ペプチドリーム株式会社 有価証券報告書 第16期(令和3年1月1日－令和3年12月31日)
| 提出書類 | 有価証券報告書-第16期(令和3年1月1日－令和3年12月31日) |
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| 提出日 | |
| 提出者 | ペプチドリーム株式会社 |
| カテゴリ | 有価証券報告書 |
EDINET提出書類
ペプチドリーム株式会社(E27486)
有価証券報告書
【表紙】
【提出書類】 有価証券報告書
【根拠条文】 金融商品取引法第24条第１項
【提出先】 関東財務局長
【提出日】 2022年３月25日
【事業年度】 第16期(自 2021年１月１日 至 2021年12月31日)
【会社名】 ペプチドリーム株式会社
【英訳名】 PeptiDream Inc.
【代表者の役職氏名】 代表取締役社長CEO リード・パトリック
【本店の所在の場所】 神奈川県川崎市川崎区殿町三丁目25番23号
【電話番号】 044-270-1300
【事務連絡者氏名】 IR広報部ディレクター 沖本 優子
【最寄りの連絡場所】 神奈川県川崎市川崎区殿町三丁目25番23号
【電話番号】 044-223-6612
【事務連絡者氏名】 IR広報部ディレクター 沖本 優子
【縦覧に供する場所】 株式会社東京証券取引所
(東京都中央区日本橋兜町２番１号)
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第一部 【企業情報】
第１ 【企業の概況】
１ 【主要な経営指標等の推移】
回次 第11期 第12期 第13期 第14期 第15期 第16期
決算年月 2017年６月 2018年６月 2019年６月 2019年12月 2020年12月 2021年12月
売上高 (千円) 4,895,747 6,426,891 7,216,622 1,037,337 11,677,253 9,365,964
経常利益又は経常損失(△) (千円) 2,624,446 3,154,489 3,806,852 △ 706,537 6,976,277 4,774,477
当期純利益又は当期純損失
(千円) 1,890,750 2,335,216 2,770,141 △ 488,464 4,448,357 3,606,407
(△)
持分法を適用した場合の
(千円) ― △ 26,152 △ 96,756 △ 140,711 △ 729,057 △ 470,053
投資損失(△)
資本金 (千円) 3,870,769 3,915,983 3,930,541 3,930,541 3,933,885 3,956,738
発行済株式総数 (株) 57,309,200 122,714,400 125,310,400 125,310,400 125,910,400 130,010,400
純資産額 (千円) 12,180,801 14,708,715 17,449,054 16,978,289 21,217,004 24,998,595
総資産額 (千円) 13,628,452 16,502,264 20,040,205 17,817,340 26,266,729 26,619,168
１株当たり純資産額 (円) 106.39 119.31 138.73 134.97 168.10 192.39
― ― ― ― － －
１株当たり配当額
(円)
(１株当たり中間配当額)
（ －） ( －) ( －) ( －) ( －) ( －)
１株当たり当期純利益金額
又は１株当たり当期純損失 (円) 16.54 19.35 22.42 △ 3.90 35.40 27.98
金額(△)
潜在株式調整後
(円) 14.56 17.79 21.33 ― 34.26 27.78
１株当たり当期純利益金額
自己資本比率 (％) 89.4 88.6 86.6 94.8 80.5 93.8
自己資本利益率 (％) 16.9 17.4 17.3 ― 23.4 15.6
株価収益率 (倍) 214.93 238.24 245.76 ― 148.02 90.96
配当性向 (％) ― ― ― ― － －
営業活動による
(千円) 1,530,776 1,022,716 4,480,938 241,982 1,732,733 6,654,708
キャッシュ・フロー
投資活動による
(千円) △ 1,939,399 △ 4,245,393 △ 1,258,726 △ 138,251 △ 1,200,025 △ 2,283,450
キャッシュ・フロー
財務活動による
(千円) 45,580 170,287 28,508 ― △ 237,244 66,067
キャッシュ・フロー
現金及び現金同等物の
(千円) 6,556,679 3,505,349 6,853,150 6,986,722 7,149,358 11,746,529
期末残高
従業員数 (名) 60 83 104 107 128 141
株主総利回り (％) 116.9 151.6 181.3 184.2 172.4 83.7
(比較指標：TOPIX(配当込
(％) ( 132.2 ) ( 145.0 ) ( 133.1 ) ( 149.4 ) ( 160.4 ) ( 180.9 )
み))
7,280
最高株価 (円) 5,780 6,200 6,240 5,760 6,540
□3,605
4,230
最低株価 (円) 3,065 3,290 4,585 3,165 2,445
□3,330
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(注) １．売上高には消費税等は含まれておりません。
２．第11期の持分法を適用した場合の投資損益については、関連会社が存在しないため記載しておりません。
３．第14期の潜在株式調整後１株当たり当期純利益及び自己資本利益率並びに株価収益率については、１株当た
り当期純損失であるため記載しておりません。
４．2017年６月13日開催の当社取締役会の決議に基づき、2017年７月１日付で普通株式１株につき２株の株式分
割を行っております。第11期の期首に当該株式分割が行われたと仮定して１株当たり純資産額、１株当たり
当期純利益金額及び潜在株式調整後１株当たり当期純利益金額を算定しております。
５．第11期より１株当たり当期純利益金額及び潜在株式調整後１株当たり当期純利益金額の算定上の基礎となる
普通株式の期中平均株式については、株式会社日本カストディ銀行（信託Ｅ口）が所有する当社株式を控除
対象の自己株式に含めて算出しております。また、１株当たり純資産額の算定においては、期末発行済株式
総数から控除する自己株式数に含めて算出しております。
６．従業員数は、就業人数であり、使用人兼務役員は含まれておりません。
７．最高・最低株価は、東京証券取引所第一部におけるものであります。
８．□印は株式分割（2017年７月１日付で１株につき２株の割合で株式分割）による権利落後の最高・最低株価
を示しております。
９．2019年９月26日開催の第13期定時株主総会決議により、事業年度の末日を６月30日から12月31日に変更いた
しました。従って、第14期は2019年７月１日から2019年12月31日の６ヶ月間となっております。
２ 【沿革】
当社は、「日本発・世界初の新薬を創出し社会に貢献したい」という創業理念のもと、2006年7月に国立大学法人東
京大学駒場リサーチキャンパス内にある東京大学先端科学技術研究センター（国際・産学共同研究センター）にて設
立されました。技術的には伍していても、事業としては欧米の後塵を拝し、閉塞感のあった日本のバイオ業界に一石
を投じたいという創業時からの思いを起点に、「フレキシザイム技術」に始まる独自の知的財産の強みを生かした独
自のビジネスモデルを構築し、全世界の病気で苦しんでいる方々に「ありがとう」と言ってもらえるバイオ創薬企業
を目指して着実に歩みを進めております。
当社設立以後の主な変遷は、以下のとおりです。
年月 概要
菅裕明（フレキシザイム技術の開発者であり、国立大学法人東京大学教授）、窪田規一（元当社
2006年７月 取締役会長）を創業者として、東京都千代田区にて当社設立（ラボは東京大学先端科学技術研究
センター内）
国立大学法人東京大学とフレキシザイムを中心とした包括的な第三者へのサブライセンス権付き
2006年12月
独占実施・許諾権を取得
ニューヨーク州立大学とフレキシザイム開発に係る基本特許に関して第三者へのサブライセンス
2007年５月
権付き独占実施・許諾権を取得
2009年３月 本社を東京都目黒区（東京大学先端科学技術研究センター内）に移転
本社及びラボ機能を東京都目黒区（国立大学法人東京大学駒場リサーチキャンパスKOL内）に移
2010年４月
転
当社独自の基盤技術である創薬開発プラットフォームシステム（PDPS: Peptide Discovery
Platform System）の確立、及びPDPSを用いた初期の創薬共同研究開発プログラムとして、
2010年10月
Bristol-Myers Squibb社と創薬開発に関する共同研究開発契約を締結
2013年６月
株式会社東京証券取引所マザーズ市場に上場
2015年12月
東京証券取引所市場第一部に市場変更
本社及び研究所を東京都目黒区（国立大学法人東京大学駒場リサーチキャンパスKOL内）から神
2017年７月
奈川県川崎市殿町にある国際戦略拠点「キングスカイフロント」内の新社屋に移転
創業メンバーの一人としてPDPSの基盤技術の確立、及び製薬企業との各種研究開発プログラムを
2017年９月
CSO（チーフ・サイエンス・オフィサー）として統括してきたリード・パトリックが代表取締役
社長に就任
塩野義製薬株式会社及び積水化学工業株式会社と合弁で特殊ペプチド原薬の製造プロセスに関す
2017年９月
る研究開発、製造及び販売を行うCDMO（Contract Development and Manufacturing
Organization：医薬品開発製造受託機関）、ペプチスター株式会社を設立
三菱商事株式会社と細胞培養向け培地の重要成分である、成長因子を代替するペプチドの開発、
2020年４月
製造及び販売を行う合弁会社、ペプチグロース株式会社を設立
富士通株式会社、みずほキャピタル株式会社、株式会社竹中工務店及びキシダ化学株式会社と新
2020年11月
型コロナウイルス感染症治療薬の開発を目的とした合弁会社、ペプチエイド株式会社を設立
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３ 【事業の内容】
(1) 事業概要
当社は、当社独自の創薬開発プラットフォームシステム（*１）であるPDPSを中核とした創薬開発基盤技術を活用
し、国内外の製薬企業との共同研究開発等を通じて、新しい医薬品候補化合物の研究開発を行っております。
当社事業の系統図は、以下のとおりです。なお、当社のセグメントはアライアンス事業のみの単一セグメントであ
ります。
＜事業系統図＞ ※当社見解に基づく/当社作成
(注) 当社の各種売上金の詳細については後述「(3) 当社のビジネスモデルについて」に記載のとおりであります。
当社は、特殊環状ペプチド（*２）をもとにした医薬品開発を中核とした事業を展開しております。「特殊環状ペプ
チド」とは、当社の造語であり、生体内タンパク質を構成する20種類のL体のアミノ酸だけではなく、天然には存在し
ないD体のアミノ酸やN-メチルアミノ酸等 の特殊なアミノ酸（非天然アミノ酸、*３） を含んだ特殊なペプチドを 環状
構造にしたものです 。当社では、後述のとおり創薬に適していると考えられるこの特殊環状ペプチドから医薬品候補
化合物を創製することを主たる事業としております。
特殊環状ペプチドによって創薬開発を行うことを可能にするため、当社は創業以来、創薬開発基盤システムを創り
上げることに注力してまいりました。その成果が、当社独自のPDPSです。当社は、このPDPSにより、多様性を持った
特殊環状ペプチドのライブラリー(ペプチドライブラリー)を作製し、ターゲット（標的分子）に対して高い結合能を
持つ特殊環状ペプチドを短期間でスクリーニング （*４） することができるようになりました。
当社の事業概要は、以下のとおりであります。(A)創薬共同研究開発：当社と製薬企業との間で創薬共同研究開発契
約に基づき製薬企業の興味のあるターゲットに対する共同研究開発を実施します。当社では、PDPSを活用して多様性
のある特殊環状ペプチドライブラリーを作製し、ターゲットに対して高い結合能を持つ特殊環状ペプチドを製薬企業
に提供します。その後製薬企業が提供した特殊環状ペプチドの創薬開発を進め、当社は契約一時金に加え製薬企業の
創薬開発・販売の進捗に応じて、マイルストーンフィーやロイヤルティー等の対価を受領することができます。(B)
PDPS技術ライセンス：製薬企業からのPDPSを当該製薬企業内で実施したいとの要望に応じ、当社では研究開発コラボ
レーションの一環として、PDPS技術の非独占的な実施許諾（技術ライセンス契約、 *５ ）を行っております。実施許諾
契約の締結に伴い、当社は技術ライセンス料（契約一時金）を受け取ることになるほか、PDPSを用いることで創製さ
れた医薬品候補化合物について設定されたマイルストーンフィー及び上市後の売上高に応じたロイヤルティーを受け
取ることができます。(C)戦略的提携による自社パイプラインの拡充(戦略的提携/自社創薬)：当社は、自社で設定し
たターゲットに対する医薬品候補化合物に関するプログラムを複数有しており、これらの研究開発を進めています。
また、世界中の特別な技術を有する製薬企業やバイオベンチャー企業、アカデミア等の研究機関と戦略的提携を実施
し、自社又は共同での研究開発を推進しております。
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(2) 当社の技術について
① 特殊環状ペプチドについて
創薬開発の歴史的スタートは、1897年にバイエル社の研究者によって開発されたアスピリンが市販された1899年だ
とされております。それから100年以上にわたり低分子医薬品（*６）が創薬の中心的なポジションを占めてきまし
た。
その後、欧米のバイオ企業が長期にわたり研究開発を進めた結果、1997年頃から抗体医薬品（*７）が発売され、
2000年代には抗体医薬品の創薬開発が急速に拡大いたしました。
一般的にいわれるペプチド（*８）は、２個～50個の天然アミノ酸が結合して作られた化合物の総称であり、ホルモ
ンや各種伝達物質として働く生体にとって不可欠なものです。ペプチドは生体内で重要な働きを担っていることか
ら、古くから創薬の候補化合物として注目されていました。しかしながら、少数の事例を除き、いくつかの問題点に
より創薬に結びつくまでには至っておりませんでした。これに対し、当社が創出する特殊環状ペプチドは、今までの
一般的なペプチドの医薬品候補化合物としての問題点の多くを解決することにより、医薬品候補化合物としてより適
した特徴を有する可能性があると期待されております。
＜一般的なペプチドと特殊ペプチドの違い＞ ※当社見解に基づく/当社作成
一般的なペプチド 特殊ペプチド
20種類の（天然型）アミノ酸によって構成さ 通常のアミノ酸以外に、特殊なアミノ酸
組成及び構造
れており、多くは線状。 が組み込まれており、多くは環状。
構造安定性(*９) 柔軟であるが、構造をとりにくい。 柔軟であり、構造が安定している。
生体内安定性(*10) 生体内では短時間で分解されてしまう。 生体内でも安定している。
一般的なペプチドよりも高い確率で細胞
細胞膜透過性(*11) 多くの場合、細胞膜は透過できない。
膜を透過できる。
特殊環状ペプチドは低分子医薬品、抗体医薬品と比較して素晴らしい特性があると当社では考えております（次表
＜低分子医薬品と抗体医薬品と比較した特殊環状ペプチドの特徴＞参照）。例えば、低分子医薬品は分子量が相対的
に小さく細胞内標的を含めターゲットの多様性が優位点である一方、ターゲットに対する結合力や特異性が劣り、
ターゲット以外の分子に結合してしまうことなどにより副作用を引き起こしてしまうリスクが相対的に高いことが問
題点となります。
抗体医薬品は、低分子医薬品に比べて分子量が非常に大きいため、細胞外ターゲットしか対象にできず、その多様
性は低いものの、ターゲットに対する結合力や特異性に優れていることが優位点と考えられます。しかし、その分子
量の大きさゆえに細胞内のターゲットに対応できないこと、経口投与ができないこと、生体内で免疫反応を惹起して
しまう（生体が異物と判断してしまう）リスクが相対的に高いこと等の問題点が存在します。
低分子医薬品や抗体医薬品に比べて、特殊環状ペプチドは、分子量で評価すると低分子医薬品よりやや大きい程度
であることや、前述の物質的な特性から、従来の低分子医薬品や抗体医薬品の問題点を低減しながら、同時に双方の
優位点を実現できる可能性があります。
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＜低分子医薬品と抗体医薬品と比較した特殊環状ペプチドの特徴＞ ※当社見解に基づく/当社作成
(注) PPI：タンパク・タンパク相互作用（*12）
現在、世界の多くの大手製薬企業は低分子医薬品・抗体医薬品に続く次世代の創薬開発を目指し、ペプチド医薬
品・核酸医薬品・遺伝子治療薬・細胞医薬品など新規のモダリティ（*13）を活用した積極的な創薬開発を行っており
ます。当社は特殊環状ペプチドを低分子と高分子の双方のメリットを併せ持つ新たな医薬品モダリティとして捉え、
次世代創薬の中心的存在になるものと考えております。
以下に、特殊環状ペプチドが創薬のターゲットとなるタンパク質に結合しているイメージ画像（タンパク質Ｘ線結
晶構造解析、*14）を示します。
医薬品は、創薬のターゲットとなるタンパクに結合し働くこと（生理活性）により、薬としての機能を発揮しま
す。そのため、ターゲットに強く特異的に結合することがまずは重要になります。特殊環状ペプチドのターゲットに
対する結合の一様式を下図に示します。低分子医薬品が点（ポイント）でターゲットを捉えているのに対して、特殊
環状ペプチドは複数のアンカーを複数のポイントに対して打ち込んだ形であるため、低分子医薬品よりもはるかに強
固な結合力を有しております。そのことが、特異性の高さに結び付いております。
＜特殊環状ペプチドの結合：複数点による結合＞ ※当社見解に基づく/当社作成
左図のらせん状の帯の部分が創薬のターゲッ
トとなるタンパクです。そのうえのマッチ棒の
様な集まりが特殊環状ペプチドです。特殊環状
ペプチドはターゲットに対して複数のポイント
（ここでは３ヶ所・点線丸）において結合して
おります。
低分子医薬品の場合はこの結合ポイントが
１ヶ所であるため、結合力に限界があります。
また、１ヶ所の結合ポイントだと他のタンパク
との違いを見出すことも困難になります。これ
は、１桁の暗号数字では特異性（選択性）が低
いということと同じ理屈に例えられます。
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＜特殊環状ペプチドの結合：ターゲットの表面に絡みついて結合している様子＞
※Suga & Nureki Lab.データ
面で創薬ターゲットを捉えるという点では特殊環状ペプチドは抗体医薬品と同様ですが、特殊環状ペプチドには抗
体にない特徴を持たせることも可能です。
＜特殊環状ペプチドの結合２：ターゲットの内側に潜り込んで絡みついて結合している様子＞
※Suga & Nureki Lab.データ
上図は＜特殊環状ペプチドの結合：ターゲットの表面に絡みついて結合している様子＞の図とは異なるターゲット
に対する特殊環状ペプチドのＸ線結晶構造解析結果です。特殊環状ペプチドはターゲットの表面ではなく内側に潜り
込み絡み付くように結合しているのがわかります。一方、抗体医薬品ではその分子量の大きさの問題からこのように
ターゲットの内側に対する結合様式を持つことは困難となります。
特殊環状ペプチドは、創薬ターゲットの特徴に合わせて、特異性が高く、多様な結合形態をとることができる医薬
品候補化合物という特性を有しています。
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② 当社の創薬基盤技術について
a. 当社における創薬基盤技術の全体像
当社はPDPSを基軸とした様々な基盤技術を保有し、下図のとおりPDPSからペプチド合成・精製、構造解析、化合物
最適化へのサイクルを回すことで創薬プロセスを高効率で進めております。PDPSは後述のとおり高い多様性を持つ特
殊環状ペプチドのスクリーニングを迅速に行う技術です。スクリーニングの結果、取得されたヒットペプチドの薬理
効果・薬物動態を評価し、臨床開発に進める医薬品候補化合物まで最適化するにあたり、ペプチド合成・精製技術、
構造解析技術、化合物最適化技術を活用します。
＜当社の創薬基盤技術＞ ※当社見解に基づく/当社作成
b. PDPSについて
当社の中核技術であるPDPSの開発にあたり、多くのハードルを越えなければなりませんでした。これまで、特殊環
状ペプチドの特徴である特殊アミノ酸を組み込んで医薬品候補化合物として活用するためには、多くの時間や労力を
要し、容易ではありませんでした。また、生体（細胞）がペプチドを作るときに組み込めるアミノ酸の種類は20種類
の天然アミノ酸に限られているため、ファージ・ディスプレイ法(*15)や無細胞翻訳系（*16）によっても合成するこ
とができませんでした。当社は、それらの問題点を解決し、特殊環状ペプチドを大規模な創薬ライブラリー（*17）と
して構築できる技術・システムを以下のとおり開発いたしました。
当社の創業者の一人である菅裕明・国立大学法人東京大学教授が、長期にわたる研究の結果、フレキシザイム
（Flexizyme、多目的tRNA（*18）アシル化（*19）RNA触媒（*20））という特殊な酵素を完成しました。
ペプチドが翻訳合成（*21）されるときアミノ酸ごとに１種類の特定のtRNAが結合します。これがアミノアシル結合
と呼ばれる現象です。アミノ酸とtRNAは特定の対の関係になっており、その対の組合せをもとにアミノ酸とtRNAをア
ミノアシル結合させるのがARS（アミノアシルtRNAシンセテース）と呼ばれる酵素（*22）です。ARSもアミノ酸とtRNA
の対の組合せと同じように特定の対の関係があります。アミノ酸・tRNA・ARSの組合せは明確に特定されており、それ
は生物のルールであると考えられていました。さらにそれぞれのARSは20種類の天然アミノ酸にのみ対応しており、特
殊アミノ酸に対応するARSは存在しませんでした。
一方、フレキシザイムは単体でARSに代わり特殊アミノ酸を含むすべてのアミノ酸とtRNAを自由に組合せ結合するこ
とができるスーパー触媒ともいうべき特徴を持っております。それにより、アミノ酸とtRNAの組合せは無限大に近く
なりました。
当社のフレキシザイム技術は、今まで無細胞翻訳系により組み込むことが困難であった特殊アミノ酸を簡単に、そ
して迅速にペプチド合成の中に組み込むことを可能にした独自の技術です。特殊アミノ酸を組み込んだペプチドを創
製することが容易になったことで特殊環状ペプチドは生体内における安定性が増し、分解されにくいという特質を活
かして医薬品としての作用を発揮する素地の一つを整えることになりました。その他、細胞膜の透過性を持つ特殊環
状ペプチドも採れており、細胞内のタンパクをターゲットにすることもできるようになりました。
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続いて、フレキシザイム技術で創製できるようになった特殊環状ペプチドを次の表＜医薬品候補化合物の多様性の
比較＞のとおり、多様性（数や種類）を持ったライブラリーとして構築するFIT（Flexible In-vitro Translation）
システムの開発を行いました。
低分子医薬品のライブラリーの多様性を１としたとき、おおよその値として、抗体医薬品はその１万倍程度の多様
性を持ち、特殊環状ペプチドは低分子医薬品の１億倍程度の多様性を有しています。ライブラリーの多様性は、医薬
品としての候補化合物を含んでいる可能性を高めるため、多様性が大きくなればなるほど、医薬品候補化合物発見の
可能性も高くなります。この多様性の比較からも、当社の特殊環状ペプチドライブラリーは、まだ見ぬ医薬品候補化
合物を生み出す大きな可能性を持っているものと考えております。（現在、当社ではさらなる改良を加えて独自の翻
訳合成系として活用しています。）
＜医薬品候補化合物の多様性の比較＞ ※当社見解に基づく/当社作成
ライブラリーの種類 多様性 多様性の比較イメージ
4 5
低分子医薬品 1
10 ～ 10
8 10
抗体医薬品 10,000
10 ～ 10
12 14
特殊環状ペプチド医薬品 100,000,000
10 ～ 10
(注) 「多様性の比較イメージ」は左記「多様性」における下端の値をとっております。
さらに、特殊環状ペプチドを短期間でスクリーニングするためにRAPID（RAndom Peptide Integrated Discovery）
ディスプレイシステムを構築しました。
従来のライブラリーに比べて格段の多様性を持っている特殊環状ペプチドライブラリーを活用するためには、数千
億から兆単位の数の特殊環状ペプチドを効率的かつ高速、正確にスクリーニングする必要があります。
当社は、FITシステムの特徴を最大限に生かし活用するために、独自にRAPIDディスプレイシステムを開発しまし
た。RAPIDディスプレイシステムは、無細胞翻訳系において合成された特殊環状ペプチドの特徴を生かして、ターゲッ
トに対して結合力・特異性・選択性の秀でた特殊環状ペプチドを短期間でスクリーニングできる高速のスクリーニン
グシステムです。（現在、当社ではさらなる改良を加えて独自のディスプレイシステムとして活用しています。）
フレキシザイム技術とFITシステムを組合せ、多様性を持つ特殊環状ペプチドライブラリーを短時間で構築するシス
テムを作り上げ、さらに特殊環状ペプチドライブラリーを高速スクリーニングすることを目的として開発したRAPID
ディスプレイシステムと組み合わせた独自の創薬開発プラットフォームシステムが当社の中核的な基盤技術である
PDPSです。
c. PDPSを起点とした3つの創薬アプローチ
当社では上述のペプチド創薬基盤技術を活用し、３つの創薬アプローチを用いております。１つめはスクリーニン
グにより取得されたヒットペプチドをそのまま特殊環状ペプチド医薬品として研究開発を進めるアプローチです。２
つめはヒットペプチドを用い低分子医薬品を開発するアプローチです。ヒットペプチドが結合したターゲットの構造
解析を行うことにより、どのように特殊環状ペプチドが働いているのかを詳細に理解することができます。これらの
情報をもとに、最先端の計算化学技術を活用することで低分子医薬品をデザインすることが可能となってきておりま
す。３つめのアプローチは、特殊環状ペプチドそのものを医薬品として利用するのではなく、結合力や特異性などの
特徴を利用し、生体内の特定の部位や臓器に別の薬剤を送達するキャリア（運び屋）として利用するというもので、
PDC（*23）と当社では呼んでおります。複数の抗体薬物複合体（ADC）がすでに上市されていますが、特殊環状ペプチ
ドは抗体と同様の特異性の高さを持つ一方、サイズが小さく化学的に合成できるという利点を持つことから、当社で
はPDCについて高いポテンシャルを有するものと認識しております。
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＜当社の創薬アプローチ＞ ※当社見解に基づく/当社作成
＜PDC医薬品とは＞ ※当社見解に基づく/当社作成
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③ 知的財産権（特許等）について
当社は先端研究開発型製薬企業であり、知的財産権の開発、維持、発展は重要な経営課題と認識しております。
次の図は、当社の特許ポートフォリオ（*24）の概念図です。この図のように当社の特許ポートフォリオは、フレキ
シザイム技術開発に関わる特許をコアにして、周囲を取り囲むように関連する複数の特許・発明で固めることによ
り、特許（技術）が単独のものとして孤立することなく、特許ポートフォリオを同心円状に強化することが可能にな
りました。概念図中「ライブラリー特許」とあるのは、各種、特殊環状ペプチドライブラリーを作成する技術等を含
み、これらにより特殊環状ペプチドの可能性を拡大するとともにポートフォリオを強化することができます。ライブ
ラリーの発明は、今後、研究開発の進展によりさらに増加させていくことが可能と考えております。
概念図中「ノウハウ特許」とあるのは、特定の機能を持った特殊環状ペプチドをスクリーニングする技術ノウハウ
であり、各種機能を持ちうる特殊環状ペプチドを特定の機能に絞り込み、スクリーニングの段階で選別することが可
能になりました。
概念図中「物質特許」とあるのは、研究途上で発見された特殊環状ペプチドの物質特許（発明）であります。当社
の通常の共同研究活動では、特殊環状ペプチドの物質特許（発明）は、創薬開発権利金の支払いと引き換えに、クラ
イアントに対し提供されます。
ライブラリー特許（発明）、ノウハウ特許（発明）、物質特許（発明）に関しては随時権利化（出願）を進めてお
ります。
＜当社の特許ポートフォリオの概念図＞ ※当社見解に基づく/当社作成
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PDPSの基盤技術となる特許・発明の詳細は次の表のとおりです。
＜当社の特許ポートフォリオ＞
発明の名称 出願人 出願国 出願・特許番号
US Patent 8,188,260 B2
米国（登録）
国立大学法
多目的アシル化触媒とその用途 EP Patent 1964916
欧州（登録）
人東京大学
特許第5119444号
日本（登録）
US Patent 8,557,542 B2
米国（登録）
N末端に非天然骨格をもつポリペプチドの翻訳合成と 国立大学法
EP Patent 2088202 B1
欧州（登録）
その応用 人東京大学
特許第5200241号
日本（登録）
US Patent 9,090,668 B2
EP Patent 2141175 B1
米国（登録）
国立大学法
環状ペプチド化合物の合成方法 欧州（登録） EP Patent 2990411 B1
人東京大学
日本（登録）
EP Patent 3012265 B1
特許第5605602号
US 2012208720 A1
US 2020199579 A1
米国（出願中）
ペプチド翻訳合成におけるRAPIDディスプレイ法 当社 欧州（登録）
EP Patent 2492344 B1
日本（登録）
特許第5174971号
特許第5837478号
US Patent 9,701,993 B2
米国（登録）
EP 2610348 A4
国立大学法 欧州（出願中)
新規人工翻訳合成系（FIT システム）
人東京大学 日本（登録）
特許第5725467号
中国（登録）
CN Patent 103189522 B
US Patent 9410148 B2
N-メチルアミノ酸およびその他の特殊アミノ酸を含 米国（登録）
国立大学法
む特殊ペプチド化合物ライブラリーの翻訳構築と活 欧州（登録） EP Patent 2615455 B1
人東京大学
性種探索法 日本（登録）
特許第5818237号
US Patent 10195578 B2
米国（登録）
ペプチドライブラリーの製造方法、ペプチドライブ 国立大学法
欧州（登録） EP Patent 2647720 B1
ラリー、及びスクリーニング方法 人東京大学
日本（登録）
特許第6206943号
US Patent 9657289 B2
米国（登録）
US Patent 10435439 B2
安定化された二次構造を有するペプチド、及びペプ 国立大学法 欧州（登録）
EP Patent 2647721 B1
チドライブラリー、それらの製造方法 人東京大学
日本（登録）
特許第6004399号
中国（登録）
CN Patent 103328648 B
US Patent 10711268 B2
米国（登録）
当社
ペプチドライブラリの製造方法、ペプチドライブラ
国立大学法
欧州（登録） EP Patent 2995683 B1
リ、及びスクリーニング方法
人東京大学
日本（登録）
特許第6440055号
US Patent 10234460 B2
米国（登録）
大環状ペプチド、その製造方法、及び大環状ペプチ 国立大学法
欧州（出願中) EP 3040417 A4
ドライブラリを用いるスクリーニング方法 人東京大学
日本（登録）
特許第6754997号
US Patent 10745692 B2
米国（登録）
当社
荷電性非タンパク質性アミノ酸含有ペプチドの製造
国立大学法
欧州（登録） EP Patent 3031915 B1
方法
人東京大学
日本（登録）
特許第6357154号
米国（出願中）
US 2020308572 A1
欧州（出願中）
EP 3699276 A1
Dアミノ酸の取り込みを増強するｔＲＮＡのＤ及びＴ 国立大学法
日本（出願中）
アームの改変 人東京大学
JP WO2019077887 A1
シンガポール
SG 11202003483S A
（出願中）
Ｎ－メチルアミノ酸の取り込みを増強するｔＲＮＡ 国立大学法 日本(出願中) 特開2021-78428
のＴステムの改変 人東京大学 WO2021/100833
PCT(出願中)
(注) 上図の「特許」には特許登録されているものと出願中のものがあります。
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(3) 当社のビジネスモデルについて
事業概要に記載のとおり、当社は創薬共同研究開発、PDPS技術ライセンス、戦略的提携/自社創薬という複数のビジ
ネスモデルを組み合わせることにより、リスクを分散し成功確率を高めるとともに製薬企業からの様々な要望に対応
できるものとなっております。
当社の基本的な共同研究開発契約は、クライアントからターゲットを受領し、そのターゲットごとにプロジェクト
を設定し、順調に研究開発が進めば一連の複数カテゴリーの売上が立つように設計されております。
次の図＜当社における一般的な研究開発の流れと各ステップで発生する可能性のある収益項目＞は、当社がクライ
アント企業と共同研究開発契約を締結する場合の一般的な当社の売上カテゴリーの流れを示したものです。
当社では、PDPSを使うことに対する対価（テクノロジカルアクセスフィー）としてまず「契約一時金」を受領する
ことを原則としております。さらにその後の研究開発にかかる対価としてターゲットごとに「研究開発支援金」を原
則として前受にて受領しております。当社は、これらの金額を初期のディスカバリーステップ時に受領しているた
め、事業展開の早期から売上を生み出すことができます。
当社がクライアントに対し、あらかじめ定められた一定の条件をクリアした特殊環状ペプチドを提供した後は、医
薬品候補化合物に係る開発の主体はクライアントに移行します。また、当社は研究・開発・販売の過程においてあら
かじめ決められた一定のクライテリアを達成した場合「マイルストーンフィー」を受領することになります。さら
に、最終的に上市された医薬品としての売上金額に対して、一定の料率を乗じて得られる額を「売上ロイヤル
ティー」として受領します。
PDPS技術ライセンスにおいては、クライアントにPDPS技術の非独占的な実施許諾を行い、その対価として「技術ラ
イセンス料（契約一時金）」を受領します。さらにクライアントがPDPSを用いることで創製された医薬品候補化合物
についてあらかじめ設定された「マイルストーンフィー」及び上市後の売上高に応じた「売上ロイヤルティー」を受
け取ることができます。
戦略的提携/自社創薬は自社又は自社と戦略的提携先と共同で研究開発活動を実施し、臨床開発及び事業化のために
製薬企業等にライセンスを行うことを目指します。
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当社のビジネスモデルの典型的な例を下図に示します。
＜当社における一般的な研究開発の流れと各ステップで発生する可能性のある収益項目＞
PDPS
創薬共同研究開発 戦略的提携/自社創薬
技術ライセンス
契約一時金 〇 〇 〇
研究開発支援金 〇
非臨床マイルストーンフィー
ステップ１ 〇
ステップ２ 〇
ステップ３ 〇 〇
創薬開発権利金（又は知的財産譲
〇
渡）
臨床開発マイルストーンフィー
治験申請提出 〇 〇
第１相・臨床試験開始 〇 〇 〇
第２相・臨床試験開始 〇 〇 〇
第３相・臨床試験開始 〇 〇 〇
新薬承認申請提出 〇 〇 〇
米国にて新薬承認 〇 〇 〇
欧州にて新薬承認 〇 〇 〇
日本にて新薬承認 〇 〇 〇
売上ロイヤルティー 〇 〇 〇
販売マイルストーンフィー 〇 〇 〇
当社は、多くの研究開発プログラムを３つのビジネスモデルを組み合わせて実施することで、リスクを分散し成功
確率を高めることができると考えております。自社創薬においては戦略的に有望なターゲットを選定し、それに対す
る特殊環状ペプチド医薬品やPDCキャリアを生み出すことでより将来の価値の拡大につながるものと考えております。
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＜用語解説＞
創薬開発プラットフォーム 創薬開発において、もととなる医薬品候補化合物を創出するための基盤とな
*１
システム る技術をシステムとして機能するようにしたもの。
天然の20種類のアミノ酸のみならず、特殊アミノ酸と呼ばれる天然アミノ酸
*２ 特殊環状ペプチド 以外のアミノ酸を組み込んだ、一般には６～20アミノ酸残基からなる環状構
造のペプチド。
*３ 非天然アミノ酸 20種類の天然アミノ酸以外のアミノ酸。
*４ スクリーニング 集団の中から探索条件にあうものを選択すること。
特許の実施権は独占的通常実施権と非独占的通常実施権があり、独占的通常
実施権は他社に実施権を付与しない旨の特約がついており、より強い効力を
*５ 実施許諾
持っている。加えて第三者サブライセンス権を持つことにより、最も強固な
特許契約となる。
分子の大きさ（分子量）が1,000未満の化学的に合成された低分子化合物によ
*６ 低分子医薬品
る創薬の総称。
*７ 抗体医薬品 医薬品として抗体を活用した創薬の総称。
アミノ酸が２つ以上結合してできた分子の総称。一般のペプチドは６～50ア
*８ ペプチド
ミノ酸残基からなり、さらに大きくなったものがタンパク質と呼称される。
立体構造等、形状が安定した構造のこと。通常のペプチドはアミノ酸が線状
*９ 構造安定性 につながった構造をしており、柔軟な構造であるが故に形状が安定していな
い例が多い。
生体内にはペプチド結合を加水分解するタンパク質分解酵素（ペプチダー
*10 生体内安定性
ゼ）があり、通常のペプチドは容易に分解されてしまう。
細胞内部の分子をターゲットとする場合、細胞の外側構造である細胞膜を透
*11 細胞膜透過性
過して内部へと浸透する必要がある。
タンパク・タンパク相互作 生体内のタンパク質分子間に起こる相互作用。PPIと呼ばれる。各種の生理作
*12
用 用が生じるため、PPI阻害剤など創薬ターゲットとして注目されている。
医療分野では、医薬品の種類やタイプ、治療手段を表す言葉として使用され
*13 モダリティ る。特殊環状ペプチドを用いた医薬品のほか、核酸医薬品、遺伝子治療、細
胞治療、再生医療などが新しい創薬モダリティとして注目されている。
タンパク質Ｘ線結晶構造解 タンパク質の立体構造を解明するために、タンパク質を結晶化させ、Ｘ線を
*14
析 照射したことで得られる反射（回析という）データをもとに解析する方法。
バクテリオファージ（ウイルス）の表面に抗体やペプチドを発現させたライ
*15 ファージ・ディスプレイ法 ブラリーを作製し、特定のターゲットに対して結合する分子をスクリーニン
グする手法。
遺伝情報から細胞内でペプチドやタンパクが合成されるメカニズムが翻訳系
*16 無細胞翻訳系 （翻訳合成）と呼ばれている。このメカニズムを、細胞を使わずに試験管内
で再現した実験方法。
創薬ターゲットに対して結合する医薬品候補化合物（低分子や抗体や特殊環
*17 創薬ライブラリー
状ペプチド等）をスクリーニングするときに利用する化合物の集団。
運搬RNAと呼ばれており、遺伝子情報からペプチドやタンパク質がリボソーム
*18 tRNA
で合成されるときに、アミノ酸を運搬する機能を持ったRNA（リボ核酸）。
アミノアシル結合を実行するために、アミノ酸のアミノ基等の水素原子をア
*19 アシル化
シル基で置換する働き。
自身は変化しないまま、接触する周りの物質の化学反応を促進あるいは抑制
*20 触媒
する物質。
*21 翻訳合成 mRNAの情報に基づいて、タンパク質を合成する反応のこと。
*22 酵素 生体で起こる化学反応に対して触媒として機能する分子のこと。
ペプチド-薬物複合体（Peptide Drug Conjugate）のことであり、ペプチドと
*23 PDC
薬理効果を持つ化合物を化学的に結合させた複合体。
業界における技術動向を踏まえたうえで。自社が保有する特許群の評価を行
い、全体として自社特許群の強み・弱みを分析、判断する際に活用する指標
*24 特許ポートフォリオ のこと。特許ポートフォリオを利用することで、自社の特許群をさらに強固
なものに作り上げることができ、ひいては自社が保有する複数の特許群でさ
らに強い対外的な守りを作り上げることができる。
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４ 【関係会社の状況】
資本金
議決権の所有
又は 主要な事業
（又は
名称 住所 関係内容
出資金
被所有）
の内容
割合(％)
(千円)
(関連会社)
細胞培養向
け成長因子
代替ペプチ 直接 役員の兼任
ペプチグロース株式会社 東京都千代田区 1,049,000
ドの開発、 39.5 営業上の取引
製造及び販
売
医薬品の研
神奈川県川崎市川 究、開発、 直接 役員の兼任
ペプチエイド株式会社 100,000
崎区 製造、販売 39.4 営業上の取引
及び輸出入
(注) 有価証券届出書又は有価証券報告書を提出している会社はありません。
５ 【従業員の状況】
(1) 提出会社の状況
2021年12月31日 現在
従業員数(名) 平均年齢(歳) 平均勤続年数(年) 平均年間給与(千円)
141 37.7 3.7 8,826
事業部門の名称 従業員数(名)
研究開発部門 126
全社(共通) 15
合計 141
(注) １．従業員数は、契約社員を含む就業人員であります。
２．全社(共通)と記載されている従業員数は、管理部門の従業員であります。
３．平均年間給与は、賞与及び基準外賃金を含んでおります。
４．単一セグメントであるため、事業部門別の人数を記載しております。
５．前事業年度末に比べ従業員数が13名増加しております。主な理由は、業容の拡大に伴い期中採用が増加した
ことによるものであります。
(2) 労働組合の状況
労働組合は結成されておりませんが、労使関係は円満に推移しております。
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第２ 【事業の状況】
１ 【経営方針、経営環境及び対処すべき課題等】
(1) 経営方針
当社は、PDPSを活用し、特殊環状ペプチドによる創薬を完成させることにより、アンメット・メディカル・ニーズ
（未だ有効な治療方法がない医療ニーズ）に応え、世界中にいる疾病で苦しむ方々に貢献することを目的とし、「低
分子医薬品」、「抗体医薬品」に次ぐ第三の「特殊環状ペプチド医薬品」市場の創成に寄与し、世界の医療の進歩に
貢献してまいります。
(2) 経営戦略等
当社独自のPDPSを活用した３つの事業戦略：①創薬共同研究開発契約、②PDPS技術ライセンス、③戦略的提携/自社
創薬の拡充を進めてまいりました。現在は、非臨床ステージにおける自社ケイパビリティ拡張によって、自社パイプ
ラインの開発を加速させるとともに、より一層、パートナー企業の多様なニーズに応えることができる体制を構築し
ております。また、医薬品やPDC領域での有望な自社独自ターゲットを含めて、自社の強みを活かせる領域において戦
略的、選択的に面の拡大を進めてまいります。特殊環状ペプチドの可能性については、従来の医薬品や診断薬の領域
のみならず、広くヘルスケア領域全般で期待が寄せられており、当社ビジネスモデルとフィットの観点から優先順位
を付けつつ、その可能性を最大化してまいります。
(3) 経営上の目標の達成状況を判断するための客観的な指標
当社は、収益性の向上を目指しており、経営指標として売上高、営業利益及び営業利益率を重視しております。
2022年12月期は売上高13,000百万円以上、営業利益6,500百万円以上、売上高営業利益率50.0％を目標としておりま
す。
(4) 会社の対処すべき課題
当社は、PDPSを活用して、国内外の製薬企業と共同研究開発契約を締結し、特殊環状ペプチドを活用した創薬を進
めております。
当社では、当社が継続企業（ゴーイングコンサーン）として成長し続けるために対処しなければならない課題を以
下のように考えております。
（営業活動における課題）
当社は、国内外の製薬企業と友好的かつ経済的な相互関係（共同研究開発体制）を築いており、今後さらなる共同
研究開発契約も見込まれています。滞りのない共同研究開発体制を維持・拡大するために研究開発体制の整備・充実
と連動した戦略的な営業活動が重要だと考えております。
（研究開発活動における課題）
当社は、創薬開発プラットフォームシステム：PDPS（Peptide Discovery Platform System）を保有・活用してお
り、現時点においては大きな技術的優位性があると考えております。また、PDPSより創出される特殊ペプチドの活用
は大きな可能性を秘めております。現在、当社では特殊ペプチド医薬品とともに、特殊ペプチドを基にしたPDC
（Peptide Drug Conjugate: ペプチド-薬物複合体）や低分子医薬品の開発を進めております。当社は、自社技術の優
位性を確保し続けるため、国内外の製薬企業及び研究機関等との共同研究を推進しつつ、今後も自社内における研究
開発及びその体制の強化を進めてまいります。
（内部管理・統制における課題）
当社は、継続企業（ゴーイングコンサーン）としての企業体質を構築するためには、コーポレート・ガバナンスの
強化が重要な課題の一つであると認識しております。経営の効率化を図り、経営の健全性、透明性を高め、長期的、
安定的かつ継続的に株式価値を向上させることが、株主の皆様をはじめ、すべてのステークホルダーの皆様から信頼
をいただく条件であると考え、俊敏さも兼ね備えた全社的に効率化された組織についても配慮しながらも業務執行の
妥当性、管理機能の効率性・有効性を心がけ、改善に努めてまいります。
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２ 【事業等のリスク】
当社の事業展開その他に関するリスク要因となる可能性があると考えられる主な事項を記載しております。ま
た、当社として必ずしも重要なリスクと考えていない事項及び具体化する可能性が必ずしも高くないと想定される
事項についても、投資判断の上で又は当社の事業活動を理解する上で重要と考えられる事項については、投資家に
対する積極的な情報開示の観点から開示しております。当社は、これらのリスク発生の可能性を認識した上で、発
生の回避及び発生した場合の対応に努める方針でありますが、リスクの発生をすべて回避できる保証はございませ
ん。また、以下の記載内容は当社のリスクすべてを網羅するものではございませんのでご留意ください。
なお、本項記載の将来に関する事項は、本書提出日現在において当社が判断したものであり、不確実性を内包し
ているため、実際の結果とは異なる可能性もございます。
(1) リスク管理体制
当社のリスク管理体制は以下のとおりです。
＜会社の機関・内部統制の関係図＞
詳細については、 「第４ 提出会社の状況 ４ コーポレート・ガバナンスの状況等 (１) コーポレート・ガバナ
ンスの概要 ③企業統治に関するその他の事項 b リスク管理体制」をご参照ください。
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(2) 主要な事業等のリスク
経営者が経営成績等に重大な影響を及ぼす可能性があると認識している主要な事業等のリスクは下記のとおりで
あります。各リスクについて発生可能性、影響度の観点から評価した結果を一元的に管理するために、同一のリス
クマップに掲載しております。
＜主要な事業等のリスク一覧＞ ※当社見解に基づく/当社作成
リスク No 内容
１ 特殊環状ペプチドの医薬品の可能性
(ⅰ)事業環境に関するリスク
２ 技術革新
特殊環状ペプチド医薬品をベースにした事業である
３
こと
複数の製薬企業との共同研究開発の実施しているこ
４
と
５ 収益計上
６ 法的な紛争の可能性
(ⅱ)事業内容に関するリスク
７ 経営上の重要な契約
８ 共同研究開発契約先への依存
９ 自社パイプライン(自社創薬)
10 他社との戦略的提携・企業買収等の成否
11 特許の取得・出願状況
(ⅲ)知的財産権に関するリスク
12 職務発明に対する社内対応
13 医薬品開発の不確実性
14 副作用発現
(ⅳ)医薬品の研究開発事業一般に関するリスク 15 薬事法その他の薬事に関する規制
16 製造物責任
17 医薬品行政
(ⅴ)人材及び組織に関するリスク 18 人材確保・人材流出
19 新株予約権の行使による株式価値の希薄化
20 配当政策
21 情報管理
22 サイバー攻撃
23 外国為替相場の変動
(ⅵ)その他に関するリスク
24 感染症等の発生
地球環境に対する安全性や気候変動による自然災害
25
等の発生
26 CDMOへの出資
27 保有投資有価証券
28 風説・風評の発生
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＜主要な事業等のリスクマップ＞ ※当社見解に基づく/当社作成
(ⅰ) 事業環境に関するリスク
(１) 特殊環状ペプチドの医薬品としての可能性について
当社の特殊ペプチドは、タンパク質の合成に利用される20種類のL体のアミノ酸のみならず、特殊アミノ酸と呼
ばれるD体のアミノ酸やNメチルアミノ酸等を含んでいます。この性質により、当社は多様性のある特殊ペプチド
のライブラリーを作製することができ、その中からターゲットタンパクに対して強い結合力・特異性を有し、高
い生体内安定性を保ち、細胞膜透過性をも有する特殊ペプチドを創製することができます。
このような特質から、当社の特殊ペプチドは、新たな医薬品候補物質として期待されており、製薬会社との契
約に結びついております。
当社の創薬開発プラットフォームシステム（PDPS）が稼働を開始したのは、2010年であります。医薬品は基礎
研究から製造販売承認等を取得するまでに、通常、多大な開発費用と10年以上の長い年月を必要とします。当社
の特殊ペプチド創薬開発技術は、まだ生まれて日が浅いため、当社の特殊ペプチドからこれまでに新薬が承認さ
れた実績はございません。（ただし、自然界に存在する特殊アミノ酸を組み込んだ有機化合物から新薬が承認さ
れた実績があります。たとえば、1983年にスイスのSandoz（サンド）社から発売された免疫抑制剤「Sandimmun
（サンディミュン）」は、ノルウェー南部のハルダンゲル高原の土壌から発見された真菌が産生していた特殊な
構造のペプチド（シクロスポリン）から作られています。）
将来において、当社の特殊ペプチドによる新薬開発実績が生み出せなかった場合や当社の特殊ペプチド創薬技
術がクライアントの医薬品開発に貢献できない事態が生じた場合には、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及
ぼす可能性がございます。
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(２) 技術革新について
当社の創薬開発プラットフォームシステム（PDPS）は、特殊ペプチドを医薬品候補物質として運用するために
必要となる一連の技術（（A）特殊ペプチドを創製し、（B）低分子医薬及び抗体医薬を超える多様性を持ったラ
イブラリーを構築し、（C）高速でスクリーニングを行う技術。）を組み込んでおり、この（A）から（C）のいず
れの技術をとってみても、同じくペプチドを医薬品候補物質として扱っている他社の技術と比べ、優位性を保っ
ているものと考えております。
しかしながら、技術は日々進歩するものであり、当社の特許技術に抵触しない技術をもって当社PDPSを上回る
技術が開発されることも考えられます。
当社としては、PDPSを継続的に発展させるため、研究開発を積極的に実施し、PDPSに必要な知的財産権の確保
に努めていく方針でありますが、当社PDPSを上回る技術が開発された場合には、当社の競争優位性が低下する結
果、当社の希望する条件でクライアントとの間で契約を締結することができなくなる可能性が増加するなど、当
社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
(ⅱ) 事業内容に関するリスク
(３) 特殊環状ペプチド医薬品をベースにした事業であることについて
当社は、従来、特殊ペプチド医薬に特化して事業を展開しておりました。そのため、当社の創薬開発プラット
フォームシステム（PDPS）により創製される特殊ペプチドは、新規性・進歩性を有するオリジナリティの高いも
のであり、容易に代替技術が生まれて当社の存在価値が危ぶまれるような事態になることは想定し難いと考えて
おりますが、特殊ペプチドに対する製薬企業の評価が変化した場合や当社の特殊ペプチド創薬技術がクライアン
トの医薬品開発に貢献できない事態が生じた場合には、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がご
ざいます。
近時は特殊ペプチドを探索マーカーとして活用することによって、低分子医薬の開発につなげることができる
ことがわかっており、PDPSの応用範囲が以前に比べて大幅に拡がっております。そのため、特殊ペプチドに特化
していた事業内容が変わりつつあり、特殊ペプチドをベースとしてPDPSを創薬研究開発の基盤として当業界に広
めていき、特殊ペプチドのみならず低分子医薬の開発にも活用していこうという展開を試みています。こうし
た、低分子医薬の開発に貢献できない事態が生じた場合には、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能
性がございます。
(４) 複数の製薬企業との共同研究開発を実施していることについて
当社の共同研究開発契約先の製薬会社は、それぞれ独自の創薬開発ターゲットを保有しており、当社はその研
究開発について提案を受けて推進していくことになりますが、まれに各製薬企業間で創薬開発ターゲットが競合
してしまうことがございます。競合が生じた際は、当社が各製薬企業との間に立って差配することによって、ト
ラブルを未然に防止しており、現在までにトラブルが生じた事例はございません。
しかし、今後、その調整が困難になる事態が生じた場合、当社は新たな共同研究開発契約や新たなターゲット
タンパクが獲得できないなど、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
(５) 収益計上について
当社の共同研究開発契約に係る売上カテゴリーは、原則として（A）契約一時金（テクノロジカルアクセス
フィー）に始まり順次、（B）研究開発支援金、（C）追加研究開発支援金、（D）創薬開発権利金、（E）非臨
床・臨床開発マイルストーンフィー、（F）売上ロイヤルティー、（G）販売マイルストーンフィーで構成されて
おります。
（A）契約一時金（テクノロジカルアクセスフィー）、（B）研究開発支援金及び（C）追加研究開発支援金は当
社の事業活動に依拠する部分が大きいものの、特に（B）及び（C）について、クライアントの方針転換等の影響
を受けてプロジェクトが終了し、それ以降の収益が計上できないことがございます。また、（A）は、相対的に
（B）及び（C）よりも額が大きく、一度に売上が計上されるため、当社の経営成績は（A）の計上に少なからず影
響を受けることになります。（D）創薬開発権利金や（E）各種マイルストーンフィーに至っては、クライアント
における業務の進行状況に大きく依存するものであり、当社でのコントロールは極めて困難な売上カテゴリーで
す。
そのため、当社の計画に対してクライアントにおける研究開発の進捗が遅れた場合やクライアントの研究開発
方針に変更等があった場合、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
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(６) 法的な紛争の可能性について
当社は、事業を展開する上で、第三者の権利若しくは利益を侵害した場合又は侵害していない場合でも相手側
が侵害したと考える場合には、損害賠償等の訴訟を提起されるなど法的な紛争が生じる可能性がございます。
本書提出日現在、法的な紛争は生じておりませんが、今後、当社と第三者との間に法的な紛争が生じた場合、
紛争の解決に労力、時間及び費用を要するほか、法的紛争に伴うレピュテーションリスクにさらされる可能性が
あり、その場合、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
また、将来的な事業展開においては、他社が保有する特許権等への抵触により、事業上の制約を受けるなど、
当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
さらに、これまでのところ当社が製薬企業と共同研究開発した特殊ペプチド医薬品が上市にまで至った事例は
未だございませんが、今後、万一、当社が共同研究開発に携わった医薬品において健康被害が引き起こされた場
合には、そのネガティブなイメージにより、当社及び当社の創薬開発プラットフォームシステム（PDPS）に対す
る信頼性に悪影響が生じ、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
(７) 経営上の重要な契約について
当社の事業展開上、重要と思われる契約が、当該契約が解除又はその他の事由に基づき終了した場合又は契約
の相手方の経営方針が変更された場合には、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
なお、共同研究開発契約に係る金員（当社から見たときは売上に該当）は、原則として当社が前金として受領
しており、これらの金員について当社は契約が中途終了する場合でも返還義務を負っておりません。その反面、
共同研究開発契約先は、契約の解除について任意（自由）に実行することができる契約内容となっております。
(８) 共同研究開発契約先への依存について
当社アライアンス事業における収益は、ほとんどが共同研究開発契約先（クライアント）からのものでありま
すが、今後、これらのクライアントとの間で新たな標的分子に係る共同研究開発が開始されない場合や、共同研
究開発の結果がクライアントの要求水準を満たせない場合には、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可
能性がございます。
また、当社がライセンスアウトしたリード化合物は、クライアントが主体となって臨床試験及び承認申請を行
うことになりますが、その進捗と結果が当社の事業戦略及び経営成績に大きな影響を及ぼします。当社は、ライ
センスアウト後もクライアントをサポートいたしますが、臨床試験及び承認申請はクライアントが主体となって
実施するものであり、当社でコントロールすることはできません。したがって、臨床試験及び承認申請の進捗が
当社の予期しない事由により遅滞することや、臨床試験及び承認申請が断念される等の可能性がございます。
さらに、製造販売承認後の販売計画はクライアントに依存しており、クライアントの経営方針や販売計画の変
更、経営環境の悪化等により販売計画を達成できない等の可能性がございます。
そのほか、医薬品の研究開発には多額の資金が必要となることから、当業界においては組織再編やM&Aが盛んで
あり、クライアントにおいて組織再編が実施されることや、競合他社を買収する（競合他社から買収される）こ
となど、業界における競争の構図が短期間に塗り替えられる可能性がございます。こうした大規模な企業組織再
編が当社のクライアントに生じた場合、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
(９) 自社パイプライン（自社創薬）について
当社では、特殊ペプチドの特性を活かした自社パイプライン（自社創薬）の研究開発を進めております。
現在のところ、開発の方向性としては、特殊ペプチドを医薬品として活用するアプローチと特殊ペプチドの持
つ優れた選択性を活かして他の薬剤を誘導するPDC（Peptide Drug Conjugate）薬剤を開発するアプローチをとっ
ております。また、特殊ペプチドを探索マーカーとして活用することによって、低分子医薬の開発につなげるこ
とができることから、自社パイプラインにおいても低分子医薬品の開発に着手しております。
自社パイプラインについては、研究開発が順調に進展し、臨床試験まで当社の負担で実施する場合には、多額
の開発費用を要する状態になる可能性がございます。また、自社パイプラインの研究開発が順調に進展しない場
合には、将来の事業化のオプションを一部失う可能性がございます。
(10) 他社との戦略的提携・企業買収等の成否について
当社は、競争力の強化及び事業分野の拡大等のため、他社の事業部門の譲受け、他社の買収、他社との業務提
携、合弁会社の設立、他社への投資等の戦略的提携など（以下「戦略的提携等」といいます。）を行うことがご
ざいます。こうした戦略的提携等については、パートナー企業との思惑に相違が生じて提携・統合が円滑に進ま
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ない可能性や当初期待していた効果が得られない可能性、投資した金額の全部又は一部が回収できない可能性等
がございます。また、パートナー企業が当社の利益に反する決定を行う可能性があり、パートナー企業が事業戦
略 を変更した場合など、当社は戦略的提携等の関係を維持することが困難になる可能性もあり、当社の事業戦略
及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
(ⅲ) 知的財産権に関するリスク
(11) 特許の取得・出願状況について
当社は事業において様々な発明及び特許権を実施しておりますが、これらは当社、国立大学法人東京大学又は
ニューヨーク州立大学により登録済みになっているものと審査中のものがございます。
しかしながら、出願中の発明すべてについて特許査定がなされるとは限りません。また、特許権を設定登録し
た場合でも、特許異議申立制度により請求項が無効化される可能性がございます。また、特許権侵害訴訟の提起
や特許無効審判が請求されるなど特許権に係る法的な紛争が生じ、当社が実施する権利に何らかの悪影響が生じ
る可能性がございます。また、当社が実施する特許権を上回る優れた技術の出現により、当社が有する特許権に
含まれる技術が陳腐化する可能性がございます。こうした事態が生じた場合には、当社の事業戦略及び経営成績
に影響を及ぼす可能性がございます。
その他、当社は、国立大学法人東京大学又はニューヨーク州立大学が出願人である発明又は特許権に関して、
契約により第三者サブライセンス権付き独占実施・許諾権を獲得しておりますが、当該契約の内容が変更される
場合や、期間満了や解除等により契約が終了した場合等にも、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能
性がございます。
(12) 職務発明に対する社内対応について
当社の役職員等が創出した職務発明について特許を受ける権利を取得したときは、当社は、当該職務発明の発
明者である役職員等に対し、特許法に定める「相当の利益」を支払うことになります。当社では、その取扱いに
ついて社内規則等でルールを定めており、役職員等への周知及び運用を強化しております。しかしながら、職務
発明の取扱いにつき、相当の利益の支払請求等の問題が生じた場合には、当社の事業戦略及び経営成績に影響を
及ぼす可能性がございます。
(ⅳ) 医薬品の研究開発事業一般に関するリスク
(13) 医薬品開発の不確実性について
一般に医薬品の開発には多額の研究開発投資と長い時間を要するだけでなく、その成功確率も他産業に比して
著しく低い状況にあります。研究開発の初期段階において有望だと思われる化合物であっても、前臨床試験や臨
床試験の過程で有用な効果を発見できないこと等により研究開発が予定通りに進行せず、開発の延長や中止の判
断をされることがございます。開発を延長した場合には、追加の資金投入が必要になるほか、特許権の存続期間
満了までの期間が短くなり、投資した資金の回収に影響を及ぼします。また、開発を中止した場合には、それま
でに投じた研究開発資金が回収できなくなることになります。
(14) 副作用発現について
医薬品は、臨床試験段階から上市後に至るまで、予期せぬ副作用が発現する可能性がございます。これら予期
せぬ副作用が発現した場合、信用力の失墜、訴訟の提起等により、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす
可能性がございます。
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(15) 薬事法その他の薬事に関する規制について
医薬品業界は、研究、開発、製造及び販売のそれぞれの事業活動において、各国の薬事法（わが国においては
「医薬品医療機器等法」）及びその他の関連法規等により、様々な規制を受けております。
現在のところ、当社のパイプラインは研究開発段階にあり、わが国の厚生労働省、アメリカ食品医薬品局
(FDA)、欧州医薬品庁(EMA)等から上市のための認可は受けておりませんが、今後、各国の薬事法等の諸規制に基
づいて医薬品の製造販売承認申請を行い、承認を取得することを目指しております。
そのため、自社のパイプラインについて上記の規制をクリアするための体制整備が求められることになりま
す。また、各国の薬事法及びその他の関連法規等は随時改定がなされるものであり、これらの変化が当社の生み
出す特殊ペプチドにとって有利又は不利に働くことや、さらなる体制の整備・変更を求められる可能性が考えら
れます。
こうした規制への対応が当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼすことになります。
(16) 製造物責任について
医薬品の開発及び製造には、製造物責任のリスクが内在しています。将来、開発したいずれかの医薬品が健康
障害を引き起こし、又は臨床試験、製造、営業若しくは販売において不適当な事象が発見された場合、当社は製
造物責任を負うこととなり、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
また、製造物責任賠償請求がなされることによるネガティブなイメージにより、当社及び当社の医薬品に対す
る信頼に悪影響が生じ、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
(17) 医薬品行政について
医療用医薬品の販売価格は、日本及びその他各国政府の薬価に関する規制の影響を受けます。当社では、これ
までのところ自社で臨床試験を実施したことがなく、早期に開発候補化合物をクライアントに導出する方針を採
用しております。そのため、当社は薬価戦略についてはクライアントに依存しており、日本及びその他各国政府
の薬価政策の影響を間接的に受ける立場にあります。当社の開発候補化合物が上市された場合において、当該医
薬品にとってネガティブな薬価改定やその他の医療保険制度の改定があった場合は、当社の事業戦略及び経営成
績に影響を及ぼす可能性がございます。
(ⅴ) 人材及び組織に関するリスク
(18) 人材確保・人材流出について
当社は、創薬基盤技術の深化、創薬研究開発の進展を図るには、研究開発分野における専門的な知識・技能を
もった優秀な人材の確保が必要であると考えております。
当社の想定した人材の確保に支障が生じた場合、又は優秀な人材の社外流出が生じた場合には、当社の事業戦
略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
(ⅵ) その他に関するリスク
(19) 新株予約権の行使による株式価値の希薄化について
当社は、役員及び従業員に対し新株予約権を付与しております。これらの新株予約権が権利行使された場合、
当社株式が新たに発行され、既存の株主が有する株式の価値及び議決権割合が希薄化する可能性がございます。
本書提出日現在、 権利行使が可能な状態にある新株予約権による潜在株式数はございません。
(20) 配当政策について
当社は配当による株主様への利益還元も重要な経営課題だと認識しております。
当社は、将来においても安定的な収益の獲得が可能であり、かつ、研究開発資金を賄うに十分な利益が確保で
きる場合には、将来の研究開発活動等に備えるための内部留保充実の必要性等を総合的に勘案した上で、利益配
当についても検討してまいります。
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(21) 情報管理について
当社の事業は、クライアントである製薬企業からターゲットタンパクの情報を預かる立場にあります。そのた
め、当社は、当社の従業員との間において顧客情報を含む会社の情報に係る誓約書を徴求し、会社情報の漏えい
の未然防止に努めております。
しかしながら、万一顧客の情報を含む会社の情報が外部に漏えいした場合は、当社の信用低下を招き、当社の
事業等に影響を及ぼす可能性がございます。
(22) サイバー攻撃について
近年、サイバー攻撃はこれまで以上に技術が高度化し、攻撃手法も多様化・巧妙化しております。このような
状況を踏まえ、当社はサイバーセキュリティに関するリスクを最重要リスクの一つと認識し、ネットワーク及び
設備の監視を始めとする各種サイバー攻撃対策を実施し、その管理には万全を期しております。
しかしながら、これらの対策にもかかわらず、サイバー攻撃やそれに伴う深刻なシステム障害等により実質的
に当社事業が中断する等、当社の事業等に影響を及ぼす可能性がございます。
(23) 外国為替相場の変動について
当社のクライアントには海外の製薬企業が多いことから、売上高の多くが外国通貨建て（主に米ドル建て）と
なっており、為替変動の影響を受けます。したがって、為替相場が変動した場合には、当社の財政状態及び経営
成績に影響を及ぼすことになります。
(24) 感染症等の発生について
当社は、事業活動や研究開発活動に必要な設備及び機能が本社・研究所に集中しており、在宅勤務等へのシフ
トによって本社研究所以外の場所で継続できる業務が一部のオフィス業務に限定されます。感染症対策としてオ
フィス内の衛生管理の強化や「密な接触機会」の回避を図る取り組みを継続して実施すること等により、社員お
よびすべての関係取引先、並びにそのご家族の皆様の感染リスク軽減に引き続き努めておりますが、指定感染症
等が発生し、本社・研究所の一時閉鎖等の不測の事態が発生した場合には、当社の事業戦略及び経営成績に影響
を及ぼす可能性がございます。
(25) 地球環境に対する安全性や気候変動による自然災害等の発生について
当社の研究開発の過程等で使用する化学物質の中には、人体や環境に悪影響を与える物質が含まれておりま
す。当社は、研究開発活動で使用する環境汚染物質のモニタリングを実施しておりますが、万が一、汚染物質に
よる人への暴露、土壌汚染、大気汚染、水質汚染等が発生した場合、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼ
す可能性があります。
また当社は、神奈川県川崎市川崎区殿町に本社・研究所を設置しており、事業活動や研究開発活動に関する設
備及び人員が現所在地に集中しております。周辺には多摩川が流れており、気候変動に伴う洪水や津波などの水
害等の自然災害が発生し、当社設備の損壊、各種インフラの供給制限等の不測の事態が発生した場合には、当社
の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
(26) CDMO（Contract Development and Manufacturing Organization：医薬品開発製造受託機関）への出資につ
いて
当社は、2017年９月に塩野義製薬株式会社・積水化学工業株式会社とともに合弁会社としてCDMO（商号：「ペ
プチスター株式会社 」。以下「ペプチスター」といいます。）を大阪府摂津市に設立いたしました。
現在、特殊ペプチド医薬品の研究開発が国内外の製薬企業において進められていますが、高品質な特殊ペプチ
ド原薬を低コストで安定供給できるCDMOが世界的に見ても存在しておりません。こうした状況のもと、特殊ペプ
チド医薬品について専門的な技術を持つCDMOを設立することは、当社の事業の推進に、ひいては特殊ペプチド医
薬品市場の拡大に貢献できるものと考えております。合弁事業に参画する各国内企業が持つ最先端技術をこのペ
プチスターに戦略的に結集することで、特殊ペプチド医薬品の開発・販売に係るボトルネックの解消を目指して
まいります。
当社は、ペプチスターに対し19億円の出資をしており、また、当社はペプチスターの債務に対して債務保証を
しております。そのため、当社が投資時点において想定したとおりにペプチスターが事業を展開できない場合、
株式の減損処理が発生するなど、当社の財政状態及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
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(27) 保有投資有価証券について
当社では、共同研究開発を加速させる目的で投資有価証券を保有しております。投資有価証券の評価は、株式
発行会社の財政状態・経営成績等の状況によって判断されるため、実質価額の低下により減損処理を行うことと
なった場合には、投資有価証券評価損の計上により当社の経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
(28) 風説・風評の発生について
当社や当社の関係者、当社の取引先等に対する否定的な風説や風評が、マスコミ報道、アナリストレポートや
インターネット上の書き込み等により発生・流布した場合、それが正確な事実に基づいたものであるか否かにか
かわらず、当社の社会的信用に影響を与える可能性がございます。当社や当社の関係者、当社の取引先等に対し
て否定的な風説・風評が流布した場合には、そのネガティブなイメージにより、当社に対する信頼性に悪影響が
生じ、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性がございます。
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３ 【経営者による財政状態、経営成績及びキャッシュ・フローの状況の分析】
当事業年度における当社の財政状態、経営成績及びキャッシュ・フロー（以下、「経営成績等」という。）の状況
の概要並びに経営者の視点による当社の経営成績等の状況に関する認識及び分析・検討内容は次のとおりでありま
す。
なお、文中の将来に関する事項は、本書提出日現在において当社が判断したものであります。
(1) 経営成績
当事業年度において、当社独自の創薬開発プラットフォームシステムであるPDPSを活用した３つの事業戦略：①
創薬共同研究開発契約、②PDPS技術ライセンス、③戦略的提携/自社創薬の拡充を進めてまいりました。
１つ目の事業戦略であるPDPSを活用した国内外の製薬企業との創薬共同研究開発契約については、2021年２月17
日に、当社はBayer社との間で進行中の創薬共同研究開発プログラムにおいて、２つ目のプログラムがヒットペプチ
ドとして設定されていたクライテリア（共同研究開発先と合意している生物活性及び物性等の基準の総称）を達成
したことを発表いたしました。
2021年４月５日に、当社はBayer社との間で進行中の創薬共同研究開発プログラムにおいて、１つ目のプログラム
がリードペプチドとして設定されていたクライテリアを達成したことを発表いたしました。
2021年７月27日に、当社は武田薬品工業株式会社の米国子会社である武田ファーマシューティカルズUSA社との間
で、両社の共同研究及び独占的ライセンス契約の枠組みを拡大し、慢性神経変性疾患において重要な役割を担う複
数の中枢神経系（CNS）ターゲットについてペプチド-薬物複合体（PDC医薬品）の創製に向けた取組みを進めること
を発表いたしました。
2021年７月30日に、当社はAlnylam Pharmaceuticals社（以下 Alnylam社）と、肝臓以外の組織へRNAi治療薬をデ
リバリーする複数のペプチド-siRNA複合体の創製・開発に関する共同研究開発契約を締結いたしました。当社と
Alnylam社は低分子干渉RNA（small interfering RNA、siRNA）を様々な細胞や組織に選択的にデリバリーするた
め、ターゲットとなる細胞表面の受容体に特異的に結合するペプチドの同定及び最適化を共同で実施いたします。
２つ目の事業戦略であるPDPSの技術ライセンスについては、2021年12月31日現在、10社；Bristol-Myers Squibb
社（2013年）、Novartis社（2015年）、Ely Lilly社（2016年）、Genentech社（2016年）、塩野義製薬株式会社
（2017年）、Merck社（2018年）、ミラバイオロジクス株式会社（2018年）、大鵬薬品工業株式会社（2020年）、
Janssen社（2020年）、小野薬品工業株式会社(2021年)との間で非独占的なライセンス許諾契約を締結しておりま
す。
2021年３月１日に、当社は小野薬品工業株式会社（以下 小野薬品）との間で、PDPSの自動化プラットフォームを
用いた運用に関して、小野薬品に対する非独占的ライセンス許諾契約（以下 技術ライセンス契約）を締結いたしま
した。小野薬品はPDPSの技術ライセンス契約としては10社目となりますが、PDPSの自動化プラットフォームを用い
た運用に特化した技術ライセンス契約としては２社目となります。
2021年９月29日に、Janssen社よりマイルストーンフィーを受領しました。Janssen社とは、2020年12月にPDPSの
非独占的ライセンス・技術移転許諾契約を締結しております。
３つ目の事業戦略は、世界中の高い技術力を有する創薬企業・バイオベンチャー企業及びアカデミア等の研究機
関と戦略的提携を組むことで、自社の医薬品候補化合物（パイプライン）の拡充を図ることが狙いです。当社はこ
れまで11社（JCRファーマ株式会社、モジュラス株式会社、Sosei Heptares、Biohaven Pharmaceuticals社、日本メ
ジフィジックス株式会社、ポーラ化成工業株式会社、JSR株式会社、三菱商事株式会社（ペプチグロース株式会
社）、RayzeBio社、ペプチエイド株式会社、Amolyt Pharma社）及び川崎医科大学、ビル＆メリンダ・ゲイツ財団と
の戦略的提携を発表しております。
三菱商事株式会社とは、2021年７月29日に、ペプチグロースからの第一号製品として、HGFと同等レベルの受容体
に対する活性と細胞増殖の特性を示すHGF代替ペプチド（PG-001）の販売を開始いたしました。また、2021年11月よ
り第二号製品としてTGFβ1阻害ペプチド（PG-002）の販売を開始いたしました。ペプチグロースは、同時並行で複
数の代替ペプチドの開発を進めており、2022年12月期第１四半期にはPG-003の販売開始を予定しております。
RayzeBio社とは、2021年６月10日に複数のプログラムが進捗し医薬品候補化合物が選定されたことに伴って２回
目のマイルストーンフィーを当社が受領したことを発表いたしました。2022年12月期第２四半期には、最初の臨床
候補化合物について発表できるものと考えております。
ペプチエイド株式会社（以下 ペプチエイド）は、 2021年11月に新型コロナウイルス感染症治療薬の開発候補品で
あるPA-001)に関する非臨床試験を完了させ、2022年２月より、臨床研究法に基づく早期探索的臨床研究を開始いた
しました。当社とペプチエイドは、PA-001に関心をもつ製薬企業との間でパートナリングや導出の可能性を積極的
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に協議しております。
Amolyt Pharma社（以下 Amolyt社）とは、2021年９月９日に、Amolyt社が成長ホルモン受容体拮抗薬(GHRA)候補
ペプチド化合物に関するライセンスオプションを行使し、当社は、Amolyt社に対して全世界を対象とする開発・商
業化の権利をライセンスいたしました。最適化に成功した先端巨大症に対する治療薬候補化合物（AZP-3813）は、
既存薬であるソマトスタチンアナログによる治療で十分な効果が得られない患者さんに対して、同剤との併用を想
定した開発が実施されます。Amolyt社は、IND準備試験を開始しており、2022年中の臨床入りを目標にしています。
以上の結果、当事業年度における 売上高は9,365,964千円 (前年同期比 2,311,289千円減少 )、 営業利益4,418,143千
円 (前年同期比 2,573,180千円減少 )、 経常利益4,774,477千円 (前年同期比 2,201,799千円減少 )、 当期純利益
3,606,407千円 (前年同期比 841,949千円減少 )となりました。
当事業年度の業績は、2021年２月10日に公表した業績予想に対して、当事業年度中に見込んでおりました新たな
創薬共同研究開発契約の締結時期がずれ込んだこと等により、売上高、営業利益、経常利益については期初予想の
達成に至りませんでした。一方、当期純利益につきましては、各種コスト削減等の積み重ねにより、期初の業績予
想通りの結果となりました。
なお、当社の事業は単一のセグメントであるため、セグメント別の記載を省略しております。
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生産、受注及び販売の実績は、次のとおりであります。
① 生産実績
当社は生産を行っておりませんので、記載を省略しております。
② 受注実績
当社のアライアンス事業による共同研究は受注形態をとっておりませんので、記載を省略しております。
③ 販売実績
当事業年度における販売実績は、次のとおりであります。
当事業年度
(自 2021年１月１日
セグメントの名称
至 2021年12月31日 )
販売高(千円) 前年同期比(％)
アライアンス事業 9,365,964 △19.8
合計 9,365,964 △19.8
(注) １．上記の金額には、消費税等は含まれておりません。
２．主な相手先別の販売実績及び当該販売実績の総販売実績に対する割合
前事業年度
(自 2020年１月１日
至 2020年12月31日 )
相手先
販売高 割合
(千円) (％)
甲社 2,609,425 22.4
乙社 2,556,800 21.9
丙社 1,525,311 13.1
丁社 1,393,636 11.9
当事業年度
(自 2021年１月１日
至 2021年12月31日 )
相手先
販売高 割合
(千円) (％)
イ社 1,961,715 21.0
ロ社 1,431,245 15.3
ハ社 1,119,885 12.0
(注）当社顧客との共同研究開発契約においては秘密保持条項が存在するた
め、社名の公表は控えさせて頂きます。
(2) 財政状態
当事業年度末における総資産は前事業年度末に比べ、 352,439千円増加 し、 26,619,168千円 となりました。この主
な要因は、売掛金が4,844,642千円減少したものの、現金及び預金が4,597,171千円、関係会社株式が943,265千円等
増加したことによるものであります。
負債は前事業年度末に比べ、 3,429,151千円減少 し、 1,620,573千円 となりました。この主な要因は、未払金
1,581,632千円、未払法人税等1,666,804千円等減少したことによるものであります。
純資産は前事業年度末に比べ、 3,781,590千円増加 し、 24,998,595千円 となりました。この主な要因は、当期純利
益による利益剰余金が 3,606,407 千円等増加したことによるものであります。
(3) キャッシュ・フローの状況
当事業年度における現金及び現金同等物の残高は、前事業年度末に比べ 4,597,171千円増加 し、 11,746,529千円 と
なりました。
当事業年度における各キャッシュ・フローの状況とそれらの要因は、次のとおりであります。
営業活動によるキャッシュ・フローは、法人税等の支払額2,391,619千円等があったものの、税引前当期純利益の
計上4,823,652千円、売上債権の減少額4,844,642千円等により、 6,654,708千円の収入 (前年同期比 4,921,974千円の
収入増加 )となりました。
投資活動によるキャッシュ・フローは、関係会社株式の取得による支出943,265千円、有形固定資産の取得による
支出1,185,973千円等により、 2,283,450千円の支出 (前年同期比 1,083,424千円の支出増加 )となりました。
財務活動によるキャッシュ・フローは、新株予約権の行使による株式の発行による収入44,940千円、新株予約権
の発行による収入21,490千円等により、 66,067千円の収入 (前年同期は237,244千円の支出)となりました。
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(4) 資本の財源及び資金の流動性
財務政策につきましては、当社の事業活動の維持拡大に必要な資金は、手許資金で賄っております。
主な資金需要につきましては、運転資金として製造原価、研究開発費を含む販売費及び一般管理費等がありま
す。また、設備資金として、研究開発のための設備投資等があります。
有価証券報告書提出日現在において支出が予定されている重要な資本的支出はありません。
(5) 重要な会計方針及び見積り
当社の財務諸表は、わが国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠して作成しております。
その作成には経営者による会計方針の選択・適用、資産・負債や収益・費用の報告金額及び開示に影響を与える見
積りを必要とします。経営者は、これらの見積りについて、過去の実績等を勘案し合理的に判断しておりますが、
実際の結果は見積り特有の不確実性があるため、これらの見積りと異なる可能性があります。
当社の財務諸表で採用する重要な会計方針は、「第５ 経理の状況 ２財務諸表等 (１)財務諸表 注記事項(重要な
会計方針）」に記載しておりますが、次の重要な会計方針が財務諸表作成における重要な判断と見積りに大きな影
響を及ぼすと考えております。
① 投資有価証券の減損処理
投資有価証券の評価方法については、時価のある有価証券については時価法を、時価のない有価証券については
原価法を採用しています。保有する有価証券につき、時価のあるものは株式市場の価格変動リスクを負っているこ
と、時価のないものは投資先の業績状況等が悪化する可能性があること等から、合理的な基準に基づいて投資有価
証券の減損処理を行っています。
この基準に伴い、将来の市況悪化または投資先の業績不振等により、現状の簿価に反映されていない損失又は簿
価の回収不能が発生し、減損処理が必要となる可能性があります。
② 繰延税金資産の回収可能性の評価
繰延税金資産については、将来の課税所得を合理的に見積り、回収可能性を十分に検討し、回収可能見込額を計
上しています。しかし、繰延税金資産の回収可能見込額に変動が生じた場合には、繰延税金資産の取崩し又は追加
計上により利益が変動する可能性があります。
なお、新型コロナウイルス感染症による当社への影響は、収束時期の見通しが不透明な状況であり、事業によっ
てその影響や程度が異なるものの、提出日現在においては、当事業年度末の見積りに大きな影響を与えるものでは
ないと想定しております。
今後の新型コロナウイルス感染症の広がりに伴う経済活動への影響等には不確定要素も多いため、想定に変化が
生じた場合、当社の財政状態、経営成績に影響を及ぼす可能性があります。
(6) 経営方針、経営戦略、経営上の目標の達成状況を判断するための客観的な指標等
経営方針・経営戦略、経営上の目標の達成状況を判断するための客観的な指標等につきましては、「第２ 事業の
状況１．経営方針、経営環境及び対処すべき課題等 （３）経営上の目標の達成状況を判断するための客観的な指
標」に記載のとおりであります。
当事業年度においては、売上高11,000,000千円以上、営業利益5,000,000千円以上、売上高営業利益率45.5％以上
を目標としておりましたが、売上高9,365,964千円、営業利益4,418,143千円、売上高営業利益率47.2％となり、売
上高営業利益率は目標を上回る結果となったものの、売上高及び営業利益は目標を下回る結果となりました。引き
続きこれらの指標について、向上できるよう努めてまいります。
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４ 【経営上の重要な契約等】
(1) 基盤技術に関する独占ライセンス契約
相手先の名称
ニューヨーク州立大学 国立大学法人東京大学
Patent License Agreement（独占ライセンス契
契約名称 独占ライセンス契約
約）
①許諾内容 ①許諾内容
第三者に対する再実施権を含めた独占実施・ 第三者に対する再実施権を含めた独占実施・
許諾権 許諾権
主な契約内容 ②対象となる特許・発明 ②対象となる特許・発明
下表参照 下表参照
③契約期間 ③契約期間
下表参照 下表参照
対象発明の名称 出願者 出願日 登録日 登録/公開番号 契約期間
特許第4745577号
2000年11月22日
2011年５月20日
ニ ュ ー 2007年３月21日
US 7,001,723 B1
Catalytic RNAs with
1999年11月24日 2006年２月21日
ヨーク州 から特許権の存続
EP 1232285 B1
Aminoacylation Activity 2008年６月４日
2000年11月22日
立大学 期間終了の日まで
2011年２月８日
CA 2391433
2000年11月22日
特許第4464684号
2003年２月18日
2010年２月26日
Ribozymes with Broad
ニ ュ ー 2007年３月21日
US 7,622,248 B2
2002年２月15日 2009年11月24日
tRNA Aminoacylation ヨーク州 から特許権の存続
EP 1483282 B1
2009年７月29日
2003年２月18日
立大学 期間終了の日まで
Activity
2012年４月17日
CA 2476425
2003年２月18日
特許第5119444号
2005年12月６日 2012年11月２日
国立大学
2006年12月１日
多目的アシル化触媒とその
US 8,188,260 B2
法人東京 2006年12月５日 2012年５月29日
から特許権の存続
用途
大学
EP 1964916 B1
2006年12月５日 2012年８月１日
期間終了の日まで
特許第5200241号
2006年11月17日
Ｎ末端に非天然骨格をもつ 国立大学 2013年２月22日
2006年12月１日
US 8,557,542 B2
ポリペプチドの翻訳合成と 法人東京 2007年11月13日 2013年10月15日
から特許権の存続
その応用 大学 2013年８月21日
EP 2088202 B1
2007年11月13日
期間終了の日まで
特許第5605602号
2014年10月15日
US 9,090,668 B2
2007年３月26日
国立大学 2015年７月28日
2008年２月１日
環状ペプチド化合物の合成
EP 2141175 B1
法人東京 2016年７月27日
2008年３月26日
から特許権の存続
方法
大学 2017年５月３日 EP 2990411 B1
2008年３月26日
期間終了の日まで
2017年６月28日
EP 3012265 B1
特許第5725467号
2010年８月27日
2015年５月27日
国立大学
2011年３月１日
US 9,701,993 B2
2011年８月26日
2017年７月11日
新規人工翻訳合成系 法人東京
から特許権の存続
― EP 2610348 A4
2011年８月26日
大学
期間終了の日まで
2015年９月８日 CN 103189522 B
2011年８月26日
N-メチルアミノ酸及びその
特許第5818237号
2010年９月９日 2015年11月18日
他の特殊アミノ酸を含む特 国立大学 2011年３月10日
US 9,410,148 B2
殊ペプチド化合物ライブラ 法人東京 2011年９月８日 2016年８月９日 から特許権の存続
リーの翻訳構築と活性種探 大学 期間終了の日まで
EP 2615455 B1
2011年９月８日 2017年11月１日
索法
特許第6004399号
2016年10月５日
2010年12月３日
安定化された二次構造を有
US 9,657,289 B2
2017年５月23日
国立大学 2011年３月１日
2011年12月５日
するペプチド、及びペプチ
US 10,435,439 B2
法人東京 から特許権の存続
2019年10月８日
ドライブラリー、それらの
2011年12月５日
大学 期間終了の日まで
EP 2647721 B1
2019年２月27日
製造方法
2015年９月８日
2015年11月25日 CN 103328648 B
ペプチドライブラリーの製
特許第6206943号
2010年３月12日
2017年10月４日
国立大学 2011年３月10日
造方法、ペプチドライブラ
US 10,195,578 B2
法人東京 2011年12月５日 から特許権の存続
2019年２月５日
リー、及びスクリーニング
大学 期間終了の日まで
2019年６月19日 EP 2647720 B1
2011年12月５日
方法
特許第6332965号
2018年５月11日
特許第6516382号
2012年３月９日
アゾリン化合物及びアゾー 国立大学 2019年４月26日
2011年３月10日
US 10,197,567 B2
ル化合物のライブラリー、 法人東京 2012年３月９日 2019年２月５日
から特許権の存続
EP 2684952 B1
並びにその製造方法 大学 2018年12月５日
2012年３月９日
期間終了の日まで
―
EP 3460059 A9
2012年６月６日 ― 特開2018-99129
pH依存的に標的分子に結合 国立大学 2012年８月１日
US 9,574,190 B2
するペプチドのスクリーニ 法人東京 2013年６月６日 2017年２月21日 から特許権の存続
ング方法 大学 EP 2868744 B1 期間終了の日まで
2013年６月６日 2018年10月24日
国立大学
2013年３月８日
MATE活性阻害ペプチド 法人東京 2012年７月31日 2017年11月15日 特許第6229966号
から特許権の存続
大学
期間終了の日まで
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対象発明の名称 出願者 出願日 登録日 登録/公開番号 契約期間
2014年３月７日 特許第6257054号
2017年12月15日
国立大学 2013年３月８日
ヘテロ環を含む化合物の製
US 10,329,558 B2
法人東京 2014年３月７日
2019年６月25日
から特許権の存続
造方法
大学 EP 2966174 B1
2018年２月21日
2014年３月７日
期間終了の日まで
大環状ペプチド、その製造
2013年８月26日 特許第6754997号
国立大学 2020年８月27日 2013年８月１日
方法、及び大環状ペプチド
US 10,234,460 B2
法人東京 2014年８月26日 2019年３月19日 から特許権の存続
ライブラリを用いるスク
大学 ― EP 3040417 A4 期間終了の日まで
2014年８月26日
リーニング方法
2014年10月15日 特許第6426103号
2018年11月２日
国立大学
2014年３月１日
ｃ－Metタンパク質アゴニ
US 9,994,616 B2
2018年６月12日
法人東京 2014年10月15日
から特許権の存続
スト
大学 EP 3059244 B1
2020年８月26日
2014年10月15日
期間終了の日まで
2015年２月３日 特許第6643763号
2020年１月９日
国立大学
2014年３月１日
アゾール誘導体骨格を有す
US 9,783,800 B2
2017年10月10日
法人東京 2015年２月３日
から特許権の存続
るペプチドの製造方法
大学 EP 3103881 A4
―
2015年２月３日
期間終了の日まで
国立大学
法人東京
特許第6656661号
2020年２月７日
2016年３月１日
大学、国
US 20190247457A1
プレキシンの結合調節剤 2016年６月16日 ―
から2022年３月31
立大学法
― EP 3473262 A1
日まで
人大阪大
学
JP WO2019077887
Ｄ－アミノ酸及びβ－アミ ―
A1
国立大学
2018年３月１日か
ノ酸の取り込みを増強する ―
US 2020308572 A1
法人東京 2018年８月28日
ら特許権の存続期
ｔＲＮＡのＤ及びＴアーム ―
大学 EP 3699276 A1
間終了の日まで
の改変 ―
SG 11202003483S A
Ｎ－メチルアミノ酸の取り 国立大学
2021年５月26日か
― 特開2021-78428
込みを増強するｔＲＮＡの 法人東京 2019年11月19日
ら特許権の存続期
― WO2021/100833
Ｔステムの改変 大学
間終了の日まで
(注) 上記契約の対価として一定料率のロイヤルティーを支払っております。
(2)合弁契約
相手先の名称 合弁会社名 事業内容 設立年月日
塩野義製薬株式会社 特殊ペプチド原薬の研究開発、
ペプチスター株式会社 2017年９月１日
積水化学工業株式会社 製造及び販売
細胞治療・再生医療等製品の製
造等に使用される、細胞培養向
三菱商事株式会社 け培地の重要成分である、成長
ペプチグロース株式会社 2020年４月１日
因子を代替するペプチドの開
発・製造・販売
富士通株式会社
みずほキャピタル株式会社 新型コロナウイルス感染症治療
ペプチエイド株式会社 2020年10月14日
株式会社竹中工務店 薬の開発
キシダ化学株式会社
(3)株式取得に関する契約
当社は、2021年９月２日開催の取締役会において、富士フイルム株式会社（以下、富士フイルム）から、富士フイ
ルムの子会社であるFTP株式会社（現PDRファーマ株式会社）の全株式を取得して子会社化することについて決議し、
同日付で株式譲渡契約を締結いたしました。なお、本株式の譲渡は、2022年３月28日に実施する予定です。
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５ 【研究開発活動】
当社の研究開発は、当社独自のPDPSを活用することによる自社創薬及び世界中の特別な技術を有する創薬企業、バ
イオベンチャー企業、アカデミア等と戦略的な提携を組むことで、自社のパイプライン拡充を図っております。
2018年以降、PDPSのヒット化合物の最適化やプロファイリング（*25）の機能を拡充し、自社においてヒット化合物
の創出から前臨床試験の実施までを行える体制を整えてまいりました。
*25：医薬品候補化合物の薬効や毒性などの性質を細胞や動物を用いて確認すること
2021年10月、Biohaven Pharmaceuticals社と共同研究開発を行っている「BHV-1100（ARM）+ 自家NK細胞」が第１a/
１b相臨床試験の最初の被検者への投与及び被験者登録を完了いたしました。この臨床試験では、造血幹細胞移植前に
測定可能残存病変（MRD）が陽性である多発性骨髄腫の被検者において、安全性、忍容性、探索的有効性に関する評価
を実施しております。これは、当社の戦略的提携による自社パイプラインにおける最初の臨床試験入りとなりまし
た。
また、当社関連会社であるペプチエイド株式会社で新型コロナウイルス感染症に対する治療薬候補として研究開発
を進めているPA-001に関して、2021年11月に非臨床試験を完了し、2022年２月より臨床研究法に基づく早期探索的臨
床研究（以下、「臨床研究」）が実施されております。
自社創薬においては、PDC関連プログラムの拡大についても注力しております。2016年２月よりＪＣＲファーマ株式
会社と開始した共同研究において見出した、血液脳関門（BBB）を通過し脳組織及び筋肉組織へ医薬品候補化合物を届
けることを可能とするトランスフェリン受容体（TfR）結合ペプチド（キャリアペプチド）について、武田薬品工業株
式会社（以下 武田薬品）と2020年12月に神経筋疾患領域における包括的な共同研究及び独占的ライセンス契約したこ
とに続き、2021年７月に中枢神経系（CNS）疾患における複数のターゲットに対する共同研究及び独占的ライセンスを
実施いたしました。
自社パイプラインについての2021年の主な進捗は下表のとおりです。
ターゲット/
適応症 モダリティ 主な進捗
作用機序
・Biohaven社との戦略的提携プログラ
ム
CD38 多発性骨髄腫 PDC
・2021/10より自家NK細胞との同時投与
による第1a/1b相臨床試験を開始
・当社関連会社であるペプチエイドに
よる自社プログラム
S2 Protein
COVID-19 Peptide ・2022/1より安全性・薬物動態の検討
antagonist
を目的とした健常男性を対象とする臨
床研究を開始
・自社プログラム
・ライセンス活動と並行して予防的処
HA Protein
インフルエンザ Peptide 方や、パンデミック対応（備蓄薬）と
antagonist
しての活用が可能な次世代型PD-001の
開発を遂行中
・Amolyt社との戦略的提携プログラム
・2021/9に当社からAmolyt社にライセ
GhR antagonist
先端巨大症 Peptide
ンス、2022年中の臨床試験入りを目指
す
・川崎医科大学との共同研究を実施す
Myostatin
デュシェンヌ型筋ジ る自社プログラム
Peptide
ストロフィー ・2023年の臨床試験入りを目指し、臨
antagonist
床入りに向けた試験段階に移行
・2021/7に武田薬品工業とCNS疾患にお
ける複数のターゲットに対する提携を
中枢神経系疾患
実施、その他パートナー候補との交渉
TfR binder
PDC
を継続中
神経筋疾患
・2020/12に武田薬品工業と包括的な提
携を実施
・Sosei Heptaresとの戦略的提携プロ
グラム
・2021/5に経口投与に適した新規ペプ
PAR2 antagonist
炎症性腸疾患 Peptide
チドの創製に成功、炎症性腸疾患等の
消化器疾患における炎症・疼痛に対す
る経口治療薬として前臨床試験を進め
る
・モジュラス社との戦略的提携プログ
ラム
c-Kit
アレルギー性疾患 低分子 ・キナーゼに対する選択的低分子阻害
antagonist
剤を当社のPDPS技術で得られたヒット
ペプチドの活用により開発
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・自社プログラム
・他のサイトカイン阻害ペプチドと結
IL17 自己免疫疾患 Peptide 合させ、バイスペシフィック/マルチス
ペシフィック(*26)ペプチドの開発を目
指す
・自社プログラム
・医薬品用途の権利をライセンス済
（提携先非公表）
c-Met agonist
急性脊髄損傷他 Peptide ・再生医療・細胞医薬品を生産する際
の成長因子の代替としての商品開発を
当社と三菱商事の合弁会社であるペプ
チグロースが実施
・自社プログラム
・再生医療・細胞医薬品を生産する際
TGFb antagonist
がん他 Peptide の成長因子の代替としての商品開発を
当社と三菱商事の合弁会社であるペプ
チグロースが実施
*26：機能を有するペプチドの複数の組み合わせ
こうした活動の結果、当事業年度における研究開発費は 1,638,591 千円、売上高研究開発費比率は17.5％となりまし
た。
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第３ 【設備の状況】
１ 【設備投資等の概要】
当事業年度の設備投資については、研究開発の充実・強化などを目的として総額 1,300,118 千円の設備投資を実施い
たしました。
２ 【主要な設備の状況】
2021年12月31日 現在
帳簿価額(千円)
事業所名 セグメント 従業員
設備の内容
(所在地) の名称 数(名)
工具、器具 土地
建物 構築物 合計
及び備品 (面積㎡)
本社
(神奈川県
アライアンス 904,628
研究設備 3,469,112 136,162 1,282,847 5,792,751 141
事業 (4,709.57)
川崎市
川崎区)
(注) １．現在休止中の主要な設備はありません。
２．上記の金額には消費税等は含まれておりません。
３ 【設備の新設、除却等の計画】
(1）重要な設備の新設等
投資予定金額(千円) 着手及び完了予定年月
事業所名 資金調達 完成後の
設備の内容
(所在地) 方法 増加能力
総額 既支払額 着手 完了
本社 土地面積
土地 3,200,000 640,000 自己資金 2022年６月 2022年６月
(川崎市川崎区) 11,635.6㎡
(2）重要な設備の除却等
該当事項はありません。
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第４ 【提出会社の状況】
１ 【株式等の状況】
(1) 【株式の総数等】
① 【株式の総数】
種類 発行可能株式総数(株)
普通株式 342,400,000
計 342,400,000
② 【発行済株式】
事業年度末現在 提出日現在
上場金融商品取引所
種類 発行数(株) 発行数(株) 名又は登録認可金融 内容
商品取引業協会名
( 2021年12月31日 ) (2022年３月25日)
完全議決権株式であり、権利内
容に何ら限定のない当社におけ
東京証券取引所
普通株式 130,010,400 130,010,400 る標準となる株式であります。
(市場第一部)
なお、単元株式数は100株であ
ります。
計 130,010,400 130,010,400 ― ―
（注）提出日現在発行数には、2022年３月１日からこの有価証券報告書提出日までの新株予約権の行使により発行さ
れた株式数は、含まれておりません。
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(2) 【新株予約権等の状況】
① 【ストックオプション制度の内容】
第８回新株予約権(2021年11月18日取締役会決議)
決議年月日 2021年11月18日
当社取締役 ６名
付与対象者の区分及び人数
当社従業員 23名
新株予約権の数（個） ※ 30,700 (注)１
新株予約権のうち自己新株予約権の数
―
(個) ※
新株予約権の目的となる株式の種類、
普通株式 3,070,000 (注)１
内容及び数（株） ※
新株予約権の行使時の払込金額
2,893(注)２
（円） ※
新株予約権の行使期間 ※ 2027年４月１日～2032年３月31日
新株予約権の行使により株式を発行す
発行価格 2,900
る場合の株式の発行価格及び資本組入
資本組入額 1,450
額（円） ※
新株予約権の行使の条件 ※ (注)３
第三者に対して、本新株予約権の全部又は一部につき譲渡、質入その他一
新株予約権の譲渡に関する事項 ※
切の処分をすることができないものとする。
組織再編成行為に伴う新株予約権の交
(注)４
付に関する事項 ※
※ 当事業年度の末日(2021年12月31日)における内容を記載しております。なお、提出日の前月末(2022年２月28日)
現在において、これらの事項に変更はありません。
(注) １. 新株予約権１個当たりの目的となる株式の数（以下「付与株式数」という。）は、当社普通株式100株であ
ります。
当社が株式分割又は株式併合を行う場合には、新株予約権の目的たる株式の数は次の算式により調整される
ものとします。ただし、この調整は、当該時点で権利行使をしていない本新株予約権の目的たる株数につい
てのみ行われ、調整の結果１株未満の端数が生じた場合はこれを切り捨てるものとします。
調整後株式数 ＝ 調整前株式数 × 分割・併合の比率
また、当社が株式の無償割当を行う場合、他社と吸収合併若しくは新設合併を行う場合、当社が他社との株
式交換若しくは株式移転を行う場合、又は、当社が吸収分割若しくは新設分割を行う場合、当社は未行使の
新株予約権の目的たる株式の数について合理的に必要と認める調整を行うことができるものとします。
２. 本新株予約権の割当日後、当社が株式分割又は株式併合を行う場合、次の算式により行使価額を調整し、調
整による１円未満の端数は切り上げるものとします。
1
調整後行使価額 ＝ 調整前行使価額 ×
分割（又は併合）の比率
また、本新株予約権の割当日後、当社が当社普通株式につき時価を下回る価額で新株の発行又は自己株式の
処分を行う場合（新株予約権の行使に基づく新株の発行及び自己株式の処分並びに株式交換による自己株式
の移転の場合を除く。）、次の算式により行使価額を調整し、調整による１円未満の端数は切り上げるもの
とします。
新規発行 １株当たり
×
既発行
株式数 払込金額
＋
株式数
新規発行前の１株当たりの時価
調整後 調整前
＝ ×
行使価額 行使価額
既発行株式数 ＋ 新規発行株式数
なお、上記算式において「既発行株式数」とは、当社普通株式に係る発行済株式総数から当社普通株式に係
る自己株式数を控除した数とし、また、当社普通株式に係る自己株式の処分を行う場合には、「新規発行株
式数」を「処分する自己株式数」に読み替えるものとします。
さらに、上記のほか、本新株予約権の割当日後、当社が他社と合併する場合、会社分割を行う場合、その他
これらの場合に準じて行使価額の調整を必要とする場合には、当社は、合理的な範囲で適切に行使価額の調
整を行うことができるものとします。
３. 新株予約権の行使の条件
(1)2022年12月期から2026年12月期までの事業年度において、EBITDAの累計額が、下記(a)または(b)に定める
水準を超過した場合、それぞれに定められている割合（以下、「行使可能割合」という。）を上限として、
これ以降本新株予約権を行使することができる。
(a) EBITDAの累計額が450億円を超過した場合：行使可能割合 割り当てられた本新株予約権の50％
(b) EBITDAの累計額が500億円を超過した場合：行使可能割合 割り当てられた本新株予約権の100％
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なお、上記におけるEBITDAは当社の損益計算書(連結損益計算書を作成している場合には連結損益計算書)に
記載された税引前当期純利益に支払利息及びM&A関連費用を加算し、キャッシュ・フロー計算書(連結キャッ
シュ・ フロー計算書を作成している場合には連結キャッシュ・フロー計算書)に記載された減価償却費、の
れん償却費、減損損失を加算した額をいう。加えて、当該損益計算書に本新株予約権に係る株式報酬費用が
計上されている場合には、これによる影響を排除した株式報酬費用控除前EBITDAをもって判定するものとす
る。
(2)本新株予約権１個未満の行使を行うことはできないものとする。
４. 組織再編成行為に伴う新株予約権の交付に関する事項
当社が、合併（当社が合併により消滅する場合に限る。）、吸収分割、新設分割、株式交換又は株式移転
（以上を総称して以下「組織再編行為」という。）を行う場合において、組織再編行為の効力発生日に新株
予約権者に対し、それぞれの場合につき、会社法第236条第１項第８号イからホまでに掲げる株式会社（以
下「再編対象会社」という。）の新株予約権を以下の条件に基づきそれぞれ交付することとします。ただ
し、以下の条件に沿って再編対象会社の新株予約権を交付する旨を、吸収合併契約、新設合併契約、吸収分
割契約、新設分割計画、株式交換契約又は株式移転計画において定めた場合に限るものとします。
(1) 交付する再編対象会社の新株予約権の数
新株予約権者が保有する本新株予約権の数と同一の数をそれぞれ交付します。
(2) 新株予約権の目的となる再編対象会社の株式の種類
再編対象会社の普通株式とします。
(3) 新株予約権の目的となる再編対象会社の株式の数
組織再編行為の条件を勘案の上、上記(注)１に準じて決定します。
(4) 新株予約権の行使に際して出資される財産の価額
交付される各新株予約権の行使に際して出資される財産の価額は、組織再編行為の条件等を勘案の上、上記
(注)２で定められる行使価額を調整して得られる再編後の行使価額に、上記(注)４(3)に従って決定される
当該新株予約権の目的となる再編対象会社の株式の数を乗じた額とします。
(5) 新株予約権を行使することができる期間
交付される新株予約権を行使することが出来る期間は、新株予約権の行使期間の初日と組織再編行為の効力
発生日のうち、いずれか遅い日から行使期間の末日までとします。
(6) 新株予約権の行使により株式を発行する場合における増加する資本金及び資本準備金に関する事項
上表の「新株予約権の行使により株式を発行する場合の株式の発行価格及び資本組入額（円）」に準じて決
定します。
(7) 譲渡による新株予約権の取得の制限
譲渡による取得の制限については、再編対象会社の取締役会の決議による承認を要するものとします。
(8) その他新株予約権の行使の条件
上記(注)３に準じて決定します。
(9) 新株予約権の取得事由及び条件
(a)当社が消滅会社となる合併契約、当社が分割会社となる会社分割についての分割契約若しくは分割計
画、又は当社が完全子会社となる株式交換契約若しくは株式移転計画について株主総会の承認（株主総会の
承認を要しない場合には取締役会決議）がなされた場合は、当社は、当社取締役会が別途定める日の到来を
もって、本新株予約権の全部を無償で取得することができます。
(b)新株予約権者が権利行使をする前に、上記(注)３に定める規定により本新株予約権の行使ができなく
なった場合は、当社は新株予約権を無償で取得することができます。
(c)新株予約権者が本新株予約権の全部又は一部の放棄を申し出た場合は、当社はこれを無償で取得するこ
とができます。
(10) その他の条件については、再編対象会社の条件に準じて決定します。
② 【ライツプランの内容】
該当事項はありません。
③ 【その他の新株予約権等の状況】
該当事項はありません。
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(3) 【行使価額修正条項付新株予約権付社債券等の行使状況等】
該当事項はありません。
(4) 【発行済株式総数、資本金等の推移】
発行済株式 発行済株式 資本金 資本金 資本準備金 資本準備金
年月日
総数増減数 総数残高 増減額 残高 増減額 残高
(株) (株) (千円) (千円) (千円) (千円)
2016年７月１日～
2017年６月30日 868,400 57,309,200 240,585 3,870,769 240,585 3,867,051
(注)１
2017年７月１日
57,309,200 114,618,400 ― 3,870,769 ― 3,867,051
(注)２
2017年７月１日～
2018年６月30日 8,096,000 122,714,400 45,214 3,915,983 45,214 3,912,265
(注)１
2018年７月１日～
2019年６月30日 2,596,000 125,310,400 14,558 3,930,541 14,558 3,926,823
(注)１
2020年１月１日～
2020年12月31日 600,000 125,910,400 3,344 3,933,885 3,344 3,930,167
(注)１
2021年１月１日～
2021年12月31日 4,100,000 130,010,400 22,852 3,956,738 22,852 3,953,020
(注)１
(注)１.新株予約権の行使によるものであります。
２.2017年６月13日開催の当社取締役会の決議に基づき、2017年７月１日付で普通株式１株につき２株の株式分
割を行っております。
(5) 【所有者別状況】
2021年12月31日 現在
株式の状況（１単元の株式数 100 株）
単元未満
区分 外国法人等 株式の状況
政府及び
金融商品 その他の 個人
(株)
地方公共 金融機関 計
取引業者 法人 その他
団体
個人以外 個人
株主数
－ 31 54 246 332 54 23,700 24,417 ―
(人)
所有株式数
－ 289,742 40,453 18,020 389,863 65,084 496,644 1,299,806 29,800
(単元)
所有株式数
－ 22.291 3.112 1.386 29.993 5.007 38.209 100.000 ―
の割合(％)
(注)自己株式164株は、「個人その他」の所有者区分に含まれております。
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(6) 【大株主の状況】
2021年12月31日 現在
発行済株式
(自己株式を
所有株式数
除く。)の総
氏名又は名称 住所
数に対する
(千株)
所有株式数
の割合(％)
日本マスタートラスト信託銀行
東京都港区浜松町２丁目11番３号 16,066 12.36
株式会社（信託口）
窪田 規一 東京都目黒区 13,612 10.47
菅 裕明 東京都文京区 12,442 9.57
株式会社日本カストディ銀行
東京都中央区晴海１丁目8番12号 8,008 6.16
（信託口）
リード・パトリック 東京都渋谷区 6,490 4.99
村上 裕 愛知県名古屋市千種区 4,377 3.37
SSBTC CLIENT OMNIBUS ACCOUNT
ONE LINCOLN STREET , BOSTON MA USA
3,698 2.84
（常任代理人 香港上海銀行東
02111(東京都中央区日本橋３丁目11番１号)
京支店カストディ業務部）
TAIYO FUND, L.P.（株式会社三 5300 CARILLON POINT KIRKLAND, WA 98033, USA
2,844 2.19
菱UFJ銀行） （東京都千代田区丸の内2-7-1）
中島 喜一郎 兵庫県神戸市灘区 2,050 1.58
THE BANK OF NEW YORK MELLON
RUE MONTOYERSTRAAT 46, 1000 BRUSSELS,
SA/NV 10（株式会社三菱UFJ銀 1,970 1.52
BELGIUM（東京都千代田区丸の内2-7-1）
行）
計 － 71,561 55.04
(注)１. 上記の所有株式数のうち、信託業務に係る株式数は次のとおりであります。
日本マスタートラスト信託銀行株式会社（信託口） 16,066千株
株式会社日本カストディ銀行（信託口） 8,008千株
２. 持株比率は自己株式（164株）を控除して計算しております。なお、自己株式の数には、株式給付信託の信
託財産として、株式会社日本カストディ銀行（信託Ｅ口）が保有する当社株式182,800株は含まれておりま
せん。
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(7) 【議決権の状況】
① 【発行済株式】
2021年12月31日 現在
区分 株式数(株) 議決権の数(個) 内容
無議決権株式 ― ― ―
議決権制限株式(自己株式等) ― ― ―
議決権制限株式(その他) ― ― ―
完全議決権株式(自己株式等) 100 ― ―
完全議決権株式であり、権利内容に
普通株式 何ら限定のない当社における標準と
完全議決権株式(その他) 1,299,805
なる株式であり、単元株式数は100株
129,980,500
であります。
普通株式
単元未満株式 ― ―
29,800
発行済株式総数 130,010,400 ― ―
総株主の議決権 ― 1,299,805 ―
(注) １. 株式会社日本カストディ銀行（信託Ｅ口）が所有する当社株式182,800株（議決権の数1,828個）につき
ましては、「完全議決権株式（その他）」に含めて表示しております。
２.「単元未満株式」欄の普通株式には、当社所有の自己株式64株が含まれております。
② 【自己株式等】
2021年12月31日 現在
発行済株式
自己名義 他人名義 所有株式数
所有者の氏名 総数に対する
所有者の住所 所有株式数 所有株式数 の合計
又は名称 所有株式数
(株) (株) (株)
の割合(％)
神奈川県川崎市川崎区殿町
ペプチドリーム株式会社 100 ― 100 0.00
三丁目25番23号
計 ― 100 ― 100 0.00
(注) 株式会社日本カストディ銀行（信託Ｅ口）が所有する当社株式182,800株は、上記自己名義株式数として記載
しておりません。
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(8) 【役員・従業員株式所有制度の内容】
当社は、2016年８月22日開催の取締役会において役員報酬制度の見直しを行い、新たに業績連動型株式報酬制度
「株式給付信託（ＢＢＴ（＝Board Benefit Trust））」（以下「本制度」といいます。）を導入しております。ま
た、同日開催の取締役会において、当社の株価や業績と従業員の処遇の連動性をより高め、経済的な効果を株主の皆
様と共有することにより、株価及び業績向上への従業員の意欲や士気を高めるため、従業員に対して自社の株式を給
付するインセンティブプラン「株式給付信託（Ｊ－ＥＳＯＰ）」（以下「本制度」といいます。）を導入しておりま
す。
(株式給付信託「ＢＢＴ」)
１．本制度の概要
本制度は、当社が拠出する金銭を原資として当社株式が信託を通じて取得され、当社取締役に対して、取締役会が
定める役員株式給付規程に従って、当社株式及び当社株式を時価で換算した金額相当の金銭（以下「当社株式等」と
いいます。）が信託を通じて給付される業績連動型の株式報酬制度です。なお、取締役が当社株式等の給付を受ける
時期は、原則として取締役の退任時といたします。
２．取締役に給付する予定の株式の総数
当事業年度末で、株式会社日本カストディ銀行（信託Ｅ口）が111,700株、363,431千円保有しております。
３．当該株式給付信託（ＢＢＴ）による受益権その他の権利を受けることができる者の範囲
当社取締役（社外取締役及び監査等委員である取締役は、本制度の対象外といたします。）
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(株式給付信託「Ｊ－ＥＳＯＰ」)
１．本制度の概要
本制度は、あらかじめ当社が定めた株式給付規程に基づき、一定の要件を満たした当社の従業員に対し当社株式を
給付する仕組みです。当社は、従業員に対し個人の貢献度等に応じてポイントを付与し、一定の条件により受給権
の取得をしたときに当該付与ポイントに相当する当社株式を給付します。従業員に対し給付する株式については、あ
らかじめ信託設定した金銭により将来分も含め取得し、信託財産として分別管理するものとします。
本制度の導入により、当社従業員の株価及び業績向上への関心が高まり、これまで以上に意欲的に業務に取り組むこ
とが期待されます。
２．従業員に給付する予定の株式の総数
当事業年度末で、株式会社日本カストディ銀行（信託Ｅ口）が71,100株、255,890千円保有しております。
３．当該株式給付信託（Ｊ－ＥＳＯＰ）による受益権その他の権利を受けることができる者の範囲
株式給付規程に定める受益者要件を満たした者
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２ 【自己株式の取得等の状況】
【株式の種類等】
会社法155条第７号による普通株式の取得
(1) 【株主総会決議による取得の状況】
該当事項はありません。
(2) 【取締役会決議による取得の状況】
該当事項はありません。
(3) 【株主総会決議又は取締役会決議に基づかないものの内容】
区分 株式数(株) 価額の総額(千円)
当事業年度における取得自己株式 70 362
当期間における取得自己株式 41 87
(注)当期間における取得自己株式には、2022年３月１日から有価証券報告書提出日までの単元未満株式の買取りに
よる株数は含めておりません。
(4) 【取得自己株式の処理状況及び保有状況】
当事業年度 当期間
区分
処分価額の総額 (千円)
株式数(株) 株式数(株) 処分価額の総額(千円)
引き受ける者の募集を
― ― ― ―
行った取得自己株式
消却の処分を行った取得
― ― ― ―
自己株式
合併、株式交換、株式交
付、会社分割に係る移転 ― ― ― ―
を行った取得自己株式
その他(―) ― ― ― ―
保有自己株式数 164 ― 205 ―
(注)当期間における保有自己株式数には、2022年３月１日から有価証券報告書提出日までの単元未満株式の買取り
による株式数は含めておりません。
３ 【配当政策】
一般には、バイオベンチャー企業の場合は研究開発活動のために剰余金は内部留保に充当すべきとの考え方も存在
します。しかしながら、当社においては配当による株主様への利益還元も重要な経営課題だと認識しております。
当社は、将来においても安定的な収益の獲得が可能であり、かつ、研究開発資金を賄うに十分な利益が確保できる
場合には、将来の研究開発活動等に備えるための内部留保充実の必要性等を総合的に勘案した上で、利益配当につい
ても検討してまいります。
なお、当社は「剰余金の配当等会社法第459条第１項各号に定める事項については、法令に別段の定めがある場合を
除き、取締役会の決議により定めることができる」旨を定款に定めております。
また、当社は「会社法第454条第５項の規定に基づき、取締役会の決議をもって中間配当を行うことができる」旨定
款に定めております。
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４ 【コーポレート・ガバナンスの状況等】
(1) 【コーポレート・ガバナンスの概要】
① コーポレート・ガバナンスに関する基本的な考え方
当社は、経営理念である「独自の創薬開発プラットフォームシステム： PDPSを活用し、特殊環状ペプチドによ
る創薬を完成させることにより、世界中にいる疾病で苦しむ方々に貢献すること」を目的としております。その
実現のため、公正で透明性の高い経営を行い、企業価値を継続的に高め企業の社会的責任を果たし、当社のすべ
てのステークホルダー（利害関係者）から信頼を得ることが不可欠であると考えます。
今後とも、コンプライアンスの徹底を図るとともに、積極的かつ迅速な情報開示による透明性・健全性の向上
と効率経営を実現するための施策並びに組織体制の継続的な改善・強化に努めてまいります。
② 企業統治の体制の概要及び当該体制を採用する理由
当社は、取締役会における議決権を有する４名の監査等委員が経営の意思決定に関わることで、取締役会の監
査・監督機能を強化することができ、当社のコーポレート・ガバナンスをより一層充実させるとともに経営の効
率化を図ることが可能であると判断し、統治体制を監査等委員会設置会社としております。当社のコーポレー
ト・ガバナンス体制は以下のとおりであります。
a. 取締役会
取締役会は、当社経営上の重要事項に関する意思決定を行うとともに、取締役の業務執行についての監督を
行っております。有価証券報告書提出日現在、取締役会は取締役３名（監査等委員である取締役を除く。）、
監査等委員である取締役４名の計７名で構成されています。監査等委員である取締役４名のうち独立社外取締
役は４名おり、役員の過半数を独立社外取締役で構成することにより、取締役会の監視機能を強化しておりま
す。取締役会は、毎月１回の定例取締役会に加え、必要に応じて臨時取締役会を開催し、迅速かつ効率的な経
営監視体制をとっております。なお、取締役の氏名については、「(2)役員の状況」に記載しております。
取締役会の議長は、代表取締役社長CEOが務めております。
＜取締役会の構成及びスキルマトリックス＞ ※当社見解に基づく/当社作成
技術 法務
内部統制
人事・労
財務
グローバル
・ ・
企業
・
務・人財
・ 環境 社会
ビジネス
経営
研究 リスク
ガバナンス
開発
会計
開発 管理
リード・ 代表取締役
〇 〇 〇 〇 〇 〇 〇
パトリック 社長CEO
取締役
舛屋 圭一
〇 〇 〇 〇 〇 〇
副社長COO
取締役
金城 聖文
〇 〇 〇 〇 〇 〇 〇 〇
副社長CFO
社外取締役
笹岡 三千雄
（常勤監査 〇 〇 〇 〇 〇 〇
等委員）
社外取締役
長江 敏男
（監査等委 〇 〇 〇 〇 〇 〇
員）
社外取締役
花房 幸範
（監査等委 〇 〇 〇 〇 〇
員）
社外取締役
宇都宮 純子
（監査等委 〇 〇 〇 〇 〇
員）
b. 監査等委員会
監査等委員会は、取締役の職務の執行状況等についての監査を行い、会計監査人や内部監査部門とも連携
し、有効に監査が行えるように努めております。有価証券報告書提出日現在、社外取締役４名で構成してお
り、社外取締役４名全員を独立役員に指定しております。なお、監査等委員の氏名については、「(2)役員の状
況」に記載しております。
監査等委員会の議長は、常勤監査等委員が務めております。
c. 指名・報酬委員会
指名・報酬委員会は、取締役会の決議により選定された委員により構成され、取締役会の機能の独立性・客
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観性と説明責任を強化することを目的とし、取締役会の任意の諮問機関として設置しております。代表取締役
及び役付取締役の選解任と取締役候補の指名を行うに当たっての方針と手続及び議案の原案、取締役の報酬等
を 決定するに当たっての方針及び議案の原案、取締役(監査等委員である取締役を除く)の個人別の報酬等の内
容に係る方針及び議案の原案 等について、諮問に対する審議及び答申を行っております。
有価証券報告書提出日現在、指名・報酬委員会は監査等委員である取締役２名(笹岡 三千雄、長江 敏男)、
取締役２名(リード・パトリック、金城 聖文)で構成されております。
指名・報酬委員会の議長は常勤監査等委員が務めております。
＜会社の機関・内部統制の関係図＞
③ 企業統治に関するその他の事項
a. 内部統制システム整備の状況
当社は、取締役会において、「内部統制システムの整備に関する基本方針」を決議し、業務の適正を確保す
るための体制作りと管理体制のより一層の整備を図ることとしております。
取締役会においては、経営の基本方針、法令及び定款、会社諸規程の定めるところにより、経営に関する重
要事項等について意思決定を行うとともに、取締役の職務の執行を監督しております。
b. リスク管理体制
当社は、「内部統制システムの整備に関する基本方針」に基づき、リスク管理を強化するため、「リスク管理
規程」を制定し、リスク情報を早期に把握・共有することでリスクの顕在化を未然に防止する体制の構築に努め
ております。
また、法律事務所、特許事務所及び会計事務所等の法務・会計専門家並びに社外の研究者等外部の専門家との
相談や意見交換を通じて、事業に係るリスクをはじめとする諸情報を得て、最善と考えられる経営判断を行うよ
う努めております。
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c. 責任限定契約について
ア 社外取締役の責任限定契約
当社と社外取締役とは、会社法第427条第１項及び定款の規定に基づき、同法第423条第１項の損害賠償責任
を限定する契約を締結しております。当該契約に基づく損害賠償責任の限度額は、金100万円と法令の定める最
低責任限度額とのいずれか高い額としています。
イ 会計監査人との間の責任限定契約
当社と会計監査人とは、会社法第427条第１項及び定款の規定に基づき、同法第423条第１項の損害賠償責任
を限定する契約を締結しております。当該契約に基づく損害賠償責任の限度額は、金100万円と法令の定める最
低責任限度額とのいずれか高い額としています。
d. 取締役の定数及び取締役の選任の決議条件
当社は、取締役（監査等委員である取締役を除く。）の員数を７名以内、監査等委員である取締役の員数を
４名以内とする旨を定款に定めております。また、取締役の選任は、「監査等委員である取締役とそれ以外の
取締役とを区別して、株主総会において議決権を行使することができる株主の議決権の３分の１以上を有する
株主が出席し、その議決権の過半数をもって行う」ものとし、「累積投票によらないものとする」旨定款に定
めております。
e. 株主総会決議事項を取締役会で決議することができることとした事項
ア 取締役の責任免除
当社は、職務の遂行にあたり期待される役割を十分に発揮できるようにするため、会社法第426条第１項及び
定款の規定により、任務を怠ったことによる取締役（取締役であった者を含む。）の損害賠償責任を、法令の
定める限度額の範囲内において、取締役会の決議によって免除することができる旨、定款に定めております。
イ 中間配当に関する事項
当社は、株主への適切な利益還元を可能とするため、会社法第454条第５項の規定により、取締役会の決議に
よって中間配当をすることができる旨を定款に定めております。
ウ 自己株式の取得
当社は、機動的に自己株式の取得を行うことを目的として、会社法第165条第２項の規定により、取締役会の
決議によって市場取引等により自己の株式を取得することができる旨を定款に定めております。
f. 株主総会の特別決議要件
当社は、株主総会の円滑な運営を行うことを目的として、会社法第309条第２項に定める決議について、議決権
を行使することができる株主の議決権の３分の１以上を有する株主が出席し、その議決権の３分の２以上をもっ
て行う旨を定款に定めております。
g. 役員等賠償責任保険 契約の内容の概要等
当社は、会社法第430条の３第１項に規定する役員等賠償責任保険契約を保険会社との間で締結しており、その
内容は次のとおりであります。
①被保険者の範囲
当社の取締役の全員
②被保険者の実質的保険料負担割合
保険料は特約部分も含め当社が負担しており、被保険者(当社を除く。)の実質的な保険料負担はありませ
ん。
③補填対象となる保険事故の概要
当該保険契約では被保険者である役員等がその職務の執行に関し責任を負うこと、又は、当該責任の追及に
係る請求を受けることによって生ずることのある損害について補填することとされております。
④役員等の職務の執行の適正性が損なわれないようにするための措置
法令違反の行為であることを認識して行った行為に起因して生じた損害は補填されないなど、一定の免責事
由があります。
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(2) 【役員の状況】
① 役員一覧
男性 6 名 女性 1 名 （役員のうち女性の比率 14.3 ％）
所有株式数
役職名 氏名 生年月日 略歴 任期
(株)
2003年８月 Dartmouth Medical School
NRSA Post-doctoral Fellow
2004年４月 国立大学法人東京大学先端科学技
術研究センター 特任助教授
2005年１月 国立大学法人東京大学国際産学共
同研究センター 客員助教授
2006年４月 国立大学法人東京大学国際産学共
リード・
同研究センター 特任助教授
代表取締役社長CEO 1975年１月14日 (注)２ 6,490,000
パトリック
2007年１月 当社 入社
2008年８月 当社 取締役
2012年５月 当社 取締役研究開発部長
2012年９月 当社 常務取締役研究開発部長
2014年７月 当社 常務取締役研究開発部担当
2017年９月 当社 代表取締役社長
2022年１月 当社 代表取締役社長CEO（現任）
1998年４月 三菱化学株式会社 入社
2001年９月 ノバルティス ファーマ株式会社
入社
2006年４月 Novartis International AG 入社
2008年11月 同社 Head of PPI Drug Discovery
and Novartis Leading Scientist
2014年７月 当社 入社 研究開発部長
2015年９月 当社 取締役研究開発部長
取締役副社長COO 舛屋 圭一 1969年４月２日 (注)２ ―
2018年３月 当社 取締役エグゼクティブ・
ヴァイスプレジデント
2018年10月 当社 取締役副社長
2020年４月 ペプチグロース株式会社取締役(現
任)
2020年11月 ペプチエイド株式会社代表取締役
社長（現任）
2022年１月 当社 取締役副社長COO（現任）
2003年４月 日本学術振興会特別研究員（DC）
2005年４月 国立大学法人東京大学国際産学共
同研究センター研究員
2006年４月 株式会社ボストン・コンサルティ
ング・グループ（BCG） 入社
2016年１月 同社 パートナー&マネージング
ディレクター
取締役副社長CFO 金城 聖文 1977年８月16日 (注)２ ―
2018年１月 当社 入社 エグゼクティブ・
ヴァイスプレジデント
2018年10月 当社 取締役副社長
2020年11月 ペプチエイド株式会社取締役(現
任)
2022年１月 当社 取締役副社長CFO（現任）
1978年９月 Massachusetts Institute of
Technology
Postdoctoral Research Associate
1980年10月 大塚化学㈱ 入社
1988年１月 同社 合成研究室長
取締役
2003年11月 同社 探索研究所所長
笹岡 三千雄 1949年７月16日 (注)３ 200,000
(常勤監査等委員)
2007年３月 同社 常務執行役員
2009年８月 同社 顧問
2012年５月 当社 監査役
2015年９月 当社 取締役（監査等委員）（現
任）
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所有株式数
役職名 氏名 生年月日 略歴 任期
(株)
1967年４月 塩野義製薬株式会社 入社
1970年10月 アイ・シー・アイファーマ株式会
社（現 アストラゼネカ株式会社）
入社
1981年６月 シェリング・プラウ株式会社 入
社
1997年５月 ローヌ・プーランローラー株式会
社（現サノフィ株式会社） 入社
2000年１月 アベンティスファーマ株式会社
執行役員（現サノフィ株式会社）
2003年５月 株式会社シミックエムピーエスエ
ス（現シミック・アッシュフィー
取締役
ルド株式会社） 代表取締役社長
長江 敏男 1943年12月２日 (注)３ 7,600
(監査等委員)
2003年６月 株式会社ＰＣＮ 代表取締役社長
（現株式会社ヘルスクリック）
2005年10月 ヨーク・ファーマ株式会社 代表
取締役社長
2010年１月 Pharma Business Consultant 設立
代表（現任）
2014年４月 岐阜薬科大学 客員教授（現任）
2015年９月 当社 取締役（監査等委員）（現
任）
2017年６月 ヒューマン・メタボローム・テク
ノロジーズ株式会社取締役（監査
等委員）(現任）
1998年４月 青山監査法人 入所
2001年７月 公認会計士登録
2009年８月 アカウンティングワークス株式会
社設立代表取締役（現任）
2015年３月 アークランドサービス株式会社
（現アークランドサービスホール
取締役
ディングス株式会社）監査役
花房 幸範 1975年５月10日 (注)３ ―
2016年３月 同社取締役（監査等委員）（現
(監査等委員)
任）
2017年９月 当社 取締役（監査等委員）（現
任）
2018年５月 株式会社ギフト監査役(現任)
2020年６月 藍澤証券株式会社社外取締役(現
任)
長島・大野・常松法律事務所入所
2000年４月
2007年10月 株式会社東京証券取引所出向
宇都宮総合法律事務所開設
2011年11月
株式会社スタートトゥデイ（現株
2012年６月
式会社ZOZO）社外監査役（現任）
株式会社ソラスト社外監査役
2013年４月
株式会社アドベンチャー社外取締
2013年９月
役
取締役
宇都宮 純子 1971年６月21日 (注)３ ―
宇都宮・清水・陽来法律事務所開
2018年２月
(監査等委員)
設パートナー（現任）
ラクスル株式会社社外監査役
2018年10月
同社取締役（監査等委員）（現
2019年10月
任）
平和不動産株式会社社外取締役
2020年６月
（現任）
2021年３月 当社 取締役（監査等委員）（現
任）
計 6,697,600
(注) １．取締役 笹岡三千雄氏、長江敏男、花房幸範及び宇都宮純子氏の４名は、社外取締役であります。
２．取締役の任期は、2022年３月24日開催の定時株主総会終結の時から１年以内に終了する事業年度のうち最終
のものに関する定時株主総会の終結の時までであります。
３．取締役である監査等委員の任期は、2021年３月25日開催の定時株主総会終結の時から２年以内に終了する事
業年度のうち最終のものに関する定時株主総会の終結の時までであります。
４．監査等委員会の体制は、次のとおりであります。
委員長 笹岡三千雄氏 委員 長江敏男氏 委員 花房幸範氏 委員 宇都宮純子氏
② 社外役員の状況
a 員数
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当社の社外取締役は４名であり、うち４名が監査等委員であります。
b 当社との人的関係、資本的関係又は取引関係その他の利害関係
社外取締役（監査等委員）である笹岡三千雄氏は、当社株式200,000株を所有しております。
社外取締役（監査等委員）である長江敏男氏は、ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ株式会社取締役
（監査等委員）を兼務しております。当社とヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ株式会社との間には特別
な利害関係はありません。また、同氏は、当社株式7,600株を所有しております。
社外取締役（監査等委員）である花房幸範氏は、アカウンティングワークス株式会社代表取締役、アークランド
サービス株式会社取締役（監査等委員）、株式会社ギフト取締役（監査等委員）及び藍澤証券株式会社(社外取締
役)を兼務しております。当社とアカウンティングワークス株式会社、アークランドサービス株式会社、株式会社ギ
フト及び藍澤証券株式会社との間には特別な利害関係はありません。
社外取締役（監査等委員）である宇都宮純子氏は、株式会社ZOZO（社外監査役）、宇都宮・清水・陽来法律事務
所（パートナー）、ラクスル株式会社（監査等委員）及び平和不動産株式会社（社外取締役）を兼務しておりま
す。当社と株式会社ZOZO、宇都宮・清水・陽来法律事務所、ラクスル株式会社及び平和不動産株式会社との間には
特別な利害関係はありません。
c 企業統治において果たす機能及び役割並びに独立性に関する基準又は方針の内容及び選任状況に関する考え方
各監査等委員である社外取締役は、経営、創薬、財務・会計に関する相当程度の知見を有しており、実効性の高
い監督・監査機能を果たすことが期待できるものと考えております。
当社は、社外取締役を選任するための独立性に関する基準又は方針として明確に定めたものはありませんが、東
京証券取引所の定める独立役員制度を参考にしており、笹岡三千雄氏、長江敏男氏、花房幸範氏及び宇都宮純子氏
を同取引所に独立役員として届け出ております。
③ 社外取締役による監督並びに内部統制部門との関係、監査等委員である社外取締役と内部監査、監査等委員会
監査及び会計監査との相互連携
社外取締役は、取締役会に出席し意見を述べることにより、取締役の業務執行状況を監督し経営の監視機能を果
たすとともに、適宜内部統制部門に対する質疑等を行っております。また、監査等委員である社外取締役について
は、監査等委員会監査基準に基づき監査を実施しております。
内部監査、監査等委員会監査及び会計監査との相互連携については、「(3)監査の状況 ① 監査等委員会の状
況」に記載のとおりです。
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(3) 【監査の状況】
① 監査等委員会の状況
a. 監査等委員会監査の組織、人員及び手続
監査等委員会の組織、人員及び手続については、「第４ 提出会社の状況 ４ コーポレート・ガバナンスの状況
等 (1)(コーポレート・ガバナンスの概要)②企業統治の体制の概要及び当該体制を採用する理由」並びに「第４
提出会社の状況 ４ コーポレート・ガバナンスの状況等 (2)（役員の状況）①役員一覧 ②社外役員の状況」を
ご参照ください。
b. 監査等委員及び監査等委員会の活動状況
当事業年度において当社は監査等委員会を14回開催し、個々の監査等委員の出席状況は次のとおりです。
役職名 氏名 出席回数/開催回数
常勤監査等委員 笹岡 三千雄 14回/14回
監査等委員 長江 敏男 14回/14回
監査等委員 花房 幸範 14回/14回
監査等委員 宇都宮 純子 10回/10回
監査等委員会は、当社における業務の適法、妥当かつ効率的な運営を確保するため、取締役会・その他の重要
会議に出席し、意思決定の過程及び内容を確認し、取締役等から職務執行に関する報告を受け、随時質問又は意
見を述べ、さらに、経営トップとの積極的な意見交換を行うとともに、主要な決裁ならびに業務執行に関する重
要書類の閲覧等により業務及び財産状況の調査を行い、取締役等の職務執行の監査・監督を行っています。
常勤監査等委員は監査等委員会が定めた監査の方針、職務の分担等に従い、重要会議への出席、業務執行に関
わる報告聴取、会計監査人との連携、取締役との意見交換、重要書類の閲覧等を行っています。
花房幸範は、公認会計士及び税理士の資格を有しており、専門的見地から監査を行っております。
宇都宮純子は、弁護士の資格を有しており、専門的見地から監査を行っております。
内部監査人とは、定期的に内部監査及び財務報告に係る内部統制評価の報告を受け、必要に応じて指示をしま
す。
会計監査人とは、定期的に、また必要に応じて監査の実施経過について報告を受け、積極的な意見及び情報交
換を行っています。また、財務報告に係る内部統制評価についても定期的に報告を受けています。
② 内部監査の状況
内部監査については、内部監査人を１名選任しております。計画書に基づいて内部牽制及び法令遵守の状況等
の業務全般を監査し、その結果を社長及び被監査部門に報告するとともに、被監査部門に対して改善指示を提示
し、改善までのフォローアップ監査を行い、業務改善と従業員の意識向上に繋げております。
また、財務報告に係る内部統制の整備・運用に関する監査業務を行い、内部統制機能の向上を図るとともに、
適宜監査等委員及び監査等委員会、会計監査人と意見交換を行い、三様監査の体制のもと連携を図り、効率的か
つ効果的な監査を実施するように努めております。
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③ 会計監査の状況
a. 監査法人の名称
有限責任 あずさ監査法人
b. 継続監査期間
2011年６月期以降
c. 業務を執行した公認会計士
指定有限責任社員 業務執行社員：上野 直樹
指定有限責任社員 業務執行社員：猪俣 雅弘
d. 監査業務に係る補助者の構成
当社の会計監査業務に係る補助者は、公認会計士６名、その他５名であります。
e. 監査法人の選定方針と理由
監査等委員会が有限責任 あずさ監査法人を会計監査人とした理由は、同法人の独立性、品質管理体制及びグ
ローバルな監査体制について監査等委員会で定める会計監査人評価・選定基準に基づき検討を行い、適任と判断
したためであります。
監査等委員会は、会計監査人が会社法第340条第１項各号に定める項目に該当すると認められる場合は、監査等
委員全員の同意に基づき、会計監査人を解任いたします。この場合、監査等委員会が選定した監査等委員は、解
任後最初に招集される株主総会におきまして、会計監査人を解任した旨と解任理由を報告いたします。
また、監査等委員会は、会計監査人の職務の執行状況や当社の監査体制等を勘案して会計監査人の変更が必要
であると認められる場合には、株主総会に提出する会計監査人の解任又は不再任に関する議案の内容を決定いた
します。
f. 監査等委員及び監査等委員会による監査法人の評価
監査等委員会は、外部会計監査人の監査報告、往査立会などを通じて監査実施内容を把握しており、品質管理
システム、監査体制、監査の適切性などの項目を勘案した基準に基づき、毎期監査等委員会審議の中で評価及び
再任の決議を行っております。
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④ 監査報酬の内容等
a. 監査公認会計士等に対する報酬
前事業年度 当事業年度
監査証明業務に 非監査業務に 監査証明業務に 非監査業務に
基づく報酬(千円) 基づく報酬(千円) 基づく報酬(千円) 基づく報酬(千円)
20,700 ― 33,700 ―
b. 監査公認会計士等と同一のネットワーク（KPMGグループ）に対する報酬（a.を除く）
該当事項はありません。
c. その他重要な監査証明業務に基づく報酬の内容
該当事項はありません。
d. 監査報酬の決定方針
監査日数、監査内容及び当社の事業内容・規模等を勘案したうえで決定しております。
e. 監査等委員会が会計監査人の報酬等に同意した理由
取締役会が提案した会計監査人に対する報酬等に対して、当社の監査等委員会が会社法第399条第１項の同意を
した理由は、日本監査役協会が公表する「会計監査人との連携に関する実務指針」を踏まえ、会計監査人の監査
計画の内容、会計監査の職務遂行状況及び報酬見積りの算出根拠等について必要な検証を行った上で、適切であ
ると判断したためであります。
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(4) 【役員の報酬等】
① 役員の報酬等の額又はその算定方法の決定に関する方針に係る事項
＜役員報酬制度の基本方針＞
取締役の報酬については、短期業績目標及び中期目標の実現に向けて、優秀な人材の確保と適切な動機づけを可
能とし、グローバル企業としてふさわしい水準として決定する方針としております。また市場競争力を担保するた
め、国内の大手製薬企業をベンチマークとして、国内の大手企業が参加する報酬調査結果等も踏まえて、毎年報酬
水準の妥当性を検証しております。
＜役員報酬制度の概要＞
取締役（監査等委員である取締役を除く）の報酬については、日々の業務執行の対価として、期待される役割・
職務を踏まえた固定報酬を支給するとともに、業績目標等の達成状況を踏まえた業績連動報酬を支給しておりま
す。業績連動報酬は、固定報酬の０％から100％の範囲で決定され、報酬全体に占める業績連動部分の構成割合が
０％から50％の範囲となるよう設定しております。また、監査等委員である取締役の報酬については、その職責に
鑑み、業績連動報酬制度を採用せず、固定報酬のみとしております。
当社の業績連動報酬については、「株式給付信託（BBT）」と「賞与」の２つを導入しております。「株式給付信
託（BBT)」は、業績連動型株式報酬制度として、取締役（社外取締役及び監査等委員である取締役を除く）が在任
中に付与されたポイントに基づき、退任時に株式と金銭を受け取る仕組みであり、取締役の報酬と当社の業績及び
株式価値との連動性をより明確にし、取締役の中長期的な業績の向上と企業価値の増大への貢献意識を高めること
を目的としております。一方で「賞与」は、短期的な業績連動報酬として、対象事業年度における業績達成への貢
献意識を高めることを目的としております。当社は、取締役会において、取締役の個人別の報酬等の内容にかかる
決定方針を決議しております。
＜役員報酬の決定方法＞
取締役（監査等委員である取締役を除く）の個人別の報酬額については、会社全体の業績等を勘案しつつ、各取
締役の評価を行うには代表取締役社長CEOが適しているという理由から取締役会の決議により代表取締役社長CEO
リード・パトリックに一任しております。その権限の内容は、取締役の報酬等の決定方針に基づいた個人別の報酬
額の決定であります。なお、取締役の報酬額については、独立性及び客観性を担保する観点から、事前に独立社外
取締役とその他の取締役で構成される指名・報酬委員会に諮ることとしており、当該委員会からの答申を尊重する
形で代表取締役社長CEOが決定していることを取締役会が確認していることから、取締役会はその決定内容が会社の
方針に沿うものであると判断しております。
監査等委員である取締役の報酬額の決定については、監査等委員である取締役の協議により決定しております。
② 業績連動報酬に係る指標、その選定理由及び実績
＜業績連動報酬の算定方法＞
取締役（監査等委員である取締役を除く）の業績連動報酬は、下記の算式により算出しております。
・業績連動報酬＝固定報酬×（定量評価係数※１×ウエイト※２ ＋定性評価係数※１×ウエイト※２）
※１「定量評価係数」及び「定性評価係数」とは、会社の業績指標に対する達成度の評価結果であります。
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当社は、取締役の短期的及び中長期的な成果を測るため、業績指標として「定量評価指標」と「定性評価指標」
の２つの指標を設定しており、各評価係数は下表に基づいて決定しております。
＜定量評価指標/定性評価指標＞ ※当社見解に基づく/当社作成
「定量評価指標」については、a.売上高成長率（対前年同期間比）、b.売上高業績目標の達成、c.営業利益業績
目標の達成についてあらかじめ達成基準を設定し、それらの達成状況に基づいて達成度（５段階）を決定しており
ます。当事業年度においては、売上高成長率（対前年同期間比）は10％超、売上高業績目標は11,000,000千円以
上、営業利益業績目標は5,000,000千円以上をそれぞれ基準として設定しておりました。
「定性評価指標」については、以下の８項目をあらかじめ指標として設定し、各項目について指名・報酬委員会
の各委員が独立に評価を行った上で、それらに基づく総合評価及び協議により達成度（７段階）を決定しておりま
す。
・無形資産の構築に関する項目
a. 研究開発パイプラインの価値向上
b. 新たなアライアンス契約・パートナー先の拡大
c. 新たな基盤技術の構築、知的財産の権利化に関する取り組み
d. ESG（サステイナビリティ）に関する取り組み
・資産喪失及びリスク回避に関する項目
e. 法的リスクの回避・解決
f. 事業継続性及びBCPに関する取り組み
g. 企業レピュテーションに関する取り組み
h. コスト最適化に関する取り組み
※２「定量評価係数」及び「定性評価係数」のウエイトについては、経営環境等から総合的な検討を行った上
で、指名・報酬委員会において年度ごとに適切な水準をあらかじめ決定しております。
当事業年度においては、「定量評価係数」のウエイトは全体の70％、「定性評価係数」のウエイトは全体の30％
として設定しておりました。
＜業績連動報酬に係る各評価指標の達成状況及び実績＞
定量評価指標については、当事業年度において売上高9,365,964千円、営業利益4,418,143千円となり、あらかじ
め設定した達成基準をいずれも満たしていないことから、達成度は５段階中の１、定量評価係数は０と決定いたし
ました。
定性評価指標については、各項目について指名・報酬委員会で検討した結果、達成度は７段階中の５（総合評価
は100点中の74点）、定性評価係数は0.67と決定いたしました。従いまして、当事業年度における業績連動報酬は固
定報酬の20％と決定いたしました。
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③ 指名・報酬委員会に係る事項
＜指名・報酬委員会の役割、活動内容＞
指名・報酬委員会は、取締役会の諮問機関として、取締役の報酬等の決定方針、取締役（監査等委員である取締
役を除く）の個人別の報酬等の決定方針とその原案に関する審議を実施しております。
当事業年度の役員報酬については、以下のとおり審議いたしました。
・2021年１月28日：役員報酬調査結果の情報共有及び報酬水準の審議
・2021年２月16日：個人別の役員固定報酬額の原案の決定
・2021年10月６日：インセンティブ制度設計に関する審議
・2021年12月９日：業績連動報酬算定に向けた定性評価の審議
・2021年12月21日：業績連動報酬金額の原案の決定
＜指名・報酬委員会の構成員＞
有価証券報告書提出日現在、指名・報酬委員会を構成する委員長及び委員は以下のとおりです。
委員長：独立社外取締役（笹岡三千雄独立社外取締役）
委 員：社内取締役２名（リード・パトリック代表取締役社長CEO、金城聖文取締役副社長CFO）
独立社外取締役２名（笹岡三千雄独立社外取締役、長江敏男独立社外取締役）
④ 役員の報酬等に関する株主総会の決議
当社の役員報酬については、株主総会決議により取締役及び監査等委員である取締役それぞれの報酬等の限度額
を決定しております。取締役（監査等委員である取締役を除く。）の報酬については、2015年９月18日開催の第９
回定時株主総会において、報酬限度額を年額1,000百万円以内（うち社外取締役分は100百万円以内）と定めており
ます。なお、かかる決議の対象となる取締役（監査等委員である取締役を除く。）は、当該決議時点において５名
（うち社外取締役１名）となります。また、これとは別枠で取締役（社外取締役及び監査等委員である取締役を除
く。）の業績連動型株式報酬については、2021年３月25日開催の第15回定時株主総会において、信託に拠出する上
限額（３事業年度を対象）を300百万円、かつ付与される１事業年度当たりのポイント数の合計の上限を16,666ポイ
ント（33,332株）と定めております。なお、かかる決議の対象となる取締役（監査等委員である取締役を除く。）
は、当該決議時点において３名となります。
監査等委員である取締役の報酬については、2015年９月18日開催の第９回定時株主総会において、報酬限度額を
年額200百万円以内と定めております。なお、かかる決議の対象となる監査等委員である取締役は、当該決議時点に
おいて３名となります。
⑤ 役員区分ごとの報酬等の総額、報酬等の種類別の総額及び対象となる役員の員数
報酬等の種類別の総額(千円)
対象となる
報酬等の総額
役員区分 業績連動報酬 役員の員数
(千円)
(名)
固定報酬 退職慰労金
株式給付信託
賞与
（BBT）
取締役
301,000 251,500 22,000 27,500 - 4
(監査等委員及び社
外取締役を除く。)
監査等委員(社外監
- - - - - -
査等委員を除く。)
社外役員 20,865 20,865 - - - 4
⑥ 役員ごとの報酬等の総額等
報酬等の総額が１億円以上である者が存在しないため、記載しておりません。
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(5) 【株式の保有状況】
① 投資株式の区分の基準及び考え方
当社は、専ら株式の価値の変動又は株式に係る配当によって利益を受けることを目的とする銘柄を純投資目的
と区分し、それ以外を目的とする銘柄を純投資目的以外の目的として区分しております。
② 保有目的が純投資目的以外の目的である投資株式
a．保有方針及び保有の 合理性を検証する方 法並びに個別銘柄の保有の適否に関する取締役会等における検証の内
容
当社は、取引先との安定的・中長期的な取引関係の維持・強化等により、当社の中長期的な企業価値の向上に
資することを目的として、政策的に必要であると判断する株式について保有していく方針です。世界中の高い技
術力を有する創薬企業・バイオベンチャー企業及びアカデミア等の研究機関と戦略的提携を組むことで、自社の
医薬品候補化合物の拡充を図ることが狙いです。
個別銘柄の保有の適否に関する取締役会等における検証の内容につきましては、継続的に保有先企業との共同
研究開発状況ならびに保有先企業の財政状態及び経営成績の状況についてモニタリングを実施すると共に、計画
と実績の乖離状況や、当社との共同研究開発等の進捗からリスクを踏まえて保有の合理性及び必要性を検討し、
政策保有の継続の適否について定期的に検討を行っております。
b．銘柄数及び貸借対照表計上額
貸借対照表計上額の
銘柄数
（銘柄）
合計額（千円）
非上場株式 3 4,003,553
非上場株式以外の株式 － －
（当事業年度において株式数が増加した銘柄）
銘柄数 株式数の増加に係る取得
株式数の増加の理由
（銘柄） 価額の合計額（千円）
非上場株式 1 612,926 共同研究開発促進のため
非上場株式以外の株式 － － ―
（当事業年度において株式数が減少した銘柄）
銘柄数 株式数の減少に係る売却
（銘柄） 価額の合計額（千円）
非上場株式 1 180,048
非上場株式以外の株式 － －
c．特定投資株式及びみなし保有株式の銘柄ごとの株式数、貸借対照表計上額等に関する情報
該当事項はありません。
③ 保有目的が純投資目的である投資株式
該当事項はありません。
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第５ 【経理の状況】
１ 財務諸表の作成方法について
当社の財務諸表は、「財務諸表等の用語、様式及び作成方法に関する規則」(1963年大蔵省令第59号)に基づいて作
成しております。
２ 監査証明について
当社は、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づき、事業年度(2021年１月１日から2021年12月31日まで)の
財務諸表について、有限責任 あずさ監査法人の監査を受けております。
３ 連結財務諸表について
当社は子会社を有していないため、連結財務諸表は作成しておりません。
４ 財務諸表等の適正性を確保するための特段の取り組みについて
当社は、財務諸表等の適正性を確保するための特段の取組みを行っております。具体的には、会計基準等の内容を
適切に把握し、又は会計基準等の変更等について的確に対応して財務諸表を適切に作成できる体制を整備するため
に、監査法人等が主催するセミナーへの参加及び財務・会計の専門書の購読等を行っております。
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１ 【連結財務諸表等】
(1) 【連結財務諸表】
該当事項はありません。
(2) 【その他】
該当事項はありません。
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２ 【財務諸表等】
(1)【財務諸表】
①【貸借対照表】
(単位：千円)
前事業年度 当事業年度
(2020年12月31日) (2021年12月31日)
資産の部
流動資産
現金及び預金 7,149,358 11,746,529
売掛金 5,655,460 810,818
貯蔵品 585,981 925,138
前払費用 253,843 62,891
関係会社短期貸付金 - 62,805
1,996,877 255,119
その他
流動資産合計 15,641,520 13,863,303
固定資産
有形固定資産
※１ 4,155,352 ※１ 4,157,788
建物
△ 531,363 △ 688,676
減価償却累計額
建物（純額） 3,623,989 3,469,112
※１ 192,138 ※１ 192,138
構築物
△ 43,434 △ 55,975
減価償却累計額
構築物（純額） 148,703 136,162
※１ 2,688,588 ※１ 3,303,330
工具、器具及び備品
△ 1,599,053 △ 2,020,483
減価償却累計額
工具、器具及び備品（純額） 1,089,535 1,282,847
※１ 904,628 ※１ 904,628
土地
- 644,400
建設仮勘定
有形固定資産合計 5,766,856 6,437,151
無形固定資産
ソフトウエア 77,192 47,256
1,491 28,245
その他
無形固定資産合計 78,683 75,502
投資その他の資産
投資有価証券 3,413,342 4,003,553
関係会社株式 691,445 1,634,710
長期貸付金 89,598 83,355
関係会社長期貸付金 62,805 414,097
長期前払費用 8,921 2,379
繰延税金資産 505,013 93,956
8,541 11,159
その他
投資その他の資産合計 4,779,667 6,243,212
固定資産合計 10,625,208 12,755,865
資産合計 26,266,729 26,619,168
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(単位：千円)
前事業年度 当事業年度
(2020年12月31日) (2021年12月31日)
負債の部
流動負債
買掛金 55,276 100,868
未払金 1,895,157 313,524
未払費用 589,546 448,605
未払法人税等 1,709,327 42,523
前受金 319,944 244,063
136,777 122,093
預り金
流動負債合計 4,706,030 1,271,679
固定負債
株式給付引当金 59,743 68,021
283,951 280,873
役員株式給付引当金
固定負債合計 343,694 348,894
負債合計 5,049,724 1,620,573
純資産の部
株主資本
資本金 3,933,885 3,956,738
資本剰余金
3,930,167 3,953,020
資本準備金
資本剰余金合計 3,930,167 3,953,020
利益剰余金
その他利益剰余金
13,936,858 17,543,266
繰越利益剰余金
利益剰余金合計 13,936,858 17,543,266
自己株式 △ 655,383 △ 620,123
株主資本合計 21,145,528 24,832,900
評価・換算差額等
△ 13,128 144,204
その他有価証券評価差額金
評価・換算差額等合計 △ 13,128 144,204
新株予約権 84,604 21,490
純資産合計 21,217,004 24,998,595
負債純資産合計 26,266,729 26,619,168
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②【損益計算書】
(単位：千円)
前事業年度 当事業年度
(自 2020年１月１日 (自 2021年１月１日
至 2020年12月31日) 至 2021年12月31日)
売上高 11,677,253 9,365,964
2,147,904 2,358,013
売上原価
売上総利益 9,529,349 7,007,950
※１ ,※２ 2,538,025 ※１ ,※２ 2,589,807
販売費及び一般管理費
営業利益 6,991,323 4,418,143
営業外収益
受取利息 2,167 283
為替差益 - 309,617
業務受託料 101,500 -
雇用調整助成金 16,875 8,010
1,836 38,614
その他
営業外収益合計 122,379 356,525
営業外費用
為替差損 133,266 -
株式交付費 30 159
4,128 31
その他
営業外費用合計 137,426 191
経常利益 6,976,277 4,774,477
特別利益
※３ - ※３ 84,000
新株予約権戻入益
特別利益合計 - 84,000
特別損失
投資有価証券売却損 - 34,825
956,251 -
投資有価証券評価損
特別損失合計 956,251 34,825
税引前当期純利益 6,020,025 4,823,652
法人税、住民税及び事業税
1,600,250 806,187
△ 28,582 411,057
法人税等調整額
法人税等合計 1,571,668 1,217,244
当期純利益 4,448,357 3,606,407
【売上原価明細書】
前事業年度 当事業年度
(自 2020年１月１日 (自 2021年１月１日
至 2020年12月31日) 至 2021年12月31日)
注記 構成比 構成比
区分 金額(千円) 金額(千円)
番号 (％) (％)
Ⅰ 材料費
※ 423,814 19.7 535,951 22.7
Ⅱ 労務費
694,484 32.3 767,797 32.6
Ⅲ 経費
1,029,606 47.9 1,054,264 44.7
( 263,512 ) (304,384)
(うち、減価償却費)
当期売上原価
100.0 100.0
2,147,904 2,358,013
(注)※ 材料費には主要材料の他、貯蔵品の当期消費分を含んでおります。
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③【株主資本等変動計算書】
前事業年度(自 2020年１月１日 至 2020年12月31日)
(単位：千円)
株主資本
資本剰余金 利益剰余金
その他利益剰余
資本金 自己株式 株主資本合計
金
資本準備金 資本剰余金合計 利益剰余金合計
繰越利益剰余金
当期首残高 3,930,541 3,926,823 3,926,823 9,488,501 9,488,501 △ 411,570 16,934,296
当期変動額
新株の発行 3,344 3,344 3,344 6,688
当期純利益 4,448,357 4,448,357 4,448,357
自己株式の取得 △ 243,813 △ 243,813
自己株式の処分 -
株主資本以外の項目
の当期変動額（純
額）
当期変動額合計 3,344 3,344 3,344 4,448,357 4,448,357 △ 243,813 4,211,232
当期末残高 3,933,885 3,930,167 3,930,167 13,936,858 13,936,858 △ 655,383 21,145,528
評価・換算差額等
新株予約権 純資産合計
その他有価証券 評価・換算差額
評価差額金 等合計
当期首残高 △ 40,700 △ 40,700 84,693 16,978,289
当期変動額
新株の発行 6,688
当期純利益 4,448,357
自己株式の取得 △ 243,813
自己株式の処分 -
株主資本以外の項目
の当期変動額（純 27,571 27,571 △ 88 27,482
額）
当期変動額合計 27,571 27,571 △ 88 4,238,714
当期末残高 △ 13,128 △ 13,128 84,604 21,217,004
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当事業年度(自 2021年１月１日 至 2021年12月31日)
(単位：千円)
株主資本
資本剰余金 利益剰余金
その他利益剰余
資本金 自己株式 株主資本合計
金
資本準備金 資本剰余金合計 利益剰余金合計
繰越利益剰余金
当期首残高 3,933,885 3,930,167 3,930,167 13,936,858 13,936,858 △ 655,383 21,145,528
当期変動額
新株の発行 22,852 22,852 22,852 45,704
当期純利益 3,606,407 3,606,407 3,606,407
自己株式の取得 △ 362 △ 362
自己株式の処分 35,622 35,622
株主資本以外の項目
の当期変動額（純
額）
当期変動額合計 22,852 22,852 22,852 3,606,407 3,606,407 35,260 3,687,372
当期末残高 3,956,738 3,953,020 3,953,020 17,543,266 17,543,266 △ 620,123 24,832,900
評価・換算差額等
新株予約権 純資産合計
その他有価証券 評価・換算差額
評価差額金 等合計
当期首残高 △ 13,128 △ 13,128 84,604 21,217,004
当期変動額
新株の発行 45,704
当期純利益 3,606,407
自己株式の取得 △ 362
自己株式の処分 35,622
株主資本以外の項目
の当期変動額（純 157,333 157,333 △ 63,114 94,218
額）
当期変動額合計 157,333 157,333 △ 63,114 3,781,590
当期末残高 144,204 144,204 21,490 24,998,595
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④【キャッシュ・フロー計算書】
(単位：千円)
前事業年度 当事業年度
(自 2020年１月１日 (自 2021年１月１日
至 2020年12月31日) 至 2021年12月31日)
営業活動によるキャッシュ・フロー
税引前当期純利益 6,020,025 4,823,652
減価償却費 559,201 633,006
のれん償却額 11,815 -
役員株式給付引当金の増減額（△は減少） 139,214 27,500
受取利息及び受取配当金 △ 2,167 △ 283
為替差損益（△は益） 132,827 △ 159,845
株式交付費 30 159
補助金収入 - △ 748
投資有価証券評価損益（△は益） 956,251 -
投資有価証券売却損益（△は益） - 34,825
新株予約権戻入益 - △ 84,000
売上債権の増減額（△は増加） △ 5,342,968 4,844,642
貯蔵品の増減額（△は増加） △ 244,665 △ 339,157
前払費用の増減額（△は増加） △ 94,827 197,493
未収入金の増減額（△は増加） △ 1,738,800 1,738,800
仕入債務の増減額（△は減少） 16,680 45,591
未払金の増減額（△は減少） 1,788,258 △ 1,667,072
未払費用の増減額（△は減少） 518,692 △ 140,941
前受金の増減額（△は減少） 7,020 △ 75,881
預り金の増減額（△は減少） 124,410 △ 14,683
△ 1,109,874 △ 817,145
その他
小計 1,741,127 9,045,912
利息及び配当金の受取額
2,167 283
法人税等の支払額 △ 10,725 △ 2,391,619
164 131
法人税等の還付額
営業活動によるキャッシュ・フロー 1,732,733 6,654,708
投資活動によるキャッシュ・フロー
投資有価証券の売却による収入 - 145,222
関係会社株式の取得による支出 △ 691,445 △ 943,265
関係会社貸付けによる支出 △ 62,805 △ 414,097
貸付金の回収による収入 4,160 6,241
補助金の受取額 136,323 137,071
有形固定資産の取得による支出 △ 575,910 △ 1,185,973
無形固定資産の取得による支出 △ 10,350 △ 28,705
- 55
その他
投資活動によるキャッシュ・フロー △ 1,200,025 △ 2,283,450
財務活動によるキャッシュ・フロー
新株予約権の行使による株式の発行による収入 6,569 44,940
新株予約権の発行による収入 - 21,490
△ 243,813 △ 362
自己株式の取得による支出
財務活動によるキャッシュ・フロー △ 237,244 66,067
現金及び現金同等物に係る換算差額 △ 132,827 159,845
現金及び現金同等物の増減額（△は減少） 162,636 4,597,171
現金及び現金同等物の期首残高 6,986,722 7,149,358
※１ 7,149,358 ※１ 11,746,529
現金及び現金同等物の期末残高
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【注記事項】
(重要な会計方針)
１ 資産の評価基準及び評価方法
(1)有価証券の評価基準及び評価方法
関係会社株式…移動平均法による原価法を採用しております。
投資有価証券…移動平均法による原価法を採用しております。
(2)棚卸資産の評価基準及び評価方法
貯蔵品…個別法による原価法を採用しております。
(貸借対照表価額については収益性の低下に基づく簿価切下げの方法により算定)
２ 固定資産の減価償却の方法
(1)有形固定資産
定額法を採用しております。
なお、主な耐用年数は以下のとおりであります。
建物 ６年～50年
構築物 10年～30年
工具、器具及び備品 ３年～15年
(2)無形固定資産
定額法を採用しております。
なお、主な償却年数は以下のとおりであります。
のれん ５年
ソフトウェア(自社利用) ５年 (社内における見込み利用可能期間)
３ 繰延資産の処理方法
株式交付費
支出時に全額費用として処理しております。
４ 引当金の計上基準
株式給付引当金
株式給付規程に基づく従業員への当社株式の交付に備えるため、当事業年度末における株式給付債務の見込額
に基づき計上しております。
役員株式給付引当金
役員株式給付規程に基づく取締役への当社株式の交付に備えるため、当事業年度末における株式給付債務の見
込額に基づき計上しております。
５ キャッシュ・フロー計算書における資金の範囲
キャッシュ・フロー計算書における資金（現金及び現金同等物）は、手許現金、随時引き出しが可能な預金及び
預入期間が３か月以内の定期預金からなっております。
６ 収益及び費用の計上基準
株式を対価とする収益認識
株式を対価とするマイルストーン収入は、実現主義の原則に基づき、研究開発の進捗に応じ一定の条件を達成し
た時点において、その対価として取得したRayzeBio Inc.,の普通株式の公正な評価額に基づき、収益認識を行って
おります。なお、マイルストーン収入は612,926千円となっております。
７ その他財務諸表作成のための基本となる重要な事項
消費税等の会計処理
税抜処理を採用しております。
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(重要な会計上の見積り)
投資有価証券及び関係会社株式の評価
(1) 当事業年度の財務諸表に計上した金額
当事業年度の貸借対照表には、投資有価証券4,003,553千円及び関係会社株式1,634,710千円が計上されておりま
す。
(2) 識別した項目に係る重要な会計上の見積りの内容に関する情報
投資有価証券及び関係会社株式については、時価を把握することが極めて困難と認められる株式等であり、１株
当たりの純資産額に所有株式数を乗じた金額を基礎とした実質価額が取得価額と比べて50%以上低下したものについ
ては、回復可能性が十分な証拠により裏付けられる場合を除き減損処理を行っております。また、会社の超過収益
力等を反映して、財務諸表から得られる１株当たり純資産額に比べて高い価額で当該会社の株式を取得している場
合においては、超過収益力等が見込めなくなったときには、これを反映した実質価額が取得原価の50％以上低下し
ている場合に、減損処理を行っております。
評価にあたっては、投資先の過去の実績や入手した投資先の事業計画等を基礎としておりますが、これには経済
環境の仮定等の不確実性が含まれております。経済環境の悪化等が生じた場合、翌事業年度において投資有価証券
及び関係会社株式の減損処理が必要となる可能性があり、翌事業年度の財務諸表に重要な影響を与える可能性があ
ります。
(未適用の会計基準等)
１．収益認識に関する会計基準等
・「収益認識に関する会計基準」(企業会計基準第29号 2020年３月31日 企業会計基準委員会)
・「収益認識に関する会計基準の適用指針」(企業会計基準適用指針第30号 2021年３月26日 企業会計基準委員会)
(1) 概要
国際会計基準審議会(IASB)及び米国財務会計基準審議会(FASB)は、共同して収益認識に関する包括的な会計基
準の開発を行い、2014年５月に「顧客との契約から生じる収益」(IASBにおいてはIFRS第15号、FASBにおいては
Topic606)を公表しており、IFRS第15号は2018年１月１日以後開始する事業年度から、Topic606は2017年12月15日
より後に開始する事業年度から適用される状況を踏まえ、企業会計基準委員会において、収益認識に関する包括
的な会計基準が開発され、適用指針と合わせて公表されたものです。
企業会計基準委員会の収益認識に関する会計基準の開発にあたっての基本的な方針として、IFRS第15号と整合
性を図る便益の１つである財務諸表間の比較可能性の観点から、IFRS第15号の基本的な原則を取り入れることを
出発点とし、会計基準を定めることとされ、また、これまでわが国で行われてきた実務等に配慮すべき項目があ
る場合には、比較可能性を損なわせない範囲で代替的な取扱いを追加することとされております。
(2) 適用予定日
2022年12月期の期首より適用予定であります。
(3) 当該会計基準等の適用による影響
影響額は、当財務諸表の作成時において評価中であります。
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２．時価の算定に関する会計基準等
・「時価の算定に関する 会計基準」(企業会計基準第30号 2019年７月４日 企業会計基準委員会)
・「時価の算定に関する会計基準の適用指針」（企業 会計基準適用指針第31号 2021年６月17日 企業会計基準委
員会）
・「棚卸資産の評価に関する会計基準」（企業会計基準第９号 2019年７月４日 企業会計基準委員会）
・「金融商品に関する会計基準」（企業会計基準第10号 2019年７月４日 企業会計基準委員会）
・「金融商品の時価等の開示に関する適用指針」（企業会計基準適用指針第19号 2020年３月31日 企業会計基準
委員会）
(1) 概要
国際的な会計基準の定めとの比較可能性を向上させるため、「時価の算定に関する会計基準」及び「時価の算
定に関する会計基準の適用指針」(以下「時価算定会計基準等」という。)が開発され、時価の算定方法に関する
ガイダンス等が定められました。時価算定会計基準等は次の項目の時価に適用されます。
・「金融商品に関する会計基準」における金融商品
・「棚卸資産の評価に関する会計基準」におけるトレーディング目的で保有する棚卸資産
また「金融商品の時価等の開示に関する適用指針」が改訂され、金融商品の時価のレベルごとの内訳等の注記
事項が定められました。
(2) 適用予定日
2022年12月期の期首から適用予定であります。
(3) 当該会計基準等の適用による影響
影響額は、当財務諸表の作成時において評価中であります。
(表示方法の変更)
(貸借対照表)
前事業年度において、独立掲記しておりました「流動資産」の「未収入金」は金額的重要性が乏しくなったた
め、当事業年度より「その他」に含めて表示しております。この表示方法の変更を反映させるため、前事業年度の
財務諸表の組み替えを行っております。
この結果、前事業年度の貸借対照表において、「流動資産」に表示していた「未収入金」1,875,123千円、「その
他」121,753千円は、「その他」1,996,877千円として組み替えております。
(「会計上の見積りの開示に関する会計基準」の適用)
「会計上の見積りの開示に関する会計基準」（企業会計基準第31号 2020年3月31日）を当事業年度より適用し、
（重要な会計上の見積り）を開示しております。
ただし、当該注記においては、当該会計基準第11項ただし書きに定める経過的な取扱いに従って、前事業年度に
係る内容については記載しておりません。
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(追加情報)
１．従業員等に信託を通じて自社の株式を交付する取引
(1) 株式給付信託（BBT）
当社は取締役（社外取締役及び監査等委員である取締役を除きます。）に対し、中長期にわたる業績向上と企
業価値の増大への貢献意識を高めるため、取締役に対する新たな株式報酬制度「株式給付信託（BBT）」を導入し
ております。
当該信託契約に係る会計処理については、「従業員等に信託を通じて自社の株式を交付する取引に関する実務
上の取扱い」（実務対応報告第30号 2015年３月26日）を適用しております。
ａ. 取引の概要
本制度は、あらかじめ当社が定めた役員株式給付規程に基づき、一定の要件を満たした当社の取締役に対し、
当社株式を給付する仕組みであります。
当社は取締役に対して、役員株式給付規程に従いポイントを付与し、原則として退任時に当該付与ポイントに
相当する当社株式を給付いたします。取締役に対して給付する株式については、あらかじめ信託設定した金銭に
より将来分も含めて取得し、信託財産として分別管理しております。
ｂ. 信託に残存する自社の株式
信託に残存する当社株式を信託における帳簿価額（付随費用の金額を除く。）により純資産の部に自己株式と
して計上しております。当該自己株式の帳簿価額は前事業年度末394,015千円、当事業年度末363,431千円、株式
数は前事業年度末121,100株、当事業年度末111,700株であります。
(2) 株式給付信託（J-ESOP）
当社は従業員の帰属意識を醸成することや株価及び業績向上への意欲を高めることを目的として、従業員に対
して自社の株式を給付するインセンティブプラン「株式給付信託（J-ESOP）」を導入しております。
当該信託契約に係る会計処理については、「従業員等に信託を通じて自社の株式を交付する取引に関する実務
上の取扱い」（実務対応報告第30号 2015年３月26日）を適用しております。
ａ. 取引の概要
本制度は、あらかじめ当社が定めた株式給付規程に基づき、一定の要件を満たした当社の従業員に対し、当社
株式を給付する仕組みであります。
当社は従業員に対して、個人の貢献度等に応じたポイントを付与し、一定の条件により受給権の取得をしたと
きに当該付与ポイントに相当する当社株式を給付いたします。従業員に対して給付する株式については、あらか
じめ信託設定した金銭により将来分も含めて取得し、信託財産として分別管理しております。
ｂ. 信託に残存する自社の株式
信託に残存する当社株式を信託における帳簿価額（付随費用の金額を除く。）により純資産の部に自己株式と
して計上しております。当該自己株式の帳簿価額は前事業年度末260,929千円、当事業年度末255,890千円、株式
数は前事業年度末72,500株、当事業年度末71,100株であります。
２．「会計方針の開示、会計上の変更及び誤謬の訂正に関する会計基準」の適用に伴う重要な会計方針の開示
「会計方針の開示、会計上の変更及び誤謬の訂正に関する会計基準」（企業会計基準第24号 2020年３月31
日）を当事業年度の年度末に係る財務諸表から適用し、「 関連する会計基準等の定めが明らかでない 場合に採用
した会計処理の原則及び手続」を「第５ 経理の状況 ２．財務諸表等（１）財務諸表 注記事項（重要な会計
方針）」に記載しております。
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(貸借対照表関係)
※１ 圧縮記帳額
国庫補助金等により有形固定資産の取得価額から控除している圧縮記帳額及びその内訳は次のとおりでありま
す。
(単位：千円)
前事業年度 当事業年度
( 2020年12月31日 ) ( 2021年12月31日 )
圧縮記帳額 671,180 671,180
（うち、建物） 448,166 448,166
（うち、構築物） 20,865 20,865
（うち、工具、器具及び備品） 102,230 102,230
（うち、土地） 99,917 99,917
２ 保証債務
下記の会社の国立研究開発法人日本医療研究開発機構(AMED)の医療研究開発革新基盤創成事業として締結された
環境整備契約に基づく債務残高に対して、次のとおり債務保証を行っております。
(単位：千円)
前事業年度 当事業年度
( 2020年12月31日 ) ( 2021年12月31日 )
ペプチスター株式会社 9,000,000 9,000,000
計 9,000,000 9,000,000
(注) 塩野義製薬株式会社及び積水化学工業株式会社と連帯保証を行っております。
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(損益計算書関係)
※１ 販売費及び一般管理費の主要な費目及び金額並びにおおよその割合は、次のとおりであります。
前事業年度 当事業年度
(自 2020年１月１日 (自 2021年１月１日
至 2020年12月31日 ) 至 2021年12月31日 )
役員報酬 272,600 千円 294,365 千円
役員株式給付引当金繰入額 139,214 千円 27,500 千円
株式給付引当金繰入額 6,843 千円 1,079 千円
減価償却費 69,384 千円 70,058 千円
研究開発費 1,460,973 千円 1,638,591 千円
おおよその割合
販売費 0 ％ 0 ％
一般管理費 100 ％ 100 ％
※２ 研究開発費の総額
前事業年度(自 2020年１月１日 至 2020年12月31日 )
一般管理費に含まれる研究開発費は、 1,460,973 千円であります。なお、売上原価に含まれる研究開発費はありませ
ん。
当事業年度(自 2021年１月１日 至 2021年12月31日 )
一般管理費に含まれる研究開発費は、 1,638,591 千円であります。なお、売上原価に含まれる研究開発費はありませ
ん。
※３ 新株予約権戻入益
前事業年度(自 2020年１月１日 至 2020年12月31日 )
該当事項はありません。
当事業年度(自 2021年１月１日 至 2021年12月31日 )
当社の2018年３月決議の権利確定条件付き有償新株予約権の権利が2021年11月２日をもって失効し、未行使分の権利
が消滅したことに伴い、貸借対照表の部に計上していた新株予約権84,000千円を取崩し、新株予約権戻入益として特別
利益に計上しております。
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(株主資本等変動計算書関係)
前事業年度(自 2020年１月１日 至 2020年12月31日 ）
１ 発行済株式に関する事項
株式の種類 当事業年度期首 増加 減少 当事業年度末
普通株式(株) 125,310,400 600,000 － 125,910,400
(変動事由の概要）
発行済株式の増加数の内訳は、次のとおりであります。
新株予約権の行使による増加 600,000株
２ 自己株式に関する事項
株式の種類 当事業年度期首 増加 減少 当事業年度末
普通株式(株) 143,452 50,242 － 193,694
(注) １．当事業年度期首及び当事業年度期末の自己株式には、信託が保有する自社の株式がそれぞれ 143,400株 、
193,600株 が含まれております。
２．(変動事由の概要）
自己株式の増加減少数の内訳は、次のとおりであります。
・信託による自己株式取得による増加 50,200株
・単元未満株式の買取による増加 42株
３ 新株予約権等に関する事項
当事業
目的となる株式の数(株）
目的となる
内訳 年度末残高
株式の種類
当事業年度期首 増加 減少 当事業年度末
（千円）
第５回新株予約権
普通株式 4,700,000 ― 600,000 4,100,000 604
(2011年４月26日決議）
第７回新株予約権
普通株式 2,400,000 ― ― 2,400,000 84,000
(2018年３月12日決議）
合計 7,100,000 ― 600,000 6,500,000 84,604
(注)目的となる株式の数の変動事由の概要
第５回新株予約権の減少は、新株予約権の行使によるものであります。
４ 配当に関する事項
（1）配当金支払額
該当事項はありません。
（2）基準日が当事業年度に属する配当のうち、配当の効力発生日が翌事業年度となるもの
該当事項はありません。
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当事業年度(自 2021年１月１日 至 2021年12月31日 ）
１ 発行済株式に関する事項
株式の種類 当事業年度期首 増加 減少 当事業年度末
普通株式(株) 125,910,400 4,100,000 － 130,010,400
(変動事由の概要）
発行済株式の増加数の内訳は、次のとおりであります。
新株予約権の行使による増加 4,100,000株
２ 自己株式に関する事項
株式の種類 当事業年度期首 増加 減少 当事業年度末
普通株式(株) 193,694 70 10,800 182,964
(注) １．当事業年度期首及び当事業年度期末の自己株式には、信託が保有する自社の株式がそれぞれ 193,600株 、
182,800株 が含まれております。
２．(変動事由の概要）
自己株式の増加減少数の内訳は、次のとおりであります。
・株式給付信託(BBT)からの給付による減少 9,400株
・株式給付信託(J-ESOP)からの給付による減少 1,400株
・単元未満株式の買取による増加 70株
３ 新株予約権等に関する事項
当事業
目的となる株式の数(株）
目的となる
内訳 年度末残高
株式の種類
当事業年度期首 増加 減少 当事業年度末
（千円）
第５回新株予約権
普通株式 4,100,000 － 4,100,000 － －
(2011年４月26日決議）
第７回新株予約権
普通株式 2,400,000 － 2,400,000 － －
(2018年３月12日決議）
ストックオプションとして
普通株式 － － － － 21,490
の第８回新株予約権
合計 6,500,000 3,070,000 6,500,000 3,070,000 21,490
(注)目的となる株式の数の変動事由の概要
第５回新株予約権の減少は、新株予約権の行使によるものであります。
第７回新株予約権の減少は、新株予約権の失効によるものであります。
４ 配当に関する事項
（1）配当金支払額
該当事項はありません。
（2）基準日が当事業年度に属する配当のうち、配当の効力発生日が翌事業年度となるもの
該当事項はありません。
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(キャッシュ・フロー計算書関係)
※１ 現金及び現金同等物の期末残高と貸借対照表に掲記されている科目の金額との関係は、次のとおりであります。
前事業年度 当事業年度
(自 2020年１月１日 (自 2021年１月１日
至 2020年12月31日 ) 至 2021年12月31日 )
現金及び預金 7,149,358 千円 11,746,529 千円
預入期間が３か月を超える定期預金 － 千円 － 千円
現金及び現金同等物 7,149,358 千円 11,746,529 千円
※２ 重要な非資金取引の内容
前事業年度 当事業年度
(自 2020年１月１日 (自 2021年１月１日
至 2020年12月31日 ) 至 2021年12月31日 )
株式を対価とする売上 1,146,424 千円 612,926 千円
(金融商品関係)
１ 金融商品の状況に関する事項
(1)金融商品に対する取組方針
当社は、資金の運用については、投機的な取引は行わない方針であり、安全性の高い金融資産に限定しておりま
す。また、必要な資金については、基本的に自己資金を充当することとしております。
(2)金融商品の内容及びそのリスク
預金の一部は外貨預金であり、為替変動リスクに晒されております。営業債権である売掛金、未収入金は、極め
て限定的ではありますが、顧客の信用リスクに晒されております。投資有価証券及び関係会社株式は、業務上の関
係を有する企業の株式であり、投資先の業績や財政状態などによる資産価値変動リスクに晒されております。ま
た、長期貸付金についても、信用リスクに晒されております。営業債務である買掛金、未払金は、１年以内の支払
期日となっております。
(3)金融商品に係るリスク管理体制
①信用リスク（取引先の契約不履行等に係るリスク）の管理
当社は、主要な取引先の状況を定期的にモニタリングし、取引相手ごとに適切な与信管理を実施することによ
り月単位で回収期日及び残高を管理するとともに、財務状況等の悪化等による回収懸念の早期把握や軽減を図っ
ております。
長期貸付金については、定期的に取引先の状況を把握し、財務状況等の悪化等による回収懸念の早期把握や軽
減を図っております。
②市場リスクの管理
外貨預金について、為替の変動リスクが経営に与える影響は重要ではないと認識しておりますが、定期的に為
替相場を把握し為替変動リスクを管理しております。
③資金調達に係る流動性リスク(支払期日に支払いを実行できなくなるリスク)の管理
当社は、各部署からの報告に基づき適時に資金繰計画を作成・更新するとともに、手元流動性の維持などによ
り流動性リスクを管理しております。
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２ 金融商品の時価等に関する事項
貸借対照表計上額、時価及びこれらの差額については、次のとおりであります。
前事業年度( 2020年12月31日 )
貸借対照表計上額 時価 差額
(千円) (千円) (千円)
(1) 現金及び預金
7,149,358 7,149,358 －
(2) 売掛金
5,655,460 5,655,460 －
(3) 未収入金
1,875,123 1,875,123 －
(4) 長期貸付金
89,598 88,757 △840
(5) 関係会社長期貸付金
62,805 62,805 －
資産計 14,832,346 14,831,506 △840
(1) 買掛金
55,276 55,276 －
(2) 未払金
1,895,157 1,895,157 －
(3) 未払法人税等
1,709,327 1,709,327 －
負債計 3,659,761 3,659,761 －
当事業年度( 2021年12月31日 )
貸借対照表計上額 時価 差額
(千円) (千円) (千円)
(1) 現金及び預金
11,746,529 11,746,529 －
(2) 売掛金
810,818 810,818 －
(3) 関係会社短期貸付金
62,805 62,805 －
(4) 長期貸付金
83,355 82,198 △1,157
(5) 関係会社長期貸付金
414,097 414,097 －
資産計 13,117,605 13,116,448 △1,157
(1) 買掛金
100,868 100,868 －
(2) 未払金
313,524 313,524 －
(3) 未払法人税等
42,523 42,523 －
負債計 456,916 456,916 －
（注）１.金融商品の時価の算定方法
資 産
(1)現金及び預金、(2)売掛金
これらは短期間で決済されるため、時価は帳簿価額にほぼ等しいことから、当該帳簿価額によっております。
(4)長期貸付金
元利金の合計額を同様の新規貸付を行った場合に想定される利率で割り引いた現在価値により算定しておりま
す。
(3)関係会社短期貸付金、(5)関係会社長期貸付金
変動金利によるため、短期間で市場金利を反映しており、時価は帳簿価額にほぼ等しいことから、当該帳簿価
額によっております。
負 債
(1)買掛金、(2)未払金、(3)未払法人税等
これらは短期間で決済されるため、時価は帳簿価額にほぼ等しいことから、当該帳簿価額によっております。
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２.金銭債権の決算日後の償還予定額
前事業年度( 2020年12月31日 )
１年超 ５年超
１年以内 10年超
５年以内 10年以内
(千円) (千円)
(千円) (千円)
預金 7,149,358 － － －
売掛金 5,655,460 － － －
未収入金 1,875,123 － － －
貸付金(注) 6,241 31,226 31,257 27,114
関係会社貸付金(注) － 62,805 － －
合計 14,686,184 94,031 31,257 27,114
当事業年度( 2021年12月31日 )
１年超 ５年超
１年以内 10年超
５年以内 10年以内
(千円) (千円)
(千円) (千円)
預金 11,746,529 － － －
売掛金 810,818 － － －
貸付金(注) 6,242 31,232 31,263 20,859
関係会社貸付金(注) 62,805 414,097 － －
合計 12,626,395 445,329 31,263 20,859
(注) 貸付金は短期貸付金と長期貸付金を含んでおり、関係会社貸付金は関係会社短期貸付金と関係会社長期貸付金
を含んでおります。
３.時価を把握することが極めて困難と認められる金融商品
(単位：千円)
前事業年度 当事業年度
(自 2020年１月１日 (自 2021年１月１日
区分
至 2020年12月31日 ) 至 2021年12月31日 )
投資有価証券(注)１、(注)２ 3,413,342 4,003,553
関係会社株式(注)１ 691,445 1,634,710
（注）１.投資有価証券及び関係会社株式は市場価額がなく、時価を把握することが極めて困難と認められるため時価
開示の対象としておりません。
２.前事業年度において、投資有価証券について956,251千円の減損処理を行っております。
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(有価証券関係)
１．関連会社株式
前事業年度（ 2020年12月31日 ）
関連会社株式(貸借対照表計上額は 691,445千円 )は、市場価格がなく、時価を把握することが極めて困難と認められる
ことから、記載しておりません。
当事業年度（ 2021年12月31日 ）
関連会社株式(貸借対照表計上額は 1,634,710千円 )は、市場価格がなく、時価を把握することが極めて困難と認められ
ることから、記載しておりません。
２．その他有価証券
前事業年度（ 2020年12月31日 ）
貸借対照表計上額
種類 取得原価(千円) 差額(千円)
(千円)
株式 － － －
貸借対照表計上額が
取得原価を超えるもの
小計 － － －
株式 3,413,342 3,426,471 △13,128
貸借対照表計上額が取
得原価を超えないもの
小計 3,413,342 3,426,471 △13,128
合計 3,413,342 3,426,471 △13,128
当事業年度（ 2021年12月31日 ）
貸借対照表計上額
種類 取得原価(千円) 差額(千円)
(千円)
株式 1,903,555 1,759,351 144,204
貸借対照表計上額が
取得原価を超えるもの
小計 1,903,555 1,759,351 144,204
株式 2,099,997 2,099,997 －
貸借対照表計上額が取
得原価を超えないもの
小計 2,099,997 2,099,997 －
合計 4,003,553 3,859,349 144,204
３．売却したその他有価証券
前事業年度（自 2020年１月１日 至 2020年12月31日 ）
前事業年度において、該当事項はありません。
当事業年度（自 2021年１月１日 至 2021年12月31日 ）
売却額 売却益の合計額 売却損の合計額
区分
(千円) (千円) (千円)
株式 145,222 ― 34,825
合計 145,222 ― 34,825
４．減損処理を行った有価証券
前事業年度（自 2020年１月１日 至 2020年12月31日 ）
前事業年度において、その他有価証券について956,251千円減損処理を行っております。
当事業年度（自 2021年１月１日 至 2021年12月31日 ）
当事業年度において、該当事項はありません。
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(退職給付関係)
１．採用している退職給付制度の概要
当社は、確定拠出年金制度を採用しております。
２．確定拠出制度
当社の確定拠出年金制度への要拠出額は、前事業年度 29,845千円 、当事業年度 35,336千円 であります。
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(ストック・オプション等関係)
１．ストック・オプションに係る費用計上額及び科目名
該当事項はありません
２．ストック・オプションの内容、規模及びその変動状況
(1)ストック・オプションの内容
第８回新株予約権
取締役 ３名
（監査等委員を除く）
付与対象者の区分及び人数 取締役 ３名
（監査等委員）
従業員 23名
株式の種類別のストック・オプションの数(注) 普通株式 3,070,000
付与日 2021年12月14日
(1)2022年12月期から2026年12月期までの事業年度において、EBITDA
の累計額が、下記(a)または(b)に定める水準を超過した場合、それ
ぞれに定められている割合（以下、「行使可能割合」という。）を
上限として、これ以降本新株予約権を行使することができる。
(a) EBITDAの累計額が450億円を超過した場合：行使可能割合 割り
当てられた本新株予約権の50％
(b) EBITDAの累計額が500億円を超過した場合：行使可能割合 割り
当てられた本新株予約権の100％
権利確定条件
なお、上記におけるEBITDAは当社の損益計算書(連結損益計算書を作
成している場合には連結損益計算書)に記載された税引前当期純利益
に支払利息及びM&A関連費用を加算し、キャッシュ・フロー計算書
(連結キャッシュ・フロー計算書を作成している場合には連結キャッ
シュ・フロー計算書)に記載された減価償却費、のれん償却費、減損
損失を加算した額をいう。加えて、当該損益計算書に本新株予約権
に係る株式報酬費用が計上されている場合には、これによる影響を
排除した株式報酬費用控除前EBITDAをもって判定するものとする。
(2)本新株予約権１個未満の行使を行うことはできないものとする。
対象勤務期間 －
権利行使期間 2027年４月１日～2032年３月31日
(注)株式数に換算して記載しております。
(2)ストック・オプションの規模及びその変動状況
当事業年度において、存在したストック・オプションを対象とし、ストック・オプションの数については、株
式数に換算して記載しております。
①ストック・オプションの数
第８回新株予約権
権利確定前 (株)
前事業年度末 －
付与 3,070,000
失効 －
権利確定 －
未確定残 3,070,000
権利確定後 (株)
前事業年度末 －
権利確定 －
権利行使 －
失効 －
未行使残 －
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②単価情報
第８回新株予約権
権利行使価格 (円) 2,893
行使時平均株価 (円) －
付与日における公正な評価単価 (円) 1,224
３．ストック・オプションの公正な評価単価の見積方法
(1)使用した評価技法 ブラック・ショールズ式
(2)主な基礎数値及びその見積方法
株価変動性 (注)１ 51.36％
予想残存期間 (注)２ 10.3年
予想配当 (注)３ 0円/株
無リスク利子率 (注)４ 0.092％
(注)１．評価基準日である2021年11月17日の終値に基づき算定しました。
２． 各新株予約権者の予想在任期間を見積り、各新株予約権者に付与された新株予約権の個数で加重平均するこ
とにより見積っております。
３．2020年12月期の配当実績によります。
４．予想残存期間に対応する期間に対応する国債の利回りであります。
４．ストック・オプションの権利確定数の見積方法
基本的には、将来の失効数の合理的な見積りは困難であるため、実績の失効数のみ反映させる方法を採用しており
ます。
(追加情報)
(従業員等に対して権利確定条件付き有償新株予約権を付与する取引に関する取扱いの適用)
「従業員等に対して権利確定条件付き有償新株予約権を付与する取引に関する取扱い」（実務対応報告第36
号 2018年１月12日。以下「実務対応報告第36号」という。）の適用日より前に従業員等に対して権利確定条件
付き有償新株予約権を付与した取引については、実務対応報告第36号第10項(3)に基づいて、従来採用していた会
計処理を継続しております。
１．権利確定条件付き有償新株予約権の概要
(1) 権利確定条件付き有償新株予約権の内容
第７回新株予約権
決議年月日 2018年３月12日
取締役 ３名(監査等委員を除く)
付与対象者の区分及び人数
従業員 10名
株式の種類別のストック・オプションの数(注) 普通株式 2,400,000株
付与日 2018年３月27日
(1)2020年12月期から2023年12月期のいずれかの事業年度におい
て、営業利益が6,000百万円を超過した場合に本新株予約権を行使
することができる。
(2)新株予約権者は、新株予約権の権利行使時においても、当社又
権利確定条件 は当社関係会社の取締役、監査役又は従業員であることを要す
る。ただし、任期満了による退任、定年退職、その他正当な理由
があると取締役会が認めた場合は、この限りではない。
(3)本新株予約権１個未満の行使を行うことはできないものとす
る。
対象勤務期間 対象勤務期間の定めはありません
権利行使期間 2020年10月１日～2028年９月30日
(注) 株式数に換算して記載しております。
(2) 権利確定条件付き有償新株予約権の規模及びその変動状況
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当事業年度(2021年12月期)において存在したストック・オプションを対象とし、ストック・オプションの数につ
いては、株式数に換算して記載しております。
① ストック・オプションの数
第７回新株予約権
権利確定前(株)
前事業年度末
2,400,000
付与
－
失効
－
権利確定
2,400,000
未確定残
－
権利確定後(株)
前事業年度末
－
権利確定
2,400,000
権利行使
－
失効
2,400,000
未行使残
－
② 単価情報
権利行使価格(円) 5,540
行使時平均株価(円) －
２．採用している会計処理の概要
(権利確定日以前の会計処理)
(1) 権利確定条件付き有償新株予約権の付与に伴う従業員等からの払込金額を、純資産の部に新株予約権として計上
する。
(2) 新株予約権として計上した払込金額は、権利不確定による失効に対応する部分を利益として計上する。
(権利確定日後の会計処理)
(3) 権利確定条件付き有償新株予約権が権利行使され、これに対して新株を発行した場合、新株予約権として計上し
た額のうち、当該権利行使に対応する部分を払込資本に振り替える。
(4) 権利不行使による失効が生じた場合、新株予約権として計上した額のうち、当該失効に対応する部分を利益とし
て計上する。この会計処理は、当該失効が確定した期に行う。
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(税効果会計関係)
１ 繰延税金資産及び繰延税金負債の発生の主な原因別の内訳
前事業年度 当事業年度
(2020年12月31日) (2021年12月31日)
繰延税金資産
未払事業税 104,386 千円 10,533 千円
前受金 97,839 千円 74,634 千円
役員株式給付引当金 67,636 千円 65,013 千円
株式給付引当金 18,269 千円 20,800 千円
投資有価証券評価損 292,421 千円 千円
－
5,687 千円 4,165 千円
その他
繰延税金資産 小計
586,241 千円 175,149 千円
△81,227 千円 △81,192 千円
評価性引当額
繰延税金資産 合計 505,013 千円 93,956 千円
繰延税金資産純額
505,013 千円 93,956 千円
２ 法定実効税率と税効果会計適用後の法人税等の負担率との差異の原因となった主な項目別の内訳
前事業年度 当事業年度
(2020年12月31日) (2021年12月31日)
法定実効税率
30.6 ％ 30.6 ％
（調整）
交際費等永久に算入されない項目 0.6 ％ 0.2 ％
住民税均等割 0.1 ％ 0.1 ％
評価性引当金の増減 0.6 ％ 0.5 ％
試験研究費等の特別控除 △5.8 ％ △5.6 ％
0.0 ％ △0.6 ％
その他
税効果会計適用後の法人税等の負担率
26.1 ％ 25.2 ％
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(セグメント情報等)
【セグメント情報】
当社の事業セグメントは、アライアンス事業のみの単一セグメントであり重要性が乏しいため、セグメント情報の
記載を省略しております。
【関連情報】
前事業年度(自 2020年１月１日 至 2020年12月31日 )
１ 製品及びサービスごとの情報
単一の製品及びサービスの区分の外部顧客への売上高が損益計算書の売上高の90％を超えるため、記載を省略し
ております。
２ 地域ごとの情報
(1) 売上高
(単位：千円)
日本 米国 欧州 その他 合計
3,087,043 8,180,749 364,424 45,036 11,677,253
(注) 売上高は顧客の所在地を基礎とし、国又は地域に分類しております。
(2) 有形固定資産
本邦以外に所在している有形固定資産がないため、記載を省略しております。
３ 主要な顧客ごとの情報
(単位：千円)
顧客の名称又は氏名 売上高 関連するセグメント名
甲社 2,609,425 アライアンス事業
乙社 2,556,800 アライアンス事業
丙社 1,525,311 アライアンス事業
丁社 1,393,636 アライアンス事業
(注）当社顧客との共同研究開発契約においては秘密保持条項が存在するため、社名の公表は控えさせて頂きます。
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当事業年度(自 2021年１月１日 至 2021年12月31日 )
１ 製品及びサービスごとの情報
単一の製品及びサービスの区分の外部顧客への売上高が損益計算書の売上高の90％を超えるため、記載を省略し
ております。
２ 地域ごとの情報
(1) 売上高
(単位：千円)
日本 米国 欧州 合計
2,293,247 6,615,395 457,320 9,365,964
(注) 売上高は顧客の所在地を基礎とし、国又は地域に分類しております。
(2) 有形固定資産
本邦以外に所在している有形固定資産がないため、記載を省略しております。
３ 主要な顧客ごとの情報
(単位：千円)
顧客の名称又は氏名 売上高 関連するセグメント名
イ社 1,961,715 アライアンス事業
ロ社 1,431,245 アライアンス事業
ハ社 1,119,885 アライアンス事業
(注）当社顧客との共同研究開発契約においては秘密保持条項が存在するため、社名の公表は控えさせて頂きます。
【報告セグメントごとの固定資産の減損損失に関する情報】
該当事項はありません。
【報告セグメントごとののれんの償却額及び未償却残高に関する情報】
当社は、アライアンス事業の単一セグメントであり、記載を省略しております。
【報告セグメントごとの負ののれん発生益に関する情報】
該当事項はありません。
(持分法損益等)
前事業年度 当事業年度
(自 2020年１月１日 (自 2021年１月１日
至 2020年12月31日) 至 2021年12月31日)
関連会社に対する投資の金額 691,445千円 1,634,710千円
持分法を適用した場合の投資の金額
294,927千円 596,810千円
持分法を適用した場合の投資損失の金額
729,057千円 470,053千円
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【関連当事者情報】
関連当事者との取引
財務諸表提出会社の子会社及び関連会社等
前事業年度（自 2020年１月１日 至 2020年12月31日 ）
資本金
議決権等の 関連当事 期末
会社等の 又は 事業の内容 取引の 取引金額
種類 所在地 所有(被所 者との関 科目 残高
名称 出資金 又は職業 内容 (千円)
有)割合(％) 係 (千円)
(千円)
細胞培養
研究受託
1,393,636 売掛金 491,500
向け成長 役員の
(注)１
ペプチ
東京都 因子代替 兼任
(所有)
関連
グロース 千代田 495,500 ペプチド 及び
設立及び
関係
会社 直接39.5
区 の開発、 共同
株式会社
増資の引受 391,445 会社 391,445
製造及び 開発
株式
(注)２
販売
医薬品の
役員の
神奈川 研究、
ペプチ 設立及び
兼任 関係
関連 県川崎 開発、 (所有)
エイド 599,500 及び 増資の引受 300,000 会社 300,000
会社 市川崎 製造、 直接25.0
研究 株式
株式会社 (注)３
区 販売及び
受託
輸出入
(注)１．取引条件については市場価格を勘案し、両社で協議し決定しております。
２．株式は１株５千円で引受したものであります。
３．株式は１株1,000千円で引受したものであります。
当事業年度（自 2021年１月１日 至 2021年12月31日 ）
資本金
議決権等の 関連当事 期末
会社等の 又は 事業の内容 取引の 取引金額
種類 所在地 所有(被所 者との関 科目 残高
名称 出資金 又は職業 内容 (千円)
有)割合(％) 係 (千円)
(千円)
関係
増資の引受
437,265 828,710
会社
(注)１
株式
細胞培養
向け成長
関係
ペプチ
東京都 因子代替
会社
(所有)
関連 役員の
グロース 千代田 1,049,000 ペプチド
短期
会社 直接39.5 兼任
資金の貸付
区 の開発、
貸付金、
株式会社
414,097 476,902
製造及び
関係
(注)２
販売
会社
長期
貸付金
医薬品の
役員の
神奈川 研究、
ペプチ
兼任 関係
増資の引受
関連 県川崎 開発、 (所有)
506,000 806,000
エイド 100,000 及び 会社
会社 市川崎 製造、 直接39.4
(注)３
研究 株式
株式会社
区 販売及び
受託
輸出入
(注)１．株式は１株５千円で引受したものであります。
２．資金の貸付については、市場金利を勘案して利率を合理的に決定しております。
３．株式は１株1,100千円で引受したものであります。
財務諸表提出会社の役員及び主要株主（個人の場合に限る。）等
前事業年度（自 2020年１月１日 至 2020年12月31日 ）
該当事項はありません。
当事業年度（自 2021年１月１日 至 2021年12月31日 ）
資本金又は 議決権等の所 関連当事 期末
会社等の名称 事業の内容又 取引金額
種類 所在地 出資金 有(被所有)割 者との関 取引の内容 科目 残高
又は氏名 は職業 (千円)
(千円) 合(％) 係 (千円)
リード・ 当社代表 (被所有) 新株予約権の行
役員 ― ― ― 25,300 ― ―
パトリック 取締役 直接5.0 使(注)
(注) 2011年４月26日株主総会決議に基づく第５回新株予約権の権利行使であり、払込金額は１株につき11円でありま
す。
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(１株当たり情報)
前事業年度 当事業年度
(自 2020年１月１日 (自 2021年１月１日
至 2020年12月31日) 至 2021年12月31日)
１株当たり純資産額 168.10 円 192.39 円
１株当たり当期純利益金額 35.40 円 27.98 円
潜在株式調整後１株当たり当期純利益金
34.26 円 27.78 円
額
(注) １．株主資本において自己株式として計上されている信託に残存する自社の株式は、１株当たり当期純利益金額
の算定上、期中平均株式数の計算において控除する自己株式に含めております。また、１株当たり純資産額
の算定上、期末発行済株式総数から控除する自己株式数に含めております。
１株当たり当期純利益金額及び潜在株式調整後１株当たり当期純利益金額の算定上、控除した自己株式の期
中平均株式数は前事業年度173,454株、当事業年度187,069株であります。１株当たり純資産額の算定上、控
除した当該自己株式の期末株式数は前事業年度193,694株、当事業年度182,964株であります。
２．１株当たり当期純利益金額及び潜在株式調整後１株当たり当期純利益金額の算定上の基礎は、以下のとおり
であります。
前事業年度 当事業年度
(自 2020年１月１日 (自 2021年１月１日
至 2020年12月31日) 至 2021年12月31日)
１株当たり当期純利益金額
当期純利益金額(千円) 4,448,357 3,606,407
普通株主に帰属しない金額(千円) ― ―
普通株式に係る当期純利益金額(千円) 4,448,357 3,606,407
普通株式の期中平均株式数(株) 125,668,094 128,904,152
潜在株式調整後１株当たり当期純利益金額
当期純利益調整額(千円) ― ―
普通株式増加数(株) 4,159,153 917,292
(うち新株予約権(株)) ( 4,159,153 ) ( 917,292 )
希薄化効果を有しないため、潜在株式調整後１株
第７回新株予約権(新株予 第８回新株予約権(新株予
当たり当期純利益金額の算定に含めなかった潜在
約権の数24,000個) 約権の数30,700個)
株式の概要
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３．１株当たり純資産額の算定上の基礎は、以下のとおりであります。
前事業年度 当事業年度
(2020年12月31日) (2021年12月31日)
純資産の部の合計額(千円) 21,217,004 24,998,595
純資産の部の合計額から控除する金額(千円) 84,604 21,490
(うち新株予約権(千円)) ( 84,604 ) ( 21,490 )
普通株式に係る期末の純資産額(千円) 21,132,399 24,977,105
１株当たり純資産額の算定に用いられた期末の普
125,716,706 129,827,436
通株式の数(株)
(重要な後発事象)
(多額な資金の借入）
当社は、2022年３月22日開催の取締役会において、富士フイルム富山化学株式会社から放射性医薬品事業を吸収分
割により承継する新会社の株式取得に係る資金に充当するため、シンジケートローン契約を締結し、資金の借入を
実施することを決議いたしました。
①使途 ：株式の取得
②契約形態 ：シンジケートローン契約
③アレンジャー及びエージェント：株式会社みずほ銀行
④借入先の名称 ：株式会社みずほ銀行、株式会社日本政策投資銀行、三井住友信託銀行株式会社
⑤借入金額 ：224億円
⑥借入金利 ：基準金利(TIBOR) + スプレッド
⑦借入時期 ：2022年３月28日
⑧返済期日 ：2027年３月28日
⑨担保提供資産又は保証の内容 ：無担保
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⑤ 【附属明細表】
【有形固定資産等明細表】
当期末減価
当期首残高 当期増加額 当期減少額 当期末残高 償却累計額 当期償却額 差引当期末
資産の種類
(千円) (千円) (千円) (千円) 又は償却累 (千円) 残高(千円)
計額(千円)
有形固定資産
建物 4,155,352 2,436 － 4,157,788 688,676 157,313 3,469,112
構築物
192,138 － － 192,138 55,975 12,541 136,162
工具、器具及び備品 2,688,588 624,576 9,834 3,303,330 2,020,483 431,264 1,282,847
土地 904,628 － － 904,628 － － 904,628
建設仮勘定 － 644,400 － 644,400 － － 644,400
有形固定資産計 7,940,707 1,271,413 9,834 9,202,286 2,765,135 601,118 6,437,151
無形固定資産
ソフトウェア
165,482 1,821 － 167,303 120,047 31,756 47,256
その他 1,950 26,884 － 28,834 588 130 28,245
無形固定資産計 167,432 28,705 － 196,138 120,636 31,887 75,502
長期前払費用 8,921 12,350 18,892 2,379 － － 2,379
(注) １.当期増加額のうち主なものは次のとおりであります。
工具、器具及び備品 超解像共焦点レーザー顕微鏡システム 49,600千円
Fluent 1080
42,619千円
Biacore T200
41,000千円
２.長期前払費用は非償却資産であるため、当期償却額の算出には含めておりません。
【社債明細表】
該当事項はありません。
【借入金等明細表】
該当事項はありません。
【引当金明細表】
当期減少額 当期減少額
当期首残高 当期増加額 当期末残高
区分 (目的使用) (その他)
(千円) (千円) (千円)
(千円) (千円)
株式給付引当金 59,743 16,195 4,678 3,239 68,021
役員株式給付引当金 283,951 27,500 30,578 － 280,873
【資産除去債務明細表】
該当事項はありません。
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(2) 【主な資産及び負債の内容】
① 現金及び預金
区分 金額(千円)
現金 －
預金
普通預金
11,746,529
計 11,746,529
合計 11,746,529
② 売掛金
相手先別内訳
相手先 金額(千円)
Ａ社 575,100
Ｂ社 108,693
Ｃ社 58,466
その他 68,557
合計 810,818
(注) 当社顧客との共同研究開発契約においては秘密保持条項が存在するため、社名の公表は控えさせて頂きます。
売掛金の発生及び回収並びに滞留状況
滞留期間(日)
回収率(％)
(Ａ)＋(Ｄ)
当期首残高(千円) 当期発生高(千円) 当期回収高(千円) 当期末残高(千円)
２
(Ｃ)
×100
(Ｂ)
(Ａ) (Ｂ) (Ｃ) (Ｄ)
(Ａ)＋(Ｂ)
365
5,655,460 7,879,195 12,723,837 810,818 94.0 149.8
(注) 消費税等の会計処理は税抜方式を採用しておりますが、上記金額には消費税等が含まれております。
③ 貯蔵品
区分 金額(千円)
貯蔵品
研究用試薬等 925,138
合計 925,138
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④ 投資有価証券
銘柄 金額(千円)
(株式)
ペプチスター株式会社 1,900,000
RayzeBio, Inc.
1,903,555
モジュラス株式会社 199,997
合計 4,003,553
⑤ 関係会社株式
銘柄 金額(千円)
(関係会社株式)
ペプチグロース株式会社 828,710
ペプチエイド株式会社 806,000
合計 1,634,710
⑥ 買掛金
相手先 金額(千円)
キシダ化学株式会社 39,984
理科研株式会社 29,740
ナミキ商事株式会社 11,464
油化産業株式会社 7,700
その他 11,979
合計 100,868
⑦ 未払金
相手先 金額(千円)
理科研株式会社 56,493
Schrodinger,LLC 24,648
日本ウォーターズ株式会社 23,690
CEM Japan株式会社
17,600
その他 191,092
合計 313,524
⑧ 未払法人税等
区分 金額(千円)
法人税 －
市県民税 8,076
事業税 34,447
合計 42,523
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(3) 【その他】
当事業年度における四半期情報等
(累計期間) 第１四半期 第２四半期 第３四半期 当事業年度
売上高 (千円) 1,459,052 2,879,446 7,763,092 9,365,964
税引前四半期(当期)純利益金額 (千円) 631,086 1,047,996 4,684,651 4,823,652
四半期(当期)純利益金額 (千円) 436,518 770,529 3,363,003 3,606,407
１株当たり四半期(当期)純利益金額 (円) 3.43 6.02 26.15 27.98
(会計期間) 第１四半期 第２四半期 第３四半期 第４四半期
１株当たり四半期純利益金額 (円) 3.43 2.59 19.97 1.87
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第６ 【提出会社の株式事務の概要】
事業年度 １月１日から12月31日まで
定時株主総会 事業年度末日の翌日から３ヶ月以内
基準日 12月31日
６月30日
剰余金の配当の基準日
12月31日
１単元の株式数 100株
単元未満株式の買取り
東京都千代田区丸の内一丁目４番１号
取扱場所
三井住友信託銀行株式会社 証券代行部
東京都千代田区丸の内一丁目４番１号
株主名簿管理人
三井住友信託銀行株式会社
取次所 ―
買取手数料 無料
当社の公告方法は、電子公告としております。
ただし、事故その他やむを得ない事由により電子公告をすることができないと
きは、日本経済新聞に掲載して行います。
公告掲載方法
当社の公告掲載URLは次のとおりであります。
https://www.peptidream.com/
株主に対する特典 該当事項はありません。
(注) １．当社の株主は、その有する単元未満株式について、次に掲げる権利以外の権利を行使することができない旨
定款に定めております。
(1) 会社法第189条第２項各号に掲げる権利
(2) 会社法第166条第１項の規定による請求をする権利
(3) 株主の有する株式数に応じて募集株式の割当て及び募集新株予約権の割当てを受ける権利
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第７ 【提出会社の参考情報】
１ 【提出会社の親会社等の情報】
当社には、親会社等はありません。
２ 【その他の参考情報】
当事業年度の開始日から有価証券報告書提出日までの間に、次の書類を提出しております。
(1) 有価証券報告書及びその添付書類並びに確認書
事業年度 第15期 （自 2020年１月１日 至 2020年12月31日 ）2021年３月26日関東財務局長に提出
(2) 内部統制報告書及びその添付書類
2021年３月26日関東財務局長に提出
(3) 四半期報告書及び確認書
第16期 第１四半期（自 2021年１月１日 至 2021年３月31日 ）2021年５月14日関東財務局長に提出
第16期 第２四半期（自 2021年４月１日 至 2021年６月30日 ）2021年８月６日関東財務局長に提出
第16期 第３四半期（自 2021年７月１日 至 2021年９月30日 ）2021年11月12日関東財務局長に提出
(4) 臨時報告書
①2021年３月26日関東財務局長に提出
企業内容等の開示に関する内閣府令第19条第２項第９号の２（株主総会における議決権行使の結果）の規定に基づ
く臨時報告書
②2021年11月18日関東財務局長に提出
企業内容等の開示に関する内閣府令第19条第２項第２号の２（届出を要しない株券等又は新株予約権証券等の発
行）の規定に基づく臨時報告書であります。
(5) 四半期報告書の訂正報告書及び確認書
第16期 第２四半期（自 2021年４月１日 至 2021年６月30日 ）2021年11月９日関東財務局長に提出
(6) 臨時報告書の訂正報告書
訂正報告書 （上記（4)の②臨時報告書の 訂正報告書 ） 2021年12月14日関東財務局長に提出
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第二部 【提出会社の保証会社等の情報】
該当事項はありません。
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独立監査人の監査報告書及び内部統制監査報告書
2022年３月25日
ペプチドリーム株式会社
取締役会 御中
有限責任 あずさ監査法人
東京事務所
指定有限責任社員
公認会計士 上 野 直 樹
業務執行社員
指定有限責任社員
公認会計士 猪 俣 雅 弘
業務執行社員
＜財務諸表監査＞
監査意見
当監査法人は、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づく監査証明を行うため、「経理の状況」に掲げられ
ているペプチドリーム株式会社の2021年１月１日から2021年12月31日までの第16期事業年度の財務諸表、すなわち、
貸借対照表、損益計算書、株主資本等変動計算書、キャッシュ・フロー計算書、重要な会計方針、その他の注記及び
附属明細表について監査を行った。
当監査法人は、上記の財務諸表が、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠して、ぺプ
チドリーム株式会社の2021年12月31日現在の財政状態並びに同日をもって終了する事業年度の経営成績及びキャッ
シュ・フローの状況を、全ての重要な点において適正に表示しているものと認める。
監査意見の根拠
当監査法人は、我が国において一般に公正妥当と認められる監査の基準に準拠して監査を行った。監査の基準にお
ける当監査法人の責任は、「財務諸表監査における監査人の責任」に記載されている。当監査法人は、我が国におけ
る職業倫理に関する規定に従って、会社から独立しており、また、監査人としてのその他の倫理上の責任を果たして
いる。当監査法人は、意見表明の基礎となる十分かつ適切な監査証拠を入手したと判断している。
監査上の主要な検討事項
監査上の主要な検討事項とは、当事業年度の財務諸表の監査において、監査人が職業的専門家として特に重要であ
ると判断した事項である。監査上の主要な検討事項は、財務諸表全体に対する監査の実施過程及び監査意見の形成に
おいて対応した事項であり、当監査法人は、当該事項に対して個別に意見を表明するものではない。
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株式を対価とするマイルストーン収入に係る収益認識の妥当性
監査上の主要な検討事項の
監査上の対応
内容及び決定理由
ペプチドリーム株式会社の当事業年度の損益計算書 当監査法人は、株式を対価とするマイルストーン収入
に計上されている売上高9,365,964千円には、 に係る収益認識の妥当性を検討するため、主に以下の監
RayzeBio Inc., との間の戦略的共同研究開発契約に基 査手続を実施した。
づくマイルストーン収入612,926千円が含まれており、 (1) 内部統制の評価
売上高の6％超を占めている。当該マイルストーン収入
収益認識に関連する内部統制の整備及び運用状況の
は現金ではなく、RayzeBio Inc.,の普通株式を対価と
有効性を評価した。評価に当たっては、株式を対価と
して受領している。
するマイルストーン収入が合理的な普通株式の評価額
「注記事項（重要な会計方針）6.収益及び費用の計
に基づき、一定の条件を達成した時点で計上されてい
上基準」に記載されているとおり、株式を対価とする
ることを管理部門の上長が確認する統制に特に焦点を
マイルストーン収入は、実現主義の原則に基づき、研
当てた。
究開発の進捗に応じ一定の条件を達成した時点におい
て、その対価として取得したRayzeBio Inc.,の普通株
(2) 収益認識の妥当性の検討
式の公正な評価額に基づき、収益認識を行っている。
株式を対価とするマイルストーン収入に係る収益認
当該取引は対価を現金ではなく、RayzeBio Inc.,の
識の妥当性を検討するために、経営者に対する質問及
普通株式で受領する取引であり、非上場会社である
びRayzeBio Inc.,との戦略的共同研究開発契約書の閲
RayzeBio Inc.,の普通株式の公正な評価額の検討に当
覧を行ったほか、主に以下の手続を実施した。
たっては、評価方法の選択や評価額の算定に高度な専
門性が必要とされる。また、一定の条件の達成に応じ
● マイルストーン収入の計上額の基礎となるRayzeBio
た適切な収益認識がなされないリスクが存在する。
Inc.,の普通株式の評価額の妥当性を検討するた
以上から、当監査法人は、株式を対価とするマイル
め、株式価値評価書を閲覧し、主に以下の手続を実
ストーン収入に係る収益認識の妥当性の検討が、当事
施した。
業年度の財務諸表監査において特に重要であり、「監
・ 当監査法人が属する国内ネットワークファームの
査上の主要な検討事項」に該当すると判断した。
評価の専門家を関与させ、評価方法の適切性を検
討のうえ、主な前提条件について、対象会社の業
種に属する類似上場企業の株価変動データとの整
合性を確かめ、普通株式の評価額の合理性を検討
した。
● 研究開発パイプラインの進捗管理表及び研究開発会
議の議事録を閲覧したほか、RayzeBio Inc.,より確
認状の回答を直接入手し、一定の条件を達成した時
点でマイルストーン収入が計上されていることを確
かめた。
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財務諸表に対する経営者及び監査等委員会の責任
経営者の責任は、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠して財務諸表を作成し適正に
表示することにある。これには、不正又は誤謬による重要な虚偽表示のない財務諸表を作成し適正に表示するために
経営者が必要と判断した内部統制を整備及び運用することが含まれる。
財務諸表を作成するに当たり、経営者は、継続企業の前提に基づき財務諸表を作成することが適切であるかどうか
を評価し、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に基づいて継続企業に関する事項を開示する
必要がある場合には当該事項を開示する責任がある。
監査等委員会の責任は、財務報告プロセスの整備及び運用における取締役の職務の執行を監視することにある。
財務諸表監査における監査人の責任
監査人の責任は、監査人が実施した監査に基づいて、全体としての財務諸表に不正又は誤謬による重要な虚偽表示
がないかどうかについて合理的な保証を得て、監査報告書において独立の立場から財務諸表に対する意見を表明する
ことにある。虚偽表示は、不正又は誤謬により発生する可能性があり、個別に又は集計すると、財務諸表の利用者の
意思決定に影響を与えると合理的に見込まれる場合に、重要性があると判断される。
監査人は、我が国において一般に公正妥当と認められる監査の基準に従って、監査の過程を通じて、職業的専門家
としての判断を行い、職業的懐疑心を保持して以下を実施する。
・不正又は誤謬による重要な虚偽表示リスクを識別し、評価する。また、重要な虚偽表示リスクに対応した監査手
続を立案し、実施する。監査手続の選択及び適用は監査人の判断による。さらに、意見表明の基礎となる十分か
つ適切な監査証拠を入手する。
・財務諸表監査の目的は、内部統制の有効性について意見表明するためのものではないが、監査人は、リスク評価
の実施に際して、状況に応じた適切な監査手続を立案するために、監査に関連する内部統制を検討する。
・経営者が採用した会計方針及びその適用方法の適切性、並びに経営者によって行われた会計上の見積りの合理性
及び関連する注記事項の妥当性を評価する。
・経営者が継続企業を前提として財務諸表を作成することが適切であるかどうか、また、入手した監査証拠に基づ
き、継続企業の前提に重要な疑義を生じさせるような事象又は状況に関して重要な不確実性が認められるかどう
か結論付ける。継続企業の前提に関する重要な不確実性が認められる場合は、監査報告書において財務諸表の注
記事項に注意を喚起すること、又は重要な不確実性に関する財務諸表の注記事項が適切でない場合は、財務諸表
に対して除外事項付意見を表明することが求められている。監査人の結論は、監査報告書日までに入手した監査
証拠に基づいているが、将来の事象や状況により、企業は継続企業として存続できなくなる可能性がある。
・財務諸表の表示及び注記事項が、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠しているか
どうかとともに、関連する注記事項を含めた財務諸表の表示、構成及び内容、並びに財務諸表が基礎となる取引
や会計事象を適正に表示しているかどうかを評価する。
監査人は、監査等委員会に対して、計画した監査の範囲とその実施時期、監査の実施過程で識別した内部統制の重
要な不備を含む監査上の重要な発見事項、及び監査の基準で求められているその他の事項について報告を行う。
監査人は、監査等委員会に対して、独立性についての我が国における職業倫理に関する規定を遵守したこと、並び
に監査人の独立性に影響を与えると合理的に考えられる事項、及び阻害要因を除去又は軽減するためにセーフガード
を講じている場合はその内容について報告を行う。
監査人は、監査等委員会と協議した事項のうち、当事業年度の財務諸表の監査で特に重要であると判断した事項を
監査上の主要な検討事項と決定し、監査報告書において記載する。ただし、法令等により当該事項の公表が禁止され
ている場合や、極めて限定的ではあるが、監査報告書において報告することにより生じる不利益が公共の利益を上回
ると合理的に見込まれるため、監査人が報告すべきでないと判断した場合は、当該事項を記載しない。
＜内部統制監査＞
監査意見
当監査法人は、金融商品取引法第193条の２第２項の規定に基づく監査証明を行うため、ペプチドリーム株式会社の
2021年12月31日現在の内部統制報告書について監査を行った。
当監査法人は、ペプチドリーム株式会社が2021年12月31日現在の財務報告に係る内部統制は有効であると表示した
上記の内部統制報告書が、我が国において一般に公正妥当と認められる財務報告に係る内部統制の評価の基準に準拠
して、財務報告に係る内部統制の評価結果について、全ての重要な点において適正に表示しているものと認める。
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監査意見の根拠
当監査法人は、我が国において一般に公正妥当と認められる財務報告に係る内部統制の監査の基準に準拠して内部
統制監査を行った。財務報告に係る内部統制の監査の基準における当監査法人の責任は、「内部統制監査における監
査人の責任」に記載されている。当監査法人は、我が国における職業倫理に関する規定に従って、会社から独立して
おり、また、監査人としてのその他の倫理上の責任を果たしている。当監査法人は、意見表明の基礎となる十分かつ
適切な監査証拠を入手したと判断している。
内部統制報告書に対する経営者及び監査等委員会の責任
経営者の責任は、財務報告に係る内部統制を整備及び運用し、我が国において一般に公正妥当と認められる財務報
告に係る内部統制の評価の基準に準拠して内部統制報告書を作成し適正に表示することにある。
監査等委員会の責任は、財務報告に係る内部統制の整備及び運用状況を監視、検証することにある。
なお、財務報告に係る内部統制により財務報告の虚偽の記載を完全には防止又は発見することができない可能性が
ある。
内部統制監査における監査人の責任
監査人の責任は、監査人が実施した内部統制監査に基づいて、内部統制報告書に重要な虚偽表示がないかどうかに
ついて合理的な保証を得て、内部統制監査報告書において独立の立場から内部統制報告書に対する意見を表明するこ
とにある。
監査人は、我が国において一般に公正妥当と認められる財務報告に係る内部統制の監査の基準に従って、監査の過
程を通じて、職業的専門家としての判断を行い、職業的懐疑心を保持して以下を実施する。
・内部統制報告書における財務報告に係る内部統制の評価結果について監査証拠を入手するための監査手続を実施
する。内部統制監査の監査手続は、監査人の判断により、財務報告の信頼性に及ぼす影響の重要性に基づいて選
択及び適用される。
・財務報告に係る内部統制の評価範囲、評価手続及び評価結果について経営者が行った記載を含め、全体としての
内部統制報告書の表示を検討する。
・内部統制報告書における財務報告に係る内部統制の評価結果に関する十分かつ適切な監査証拠を入手する。監査
人は、内部統制報告書の監査に関する指示、監督及び実施に関して責任がある。
監査人は、監査等委員会に対して、計画した内部統制監査の範囲とその実施時期、内部統制監査の実施結果、識別
した内部統制の開示すべき重要な不備、その是正結果、及び内部統制の監査の基準で求められているその他の事項に
ついて報告を行う。
監査人は、監査等委員会に対して、独立性についての我が国における職業倫理に関する規定を遵守したこと、並び
に監査人の独立性に影響を与えると合理的に考えられる事項、及び阻害要因を除去又は軽減するためにセーフガード
を講じている場合はその内容について報告を行う。
利害関係
会社と当監査法人又は業務執行社員との間には、公認会計士法の規定により記載すべき利害関係はない。
以 上
(注) １．上記は監査報告書の原本に記載された事項を電子化したものであり、その原本は当社(有価証券報告書提出
会社)が別途保管しております。
２．XBRLデータは監査の対象には含まれていません。
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