１月
１日です。
(2) IFRS第１号の免除規定
IFRSでは、IFRSを初めて適用する会社（以下、初度適用企業）に対して、原則として、IFRSで要求される基準を
遡及して適用することを求めております。ただし、IFRS第１号「国際財務報告基準の初度適用」（以下、IFRS第１
号）では、IFRSで要求される基準の一部について強制的に免除規定を適用しなければならないものと任意に免除規
定を適用するものを定めております。これらの規定の適用に基づく影響は、IFRS移行日において利益剰余金、又は
その他の資本の構成要素で調整しております。当社グループが日本基準からIFRSへ移行するにあたり、採用した免
除規定は以下のとおりです。
・移行日以前に認識した金融商品の指定
IFRS第１号では、IFRS第９号「金融商品」（以下、「IFRS第９号」）における分類について、当初認識時点で
存在する事実及び状況ではなく、移行日時点の事実及び状況に基づき判断することが認められております。ま
た、移行日に存在する事実及び状況に基づき資本性金融商品をその他の包括利益を通じて公正価値で測定する金
融資産として指定することが認められております。
当社グループは、IFRS第９号における分類について、移行日時点で存在する事実及び状況に基づき判断を行っ
ており、資本性金融商品についてその他の包括利益を通じて公正価値で測定する金融資産として指定しておりま
す。
・金融商品の当初認識時の公正価値の測定
IFRS第９号の金融資産及び負債の当初認識時における公正価値測定及び利得又は損失の認識に関する規定につ
いて、当社グループは将来に向かって適用することを選択しております。
・IFRS第15号の経過措置の適用
IFRS第15号「顧客との契約から生じる収益」(以下、「IFRS第15号」という。)では、初度適用企業に対して、
131/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
最初の報告期間の期首現在で完了している契約及び期首以前に条件変更された契約については修正再表示しない
ことが認められています。当社グループは、当該実務上の便法を適用し、最初の報告期間の期首である2021年１
月 １日現在で完了している契約及び同日よりも前に条件変更された契約については修正再表示を行っておりませ
ん。
・株式に基づく報酬
IFRS第１号では、2002年11月７日以後に付与され、IFRS移行日より前に権利確定した株式報酬に対して、IFRS
第２号「株式に基づく報酬」(以下、「IFRS第２号」という。)を適用することを奨励しておりますが、要求はさ
れておりません。
当社グループは、移行日よりも前に権利確定した株式報酬に対しては、IFRS第２号を適用しないことを選択し
ております。
(3) IFRS第１号の強制的な例外規定
IFRS第１号では、「見積り」、「金融資産及び金融負債の認識の中止」、「ヘッジ会計」、「非支配持分」及び
「金融資産の分類及び測定」等について、IFRSの遡及適用を禁止しております。当社グループはこれらの項目につ
いて移行日より将来に向かって適用しております。
(4) 日本基準からIFRSへの調整表
当社グループは、IFRSに基づく連結財務諸表の作成において、日本基準に基づく単体財務諸表で報告していた金
額を調整しております。IFRSの初度適用において開示が求められる調整は以下のとおりであります。なお、当社グ
ループには日本基準に準拠して公表された直近の連結財務諸表がないため、日本基準に準拠して作成された単体財
務諸表上の金額からの調整を表示しております。また、当該単体財務諸表には、その他の包括利益が表示されない
ため、その他の包括利益に対する調整は表示しておりません。
当該調整が当社グループの財政状態、経営成績及びキャッシュ・フローの状況に与える影響は、以下のとおりで
す。なお、調整表の「表示組替」には利益剰余金及び包括利益に影響を及ぼさない項目を、「認識・測定の差異」
には利益剰余金及び包括利益に影響を及ぼす項目を含めて表示しております。
132/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
移行日（2021年１月１日）現在の資本に対する調整
（単位：千円）
認識・測定
日本基準表示科目 日本基準 表示組替 IFRS 注記 IFRS表示科目
の差異
資産の部 資産
流動資産 流動資産
現金及び預金 7,149,358 － － 7,149,358 ① 現金及び現金同等物
営業債権及びその他
売掛金 5,655,460 1,875,123 － 7,530,584 ②
の債権
－ 585,981 － 585,981 棚卸資産
貯蔵品 585,981 △585,981 － －
前払費用 253,843 △253,843 － －
未収入金 1,875,123 △1,875,123 － －
その他 121,753 247,601 △1 369,353 その他の流動資産
－ 6,241 - 6,241
その他の金融資産
流動資産合計 流動資産合計
15,641,520 － △1 15,641,519
固定資産 非流動資産
有形固定資産(注) 5,766,856 － － 5,766,856 有形固定資産
無形固定資産(注) 78,683 － － 78,683 無形資産
投資有価証券 3,413,342 △3,413,342 － －
持分法で会計処理さ
関係会社株式 691,445 － △396,517 294,927 D
れている投資
長期貸付金 89,598 △89,598 － －
関係会社長期貸付金 62,805 △62,805 － －
長期前払費用 8,921 △8,921 － －
繰延税金資産 505,013 － 44,632 549,646 E 繰延税金資産
③ B
－ 3,574,286 226,134 3,800,421 その他の金融資産
8,541 380 － 8,921
その他 その他の非流動資産
固定資産合計 10,625,208 － △125,750 10,499,457 非流動資産合計
資産合計 26,266,729 － △125,752 26,140,976 資産合計
(注) 有形固定資産及び無形固定資産について、従来の日本基準では固定資産の種類ごとに取得原価と減価償却累計
額を総額で開示しておりましたが、当該調整表上は、有形固定資産及び無形固定資産に集約し、帳簿価額で表
示しております。
133/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
（単位：千円）
認識・測定
日本基準表示科目 日本基準 表示組替 IFRS 注記 IFRS表示科目
の差異
負債及び資本
負債の部 負債
流動負債 流動負債
営業債務及びその他
④ C
買掛金 55,276 2,484,704 22,808 2,562,788
の債務
未払金 1,895,157 △1,895,157 － －
未払費用 589,546 △589,546 － －
未払法人税等 1,709,327 △122,543 － 1,586,784 未払法人所得税等
⑤ A
前受金 319,944 － 56,250 376,194 契約負債
預り金 136,777 △136,777 － －
－ 259,320 77,080 336,401
その他 F その他の流動負債
流動負債合計 流動負債合計
4,706,030 － 156,138 4,862,168
固定負債
株式給付引当金 59,743 － △59,743 － G
283,951 － △283,951 －
役員株式給付引当金 G
固定負債合計 343,694 － △343,694 － 非流動負債合計
負債合計 負債合計
5,049,724 － △187,556 4,862,168
純資産の部 資本
資本金 3,933,885 － － 3,933,885 資本金
資本剰余金 3,930,167 84,604 6,290,534 10,305,306 G 資本剰余金
自己株式 △655,383 － － △655,383 自己株式
利益剰余金 13,936,858 － △6,433,327 7,503,531 I 利益剰余金
その他有価証券評価差 その他の資本の構成
△13,128 － 204,596 191,468
額金 要素
84,604 △84,604 － －
新株予約権
純資産合計 21,217,004 － 61,803 21,278,808 資本合計
負債純資産合計 26,266,729 － △125,752 26,140,976 負債及び資本合計
134/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
前連結会計年度（2021年12月31日）現在の資本に対する調整
（単位：千円）
認識・測定
日本基準表示科目 日本基準 表示組替 IFRS 注記 IFRS表示科目
の差異
資産の部 資産
流動資産 流動資産
現金及び預金 11,746,529 － － 11,746,529 ① 現金及び現金同等物
営業債権及びその他
売掛金 810,818 277 － 811,096 ②
の債権
－ 925,138 － 925,138 棚卸資産
貯蔵品 925,138 △925,138 － －
前払費用 62,891 △62,891 － －
関係会社短期貸付金 62,805 △62,805 － －
その他 255,119 45,955 △26,877 274,197 H その他の流動資産
－ 69,047 － 69,047 その他の金融資産
－ 10,415 － 10,415
未収法人所得税等
流動資産合計 流動資産合計
13,863,303 － △26,877 13,836,425
固定資産 非流動資産
有形固定資産（注） 6,437,151 － － 6,437,151 有形固定資産
無形固定資産（注） 75,502 － － 75,502 無形資産
投資有価証券 4,003,553 △4,003,553 － －
持分法で会計処理さ
関係会社株式 1,634,710 － △1,031,706 603,003 D
れている投資
長期貸付金 83,355 △83,355 － －
関係会社長期貸付金 414,097 △414,097 － －
長期前払費用 2,379 △2,379 － －
繰延税金資産 93,956 － △93,956 － E 繰延税金資産
③ B
－ 4,512,165 1,567,967 6,080,133 その他の金融資産
11,159 △8,779 － 2,379
その他 その他の非流動資産
固定資産合計 12,755,865 － 442,304 13,198,170 非流動資産合計
資産合計 26,619,168 － 415,427 27,034,596 資産合計
(注) 有形固定資産及び無形固定資産について、従来の日本基準では固定資産の種類ごとに取得原価と減価償却累計
額を総額で開示しておりましたが、当該調整表上は、有形固定資産及び無形固定資産に集約し、帳簿価額で表
示しております。
135/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
（単位：千円）
認識・測定
日本基準表示科目 日本基準 表示組替 IFRS 注記 IFRS表示科目
の差異
負債及び資本
負債の部 負債
流動負債 流動負債
営業債務及びその他
④ C
買掛金 100,868 762,130 23,126 886,124
の債務
未払金 313,524 △313,524 － －
未払費用 448,605 △448,605 － －
未払法人税等 42,523 △28,118 － 14,404 未払法人所得税等
⑤ A
前受金 244,063 － － 244,063 契約負債
預り金 122,093 △122,093 － －
－ 150,212 81,241 231,453
その他 F その他の流動負債
流動負債合計 流動負債合計
1,271,679 － 104,367 1,376,047
固定負債 非流動負債
株式給付引当金 68,021 － △68,021 － G
役員株式給付引当金 280,873 － △280,873 － G
－ － 308,298 308,298
E 繰延税金負債
固定負債合計 348,894 － △40,595 308,298 非流動負債合計
負債合計 負債合計
1,620,573 － 63,772 1,684,345
純資産の部 資本
資本金 3,956,738 － － 3,956,738 資本金
資本剰余金 3,953,020 21,490 477,848 4,452,358 G 資本剰余金
自己株式 △620,123 － － △620,123 自己株式
利益剰余金 17,543,266 － △1,170,579 16,372,687 I 利益剰余金
その他有価証券評価差 その他の資本の構成
144,204 － 1,044,385 1,188,589
額金 要素
21,490 △21,490 － －
新株予約権
純資産合計 24,998,595 － 351,655 25,350,250 資本合計
負債純資産合計 26,619,168 － 415,427 27,034,596 負債及び資本合計
資本の調整に関する注記
（連結範囲の変更）
当社グループについて、日本基準ではBBT、J-ESOPの株式給付信託を連結しておらず、単体財務諸表を開示しており
ましたが、IFRSでは、株式給付信託を連結しているため、連結財務諸表を開示しております。
（表示の組替）
① 現金及び現金同等物
日本基準では区分掲記していた「現金及び預金」について、IFRSでは「現金及び現金同等物」に組替えており
ます。
② 営業債権及びその他の債権
日本基準では流動資産の「未収入金」について、IFRSでは「営業債権及びその他の債権」に組替えておりま
す。
③ その他の金融資産の振替
日本基準では区分掲記していた「投資有価証券」「長期貸付金」及び「関係会社長期貸付金」については、
IFRSでは「その他の金融資産（非流動）」に振替えて表示しております。
④ 営業債務及びその他の債務
日本基準では区分掲記していた「買掛金」「未払金」及び「未払費用」について、IFRSでは「営業債務及びそ
136/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
の他の債務」に組替えております。
⑤ 契約負債
日本基準では区分掲記していた「前受金」について、IFRSでは「契約負債」として表示しております。
(認識・測定の差異)
A) 収益認識時点の変更に伴う契約負債等の調整
日本基準では一時点で収益を認識していた一部の取引について、IFRSでは履行義務の充足に応じて一定の期間
にわたり収益認識するように変更したことにより、契約負債の金額を調整しております。
B) その他の金融資産に対する調整
非上場株式について、日本基準では取得原価を基礎として計上し、発行会社の財政状態の悪化に応じて減損処
理を行っておりましたが、IFRSではその他の包括利益を通じて公正価値で測定しております。
C) 賦課金に関する調整
日本基準では納税通知書等に基づき計上していた固定資産税等の賦課金について、IFRSでは支払義務が発生し
た時点で支払見込額を認識しております。
D) 持分法に関する調整
日本基準では上記にも記載のとおり連結財務諸表を開示しておらず、関連会社について持分法を適用しており
ませんでしたが、IFRSでは、連結財務諸表を開示した上で、関連会社について持分法を適用しております。
E) 繰延税金資産及び繰延税金負債に対する調整
IFRSの適用に伴い、全ての繰延税金資産の回収可能性を再検討しております。また、日本基準からIFRSへの調
整に伴い一時差異が発生したことにより、繰延税金資産及び繰延税金負債の金額を調整しております。
F) 未払有給休暇の計上額の調整
日本基準では会計処理が求められていなかった未消化の有給休暇について、IFRSでは未払有給休暇として計上
した上で、「その他の流動負債」として認識しております。
G) 株式報酬
株式報酬制度（BBT及びJ-ESOP）について、日本基準では要給付見込額を引当金として認識しておりましたが、
IFRSでは公正価値に基づいて費用を認識するとともに、持分決済型の株式報酬として同額を資本の増加として認
識しております。
有償ストック・オプションについては、日本基準では費用を認識しておりませんでしたが、IFRSでは権利確定
条件の付されたストック・オプションのうち株式市場条件以外の条件が付されたストック・オプションについて
は、株式市場条件以外の権利確定条件を反映した権利確定すると見込まれる数及び公正価値に基づいて測定した
金額を費用処理しております。
H) 取得関連費用
企業結合に係る取得関連費用は、日本基準では単体財務諸表において資産として計上しておりましたが、IFRS
においては、発生時に費用処理しております。
137/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
I) 利益剰余金に対する調整
(単位：千円)
移行日 前連結会計年度
(2021年１月１日) (2021年12月31日)
収益認識に関する調整
△56,250 －
賦課金に関する調整 △22,809 △23,128
持分法による調整 △459,322 △1,031,706
繰延税金資産及び繰延税金負債に対
81,227 81,192
する調整
未払有給休暇の計上額の調整 △77,080 △81,241
株式報酬 △5,946,839 △128,954
－ △26,875
取得関連費用
小計
△6,481,075 △1,210,713
47,747 40,134
税効果による調整
合計 △6,433,327 △1,170,579
前連結会計年度（自 2021年１月１日 至 2021年12月31日）に係る純損益に対する調整
（単位：千円）
認識・測定
日本基準表示科目 日本基準 表示組替 IFRS 注記 IFRS表示科目
の差異
売上高 9,365,964 － 56,250 9,422,214 A 売上収益
2,358,013 － 35,423 2,393,436 F G
売上原価 売上原価
売上総利益 売上総利益
7,007,950 － 20,826 7,028,777
C F G
販売費及び一般管理
販売費及び一般管理費 2,589,807 △1,638,591 403,318 1,354,534
費
H
C F G
－ 1,638,591 15,837 1,654,429 研究開発費
－ 130,624 △84,000 46,624 その他の収益
－ 191 － 191
その他の費用
営業利益 営業利益
4,418,143 130,433 △482,329 4,066,246
営業外収益 356,525 △356,525 － －
営業外費用 191 △191 － －
特別利益 84,000 △84,000 － －
特別損失 34,825 △34,825 － －
－ 309,901 － 309,901 金融収益
－ 34,825 △34,825 － B 金融費用
持分法による投資損失
－ － △572,383 △572,383
D
（△）
税引前当期純利益 税引前利益
4,823,652 － △1,019,887 3,803,764
法人税、住民税及び事
B E
806,187 411,057 13,288 1,230,532 法人所得税費用
業税
411,057 △411,057 － －
法人税等調整額
当期純利益 3,606,407 － △1,033,175 2,573,232 当期利益
純損益に対する調整に関する注記
（表示の組替）
日本基準では「販売費及び一般管理費」に含めて表示していた「研究開発費」について、IFRSでは「研究開発費」
として独立掲記しております。
日本基準では「営業外収益」、「営業外費用」、「特別利益」及び「特別損失」に表示していた項目について、
IFRSでは財務関係損益を「金融収益」及び「金融費用」に、それ以外の項目を「その他の収益」、「その他の費用」
に組替えております。
138/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(認識・測定の差異)
A) 収益認識時点の変更に伴う売上収益の調整
日本基準では一時点で収益を認識していた一部の取引について、IFRSでは履行義務の充足に応じて一定の期間
にわたり収益認識するように変更したため、「売上収益」を調整しております。
B) その他の金融資産に対する調整
日本基準では資本性金融商品の売却損益を純損益として認識しておりましたが、IFRSではその他の包括利益を
通じて公正価値で測定すると指定した資本性金融商品については、公正価値の変動額をその他の包括利益として
認識し、売却時に直接利益剰余金へ振り替えております。
C) 賦課金に関する調整
日本基準では納税通知書等に基づき計上していた固定資産税等の賦課金について、IFRSでは支払義務が発生し
た時点で支払見込額を認識しております。
D) 持分法に関する調整
日本基準では連結財務諸表を開示しておらず、関連会社について持分法を適用しておりませんでしたが、IFRS
では関連会社について持分法を適用しております。
E) 繰延税金資産及び繰延税金負債に対する調整
IFRSの適用に伴い、全ての繰延税金資産の回収可能性を再検討しております。また、日本基準からIFRSへの調
整に伴い一時差異が発生したことにより、繰延税金資産及び繰延税金負債の金額を調整しております。
F) 未払有給休暇の計上額の調整
日本基準では会計処理が求められていなかった未消化の有給休暇について、IFRSでは未払有給休暇として計上
した上で、費用として認識しております。
G) 株式報酬
株式報酬制度（BBT及びJ-ESOP）について、日本基準では要給付見込額を引当金として認識しておりましたが、
IFRSでは公正価値に基づいて費用を認識するとともに、持分決済型の株式報酬として同額を資本の増加として認
識しております。
有償ストック・オプションについては、日本基準では費用を認識しておりませんでしたが、IFRSでは権利確定
条件の付されたストック・オプションのうち株式市場条件以外の条件が付されたストック・オプションについて
は、株式市場条件以外の権利確定条件を反映した権利確定すると見込まれる数及び公正価値に基づいて測定した
金額を費用処理しております。
H) 取得関連費用
企業結合に係る取得関連費用は、日本基準では単体財務諸表において資産として計上しておりましたが、IFRS
においては、発生時に費用処理しております。
前連結会計年度（自 2021年１月１日 至 2021年12月31日）に係るキャッシュ・フローに対する調整
日本基準に基づくキャッシュ・フロー計算書と、IFRSに基づく連結キャッシュ・フロー計算書に重要な差異
はありません。
139/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(2) 【その他】
当連結会計年度における四半期情報等
（累計期間） 第１四半期 第２四半期 第３四半期 当連結会計年度
売上収益 (千円) 419,526 5,024,397 11,208,540 26,852,430
税引前四半期(当期)利益又
(千円) △1,123,765 △1,590,972 △368,500 6,653,325
は損失(△)
親会社の所有者に帰属する
四半期(当期)利益又は損失 (千円) △829,296 △1,132,251 △186,603 7,554,358
(△)
基本的１株当たり四半期
(円) △6.39 △8.72 △1.44 58.19
(当期)利益又は損失(△)
（会計期間） 第１四半期 第２四半期 第３四半期 第４四半期
基本的１株当たり
(円) △6.39 △2.33 7.28 59.62
四半期利益又は損失（△）
140/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
２ 【財務諸表等】
(1)【財務諸表】
①【貸借対照表】
(単位：千円)
前事業年度 当事業年度
(2021年12月31日) (2022年12月31日)
資産の部
流動資産
現金及び預金 11,746,529 847,285
売掛金 810,818 11,724,721
貯蔵品 925,138 1,421,274
前払費用 62,891 82,040
関係会社短期貸付金 62,805 1,000,000
255,119 291,809
その他
流動資産合計 13,863,303 15,367,131
固定資産
有形固定資産
※１ 4,157,788 ※１ 4,157,788
建物
△ 688,676 △ 846,016
減価償却累計額
建物（純額） 3,469,112 3,311,772
※１ 192,138 ※１ 192,138
構築物
△ 55,975 △ 68,517
減価償却累計額
構築物（純額） 136,162 123,621
※１ 3,303,330 ※１ 3,756,090
工具、器具及び備品
△ 2,020,483 △ 2,465,507
減価償却累計額
工具、器具及び備品（純額） 1,282,847 1,290,583
※１ 904,628 ※１ 4,104,628
土地
644,400 261,267
建設仮勘定
有形固定資産合計 6,437,151 9,091,872
無形固定資産
ソフトウエア 47,256 76,660
28,245 1,230
その他
無形固定資産合計 75,502 77,891
投資その他の資産
投資有価証券 4,003,553 4,348,061
関係会社株式 1,634,710 25,849,892
長期貸付金 83,355 77,111
関係会社長期貸付金 414,097 414,097
長期前払費用 2,379 9,609
繰延税金資産 93,956 129,795
その他 11,159 13,197
- △ 143,704
貸倒引当金
投資その他の資産合計 6,243,212 30,698,060
固定資産合計 12,755,865 39,867,824
資産合計 26,619,168 55,234,956
141/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(単位：千円)
前事業年度 当事業年度
(2021年12月31日) (2022年12月31日)
負債の部
流動負債
買掛金 100,868 89,668
未払金 313,524 736,414
未払費用 448,605 545,595
未払法人税等 42,523 2,461,923
前受金 244,063 153,924
預り金 122,093 110,345
- 2,740,000
短期借入金
流動負債合計 1,271,679 6,837,870
固定負債
長期借入金 - 18,480,000
株式給付引当金 68,021 102,571
280,873 389,248
役員株式給付引当金
固定負債合計 348,894 18,971,819
負債合計 1,620,573 25,809,689
純資産の部
株主資本
資本金 3,956,738 3,956,738
資本剰余金
3,953,020 3,953,020
資本準備金
資本剰余金合計 3,953,020 3,953,020
利益剰余金
その他利益剰余金
17,543,266 21,841,317
繰越利益剰余金
利益剰余金合計 17,543,266 21,841,317
自己株式 △ 620,123 △ 607,334
株主資本合計 24,832,900 29,143,740
評価・換算差額等
144,204 260,035
その他有価証券評価差額金
評価・換算差額等合計 144,204 260,035
新株予約権 21,490 21,490
純資産合計 24,998,595 29,425,266
負債純資産合計 26,619,168 55,234,956
142/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
②【損益計算書】
(単位：千円)
前事業年度 当事業年度
(自 2021年１月１日 (自 2022年１月１日
至 2021年12月31日) 至 2022年12月31日)
売上高 9,365,964 15,406,109
2,358,013 2,519,051
売上原価
売上総利益 7,007,950 12,887,058
※１ ,※２ 2,589,807 ※１ ,※２ 3,789,222
販売費及び一般管理費
営業利益 4,418,143 9,097,835
営業外収益
受取利息 283 1,061
為替差益 309,617 229,102
雇用調整助成金 8,010 -
38,614 1,671
その他
営業外収益合計 356,525 231,834
営業外費用
支払利息 - 143,803
貸倒引当金繰入額 - 143,704
アレンジメントフィー - 212,800
株式交付費 159 -
31 1,321
その他
営業外費用合計 191 501,628
経常利益 4,774,477 8,828,041
特別利益
※３ 84,000
-
新株予約権戻入益
特別利益合計 84,000 -
特別損失
投資有価証券売却損 34,825 -
投資有価証券評価損 - 1,156,998
- 817,744
関係会社株式評価損
特別損失合計 34,825 1,974,743
税引前当期純利益 4,823,652 6,853,298
法人税、住民税及び事業税
806,187 2,705,633
411,057 △ 150,385
法人税等調整額
法人税等合計 1,217,244 2,555,247
当期純利益 3,606,407 4,298,050
【売上原価明細書】
前事業年度 当事業年度
(自 2021年１月１日 (自 2022年１月１日
至 2021年12月31日) 至 2022年12月31日)
注記 構成比 構成比
区分 金額(千円) 金額(千円)
番号 (％) (％)
Ⅰ 材料費
※ 535,951 22.7 541,005 21.5
Ⅱ 労務費
767,797 32.6 854,426 33.9
Ⅲ 経費
1,054,264 44.7 1,123,619 44.6
(304,384) (311,782)
(うち、減価償却費)
当期売上原価
100.0 100.0
2,358,013 2,519,051
(注)※ 材料費には主要材料の他、貯蔵品の当期消費分を含んでおります。
143/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
③【株主資本等変動計算書】
前事業年度(自 2021年１月１日 至 2021年12月31日)
(単位：千円)
株主資本
資本剰余金 利益剰余金
その他利益剰余
資本金 自己株式 株主資本合計
金
資本準備金 資本剰余金合計 利益剰余金合計
繰越利益剰余金
当期首残高 3,933,885 3,930,167 3,930,167 13,936,858 13,936,858 △ 655,383 21,145,528
当期変動額
新株の発行 22,852 22,852 22,852 45,704
当期純利益 3,606,407 3,606,407 3,606,407
自己株式の取得 △ 362 △ 362
自己株式の処分 35,622 35,622
株主資本以外の項目
の当期変動額（純
額）
当期変動額合計 22,852 22,852 22,852 3,606,407 3,606,407 35,260 3,687,372
当期末残高 3,956,738 3,953,020 3,953,020 17,543,266 17,543,266 △ 620,123 24,832,900
評価・換算差額等
新株予約権 純資産合計
その他有価証券 評価・換算差額
評価差額金 等合計
当期首残高 △ 13,128 △ 13,128 84,604 21,217,004
当期変動額
新株の発行 45,704
当期純利益 3,606,407
自己株式の取得 △ 362
自己株式の処分 35,622
株主資本以外の項目
の当期変動額（純 157,333 157,333 △ 63,114 94,218
額）
当期変動額合計 157,333 157,333 △ 63,114 3,781,590
当期末残高 144,204 144,204 21,490 24,998,595
144/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
当事業年度(自 2022年１月１日 至 2022年12月31日)
(単位：千円)
株主資本
資本剰余金 利益剰余金
その他利益剰余
資本金 自己株式 株主資本合計
金
資本準備金 資本剰余金合計 利益剰余金合計
繰越利益剰余金
当期首残高 3,956,738 3,953,020 3,953,020 17,543,266 17,543,266 △ 620,123 24,832,900
当期変動額
新株の発行 -
当期純利益 4,298,050 4,298,050 4,298,050
自己株式の取得 △ 167 △ 167
自己株式の処分 12,956 12,956
株主資本以外の項目
の当期変動額（純
額）
当期変動額合計 - - - 4,298,050 4,298,050 12,789 4,310,840
当期末残高 3,956,738 3,953,020 3,953,020 21,841,317 21,841,317 △ 607,334 29,143,740
評価・換算差額等
新株予約権 純資産合計
その他有価証券 評価・換算差額
評価差額金 等合計
当期首残高 144,204 144,204 21,490 24,998,595
当期変動額
新株の発行 -
当期純利益 4,298,050
自己株式の取得 △ 167
自己株式の処分 12,956
株主資本以外の項目
の当期変動額（純 115,830 115,830 - 115,830
額）
当期変動額合計 115,830 115,830 - 4,426,671
当期末残高 260,035 260,035 21,490 29,425,266
145/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
【注記事項】
(重要な会計方針)
１ 資産の評価基準及び評価方法
(1)有価証券の評価基準及び評価方法
子会社株式及び関係会社株式…移動平均法による原価法を採用しております。
投資有価証券…移動平均法による原価法を採用しております。
(2)棚卸資産の評価基準及び評価方法
貯蔵品…個別法による原価法を採用しております。
(貸借対照表価額については収益性の低下に基づく簿価切下げの方法により算定)
２ 固定資産の減価償却の方法
(1)有形固定資産
定額法を採用しております。
なお、主な耐用年数は以下のとおりであります。
建物 ６年－50年
構築物 10年－30年
工具、器具及び備品 ３年－15年
(2)無形固定資産
定額法を採用しております。
なお、主な償却年数は以下のとおりであります。
のれん ５年
ソフトウェア(自社利用) ５年 (社内における見込み利用可能期間)
３ 繰延資産の処理方法
株式交付費
支出時に全額費用として処理しております。
４ 引当金の計上基準
貸倒引当金
債権の貸倒による損失に備えて、貸倒懸念債権等特定の債権については個別に回収可能性を検討し、回収不能
見込額を計上しております。
株式給付引当金
株式給付規程に基づく従業員への当社株式の交付に備えるため、当事業年度末における株式給付債務の見込額
に基づき計上しております。
役員株式給付引当金
役員株式給付規程に基づく取締役への当社株式の交付に備えるため、当事業年度末における株式給付債務の見
込額に基づき計上しております。
146/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
５ 収益及び費用の計上基準
当社は、当事業年度より「収益認識に関する会計基準」（企業会計基準第29号2020年３月31日）及び「収益認識
に関する会計基準の適用指針」（企業会計基準適用指針第30号2021年３月26日）を適用しており、顧客との契約か
ら生じる収益について、下記の５ステップアプローチに基づき、約束した財又はサービスの支配が顧客に移転した
時点で、もしくは、移転するにつれて当該財又はサービスと交換に受け取ると見込まれる金額で収益を認識してお
ります。
ステップ１：顧客との契約を識別する。
ステップ２：契約における履行義務を識別する。
ステップ３：取引価格を算定する。
ステップ４：取引価格を契約における履行義務に配分する。
ステップ５：履行義務の充足時に（又は充足するにつれて）収益を認識する。
当社は、創薬開発事業として、第三者との間で締結した創薬共同研究開発契約やライセンス契約に基づき収益を
得ております。
顧客に移転を約束した製品又はサービスの内容及び収益認識方法は次のとおりです。
① 契約一時金、マイルストーンフィー及びロイヤルティーによる収益
当社は、当社の独自技術であるPDPSライセンスを活用した事業を行っており、当該ライセンスに係る契約一時
金、マイルストーンフィー及び売上高ベースのロイヤルティーによる収益を認識しております。当該ライセンスは
他の財又はサービスと区分され、また、当社は顧客が権利を有する知的財産に著しく影響を与える活動を行う予定
はないため「使用権」に該当すると判断しております。
契約一時金は、顧客にライセンスを付与した時点で、ライセンスから便益を享受することが可能になり、ライセ
ンスに対する支配が顧客に移転することから、履行義務を充足していると考えており、収益を認識しております。
マイルストーンフィーによる収益は、事後に重大な戻入れが生じる可能性を考慮し、契約上定められたマイルス
トーンが達成された時点で収益として認識しております。なお、株式を対価とするマイルストーンフィーによる収
益は、研究開発の進捗に応じ一定の条件を達成した時点において、その対価として取得したRayzeBio Inc.,の普通
株式の公正な評価額に基づき、収益認識を行っております。
また、売上高ベースのロイヤルティーによる収益は、算定基礎となる売上が発生した時点と売上高ベースのロイ
ヤルティーが配分されている履行義務が充足される時点のいずれか遅い時点で収益を認識しております。
② 研究開発支援金
研究開発支援においては、顧客からの依頼に基づき、契約期間にわたって研究開発業務を提供することを履行義
務としております。当社が当該研究開発に係る業務を履行するにつれて研究成果を創出し、契約期間にわたって支
配が移転することから、その期間にわたって履行義務が充足されると判断しており、一定の期間にわたって定額で
収益を認識しております。また、収益の金額は、契約時に事前に顧客との間で取り決めることから、顧客との契約
において約束された対価に基づいて算定しております。研究開発支援における対価は、顧客との契約に基づき、研
究開発業務の提供前に一括で対価を受領するか、又は研究開発業務の提供時点から主として１ヶ月～３ヶ月で代金
を回収しております。
③ 技術アップデートフィー
顧客に対して実施許諾したPDPS技術ライセンスの技術に関するアップデートサービスについては、契約に基づく
サービス提供期間にわたってアップデートサービスを提供することを履行義務としております。当該技術アップ
デートサービスについては、当社がサービス提供期間にわたって支配が移転することから、その期間にわたって義
務を履行されると判断していることから、一定の期間にわたって定額で収益を認識しております。技術アップデー
トサービスにおける対価は、顧客との契約に基づき、サービス提供前に一括で対価を受領するか、又は技術アップ
デートサービスの提供時点から主として１ヶ月～３ヶ月で代金を回収しております。
なお、一括で受領した対価について、上記のPDPSライセンスを活用した事業と研究開発支援の事業に係る対価が
含まれる場合があります。その場合、PDPSライセンスを活用した事業に係る履行義務と、研究開発支援に係る履行
義務に区分し、独立販売価格の比率で各履行義務に配分した上で、それぞれ収益を認識しております。
147/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(重要な会計上の見積り)
投資有価証券及び関係会社株式の評価
(1) 当事業年度の財務諸表に計上した金額
（単位：千円）
前事業年度 当事業年度
投資有価証券 4,003,553 4,348,061
関係会社株式 1,634,710 25,849,892
(2) 識別した項目に係る重要な会計上の見積りの内容に関する情報
投資有価証券及び関係会社株式については、市場価格のない株式等であり、１株当たりの純資産額に所有株式数
を乗じた金額を基礎とした実質価額が取得価額と比べて50%以上低下したものについては、回復可能性が十分な証拠
により裏付けられる場合を除き減損処理を行っております。また、会社の超過収益力等を反映して、１株当たり純
資産額に比べて高い価額で当該会社の株式を取得している場合においては、超過収益力等が見込めなくなったとき
には、これを反映した実質価額が取得原価の50％以上低下している場合に、減損処理を行っております。
評価にあたっては、投資先の過去の実績や入手した投資先の事業計画等を基礎とし、これには経済環境の仮定等
の不確実性が含まれております。経済環境の悪化等が生じた場合、翌事業年度において投資有価証券及び関係会社
株式の減損処理が必要となる可能性があり、翌事業年度の財務諸表に重要な影響を与える可能性があります。
(会計方針の変更)
（収益認識に関する会計基準等の適用）
当社は、当事業年度より「収益認識に関する会計基準」（企業会計基準第29号 2020年３月31日。以下「収益認識会
計基準」という。）及び「収益認識に関する会計基準の適用指針」（企業会計基準適用指針第30号 2021年３月26日）
を適用しており、顧客との契約から生じる収益について、約束した財又はサービスの支配が顧客に移転した時点で、
もしくは、移転するにつれて当該財又はサービスと交換に受け取ると見込まれる金額で収益を認識しております。
なお、この変更による当事業年度の損益、財政状態に与える影響は軽微であり、１株当たり情報に与える影響はあ
りません。収益認識会計基準等の適用については、収益認識会計基準第84項ただし書きに定める経過的な取扱いに
従っておりますが、利益剰余金期首残高に与える影響はありません。
（時価の算定に関する会計基準等の適用）
「時価の算定に関する会計基準」（企業会計基準第30号 2019年７月４日。以下「時価算定会計基準」という。）等
を当事業年度の期首から適用し、時価算定会計基準第19項及び「金融商品に関する会計基準」（企業会計基準第10号
2019年７月４日）第44-２項に定める経過的な取扱いに従って、時価算定会計基準等が定める新たな会計方針を将来に
わたって適用することとしております。なお、財務諸表に与える影響はありません。
148/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(追加情報)
１．従業員等に信託を通じて自社の株式を交付する取引
(1) 株式給付信託（BBT）
当社は取締役（社外取締役及び監査等委員である取締役を除きます。）に対し、中長期にわたる業績向上と企
業価値の増大への貢献意識を高めるため、取締役に対する新たな株式報酬制度「株式給付信託（BBT）」を導入し
ております。
当該信託契約に係る会計処理については、「従業員等に信託を通じて自社の株式を交付する取引に関する実務
上の取扱い」（実務対応報告第30号 2015年３月26日）を適用しております。
ａ. 取引の概要
本制度は、あらかじめ当社が定めた役員株式給付規程に基づき、一定の要件を満たした当社の取締役に対し、
当社株式を給付する仕組みであります。
当社は取締役に対して、役員株式給付規程に従いポイントを付与し、原則として退任時に当該付与ポイントに
相当する当社株式を給付いたします。取締役に対して給付する株式については、あらかじめ信託設定した金銭に
より将来分も含めて取得し、信託財産として分別管理しております。
ｂ. 信託に残存する自社の株式
信託に残存する当社株式を信託における帳簿価額（付随費用の金額を除く。）により純資産の部に自己株式と
して計上しております。当該自己株式の帳簿価額は前事業年度末363,431千円、当事業年度末363,431千円、株式
数は前事業年度末111,700株、当事業年度末111,700株であります。
(2) 株式給付信託（J-ESOP）
当社は従業員の帰属意識を醸成することや株価及び業績向上への意欲を高めることを目的として、従業員に対
して自社の株式を給付するインセンティブプラン「株式給付信託（J-ESOP）」を導入しております。
当該信託契約に係る会計処理については、「従業員等に信託を通じて自社の株式を交付する取引に関する実務
上の取扱い」（実務対応報告第30号 2015年３月26日）を適用しております。
ａ. 取引の概要
本制度は、あらかじめ当社が定めた株式給付規程に基づき、一定の要件を満たした当社の従業員に対し、当社
株式を給付する仕組みであります。
当社は従業員に対して、個人の貢献度等に応じたポイントを付与し、一定の条件により受給権の取得をしたと
きに当該付与ポイントに相当する当社株式を給付いたします。従業員に対して給付する株式については、あらか
じめ信託設定した金銭により将来分も含めて取得し、信託財産として分別管理しております。
ｂ. 信託に残存する自社の株式
信託に残存する当社株式を信託における帳簿価額（付随費用の金額を除く。）により純資産の部に自己株式と
して計上しております。当該自己株式の帳簿価額は前事業年度末255,890千円、当事業年度末242,934千円、株式
数は前事業年度末71,100株、当事業年度末67,500株であります。
149/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(貸借対照表関係)
※１ 圧縮記帳額
国庫補助金等により有形固定資産の取得価額から控除している圧縮記帳額及びその内訳は次のとおりでありま
す。
(単位：千円)
前事業年度 当事業年度
( 2021年12月31日 ) ( 2022年12月31日 )
圧縮記帳額 671,180 671,180
（うち、建物） 448,166 448,166
（うち、構築物） 20,865 20,865
（うち、工具、器具及び備品） 102,230 102,230
（うち、土地） 99,917 99,917
２ 保証債務
下記の会社の国立研究開発法人日本医療研究開発機構(AMED)の医療研究開発革新基盤創成事業として締結された
環境整備契約に基づく債務残高に対して、次のとおり債務保証を行っております。
(単位：千円)
前事業年度 当事業年度
( 2021年12月31日 ) ( 2022年12月31日 )
ペプチスター株式会社 9,000,000 9,000,000
合計 9,000,000 9,000,000
(注) 塩野義製薬株式会社及び積水化学工業株式会社と連帯保証を行っております。
150/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(損益計算書関係)
※１ 販売費及び一般管理費の主要な費目及び金額並びにおおよその割合は、次のとおりであります。
前事業年度 当事業年度
(自 2021年１月１日 (自 2022年１月１日
至 2021年12月31日 ) 至 2022年12月31日 )
役員報酬 294,365 千円 508,058 千円
役員株式給付引当金繰入額 27,500 千円 108,375 千円
株式給付引当金繰入額 1,079 千円 15,835 千円
減価償却費 70,058 千円 85,394 千円
研究開発費 1,638,591 千円 1,939,793 千円
おおよその割合
販売費 0 ％ 0 ％
一般管理費 100 ％ 100 ％
※２ 研究開発費の総額
前事業年度(自 2021年１月１日 至 2021年12月31日 )
一般管理費に含まれる研究開発費は、 1,638,591 千円であります。なお、売上原価に含まれる研究開発費はありませ
ん。
当事業年度(自 2022年１月１日 至 2022年12月31日 )
一般管理費に含まれる研究開発費は、 1,939,793 千円であります。なお、売上原価に含まれる研究開発費はありませ
ん。
※３ 新株予約権戻入益
前事業年度(自 2021年１月１日 至 2021年12月31日 )
当社の2018年３月決議の権利確定条件付き有償新株予約権の権利が2021年11月２日をもって失効し、未行使分の権利
が消滅したことに伴い、貸借対照表の部に計上していた新株予約権84,000千円を取崩し、新株予約権戻入益として特別
利益に計上しております。
当事業年度(自 2022年１月１日 至 2022年12月31日 )
該当事項はありません。
151/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(有価証券関係)
前事業年度（ 2021年12月31日 ）
関連会社株式(貸借対照表計上額は 1,634,710千円 )は、市場価格がなく、時価を把握することが極めて困難と認めら
れることから、記載しておりません。
当事業年度（ 2022年12月31日 ）
関連会社株式(貸借対照表計上額は 25,849,892千円 )は、市場価格のない株式等のため、時価を記載しておりませ
ん。
(税効果会計関係)
１ 繰延税金資産及び繰延税金負債の発生の主な原因別の内訳
前事業年度 当事業年度
(2021年12月31日) (2022年12月31日)
繰延税金資産
未払事業税 10,533 千円 138,922 千円
前受金 74,634 千円 47,070 千円
役員株式給付引当金 65,013 千円 87,107 千円
株式給付引当金 20,800 千円 31,366 千円
投資有価証券評価損 － 千円 353,810 千円
関係会社株式評価損 － 千円 250,066 千円
4,165 千円 90,738 千円
その他
繰延税金資産 小計
175,149 千円 999,081 千円
△81,192 千円 △754,739 千円
評価性引当額
繰延税金資産 合計 93,956 千円 244,342 千円
繰延税金負債
－ 千円 △114,547 千円
その他有価証券評価差額金
繰延税金負債 合計 － 千円 △114,547 千円
繰延税金資産純額
93,956 千円 129,795 千円
２ 法定実効税率と税効果会計適用後の法人税等の負担率との差異の原因となった主な項目別の内訳
前事業年度 当事業年度
(2021年12月31日) (2022年12月31日)
法定実効税率
30.6 ％ 30.6 ％
（調整）
交際費等永久に算入されない項目 0.2 ％ 1.5 ％
評価性引当金の増減 0.5 ％ 9.8 ％
試験研究費等の特別控除 △5.6 ％ △4.8 ％
△0.5 ％ 0.1 ％
その他
税効果会計適用後の法人税等の負担率
25.2 ％ 37.3 ％
（表示方法の変更）
前事業年度において、独立掲記しておりました「住民税均等割」は重要性が乏しくなったため、当事業年度より
「その他」に含めて表示しております。この表示方法の変更を反映させるため、前事業年度の注記の組替えを行っ
ております。この結果、前事業年度において「その他」に表示しておりました△0.6％は、△0.5％として組替えし
ております。
152/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(企業結合等関係)
「連結財務諸表注記.6.企業結合」に同一の内容を記載しているため、注記を省略しております。
(収益認識関係)
顧客との契約から生じる収益を理解するための情報は、「１連結財務諸表等 (1) 連結財務諸表 ⑥連結財務諸表注
記 ３．重要な会計方針 (14) 収益」に同一の内容を記載しているため、注記を省略しております。
(重要な後発事象)
該当事項はありません。
153/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
④ 【附属明細表】
【有形固定資産等明細表】
当期末減価
当期首残高 当期増加額 当期減少額 当期末残高 償却累計額 当期償却額 差引当期末
資産の種類
(千円) (千円) (千円) (千円) 又は償却累 (千円) 残高(千円)
計額(千円)
有形固定資産
建物 4,157,788 － － 4,157,788 846,016 157,340 3,311,772
構築物
192,138 － － 192,138 68,517 12,541 123,621
工具、器具及び備品 3,303,330 487,297 34,536 3,756,090 2,465,507 479,561 1,290,583
土地 904,628 3,200,000 － 4,104,628 － － 4,104,628
建設仮勘定 644,400 2,816,867 3,200,000 261,267 － － 261,267
有形固定資産計 9,202,286 6,504,164 3,234,536 12,471,914 3,380,041 649,443 9,091,872
無形固定資産
ソフトウェア
167,303 62,498 － 229,802 153,141 33,094 76,660
その他 28,834 26,683 53,567 1,950 719 130 1,230
無形固定資産計 196,138 89,181 53,567 231,752 153,860 33,224 77,891
長期前払費用 2,379 24,610 17,380 9,609 － － 9,609
（注）１．当期増加額のうち主なものは次のとおりであります。
土地 新研究棟用土地 3,200,000千円
ソフトウェア 創薬システムVesionUP 48,698千円
Operetta CLS ハイコンテント共焦点イ
工具、器具及び備品 48,000千円
メージングシステム
２．長期前払費用は非償却資産であるため、当期償却額の算出には含めておりません。
【引当金明細表】
当期減少額 当期減少額
当期首残高 当期増加額 当期末残高
区分 (目的使用) (その他)
(千円) (千円) (千円)
(千円) (千円)
貸倒引当金 － 143,704 － － 143,704
株式給付引当金 68,021 49,306 13,316 1,439 102,571
役員株式給付引当金 280,873 108,375 － － 389,248
154/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
(2) 【主な資産及び負債の内容】
連結財務諸表を作成しているため、記載を省略しております。
(3) 【その他】
該当事項はありません。
155/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
第６ 【提出会社の株式事務の概要】
事業年度 １月１日から12月31日まで
定時株主総会 事業年度末日の翌日から３ヶ月以内
基準日 12月31日
６月30日
剰余金の配当の基準日
12月31日
１単元の株式数 100株
単元未満株式の買取り
東京都千代田区丸の内一丁目４番１号
取扱場所
三井住友信託銀行株式会社 証券代行部
東京都千代田区丸の内一丁目４番１号
株主名簿管理人
三井住友信託銀行株式会社
取次所 －
買取手数料 無料
当社の公告方法は、電子公告としております。
ただし、事故その他やむを得ない事由により電子公告をすることができないと
きは、日本経済新聞に掲載して行います。
公告掲載方法
当社の公告掲載URLは次のとおりであります。
https://www.peptidream.com/
株主に対する特典 該当事項はありません。
(注) １．当社の株主は、その有する単元未満株式について、次に掲げる権利以外の権利を行使することができない旨
定款に定めております。
(1) 会社法第189条第２項各号に掲げる権利
(2) 会社法第166条第１項の規定による請求をする権利
(3) 株主の有する株式数に応じて募集株式の割当て及び募集新株予約権の割当てを受ける権利
156/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
第７ 【提出会社の参考情報】
１ 【提出会社の親会社等の情報】
当社には、親会社等はありません。
２ 【その他の参考情報】
当事業年度の開始日から有価証券報告書提出日までの間に、次の書類を提出しております。
(1) 有価証券報告書及びその添付書類並びに確認書
事業年度 第16期 （自 2021年１月１日 至 2021年12月31日 ）2022年３月25日関東財務局長に提出
(2) 内部統制報告書及びその添付書類
2022年３月25日関東財務局長に提出
(3) 四半期報告書及び確認書
第17期 第１四半期（自 2022年１月１日 至 2022年３月31日 ）2022年５月16日関東財務局長に提出
第17期 第２四半期（自 2022年４月１日 至 2022年６月30日 ）2022年８月10日関東財務局長に提出
第17期 第３四半期（自 2022年７月１日 至 2022年９月30日 ）2022年11月11日関東財務局長に提出
157/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
第二部 【提出会社の保証会社等の情報】
該当事項はありません。
158/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
独立監査人の監査報告書及び内部統制監査報告書
2023年 ３月 30日
ペプチドリーム株式会社
取締役会 御中
有限責任 あずさ監査法人
東京事務所
指定有限責任社員
上 野 直 樹
公認会計士
業務執行社員
指定有限責任社員
猪 俣 雅 弘
公認会計士
業務執行社員
＜財務諸表監査＞
監査意見
当監査法人は、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づく監査証明を行うため、「経理の
状況」に掲げられているペプチドリーム株式会社の2022年１月１日から2022年12月31日までの連結会
計年度の連結財務諸表、すなわち、連結財政状態計算書、連結損益計算書、連結包括利益計算書、連
結持分変動計算書、連結キャッシュ・フロー計算書、連結財務諸表作成のための基本となる重要な事
項及びその他の注記について監査を行った。
当監査法人は、上記の連結財務諸表が、「連結財務諸表の用語、様式及び作成方法に関する規則」
第93条により規定された国際会計基準に準拠して、ペプチドリーム株式会社及び連結子会社の2022年
12月31日現在の財政状態並びに同日をもって終了する連結会計年度の経営成績及びキャッシュ・フ
ローの状況を、全ての重要な点において適正に表示しているものと認める。
監査意見の根拠
当監査法人は、我が国において一般に公正妥当と認められる監査の基準に準拠して監査を行った。
監査の基準における当監査法人の責任は、「連結財務諸表監査における監査人の責任」に記載されて
いる。当監査法人は、我が国における職業倫理に関する規定に従って、会社及び連結子会社から独立
しており、また、監査人としてのその他の倫理上の責任を果たしている。当監査法人は、意見表明の
基礎となる十分かつ適切な監査証拠を入手したと判断している。
監査上の主要な検討事項
監査上の主要な検討事項とは、当連結会計年度の連結財務諸表の監査において、監査人が職業的専
門家として特に重要であると判断した事項である。監査上の主要な検討事項は、連結財務諸表全体に
対する監査の実施過程及び監査意見の形成において対応した事項であり、当監査法人は、当該事項に
対して個別に意見を表明するものではない。
159/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
放射性医薬品事業に配分されたのれんの減損損失の認識の要否に関する判断の妥当性
監査上の主要な検討事項の
監査上の対応
内容及び決定理由
ペプチドリーム株式会社（以下、「会社」と 当監査法人は、放射性医薬品事業に配分され
いう。）の連結財政状態計算書において、のれ たのれんの減損損失の認識の要否に関する判断
ん8,370,677千円が計上されており、総資産の の妥当性を評価するため、主に以下の手続を実
13.1%を占めている。 連結財務諸表注記「13．の 施した。
れん及び無形資産」 に記載のとおり、放射性医 （1）内部統制の評価
薬品事業に配分されており、PDRファーマ株式会 のれんの減損テストにおける使用価値の見積
社（以下、「PDR」という。）の株式の100%を取 りに関連する内部統制の整備状況及び運用状況
得した際に発生したのれんである。 の有効性を評価した。評価に当たっては、使用
価値の見積りに不適切な仮定が採用されること
連結財務諸表注記「３．重要な会計方針
を防止又は発見するための統制に、特に焦点を
（10）非金融資産の減損」及び「13．のれん及
当てた。
び無形資産」 に記載のとおり、のれんについ
て、毎年同時期又は減損の兆候が存在する場合
（2）使用価値の見積りの合理性の評価
にはその都度、減損テストが実施される。減損
将来キャッシュ・フローの見積りの基礎とな
損失は、のれんを含む資金生成単位の帳簿価額
る事業計画の作成に当たって採用された重要な
が見積回収可能価額を超過する場合に認識され
仮定の適切性を評価するため、その根拠につい
る。
て経営者及びPDR事業計画担当者に対して質問
会社は、減損テストにおける見積回収可能価
した。また、事業計画に用いられている仮定の
額を使用価値に基づき算定している。使用価値
選択が適切に行われているかどうかを評価する
は、経営者が承認した放射性医薬品事業におけ
ため、仮定に一定の不確実性を織り込み、翌連
る事業計画を基礎とした将来キャッシュ・フ
結会計年度以降の将来キャッシュ・フローの見
ローの見積額を現在価値に割り引いて算定して
込みに与える影響額を算出した。そのうえで、
いる。放射性医薬品の開発・製造販売を扱う放
主に以下の手続を実施した。
射性医薬品事業においては開発する製品の特性
● 将来キャッシュ・フローの見積りに利用され
等から、５年を超えた計画期間に基づき使用価
た事業計画と経営者によって承認された事
値を算定している。使用価値の見積りにおける
業計画との整合性を確かめた。
重要な仮定は、事業計画を基礎とする将来
● 将来の新製品に基づく売上高の見通しについ
キャッシュ・フローの見積りの基礎となる売上
て、市場規模・シェア・販売時期・成功確
高予測であり、将来の新製品の見込みには高い
率に関する利用可能な外部データと比較
不確実性を伴うため、これらの経営者による判
し、当該仮定の適切性を評価した。
断が将来キャッシュ・フローの見積額に重要な
また、成長率及び割引率について、当監査法
影響を及ぼす。
人が属する国内ネットワークファームの評価の
また、使用価値の算定に用いる成長率及び割
専門家を利用して、主に以下の手続を実施し
引率の見積りにおいては、算定方法及びイン
た。
プットデータの選択に当たり、評価に関する高
● 成長率及び割引率の算定方法について、対象
度な専門知識を必要とする。
とする評価項目及び会計基準の要求事項を
以上から、当監査法人は、放射性医薬品事業
踏まえ、その適切性を評価した。
に配分されたのれんの減損損失の認識の要否に
● 成長率及び割引率のインプットデータと外部機関が
関する判断の妥当性が、当連結会計年度の連結
公表している関連データとを照合し、インプット
財務諸表監査において特に重要であり、監査上
データの適切性を評価した。
の主要な検討事項の一つに該当すると判断し
た。
160/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
主要な顧客に対する売上収益の実在性
監査上の主要な検討事項の
監査上の対応
内容及び決定理由
ペプチドリーム株式会社（以下、「会社」と 当監査法人は、主要な顧客に対する売上収益
いう。）は創薬開発事業において、独自の創薬 の実在性を検討するため、主に以下の手続を実
プラットフォームシステムであるPDPSを中核と 施した。
した創薬基盤技術を活用し、第三者との間で締 （1）内部統制の評価
売上収益の認識プロセスに関連する内部統制の整備状
結した創薬共同研究開発契約やライセンス契約
況及び運用状況の有効性を評価した。評価に当たっては、
に基づき売上収益を計上している。当連結会計
特に以下に焦点を当てた。
年度の連結損益計算書に計上されている売上収
益26,852,430千円には、 連結財務諸表注記 ● 契約締結にかかる担当者とは独立した部門の管
「５．セグメント情報（５）主要な顧客に関す
理部担当者が、売上収益の計上について契約
る情報」 に記載のとおり、創薬開発事業におけ
書及び売上管理シートとの整合性を確かめ上
る主要な顧客２社に対する売上収益は
長が承認する統制
11,604,554千円が含まれており、その重要な割
（2）主要な顧客に対する売上収益の実在性
合を契約一時金による売上収益が占めている。
主要な顧客に対する売上収益の実在性を検討
会社は 連結財務諸表注記「３．重要な会計方
するため、契約一時金について、契約締結に至
針（14）収益」 に記載のとおり、ライセンスは
るまでの交渉過程を含む契約内容について経営
他の財又はサービスと区分しているが、顧客が
者及び担当者に対する質問を行ったほか、主に
権利を有する知的財産に著しく影響を与える活
以下の手続を実施した。
動を行う予定はないため「使用権」に該当する
● 売上収益について、契約書原本及び関連証憑
と判断している。契約一時金は、顧客にライセ
（顧客との連絡等の諸記録、請求書、為替
ンスを付与した時点で、ライセンスから便益を
データ、入金）と突合した。
享受することが可能になり、ライセンスに対す
● 期末日時点の債権について、確認手続を実施
る支配が顧客に移転することから、履行義務を
した。
充足していると考えており、その時点で収益を
● 取引価格の決定に際して参照された情報（他
認識している。
社の公表済情報及び過去の取引に関する社
売上収益は連結財務諸表において重要であ
内情報）を収集して比較分析を実施した。
り、また事業の特性上契約ごとの個別性が高く
複雑である。主要な顧客に対する売上収益にか
かる契約一時金の金額的重要性は高く、誤って
認識した場合、連結財務諸表に重要な影響を及
ぼす。
以上から、当監査法人は、主要な顧客に対す
る売上収益の実在性の検討が、当連結会計年度
の連結財務諸表監査において特に重要であり、
監査上の主要な検討事項の一つに該当すると判
断した。
その他の記載内容
その他の記載内容は、有価証券報告書に含まれる情報のうち、連結財務諸表及び財務諸表並びにこ
れらの監査報告書以外の情報である。経営者の責任は、その他の記載内容を作成し開示することにあ
る。また、監査等委員会の責任は、その他の記載内容の報告プロセスの整備及び運用における取締役
の職務の執行を監視することにある。
当監査法人の連結財務諸表に対する監査意見の対象にはその他の記載内容は含まれておらず、当監
査法人はその他の記載内容に対して意見を表明するものではない。
連結財務諸表監査における当監査法人の責任は、その他の記載内容を通読し、通読の過程におい
て、その他の記載内容と連結財務諸表又は当監査法人が監査の過程で得た知識との間に重要な相違が
あるかどうか検討すること、また、そのような重要な相違以外にその他の記載内容に重要な誤りの兆
161/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
候があるかどうか注意を払うことにある。
当監査法人は、実施した作業に基づき、その他の記載内容に重要な誤りがあると判断した場合に
は、その事実を報告することが求められている。
その他の記載内容に関して、当監査法人が報告すべき事項はない。
連結財務諸表に対する経営者及び監査等委員会の責任
経営者の責任は、国際会計基準に準拠して連結財務諸表を作成し適正に表示することにある。これ
には、不正又は誤謬による重要な虚偽表示のない連結財務諸表を作成し適正に表示するために経営者
が必要と判断した内部統制を整備及び運用することが含まれる。
連結財務諸表を作成するに当たり、経営者は、継続企業の前提に基づき連結財務諸表を作成するこ
とが適切であるかどうかを評価し、国際会計基準に基づいて継続企業に関する事項を開示する必要が
ある場合には当該事項を開示する責任がある。
監査等委員会の責任は、財務報告プロセスの整備及び運用における取締役の職務の執行を監視する
ことにある。
連結財務諸表監査における監査人の責任
監査人の責任は、監査人が実施した監査に基づいて、全体としての連結財務諸表に不正又は誤謬に
よる重要な虚偽表示がないかどうかについて合理的な保証を得て、監査報告書において独立の立場か
ら連結財務諸表に対する意見を表明することにある。虚偽表示は、不正又は誤謬により発生する可能
性があり、個別に又は集計すると、連結財務諸表の利用者の意思決定に影響を与えると合理的に見込
まれる場合に、重要性があると判断される。
監査人は、我が国において一般に公正妥当と認められる監査の基準に従って、監査の過程を通じ
て、職業的専門家としての判断を行い、職業的懐疑心を保持して以下を実施する。
・不正又は誤謬による重要な虚偽表示リスクを識別し、評価する。また、重要な虚偽表示リスクに
対応した監査手続を立案し、実施する。監査手続の選択及び適用は監査人の判断による。さら
に、意見表明の基礎となる十分かつ適切な監査証拠を入手する。
・連結財務諸表監査の目的は、内部統制の有効性について意見表明するためのものではないが、監
査人は、リスク評価の実施に際して、状況に応じた適切な監査手続を立案するために、監査に関
連する内部統制を検討する。
・経営者が採用した会計方針及びその適用方法の適切性、並びに経営者によって行われた会計上の
見積りの合理性及び関連する注記事項の妥当性を評価する。
・経営者が継続企業を前提として連結財務諸表を作成することが適切であるかどうか、また、入手
した監査証拠に基づき、継続企業の前提に重要な疑義を生じさせるような事象又は状況に関して
重要な不確実性が認められるかどうか結論付ける。継続企業の前提に関する重要な不確実性が認
められる場合は、監査報告書において連結財務諸表の注記事項に注意を喚起すること、又は重要
な不確実性に関する連結財務諸表の注記事項が適切でない場合は、連結財務諸表に対して除外事
項付意見を表明することが求められている。監査人の結論は、監査報告書日までに入手した監査
証拠に基づいているが、将来の事象や状況により、企業は継続企業として存続できなくなる可能
性がある。
・連結財務諸表の表示及び注記事項が、国際会計基準に準拠しているかどうかとともに、関連する
注記事項を含めた連結財務諸表の表示、構成及び内容、並びに連結財務諸表が基礎となる取引や
会計事象を適正に表示しているかどうかを評価する。
・連結財務諸表に対する意見を表明するために、会社及び連結子会社の財務情報に関する十分かつ
適切な監査証拠を入手する。監査人は、連結財務諸表の監査に関する指示、監督及び実施に関し
て責任がある。監査人は、単独で監査意見に対して責任を負う。
監査人は、監査等委員会に対して、計画した監査の範囲とその実施時期、監査の実施過程で識別し
た内部統制の重要な不備を含む監査上の重要な発見事項、及び監査の基準で求められているその他の
事項について報告を行う。
監査人は、監査等委員会に対して、独立性についての我が国における職業倫理に関する規定を遵守
したこと、並びに監査人の独立性に影響を与えると合理的に考えられる事項、及び阻害要因を除去又
は軽減するためにセーフガードを講じている場合はその内容について報告を行う。
162/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
監査人は、監査等委員会と協議した事項のうち、当連結会計年度の連結財務諸表の監査で特に重要
であると判断した事項を監査上の主要な検討事項と決定し、監査報告書において記載する。ただし、
法 令等により当該事項の公表が禁止されている場合や、極めて限定的ではあるが、監査報告書におい
て報告することにより生じる不利益が公共の利益を上回ると合理的に見込まれるため、監査人が報告
すべきでないと判断した場合は、当該事項を記載しない。
＜内部統制監査＞
監査意見
当監査法人は、金融商品取引法第193条の２第２項の規定に基づく監査証明を行うため、ペプチド
リーム株式会社の2022年12月31日現在の内部統制報告書について監査を行った。
当監査法人は、ペプチドリーム株式会社が2022年12月31日現在の財務報告に係る内部統制は有効で
あると表示した上記の内部統制報告書が、我が国において一般に公正妥当と認められる財務報告に係
る内部統制の評価の基準に準拠して、財務報告に係る内部統制の評価結果について、全ての重要な点
において適正に表示しているものと認める。
監査意見の根拠
当監査法人は、我が国において一般に公正妥当と認められる財務報告に係る内部統制の監査の基準
に準拠して内部統制監査を行った。財務報告に係る内部統制の監査の基準における当監査法人の責任
は、「内部統制監査における監査人の責任」に記載されている。当監査法人は、我が国における職業
倫理に関する規定に従って、会社及び連結子会社から独立しており、また、監査人としてのその他の
倫理上の責任を果たしている。当監査法人は、意見表明の基礎となる十分かつ適切な監査証拠を入手
したと判断している。
内部統制報告書に対する経営者及び監査等委員会の責任
経営者の責任は、財務報告に係る内部統制を整備及び運用し、我が国において一般に公正妥当と認
められる財務報告に係る内部統制の評価の基準に準拠して内部統制報告書を作成し適正に表示するこ
とにある。
監査等委員会の責任は、財務報告に係る内部統制の整備及び運用状況を監視、検証することにあ
る。
なお、財務報告に係る内部統制により財務報告の虚偽の記載を完全には防止又は発見することがで
きない可能性がある。
内部統制監査における監査人の責任
監査人の責任は、監査人が実施した内部統制監査に基づいて、内部統制報告書に重要な虚偽表示が
ないかどうかについて合理的な保証を得て、内部統制監査報告書において独立の立場から内部統制報
告書に対する意見を表明することにある。
監査人は、我が国において一般に公正妥当と認められる財務報告に係る内部統制の監査の基準に
従って、監査の過程を通じて、職業的専門家としての判断を行い、職業的懐疑心を保持して以下を実
施する。
・内部統制報告書における財務報告に係る内部統制の評価結果について監査証拠を入手するための
監査手続を実施する。内部統制監査の監査手続は、監査人の判断により、財務報告の信頼性に及
ぼす影響の重要性に基づいて選択及び適用される。
・財務報告に係る内部統制の評価範囲、評価手続及び評価結果について経営者が行った記載を含
め、全体としての内部統制報告書の表示を検討する。
・内部統制報告書における財務報告に係る内部統制の評価結果に関する十分かつ適切な監査証拠を
入手する。監査人は、内部統制報告書の監査に関する指示、監督及び実施に関して責任がある。
監査人は、単独で監査意見に対して責任を負う。
監査人は、監査等委員会に対して、計画した内部統制監査の範囲とその実施時期、内部統制監査の
実施結果、識別した内部統制の開示すべき重要な不備、その是正結果、及び内部統制の監査の基準で
求められているその他の事項について報告を行う。
監査人は、監査等委員会に対して、独立性についての我が国における職業倫理に関する規定を遵守
163/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
したこと、並びに監査人の独立性に影響を与えると合理的に考えられる事項、及び阻害要因を除去又
は軽減するためにセーフガードを講じている場合はその内容について報告を行う。
利害関係
会社及び連結子会社と当監査法人又は業務執行社員との間には、公認会計士法の規定により記載すべ
き利害関係はない。
以 上
(注) １．上記の監査報告書の原本は当社(有価証券報告書提出会社)が別途保管しております。
２．XBRLデータは監査の対象には含まれていません。
164/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
独立監査人の監査報告書
2023年３月30日
ペプチドリーム株式会社
取締役会 御中
有限責任 あずさ監査法人
東京事務所
指定有限責任社員
上 野 直 樹
公認会計士
業務執行社員
指定有限責任社員
猪 俣 雅 弘
公認会計士
業務執行社員
監査意見
当監査法人は、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づく監査証明を行うため、「経理の
状況」に掲げられているぺプチドリーム株式会社の2022年１月１日から2022年12月31日までの第17期
事業年度の財務諸表、すなわち、貸借対照表、損益計算書、株主資本等変動計算書、重要な会計方
針、その他の注記及び附属明細表について監査を行った。
当監査法人は、上記の財務諸表が、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に
準拠して、ペプチドリーム株式会社の2022年12月31日現在の財政状態及び同日をもって終了する事業
年度の経営成績を、全ての重要な点において適正に表示しているものと認める。
監査意見の根拠
当監査法人は、我が国において一般に公正妥当と認められる監査の基準に準拠して監査を行った。
監査の基準における当監査法人の責任は、「財務諸表監査における監査人の責任」に記載されてい
る。当監査法人は、我が国における職業倫理に関する規定に従って、会社から独立しており、また、
監査人としてのその他の倫理上の責任を果たしている。当監査法人は、意見表明の基礎となる十分か
つ適切な監査証拠を入手したと判断している。
監査上の主要な検討事項
監査上の主要な検討事項とは、当事業年度の財務諸表の監査において、監査人が職業的専門家とし
て特に重要であると判断した事項である。監査上の主要な検討事項は、財務諸表全体に対する監査の
実施過程及び監査意見の形成において対応した事項であり、当監査法人は、当該事項に対して個別に
意見を表明するものではない。
165/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
主要な顧客に対する売上高の実在性
監査上の主要な検討事項の
監査上の対応
内容及び決定理由
ペプチドリーム株式会社（以下、「会社」と 連結財務諸表の監査報告書において、「主要
いう。）は、独自の創薬プラットフォームシス な顧客に対する売上高の実在性」が監査上の主
テムであるPDPSを中核とした創薬基盤技術を活 要な検討事項に該当すると判断し、監査上の対
用し、第三者との間で締結した創薬共同研究開 応について記載している。
発契約やライセンス契約に基づき売上高を計上 当該記載内容は、財務諸表監査における監査
している。当事業年度の損益計算書に計上され 上の対応と実質的に同一の内容であることか
ている売上高15,406,109千円には、主要な顧客 ら、監査上の対応に関する具体的な記載を省略
２社に対する売上高11,604,554千円が含まれて している。
おり、その重要な割合を契約一時金による売上
高が占めている。
会社は 注記事項「（重要な会計方針）５.収益
及び費用の計上基準」 に記載のとおり、ライセ
ンスは他の財又はサービスと区分しているが、
顧客が権利を有する知的財産に著しく影響を与
える活動を行う予定はないため「使用権」に該
当すると判断している。契約一時金は、顧客に
ライセンスを付与した時点で、ライセンスから
便益を享受することが可能になり、ライセンス
に対する支配が顧客に移転することから、履行
義務を充足していると考えており、その時点で
収益を認識している。
売上高は財務諸表において重要であり、また
事業の特性上契約ごとの個別性が高く複雑であ
る。主要な顧客に対する売上高にかかる契約一
時金の金額的重要性は高く、誤って認識した場
合、財務諸表に重要な影響を及ぼす。
以上から、当監査法人は、主要な顧客に対す
る売上高の実在性の検討が、当事業年度の財務
諸表監査において特に重要であり、監査上の主
要な検討事項に該当すると判断した。
その他の記載内容
その他の記載内容は、有価証券報告書に含まれる情報のうち、連結財務諸表及び財務諸表並びにこ
れらの監査報告書以外の情報である。経営者の責任は、その他の記載内容を作成し開示することにあ
る。また、監査等委員会の責任は、その他の記載内容の報告プロセスの整備及び運用における取締役
の職務の執行を監視することにある。
当監査法人の財務諸表に対する監査意見の対象にはその他の記載内容は含まれておらず、当監査法
人はその他の記載内容に対して意見を表明するものではない。
財務諸表監査における当監査法人の責任は、その他の記載内容を通読し、通読の過程において、そ
の他の記載内容と財務諸表又は当監査法人が監査の過程で得た知識との間に重要な相違があるかどう
か検討すること、また、そのような重要な相違以外にその他の記載内容に重要な誤りの兆候があるか
どうか注意を払うことにある。
当監査法人は、実施した作業に基づき、その他の記載内容に重要な誤りがあると判断した場合に
は、その事実を報告することが求められている。
その他の記載内容に関して、当監査法人が報告すべき事項はない。
166/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
財務諸表に対する経営者及び監査等委員会の責任
経営者の責任は、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠して財務諸表
を作成し適正に表示することにある。これには、不正又は誤謬による重要な虚偽表示のない財務諸表
を作成し適正に表示するために経営者が必要と判断した内部統制を整備及び運用することが含まれ
る。
財務諸表を作成するに当たり、経営者は、継続企業の前提に基づき財務諸表を作成することが適切
であるかどうかを評価し、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に基づいて継
続企業に関する事項を開示する必要がある場合には当該事項を開示する責任がある。
監査等委員会の責任は、財務報告プロセスの整備及び運用における取締役の職務の執行を監視する
ことにある。
財務諸表監査における監査人の責任
監査人の責任は、監査人が実施した監査に基づいて、全体としての財務諸表に不正又は誤謬による
重要な虚偽表示がないかどうかについて合理的な保証を得て、監査報告書において独立の立場から財
務諸表に対する意見を表明することにある。虚偽表示は、不正又は誤謬により発生する可能性があ
り、個別に又は集計すると、財務諸表の利用者の意思決定に影響を与えると合理的に見込まれる場合
に、重要性があると判断される。
監査人は、我が国において一般に公正妥当と認められる監査の基準に従って、監査の過程を通じ
て、職業的専門家としての判断を行い、職業的懐疑心を保持して以下を実施する。
・不正又は誤謬による重要な虚偽表示リスクを識別し、評価する。また、重要な虚偽表示リスクに
対応した監査手続を立案し、実施する。監査手続の選択及び適用は監査人の判断による。さら
に、意見表明の基礎となる十分かつ適切な監査証拠を入手する。
・財務諸表監査の目的は、内部統制の有効性について意見表明するためのものではないが、監査人
は、リスク評価の実施に際して、状況に応じた適切な監査手続を立案するために、監査に関連す
る内部統制を検討する。
・経営者が採用した会計方針及びその適用方法の適切性、並びに経営者によって行われた会計上の
見積りの合理性及び関連する注記事項の妥当性を評価する。
・経営者が継続企業を前提として財務諸表を作成することが適切であるかどうか、また、入手した
監査証拠に基づき、継続企業の前提に重要な疑義を生じさせるような事象又は状況に関して重要
な不確実性が認められるかどうか結論付ける。継続企業の前提に関する重要な不確実性が認めら
れる場合は、監査報告書において財務諸表の注記事項に注意を喚起すること、又は重要な不確実
性に関する財務諸表の注記事項が適切でない場合は、財務諸表に対して除外事項付意見を表明す
ることが求められている。監査人の結論は、監査報告書日までに入手した監査証拠に基づいてい
るが、将来の事象や状況により、企業は継続企業として存続できなくなる可能性がある。
・財務諸表の表示及び注記事項が、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に
準拠しているかどうかとともに、関連する注記事項を含めた財務諸表の表示、構成及び内容、並
びに財務諸表が基礎となる取引や会計事象を適正に表示しているかどうかを評価する。
監査人は、監査等委員会に対して、計画した監査の範囲とその実施時期、監査の実施過程で識別し
た内部統制の重要な不備を含む監査上の重要な発見事項、及び監査の基準で求められているその他の
事項について報告を行う。
監査人は、監査等委員会に対して、独立性についての我が国における職業倫理に関する規定を遵守
したこと、並びに監査人の独立性に影響を与えると合理的に考えられる事項、及び阻害要因を除去又
は軽減するためにセーフガードを講じている場合はその内容について報告を行う。
監査人は、監査等委員会と協議した事項のうち、当事業年度の財務諸表の監査で特に重要であると
判断した事項を監査上の主要な検討事項と決定し、監査報告書において記載する。ただし、法令等に
より当該事項の公表が禁止されている場合や、極めて限定的ではあるが、監査報告書において報告す
ることにより生じる不利益が公共の利益を上回ると合理的に見込まれるため、監査人が報告すべきで
ないと判断した場合は、当該事項を記載しない。
利害関係
会社と当監査法人又は業務執行社員との間には、公認会計士法の規定により記載すべき利害関係は
167/168
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
ない。
以 上
(注) １．上記の監査報告書の原本は当社(有価証券報告書提出会社)が別途保管しております。
２．XBRLデータは監査の対象には含まれていません。
168/168
