ペプチドリーム株式会社 四半期報告書 第16期第3四半期(令和3年7月1日－令和3年9月30日)
| 提出書類 | 四半期報告書-第16期第3四半期(令和3年7月1日－令和3年9月30日) |
|---|---|
| 提出日 | |
| 提出者 | ペプチドリーム株式会社 |
| カテゴリ | 四半期報告書 |
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ペプチドリーム株式会社(E27486)
四半期報告書
【表紙】
【提出書類】 四半期報告書
【根拠条文】 金融商品取引法第24条の４の７第１項
【提出先】 関東財務局長
【提出日】 2021年11月12日
【四半期会計期間】 第16期第３四半期(自 2021年７月１日 至 2021年９月30日)
【会社名】 ペプチドリーム株式会社
【英訳名】 PeptiDream Inc.
【代表者の役職氏名】 代表取締役社長 リード・パトリック
【本店の所在の場所】 神奈川県川崎市川崎区殿町三丁目25番23号
【電話番号】 044(270)1300
【事務連絡者氏名】 ＩＲ広報部ディレクター 沖本 優子
【最寄りの連絡場所】 神奈川県川崎市川崎区殿町三丁目25番23号
【電話番号】 044(223)6612
【事務連絡者氏名】 ＩＲ広報部ディレクター 沖本 優子
【縦覧に供する場所】 株式会社東京証券取引所
(東京都中央区日本橋兜町２番１号)
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第一部 【企業情報】
第１ 【企業の概況】
１ 【主要な経営指標等の推移】
第15期 第16期
回次 第15期
第３四半期累計期間 第３四半期累計期間
自 2020年１月１日 自 2021年１月１日 自 2020年１月１日
会計期間
至 2020年９月30日 至 2021年９月30日 至 2020年12月31日
売上高 (千円) 3,832,846 7,763,092 11,677,253
経常利益 (千円) 940,719 4,719,477 6,976,277
四半期(当期)純利益 (千円) 701,148 3,363,003 4,448,357
持分法を適用した場合の投資損失(△) (千円) △ 570,524 △ 180,519 △ 729,057
資本金 (千円) 3,933,885 3,956,738 3,933,885
発行済株式総数 (株) 125,910,400 130,010,400 125,910,400
純資産額 (千円) 17,405,095 24,761,358 21,217,004
総資産額 (千円) 19,026,491 27,896,184 26,266,729
１株当たり四半期(当期)純利益金額 (円) 5.58 26.15 35.40
潜在株式調整後１株当たり四半期(当
(円) 5.40 25.91 34.26
期)純利益金額
１株当たり配当額 (円) ― ― ―
自己資本比率 (％) 91.0 88.5 80.5
営業活動によるキャッシュ・フロー (千円) 1,907,623 6,622,237 1,732,733
投資活動によるキャッシュ・フロー (千円) △ 751,764 △ 1,702,519 △ 1,200,025
財務活動によるキャッシュ・フロー (千円) △ 237,013 44,583 △ 237,244
現金及び現金同等物の
(千円) 7,837,817 12,236,604 7,149,358
四半期末(期末)残高
第15期 第16期
回次
第３四半期会計期間 第３四半期会計期間
自 2020年７月１日 自 2021年７月１日
会計期間
至 2020年９月30日 至 2021年９月30日
１株当たり四半期純利益金額又は１株
(円) △ 1.51 19.97
当たり四半期純損失金額(△)
(注)１．当社は四半期連結財務諸表を作成しておりませんので、連結会計年度に係る主要な経営指標等の推移につい
ては記載しておりません。
２．売上高には、消費税等は含まれておりません。
３．１株当たり四半期（当期）純利益金額又は１株当たり四半期純損失金額の算定上の基礎となる普通株式の期
中平均株式については、株式会社日本カストディ銀行（信託Ｅ口）が所有する当社株式を控除対象の自己株
式に含めて算出しております。
２ 【事業の内容】
当第３四半期累計期間において、当社が営む事業内容について、重要な変更はありません。
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第２ 【事業の状況】
１ 【事業等のリスク】
当第３四半期累計期間において、当四半期報告書に記載した事業の状況、経理の状況等に関する事項のうち、投資
者の判断に重要な影響を及ぼす可能性のある事項の発生又は前事業年度の有価証券報告書に記載した「事業等のリス
ク」についての重要な変更はありません。
２ 【経営者による財政状態、経営成績及びキャッシュ・フローの状況の分析】
文中の将来に関する事項は、当四半期会計期間の末日現在において、当社が判断したものであります。
(1)経営成績の状況
当第３四半期累計期間（2021年１月１日から2021年９月30日）において、当社独自の創薬開発プラット
フォームシステムであるPDPS（Peptide Discovery Platform System）を活用した３つの事業戦略：①創薬共同
研究開発、②PDPSの技術ライセンス、③戦略的提携による自社パイプラインの拡充を進めてまいりました。
当社では、2021年９月30日現在、123のプログラムが進行しております（2021年６月末比１プログラム増加）。
下表では、各創薬アプローチごとのプログラム数を記載しております。
【創薬アプローチごとのプログラム数】 2021年９月末時点
特殊ペプチド医薬品
75
低分子医薬品
ペプチド-薬物複合体（PDC医薬品） 48
計 123
下表では、各研究開発ステージにおけるプログラム数を2021年６月末時点のものと比較しております。
【研究開発ステージごとのプログラム数】 2021年６月末時点 2021年９月末時点
ターゲット検証 - ヒット化合物 （Target-to-Hit）
40 39
ヒット化合物 - リード化合物（Hit-to-Lead）
55 56
リード化合物 – GLP安全性試験 (Lead-to-GLP-Tox)
16 16
GLP安全性試験 – IND申請（GLP-Tox-to-IND）
9 9
臨床試験 第１相（フェーズ１） 2 3
臨床試験 第２相（フェーズ２） 0 0
臨床試験 第３相（フェーズ３） 0 0
計 122 123
（注）上記のプログラム数は、PDPSの非独占的技術ライセンス先でのプログラムを含んでおりません。
１つ目の事業戦略であるPDPSを活用した国内外の製薬企業との創薬共同研究開発契約については、2021年７月27
日に、当社は武田薬品工業株式会社（以下 武田薬品）の米国子会社である武田ファーマシューティカルズUSA社と
の間で、両社の共同研究及び独占的ライセンス契約の枠組みを拡大し、慢性神経変性疾患において重要な役割を担
う複数の中枢神経系（CNS）ターゲットについてペプチド-薬剤複合体（PDC医薬品）の創製に向けた取組みを進める
ことを発表いたしました。当社と武田薬品は、2020年12月に神経筋疾患領域における複数のPDC医薬品の創製に関す
る包括的な共同研究及び独占的ライセンス契約を締結し、当社とJCRファーマ株式会社が開発したトランスフェリン
受容体1（TfR1）結合ペプチドと武田薬品が選択した医薬品候補化合物の組み合わせによるPDC医薬品の創製に関し
て共同研究を進めてまいりました。今回の取組み拡大により、神経変性疾患に関連する複数のCNSターゲットに対し
てTfR1結合ペプチドリガンドとの複合体を創製し、医薬品候補化合物に血液脳関門（Blood-Brain Barrier：BBB、
以下「BBB」）通過能を付加する取組みを進めてまいります。治療薬のBBB通過能向上は、神経変性疾患に効果的な
医薬品の開発において大きな課題となっています。TfR1結合ペプチド（キャリアペプチド）を各種の医薬品候補化
合物に結合させることで、化合物のBBB通過能が向上しより多く脳内に取り込まれるため、医薬品としての機能が大
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きく向上いたします。このTfR1 BBBシャトルアプローチは、現在治療薬が限定的な数多くの神経変性疾患に対し
て、広い脳領域への薬物の生体内分布を可能にする可能性があり、またBBB通過がハードルになっている多くの治療
薬 の開発を加速する可能性があります。本契約の締結に伴い、当社は、武田薬品から契約一時金を受領いたしまし
た。今後、当社は、本契約によって発生する契約一時金、ならびに今後の非臨床及び臨床試験の進捗、製品の発売
及び製品の正味売上高に応じたマイルストーンフィーとして、総額で最大約35億ドル（約3,903億円、1ドル111.5円
で換算）を受け取る可能性があります。また、当社は上記に加え、製品化後の正味売上高に応じたロイヤルティー
を受領する権利を有しております。
2021年７月30日に、当社は米Alnylam Pharmaceuticals社（以下 Alnylam社）と、肝臓以外の組織へRNAi治療薬を
デリバリーする複数のペプチド-siRNA複合体の創製・開発に関する共同研究開発契約を締結いたしました。当社と
Alnylam社は低分子干渉RNA（small interfering RNA、siRNA）を様々な細胞や組織に選択的にデリバリーするた
め、ターゲットとなる細胞表面の受容体に特異的に結合するペプチドの同定及び最適化を共同で実施いたします。
本提携では、Alnylam社がターゲットとなる受容体を複数選択し、当社がそれぞれの受容体に結合するペプチドの同
定、最適化及び合成を行います。Alnylam社はそれらペプチドを用いてペプチド-siRNA複合体を合成し、最終的なペ
プチドを選択するための in vitro及び in vivo試験を実施いたします。本提携により、幅広い種類の組織におい
て、mRNA転写物の異常と関連する疾患に対する新たな治療法の創出につながる可能性があります。本契約の締結に
伴い、当社は、Alnylam社から契約一時金を受領いたしました。また、共同研究の実施期間において研究開発支援金
を受領いたします。当社は、今後の開発、承認及び販売マイルストーンフィーとして、総額で最大約22億ドル（約
2,440億円、1ドル110.9円で換算）を受け取る可能性があります。また、当社は製品化後の正味売上高に応じて、1
桁台前半から中盤の比率でロイヤルティーを受領する権利を有しております。
当第３四半期においても、創薬共同研究開発を進めている複数のパートナー企業から研究開発支援金を継続的に
受領しております。今後、現在進行しているプログラムについて、プログラムの進行に伴うさらなる開発マイルス
トーンフィー、販売マイルストーンフィー及び販売製品の売上高に応じたロイヤルティーの受領の可能性がござい
ます。将来的に追加的なマイルストーンフィーを受領した際にはパートナー企業の許諾を得た上で、新たな進捗の
報告をできるものと考えております。また、当社は創薬共同研究開発に関心のある複数の企業との間で新たな契約
締結に向けた交渉を継続的に進めております。
２つ目の事業戦略であるPDPSの技術ライセンスについては、2021年９月29日に、米国ジョンソン・エンド・ジョ
ンソン（NYSE: JNJ）傘下ヤンセンファーマシューティカルグループ企業の一つであるJanssen Pharmaceutica NV社
（以下、Janssen社）よりマイルストーンフィーを受領しました。Janssen社とは、2020年12月にPDPSの非独占的ラ
イセンス・技術移転許諾契約を締結しております。
2021年９月30日現在、10社；米Bristol-Myers Squibb社（2013年）、スイスNovartis社（2015年）、米Ely Lilly
社（2016年）、米Genentech社（2016年）、塩野義製薬株式会社（2017年）、米Merck社（2018年）、ミラバイオロ
ジクス株式会社（2018年）、大鵬薬品工業株式会社（2020年）、Janssen社（2020年）、小野薬品工業株式会社
（2021年）との間で非独占的技術ライセンス契約を締結しております。同事業においては、各ライセンス先企業か
ら技術ライセンス料とともに開発プログラムの進捗ごとのマイルストーンフィーが当社に支払われます。なお、マ
イルストーンを達成するまでの間は、ライセンス先企業での研究内容や進捗について当社に知らされることはござ
いません。また、当社はPDPSの技術ライセンス契約に関心をもつ複数の企業との交渉を継続的に進めております。
３つ目の事業戦略は、世界中の高い技術力を有する創薬企業・バイオベンチャー企業及びアカデミア等の研究機
関と戦略的提携を組むことで、自社の医薬品候補化合物（パイプライン）の拡充を図ることが狙いです。同事業に
おいては、当社の強力な製薬企業とのネットワークを活用し、これらのプログラムを少なくとも第１相臨床試験に
入る段階もしくは、第１相臨床試験に入った後、場合によっては第２相臨床試験まで開発を進めることにより、通
常の開発候補品よりも収益性の高い条件で大手製薬企業にライセンスアウト（導出）することを目標にしておりま
す。当社では、PDPS技術を用いて同定したヒット化合物を起点に、①特殊ペプチド医薬品、②低分子医薬品、③ペ
プチド-薬物複合体（PDC医薬品）の３つのカテゴリーの医薬品開発を進めていくために必要な能力の拡充を進めて
おります。同事業では、戦略的パートナーの独自の技術・ノウハウと当社の技術を組み合わせることでより高い価
値のプログラムが生み出されることに加え、開発費用を両社で負担することにより、開発に成功した場合には、従
来の創薬共同研究開発プログラムと比べてより高い比率で当社に収益が分配されます。また、自社創薬について
も、複数の創薬プログラムが進行しており、今後、臨床開発に向けた新たな進捗の報告ができるものと考えており
ます。
当社はこれまで11社（ＪＣＲファーマ株式会社、モジュラス株式会社、Sosei Heptares、米Biohaven
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Pharmaceuticals社、日本メジフィジックス株式会社、ポーラ化成工業株式会社、JSR株式会社、三菱商事株式会社
（ペプチグロース株式会社）、米RayzeBio社、ペプチエイド株式会社、仏Amolyt Pharma社）との戦略的提携を発表
し ております。また、川崎医科大学とは難治性希少疾患に対するペプチド創薬に関する共同研究を実施し、ビル＆
メリンダ・ゲイツ財団からは結核に対する新規治療薬開発に関する研究支援金を受領しております。
ＪＣＲファーマ株式会社（以下 ＪＣＲファーマ）とは、2016年２月に開始した共同研究において、血液脳関門
（BBB）を通過し脳組織及び筋肉組織へ医薬品候補化合物を届けることを可能とするトランスフェリン受容体
（TfR）結合ペプチド（キャリアペプチド）の創製に成功しています。多くの薬物はBBBを容易に通過することがで
きず、脳内への取り込み効率の低さが中枢神経疾患の医薬品開発において大きな課題となっております。今回創製
したキャリアペプチドは、抗体を中心とするタンパク質、ペプチド、核酸、低分子化合物等、様々な種類の治療薬
と結合し、PDCとすることで脳内への取り込み効率を向上させる効果を有しております。また、本キャリアペプチド
は共通するメカニズムを介して筋組織への効率的な治療薬の輸送も実現いたします。神経筋疾患の医薬品開発にお
いては、全身に存在する筋肉内標的組織に治療薬を届けることが大きな課題となっており、本キャリアペプチドは
こうした課題を解決する手段としても応用可能です。ＪＣＲファーマと当社は第三者へのライセンス活動に注力し
ており、契約締結からキャリアペプチドの供給まで当社が主導しております。2020年12月22日には、両社から最初
の導出となる、武田薬品工業株式会社（以下 武田薬品）との間での神経筋疾患領域における包括的な共同研究及び
独占的ライセンス契約の締結を発表いたしました。2021年７月27日には、武田薬品との共同研究及び独占的ライセ
ンスの枠組みを中枢神経系（CNS）疾患にも拡大させました。両社は、キャリアペプチドと武田薬品が選択した医薬
品候補化合物を組み合わせ、神経筋疾患領域、CNS領域で多くの医薬品を生み出していきたいと考えております。ま
た、当社は、様々な企業とのさらなる共同研究やライセンス契約について引き続き協議しております。本キャリア
ペプチドのライセンス活動によって得られる収益は、当社とＪＣＲファーマとの間で分配されます。
モジュラス株式会社（以下 モジュラス）とは、これまで開発が難しかった創薬ターゲットに対し、PDPSを用いて
同定したヒットペプチド化合物を基に低分子医薬品候補化合物の開発を進めております。モジュラスは最先端の計
算科学を駆使した高速かつ効率的な低分子医薬品候補化合物のデザインに関する技術を有する創薬企業です。両社
は開発コストを分担し、得られた成果も両社で共有いたします。当社は複数のキナーゼに対して、変異の影響を受
けにくいATP-非競合型インヒビター（アロステリックインヒビター）の候補となるヒットペプチドをすでに同定し
ております。ヒットペプチドと標的キナーゼとの複合体の結晶構造もすでに複数得られており、計算科学を用いて
低分子医薬品候補化合物をデザインする取組みを進めております。この手法を用いて、両社は特定のキナーゼター
ゲットに対して高い選択的結合能を有する低分子リード化合物を同定し、リード化合物の有効性を検証するための
in vivo POC試験を完了いたしました。両社は、引き続き非臨床試験を共同で実施していくとともに、様々なパート
ナリングや導出の可能性を積極的に協議しております。
Sosei-Heptaresとは、疼痛、がん、炎症性疾患等への関与が既に検証されているGタンパク質共役受容体（GPCR）
として知られるプロテアーゼ活性化受容体2（PAR2）をターゲットとして新規治療薬の研究開発・商業化を目的とし
た戦略的共同研究を行っております。この共同研究では、両社のもつ業界屈指のプラットフォーム技術を融合いた
します。両社で選択したGPCRターゲットに対して、Sosei-HeptaresのStaRプラットフォームを用いて安定化し、当
社のPDPSを用いてヒット化合物を得ることで、新たな治療薬の開発を進めてまいります。本契約のもと両社はコス
トを分担し、得られたすべての成果を共有いたします。2021年５月12日に発表したとおり、両社は既にPAR2に対し
て高い親和性と選択性を有するペプチド・アンタゴニストを同定しておりましたが、その後の最適化により経口投
与でも消化器内での安定性が見込まれるリード候補化合物の特定に成功いたしました。これらの候補化合物に基づ
き、炎症性腸疾患（IBD）をはじめとする消化器領域における炎症性・疼痛性の疾患に対する新たな経口ペプチド医
薬品としての開発を目指し、非臨床試験を進めてまいります。両社は、引き続き非臨床試験を共同で実施していく
とともに、様々なパートナリングや導出の可能性を積極的に協議しております。
米Biohaven Pharmaceuticals社（以下Biohaven社）とは、複数の適応症でがん免疫治療薬の共同研究開発を行っ
ております。当社から2021年１月４日に発表いたしましたとおり、Biohaven社が当社の戦略的共同研究開発先で
あった米Kleo Pharmaceuticals社（以下Kleo社）と合併契約を締結したことで、当社がKleo社と進めていた、Kleo
社が有するAntibody Recruiting Molecules（ARMs）やSynthetic Antibody Mimics（SyAMs）等の新たながん免疫療
法のプラットフォーム技術を用いたPDC医薬品候補化合物の創製に関するすべての研究開発プログラムはBiohaven社
によって承継されました。当社は製品開発の貢献度に応じて、すべての製品から生じる収益の一定割合を得る権利
を有しております。Biohaven社は２つの臨床候補化合物（「BHV-1100 (KP1237、CD38-ARM) + 自家NK細胞」と
「BHV-1100 (CD38-ARM)」）の開発についてもKleo社から引き継いでおります。いずれも骨髄腫細胞表面に発現して
いるCD38をターゲットとし、PDPSを用いて特定された特殊環状ペプチドにARMsを結合したPDC医薬品候補化合物
（CD38-ARMs）で、多発性骨髄腫を適応症としております。ARMsは、体内に内在する抗体と結合し、その抗体が腫瘍
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細胞への高い殺傷能力を有する免疫細胞を誘導することで骨髄腫細胞を攻撃する作用メカニズムをその特徴として
おります。CD38は多発性骨髄腫のターゲットとして実証されていることに加えて、慢性リンパ性白血病やその他の
が ん細胞表面にも多く発現していることが知られております。「BHV-1100 (ARM) + 自家NK細胞」は短期間作用型の
治療薬として、「BHV-1100 (ARM)」は長期間作用型としてダラツムマブ治療後の再発／難治性症例を含むより広い
多発性骨髄腫患者向けに使用される治療薬として開発を進めております。「BHV-1100 (ARM) + 自家NK細胞」は2020
年２月７日にIND（新薬臨床試験開始届）が米国FDA（食品医薬品局）から承認されており、2020年９月８日に米国
FDAよりオーファンドラッグ（希少疾患用医薬品）指定を受けております。「BHV-1100 (ARM)」は、ジョンソン・エ
ンド・ジョンソン社のダラツムマブと同等か又はそれ以上の活性を示す一方、CD38を発現している免疫エフェク
ター細胞を減少させないという大きな利点を有します。多発性骨髄腫の患者さんにとって多くの利点をもたらす治
療法の開発が進んでいますが、依然として多くの患者さんががんの再発に苦しんでいる状況にあります。両社は、
「BHV-1100 (ARM) + 自家NK細胞」がCD38を発現する多発性骨髄腫細胞を殺傷し、さらに患者さんが本来もっている
免疫エフェクター細胞を誘導することで腫瘍の縮小を促進すると考えております。2021年10月27日には、「BHV-
1100 (ARM)」と自己サイトカイン誘導記憶用（CIML）NK細胞を投与する第１a/１b相臨床試験の最初の被検者への投
与及び被験者登録の完了について発表いたしました。この臨床試験では、造血幹細胞移植前に測定可能残存病変
（MRD）が陽性である多発性骨髄腫の被検者において、安全性、忍容性、探索的有効性に関する評価を実施しており
ます。
日本メジフィジックス株式会社（以下 NMP）とは、特殊環状ペプチドに放射性核種（RI：ラジオアイソトープ）
を標識した治療薬及び診断薬の創製に向けた戦略的共同研究開発を行っております。当社はPDPS技術を活用し、特
殊環状ペプチドを用いたPDCの研究開発を進めております。またNMPは「治療と診断の融合（セラノスティクス）」
の実用化を目指しており、治療用及び診断用の放射性医薬品を開発するための新たな研究製造拠点の整備に着手し
ております。当社が持つ特殊環状ペプチドにNMPが持つ放射性核種を標識する技術を組み合わせることにより、セラ
ノスティクスの実現につながる新たな治療薬及び診断薬の創製を進めてまいります。両社での共同開発をさらに進
め、2022年中に臨床候補化合物の選定を完了することを目指しております。本取組みによって得られるRI標識ペプ
チドの開発及び製品化の技術は両社で共有し、日本を含むアジア、ならびに欧米等において共同開発及び導出を進
めてまいります。
ポーラ化成工業株式会社（以下 ポーラ化成工業）とは、ペプチドを用いた化粧品、医薬部外品、及び医薬品の研
究開発を行っております。当社のPDPS技術を活用することで、ポーラ化成工業における医薬部外品や化粧品の素材
開発に拡大するとともに、ポーラ化成工業との協業により、皮膚に効果のある医薬品シーズの創出等に取り組んで
まいります。両社は、in vitro及びex vivoモデルにおいて有効性が確認されている、複数の有望なリード化合物に
ついて取得を完了しております。
川崎医科大学とは、難治性希少疾患であるデュシェンヌ型筋ジストロフィー（DMD）に対する革新的マイオスタチ
ン阻害剤の共同研究開発を行っております。DMDは、進行性の筋力低下を特徴とする遺伝性疾患である筋ジストロ
フィーの内、最も多くみられる型の疾患です。ジストロフィン遺伝子変異により、筋肉細胞の維持に重要なジスト
ロフィンが欠損又は異常をきたし、主に幼少期から成長とともに急速な筋力低下、特に骨格筋や横隔膜の筋線維の
変性・壊死と不完全再生から線維化・脂肪化が生じ、歩行困難や呼吸不全のため患者さんのQOLが著しく低下する難
治性希少疾患です。これまで複数の作用機序に対する抗体薬や核酸薬等の研究開発が行われてきましたが、幅広い
患者さんに提供可能でかつ高い有効性をもつ治療薬が存在せず、第一選択薬となる新たな治療薬の開発が期待され
ています。マイオスタチンは、健常時において横紋筋（横隔膜や四肢筋を含む）の肥大を抑制する因子（サイトカ
イン）として血液中及び筋組織内に多く分布しており、近年の研究では横紋筋の機能（筋力）の抑制に関与するこ
とが明らかになっています。DMDにおいて、こうした抑制をマイオスタチン阻害剤によって制御することができれ
ば、筋肥大や筋肉の機能改善を促進する有効なアプローチとなり、またジストロフィン遺伝子変異部位に限定され
ない、幅広いDMD患者を対象にできることから、新たな第一選択薬としての可能性が期待されます。一方、マイオス
タチン阻害剤の開発においては、血液中での安定性のみならず、筋組織への高い移行性が重要な鍵となることか
ら、当社では中分子であるペプチドならではの特徴を活かした化合物の最適化を重ねてまいりました。今後、ペプ
チスター株式会社において原薬製造を進めるとともに、必要とされる長期の安全性試験を含む非臨床試験を完了
し、2023年の臨床入りを予定しています。DMDは難病指定されている希少疾患であることから、優先審査等各種制度
の活用による開発期間の短縮化を図ってまいります。また、複数のパートナー候補先との間で共同開発及び導出に
向けた協議を進めております。
ビル＆メリンダ・ゲイツ財団（以下 ゲイツ財団）とは、世界の最貧国において大きな問題となっている２つの
感染症である結核、及びマラリアを治療するための新規特殊環状ペプチドを見出すことを目的としたプログラムに
つき、ゲイツ財団からの研究支援金を受けて研究開発を進めております。2019年11月１日に、当社はゲイツ財団か
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ら結核に対する新規治療薬開発に関して第２回目の研究支援金を受領することを発表いたしました。2017年11月に
受領した初回の研究支援金による取組みの結果、複数の有望なヒット候補化合物が特定されました。第２回目の研
究 支援金は、結核治療薬として最も有望なヒット化合物を、非臨床試験を視野に入れて最適化を行い、リード化合
物として開発することに充当されます。現在開発を進めている結核治療薬のリード化合物では、経口剤として最適
化することに注力しております。また、潜伏中の結核に対しても効果を有する可能性がある点は大きな優位性の１
つと考えております。細菌感染は全世界の死因の中で上位に位置しており、結核は世界人口の約３分の１が潜伏感
染しているといわれ毎年1,040万人の新規感染症例と180万人の死亡例が報告されております。今回の支援金により
開発される治療薬は、ゲイツ財団との合意に基づき、低中所得国（LMIC）においては安価で提供されることになっ
ております。一方、先進国においては、当社が自社での商業化及びライセンス活動の権利を有しております。
JSR株式会社（以下 JSR）とは、抗体医薬品等のバイオ医薬品の精製過程で用いられるアフィニティクロマトグラ
フィーに適用可能な特殊環状ペプチドの共同研究を開始しております。医療現場で広く使われている抗体医薬品等
のバイオ医薬品の製造は大きく、1）CHO細胞等を培養し目的とするタンパク質を作る工程と、2）その産生細胞を除
去し、多くの不純物から目的タンパク質を精製する工程に分類されます。この精製工程に用いられるクロマトグラ
フィーは、プロテインA等のタンパク質リガンドを用いたアフィニティクロマトグラフィーをはじめ、イオン交換ク
ロマトグラフィー等、目的に応じて様々なクロマトグラフィーが使用されますが、特殊環状ペプチドを用いた新た
なクロマトグラフィー担体の開発・商業化は、バイオ医薬品の精製プロセスの簡便化・低コスト化に貢献します。
特殊環状ペプチドは化学合成が可能なため、従来のタンパク質リガンドと比べて均一な品質のリガンドをより安定
的に大量製造できる利点があり、また物理的に小さい特殊環状ペプチドをリガンドとすることで精製効率そのもの
を向上させること、さらにこれまでアフィニティクロマトグラフィーでは精製が難しかったバイオ医薬品の精製も
実現可能となります。
三菱商事株式会社（以下 三菱商事）とは、細胞治療・再生医療等製品の製造等に使用される、細胞培養向け培地
の重要成分である、成長因子を代替するペプチド（以下 代替ペプチド）の開発・製造・販売を行う合弁会社・ペプ
チグロース株式会社（以下 ぺプチグロース）を設立いたしました。ペプチグロースに対する両社の出資比率は、三
菱商事60.5%、ペプチドリーム39.5%となります。ペプチグロースは、両社が持つノウハウを利活用し、医薬品産業
における細胞治療・再生医療等の発展に向け、取り組んでまいります。成長因子は、ヒトを含む動物の体内に広く
存在し、細胞の成長・増殖や、またiPS細胞・ES細胞等の幹細胞を神経細胞や血液細胞等へと分化誘導させる際に重
要な役割を担うタンパク質です。現在は、動物血清からの抽出物、あるいは遺伝子組み換え技術によって製造され
たものが主に使用されていますが、不純物混入による安全性上のリスク、製造ロット間の品質のばらつき、高額な
製造コスト等が、医薬品産業が直面する課題となっております。ペプチグロースは、当社のPDPSを用いて、成長因
子と同等の機能を有する代替ペプチドを同定し、動物血清・遺伝子組み換え技術を用いない、化学合成による新規
製造手法を開発いたします。また、商業ベースでの製造工程・体制を確立することで、品質面においては高純度で
製造ロット間のバラつきも無くし、またコスト面の合理化も実現してまいります。現時点で数十種類を超える成長
因子が知られており、完全ゼノフリー培地の実現を可能とする為には複数の成長因子を化学合成品によって代替し
ていく必要があります。複数品目の成長因子について化学合成品（代替ペプチド）を包括的に開発する今回の取組
みは、史上初であり、細胞治療・再生医療の普及拡大に必要不可欠なものと考えております。ペプチグロースは三
菱商事グループが有する幅広いネットワーク・顧客基盤を活用することで、グローバル市場における代替ペプチド
の販売及び市場拡大を図り、医薬品産業が抱える課題解決や細胞治療・再生医療の普及促進に貢献してまいりま
す。2021年７月29日に、ペプチグロースからの第一号製品として、HGFと同等レベルの受容体に対する活性と細胞増
殖の特性を示すHGF代替ペプチド（PG-001）の販売を開始いたしました。ペプチグロースは、同時並行で複数の代替
ペプチドの開発を進めており、2021年11月中旬以降にTGFβ1阻害ペプチド（PG-002）を、2022年12月期第１四半期
にはPG-003の販売開始を予定しております。また、その後も順次新たな製品の開発・上市を計画しております。
米RayzeBio社とは、2020年８月４日に、ペプチド－放射性核種薬物複合体（以下 ペプチド放射性医薬品）の創製
に関する戦略的共同研究開発契約を締結いたしました。本契約に基づき当社は、両社で選定した複数のターゲット
分子に対し、PDPSを用いて、PDCとして使用する新たなペプチドの同定及び最適化を行います。RayzeBio社は、それ
らペプチドを用いたペプチド放射性医薬品に関する全世界での開発及び商業化の独占的な権利を有し、ペプチド放
射性医薬品の開発を進めます。当社は非臨床段階までの研究開発を主導し、RayzeBio社はその後のトランスレー
ショナルリサーチ、臨床開発及び商業化を主導いたします。本契約の締結に伴い、当社はRayzeBio社から契約一時
金としてRayzeBio社の一部株式を受領いたしました。また今後、開発及び商業化の進捗に合わせてマイルストーン
フィーや、製品化後は売上金額に応じたロイヤルティーが当社に支払われます。RayzeBio社は2020年10月に、4,500
万ドルのシリーズＡラウンドの資金調達の完了を、2020年12月に1億500万ドルのシリーズＢラウンドの資金調達の
完了を、また2021年６月15日には1億800万ドルのシリーズ ラウンドの完了を発表いたしました。当社は2020年11
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月に、ペプチド放射性医薬品の開発の進捗に伴うマイルストーンフィーとしてRayzeBio社から同社の一部株式を受
領いたしました。また、2021年６月10日には、複数のプログラムが進捗し医薬品候補化合物が選定されたことに
伴っ て２回目のマイルストーンフィーを受領したことを発表いたしました。2022年12月期第２四半期には、最初の
臨床候補化合物について発表できるものと考えております。
ペプチエイド株式会社（以下 ペプチエイド）は、新型コロナウイルス感染症治療薬の開発を目的として、2020年
11月12日に富士通株式会社（以下 富士通）、株式会社みずほフィナンシャルグループの連結子会社であるみずほ
キャピタル株式会社（以下 みずほキャピタル）、株式会社竹中工務店（以下 竹中工務店）、及びキシダ化学株式
会社（以下 キシダ化学）との間で設立した合弁会社です。当社は、PDPSを用いて、コロナウイルスがヒト細胞に侵
入する際に必須となるスパイクタンパク質における複数の領域を創薬ターゲットとした、新型コロナウイルス感染
症治療薬の開発候補化合物の同定を多方面から行ってまいりました。新会社では、新型コロナウイルス感染症に対
する治療薬の候補化合物について当社から譲渡を受け、非臨床試験からヒトでの有用性確認（Proof of Concept）
に必要となる前期の臨床試験までを最短で実施することを目指しております。ペプチエイドは、2021年３月23日
に、新型コロナウイルス感染症治療薬の開発候補化合物の特定を完了し、開発候補品PA-001の非臨床試験を開始し
たことを発表いたしました。国立感染症研究所等と共同で化合物の評価を進めてまいりましたが、PA-001は従来型
のSARS-CoV-2だけでなくアルファ株、ベータ株、ガンマ株、デルタ株の変異株（生ウイルス）に対しても同様に高
い抗ウイルス活性を有することを確認しております。また、現在緊急使用許可承認を得ている新型コロナウイルス
感染症治療薬との併用において、in vitro試験での高い相乗効果を確認しております。各種一般毒性、安全性薬
理、遺伝毒性試験等から構成されるPA-001の非臨床試験が予定通りのスケジュールで完了し、PA-001の高い安全性
が確認されました。今後は、早期での導出可能性を見据えつつ、また臨床開発に要する期間を最適化する観点か
ら、臨床研究法に基づく早期探索的臨床研究（以下、「臨床研究」）による臨床データ取得を優先的に実施いたし
ます。2021年11月中には臨床研究の実施に必要となる臨床研究審査委員会への申請を完了し、2022年１月には臨床
研究を開始できる見通しです。当社とペプチエイドは、PA-001に関心をもつ製薬企業との間でパートナリングや導
出の可能性を積極的に協議しております。ペプチエイドは、2021年９月に約８億円の増資を行い、当社の出資比率
（2021年９月末時点）は39.4%となっております。
仏Amolyt Pharma社（以下 Amolyt社）とは、2020年12月８日に、内分泌系の希少疾患であり重篤な合併症を伴う
先端巨大症を適応症とする新たな治療薬の開発を目的とした、成長ホルモン受容体拮抗薬（GHRA）候補ペプチド化
合物の最適化に関する戦略的共同研究開発及びライセンスオプション契約を締結いたしました。Amolyt社は、将来
的な臨床開発の実施にあたり、当該候補化合物のライセンス受否の選択権（オプション）を有することとなりま
す。本契約の締結に伴い、当社は今後、GHRA候補ペプチド化合物に関し、Amolyt社からライセンスオプション行使
フィー、開発及び商業化の進捗に応じたマイルストーンフィー、及び製品化後は売上金額に応じたロイヤルティー
を受領する可能性があります。2021年９月９日に、Amolyt社がGHRA候補ペプチド化合物に関するライセンスオプ
ションを行使し、当社は、Amolyt社に対して全世界を対象とする開発・商業化の権利をライセンスいたしました。
最適化に成功した先端巨大症に対する治療薬候補化合物（AZP-3813）は、既存薬であるソマトスタチンアナログに
よる治療で十分な効果が得られない患者さんに対して、同剤との併用を想定した開発が実施されます。Amolyt社
は、IND準備試験を開始しており、2022年中の臨床入りを目標にしています。また、2021年９月16日に、Amolyt社は
80百万ドルのシリーズＢ資金調達を実施し、調達資金の一部をAZP-3813の開発に充てることを発表しております。
自社創薬品である、ヘマグルチニン（HA）を標的タンパク質とした抗インフルエンザ特殊環状ペプチド「PD-
001」は、インフルエンザウイルスのエンベロープタンパク質であるHAのアミノ酸配列がよく保存されている領域に
結合し、H5N1型を含む亜型に対して強力かつ幅広い有効性を示すこと、及びin vivo試験においてタミフル等の既存
のインフルエンザ治療薬との併用において高い相乗効果を有することを確認しております。また、PD-001の前臨床
試験において問題となる安全性プロファイルは確認されておりません。当社は、様々なパートナリングや導出の可
能性を積極的に協議しております。
当社は、これまで様々な炎症性疾患に関して、IL17を含む複数の炎症誘導性サイトカインに対して高い選択的結
合能を有するリード化合物候補を取得してきました。当社は、複数の炎症誘導性サイトカインを標的とする治療薬
開発に向けて前臨床試験の準備を進めており、また、複数のリード化合物を併用した場合の効果についても検証を
進めております。炎症を誘導することが分かっている複数の作用経路を同時に抑制するペプチド治療薬が、炎症性
疾患に対する有効な治療法として、二重特異性抗体よりも優れた新たなモダリティ治療薬となることを期待してお
ります。
当社は、がんや特定の組織/臓器を標的とした、数多くの当社独自のペプチド候補化合物と、放射性核種や
siRNA、低分子化合物等のペイロードを組み合わせたPDC医薬品の開発を積極的に行っております。当社は、様々な
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細胞膜/受容体に対して高い親和性、選択性、及び生体内安定性を有する有望な医薬品候補のパイプラインを拡大し
ており、目的のペイロードを効率的に標的部位に送達できることを検証するため、生体内バイオイメージングの開
発 にも注力しております。当社は、富士フイルム富山化学株式会社の放射線医薬品事業を取得したことにより、同
事業が有する生体内バイオイメージング能力も活用し、有望な医薬品候補化合物についてより効率的に評価するこ
とが可能になるものと考えております。当社は、有望なペプチド-放射性核種複合体に関する複数のプログラムにお
いて、2022年下期中に臨床候補化合物の選定を完了することを目指しております。また、ペプチド-放射性核種複合
体において有効なペプチド化合物を取得できれば、放射性核種以外のペイロードと組み合わせたPDC医薬品について
も、自社及び様々な既存/新規のパートナーとの共同開発により積極的に検討を行っていきたいと考えております。
2021年９月２日に、当社は、富士フイルム富山化学株式会社から放射性医薬品事業を吸収分割により承継する新
会社の全株式を取得して子会社とすることを決定し、富士フイルム株式会社との間で株式売買契約を締結いたしま
した。対象事業は、富士フイルム株式会社が展開するヘルスケア事業において、診断・治療領域の医薬品等の研
究・開発・製造・販売を担っており、特に放射性医薬品領域においては国内の放射性医薬品リーディングカンパ
ニーの一社としてSPECT（Single Photon Emission Computed Tomography）用診断薬、PET（Positron Emission
Tomography）用診断薬、放射性治療薬を提供しております。放射性治療薬については、2021年６月23日に、富士フ
Ⓡ
イルム富山化学が開発を進めてきた「ルタテラ 静注」が、神経内分泌腫瘍の新たな治療選択肢となる「ペプチド
受容体放射性核種療法剤（Peptide Receptor Radionuclide Therapy; PRRT）」（ペプチド-放射性核種複合体）と
して国内初の製造販売承認を受けております。対象事業は、千葉・神奈川（川崎）・大阪（茨木）に生産・研究拠
点を保有し、約500名の従業員（研究・開発・製造・販売機能）を有しております。また、現在、放射性診断薬とし
て24製品、放射性治療薬として８製品を販売しており、2022年３月期の売上高は150億円程度を予想しております。
当社はこれまで、独自の創薬開発プラットフォームPDPSを用い、PDC医薬品に用いる選択的特異性の高い特殊環状ペ
プチドを多く同定してまいりました。また当社は、放射性診断薬/放射性治療薬に用いるペプチド-放射性核種複合
体に関して、Bristol-Myers Squibb社（放射性診断薬)やBayer社（放射性診断薬）、日本メジフィジックス社（放
射性診断薬/放射性治療薬）、Novartis社（放射性診断薬/放射性治療薬）、RayzeBio社（放射性診断薬/放射性治療
薬）との間で多くの研究開発プログラムを進めてきており、ペプチド-放射性核種複合体の創薬における主要プレー
ヤーの１社としての地位を確立してまいりました。さらに当社は、自社のPDCプログラムへの注力の一環として、ペ
プチド-放射性核種複合体の自社パイプライン拡充にも取り組んでおります。こうした事業活動を通じて、当社は、
放射性核種を目的の細胞・組織に特異的にデリバリーするためのキャリアペプチドに関する技術・ノウハウを蓄積
しており、一方で対象事業は、放射性核種の前臨床開発、臨床開発、製造、承認申請、販売能力、海外パートナー
からの放射性医薬品の導入・商業化に関する高い技術・ノウハウを有しております。両社の強みを融合することに
より、自社のペプチド-放射性核種複合体プログラムの研究開発を加速するのみでなく、高い付加価値を有する化合
物を海外に導出するとともに、また双方向でのライセンス活動が可能であることの強みを活かして、有望な製品の
国内への導入も強化できることを期待しております。また、評価モデルを用いた目的の細胞・組織へのデリバリー
の検証は、ペイロードが放射性核種であるかどうかに関わらず、すべてのPDCプログラムにおいて重要であることか
ら、本事業取得は、放射性医薬品分野における当社の地位を強化することのみならず、当社が注力しているPDCプロ
グラム全体の価値最大化、加速にも貢献するものと考えております。本事業取得のクロージングを2022年３月に予
定しており、事業取得完了後には、放射性医薬品事業の詳細について発表できるものと考えております。また、
2021年10月26日に当社は、本事業取得に関わる資金のパーマネント化に関して、金融機関からの借入により資金調
達を行う方向で検討を進めていることを発表しております。
当社は、今後も特定の分野で世界をリードする優れた技術を有する創薬企業・バイオベンチャー企業及びアカデ
ミア等の研究機関との戦略的提携を通じて、次世代のファーストインクラス（first-in-class）、及びベストイン
クラス（best-in-class）となる優れた治療薬の開発に向けた取組みをさらに加速してまいります。
当社は塩野義製薬株式会社、積水化学工業株式会社と合弁で特殊ペプチド原薬の製造プロセスに関する研究開
発、製造及び販売を行うCDMO（Contract Development and Manufacturing Organization：医薬品開発製造受託機
関）であるペプチスター株式会社（以下 ペプチスター）を2017年９月に設立いたしました。ペプチスターは国内の
様々な会社が有する技術を融合し、高品質、高純度でしかも製造コストを大幅に低減する最先端技術を開発、提供
することを目指しております。ペプチスターは当社の創薬共同研究開発企業だけでなく、戦略的提携により自社開
発品の製造も請け負うことが予想されます。大阪府摂津市に建設を進めていた同社の工場は、当初の計画通り2019
年10月から商業生産を開始しております。ペプチスターは2017年10月に国立研究開発法人日本医療研究開発機構
（AMED）と委託環境整備契約を締結した医療研究開発革新基盤創成事業（CiCLE）における課題「特殊ペプチド原薬
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CMO創設」において計画通り供給体制の基盤構築を達成したことを2019年12月６日に発表しております。ペプチス
ターは2020年12月１日に、第三者割当増資を実施し、総額1,790百万円の資金調達を行いました。
当社はサステナビリティへの取組みに関して、当社の基本方針、重点取組み、主要ポリシー/データについて自社
WEBサイト上に専用ページ（https://www.peptidream.com/esg/data.html）を開設し、積極的な情報開示を行ってお
ります。当社は地球環境への配慮、社会・従業員に関する取組み、企業統治（ガバナンス）に関して業界トップク
ラスの水準を目指して取り組んでまいります。当社は2021年６月15日に、これらの取組みを経営の中核に据えてさ
らに継続的に推進するため、「サステナビリティ・ガバナンス委員会」を設置し、中長期的視点からサステナビリ
ティ及びガバナンスに関する課題を引き続き審議・モニタリングいたします。
当社はパリ協定における「２℃目標」の達成に向けて、これまで従業員一人当たりのGHG排出量（Scope 1及び
Scope 2）を2030年までに2018年6月期比で50%削減する目標を掲げておりましたが、「気候関連財務情報開示タスク
フォース（TCFD）」による提言内容に基づき、将来の気候変動について最も高位シナリオであるRCP8.5シナリオ
（IPCC）を採用し、2026年まで中期的な視点から気候変動による影響について分析を実施いたしました。2026年ま
でに自社事業活動の「カーボンニュートラル」を実現することを目標に、気候変動対策に関するガバナンスの強化
や、リスク・機会の分析とその財務的な影響等を踏まえたシナリオ分析を進め、気候変動リスクと機会への対応及
びさらなる情報開示の充実に取り組んでまいります。
当社は、2021年９月14日に、東京証券取引所の新市場区分に関して、「プライム市場」を選択し、東京証券取引
所に対して申請を行うことを発表いたしました。
当社は、2021年９月17日に、独立行政法人都市再生機構が実施した川崎市殿町国際戦略拠点（キングスカイフロ
ント）の川崎市川崎区殿町三丁目地区（２-11・２-12画地）の土地譲渡人の公募入札に参加し、落札いたしまし
た。キングスカイフロントは、世界的な成長が見込まれるライフサイエンス分野を中心に、世界最高水準の研究開
発から新産業を創出するオープンイノベーション拠点として「国家戦略特区」及び「京浜臨海部ライフイノベー
ション国際戦略総合特区」として指定を受けております。今回落札された土地には、当社の本社・研究所の増設を
予定しており、今後のさらなる事業拡大を見据えた研究開発機能の強化、拡充を計画しております。計画の具体的
な内容につきましては、詳細が決定次第すみやかな公表を予定しております。また、今回の土地取得及び今後の建
設に要する費用については、手元資金ならびに金融機関からの借入による充当を予定しております。
当社の従業員は2021年９月30日現在で169名（派遣を含む。女性社員比率は約４割）となっております（2021
年６月末比１人増）。取締役７名を含めると総勢176名の体制となりました。なお、中国でアミノ酸や低分子化
合物の合成や製造等を委託しているCRO内には当社専属で20名が勤務しております。
以上の結果、当第３四半期累計期間における売上高は7,763,092千円(前年同四半期比3,930,246千円増加)、
営業利益4,416,596千円(前年同四半期比3,418,181千円増加)、経常利益4,719,477千円(前年同四半期比
3,778,757千円増加)、四半期純利益3,363,003千円(前年同四半期比2,661,854千円増加)となりました。
なお、当社の事業は単一のセグメントであるため、セグメント別の記載を省略しております。
(2)財政状態の分析
当第３四半期会計期間の総資産は27,896,184千円となり、前事業年度末と比べて1,629,455千円増加しました。そ
の主な要因は、売掛金が3,806,185千円減少したものの、現金及び預金が5,087,245千円増加したこと等によるもので
す。
負債は3,134,825千円となり、前事業年度末と比べて1,914,898千円減少しました。その主な要因は、前受金が
241,060千円増加したものの、未払金が659,319千円、未払法人税等1,203,432千円減少したこと等によるものです。
純資産は24,761,358千円となり、前事業年度末と比べて3,544,353千円増加しました。その主な要因は、四半期純
利益により利益剰余金が3,363,003千円増加したこと等によるものです。
(3)キャッシュ・フローの状況
当第３四半期累計期間における現金及び現金同等物は、前事業年度末に比べ5,087,245千円増加し、12,236,604千
円となりました。
当第３四半期累計期間における各キャッシュ・フローの状況とそれらの要因は、次のとおりであります。
（営業活動によるキャッシュ・フロー）
営業活動によるキャッシュ・フローは、法人税等の支払額2,391,619千円の計上等があったものの、売上債権の減
少額3,806,185千円、未収入金の減少額1,738,800千円の計上等により、6,622,237千円の収入(前年同四半期比
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4,714,614千円の収入増加)となりました。
（投資活動によるキャッシュ・フロー）
投資活動によるキャッシュ・フローは、投資有価証券の売却による収入145,222千円等があったものの、関係会社
株式の取得による支出506,000千円、関係会社貸付けによる支出414,097千円、有形固定資産の取得による支出
1,054,846千円等により、1,702,519千円の支出(前年同四半期比950,754千円の支出増加)となりました。
（財務活動によるキャッシュ・フロー）
財務活動によるキャッシュ・フローは、新株予約権の行使による株式の発行による収入44,940千円等により、
44,583千円の収入(前年同四半期は237,013千円の支出)となりました。
(4)事業上及び財務上の対処すべき課題
当第３四半期累計期間において、当社が対処すべき課題について重要な変更はありません。
(5)研究開発活動
当第３四半期累計期間における研究開発費の総額は、1,064,902千円であります。
なお、当第３四半期累計期間において、当社の研究開発活動の状況に重要な変更はありません。
３ 【経営上の重要な契約等】
該当事項はありません。
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第３ 【提出会社の状況】
１ 【株式等の状況】
(1) 【株式の総数等】
① 【株式の総数】
種類 発行可能株式総数(株)
普通株式 342,400,000
計 342,400,000
② 【発行済株式】
第３四半期会計期間 提出日現在 上場金融商品取引所
種類 末現在発行数(株) 発行数(株) 名又は登録認可金融 内容
( 2021年９月30日 ) (2021年11月12日) 商品取引業協会名
完全議決権株式であり、権利
内容に何ら限定のない当社に
東京証券取引所
普通株式 130,010,400 130,010,400 おける標準となる株式であり
(市場第一部)
ます。なお、単元株式数は100
株であります。
計 130,010,400 130,010,400 ― ―
(注) 提出日現在の発行数には、2021年11月１日からこの四半期報告書提出日までの新株予約権の行使により発行さ
れた株式数は、含まれておりません。
(2) 【新株予約権等の状況】
① 【ストックオプション制度の内容】
該当事項はありません。
② 【その他の新株予約権等の状況】
該当事項はありません。
(3) 【行使価額修正条項付新株予約権付社債券等の行使状況等】
該当事項はありません。
(4) 【発行済株式総数、資本金等の推移】
発行済株式 発行済株式 資本準備金 資本準備金
資本金増減額 資本金残高
年月日 総数増減数 総数残高 増減額 残高
(千円) (千円)
(株) (株) (千円) (千円)
2021年９月30日
― 130,010,400 ― 3,956,738 ― 3,953,020
(5) 【大株主の状況】
当四半期会計期間は第３四半期会計期間であるため、記載事項はありません。
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(6) 【議決権の状況】
当第３四半期会計期間末日現在の「議決権の状況」については、株主名簿の記載内容が確認できないため、記載
することができないことから、直前の基準日(2021年６月30日)に基づく株主名簿による記載をしております。
① 【発行済株式】
2021年９月30日 現在
区分 株式数(株) 議決権の数(個) 内容
無議決権株式 ― ― ―
議決権制限株式(自己株式等) ― ― ―
議決権制限株式(その他) ― ― ―
普通株式
完全議決権株式(自己株式等) ― ―
100
完全議決権株式であり、権利内容に何
ら限定のない当社における標準となる
普通株式
完全議決権株式(その他) 1,299,860
株式であります。なお、単元株式数は
129,986,000
100株であります。
普通株式
単元未満株式 ― ―
24,300
発行済株式総数 130,010,400 ― ―
総株主の議決権 ― 1,299,860 ―
（注）１ 株式会社日本カストディ銀行（信託Ｅ口）が所有する当社株式184,200株（議決権の数1,842個）につきま
しては、「完全議決権株式（その他）」に含めて表示しております。
２ 「単元未満株式」欄の普通株式には、当社所有の自己株式64株が含まれております。
② 【自己株式等】
2021年９月30日 現在
発行済株式
自己名義 他人名義 所有株式数
所有者の氏名 総数に対する
所有者の住所 所有株式数 所有株式数 の合計
又は名称 所有株式数
(株) (株) (株)
の割合(％)
神奈川県川崎市川崎区
ペプチドリーム株式会社 100 ― 100 0.00
殿町三丁目25番23号
計 ― 100 ― 100 0.00
(注) 株式会社日本カストディ銀行（信託Ｅ口）が所有する当社株式184,200株は、上記自己名義株式数として記載し
ておりません。
２ 【役員の状況】
前事業年度の有価証券報告書提出日後、当四半期累計期間における役員の異動はありません。
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第４ 【経理の状況】
１ 四半期財務諸表の作成方法について
当社の四半期財務諸表は、「四半期財務諸表等の用語、様式及び作成方法に関する規則」(2007年内閣府令第63号。
以下「四半期財務諸表等規則」という。)に基づいて作成しております。
なお、四半期財務諸表等規則第４条の２第３項により、四半期キャッシュ・フロー計算書を作成しております。
２ 監査証明について
当社は、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づき、第３四半期会計期間(2021年７月１日から2021年９月
30日まで)及び第３四半期累計期間(2021年１月１日から2021年９月30日まで)に係る四半期財務諸表について、有限責
任あずさ監査法人により四半期レビューを受けております。
３ 四半期連結財務諸表について
当社は子会社を有していないため、四半期連結財務諸表は作成しておりません。
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１ 【四半期財務諸表】
(1) 【四半期貸借対照表】
(単位：千円)
前事業年度 当第３四半期会計期間
(2020年12月31日) (2021年９月30日)
資産の部
流動資産
現金及び預金 7,149,358 12,236,604
売掛金 5,655,460 1,849,275
貯蔵品 585,981 837,324
前払費用 253,843 168,223
1,996,877 159,477
その他
流動資産合計 15,641,520 15,250,904
固定資産
有形固定資産
建物（純額） 3,623,989 3,508,449
構築物（純額） 148,703 139,297
工具、器具及び備品（純額） 1,089,535 1,185,855
土地 904,628 904,628
- 644,400
建設仮勘定
有形固定資産合計 5,766,856 6,382,631
無形固定資産
ソフトウエア 77,192 54,070
1,491 14,624
その他
無形固定資産合計 78,683 68,694
投資その他の資産
投資有価証券 3,413,342 3,952,249
関係会社株式 691,445 1,197,445
長期貸付金 89,598 84,916
関係会社長期貸付金 62,805 476,902
長期前払費用 8,921 5,772
繰延税金資産 505,013 465,867
8,541 10,799
その他
投資その他の資産合計 4,779,667 6,193,952
固定資産合計 10,625,208 12,645,279
資産合計 26,266,729 27,896,184
負債の部
流動負債
買掛金 55,276 122,819
未払金 1,895,157 1,235,837
未払費用 589,546 374,096
未払法人税等 1,709,327 505,894
前受金 319,944 561,004
136,777 22,055
預り金
流動負債合計 4,706,030 2,821,709
固定負債
株式給付引当金 59,743 59,743
283,951 253,373
役員株式給付引当金
固定負債合計 343,694 313,116
負債合計 5,049,724 3,134,825
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(単位：千円)
前事業年度 当第３四半期会計期間
(2020年12月31日) (2021年９月30日)
純資産の部
株主資本
資本金 3,933,885 3,956,738
資本剰余金 3,930,167 3,953,020
利益剰余金 13,936,858 17,299,862
△ 655,383 △ 625,162
自己株式
株主資本合計 21,145,528 24,584,458
評価・換算差額等
△ 13,128 92,900
その他有価証券評価差額金
評価・換算差額等合計 △ 13,128 92,900
新株予約権 84,604 84,000
純資産合計 21,217,004 24,761,358
負債純資産合計 26,266,729 27,896,184
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(2) 【四半期損益計算書】
【第３四半期累計期間】
(単位：千円)
前第３四半期累計期間 当第３四半期累計期間
(自 2020年１月１日 (自 2021年１月１日
至 2020年９月30日) 至 2021年９月30日)
売上高 3,832,846 7,763,092
1,287,468 1,644,162
売上原価
売上総利益 2,545,377 6,118,929
販売費及び一般管理費 1,546,962 1,702,333
営業利益 998,414 4,416,596
営業外収益
受取利息 2,162 279
為替差益 - 273,727
雇用調整助成金 16,875 8,010
1,101 21,044
その他
営業外収益合計 20,139 303,060
営業外費用
為替差損 73,674 -
株式交付費 30 159
4,128 20
その他
営業外費用合計 77,834 179
経常利益 940,719 4,719,477
特別損失
- 34,825
投資有価証券売却損
特別損失合計 - 34,825
税引前四半期純利益 940,719 4,684,651
法人税、住民税及び事業税
150,047 1,282,501
89,523 39,146
法人税等調整額
法人税等合計 239,571 1,321,648
四半期純利益 701,148 3,363,003
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(3) 【四半期キャッシュ・フロー計算書】
(単位：千円)
前第３四半期累計期間 当第３四半期累計期間
(自 2020年１月１日 (自 2021年１月１日
至 2020年９月30日) 至 2021年９月30日)
営業活動によるキャッシュ・フロー
税引前四半期純利益 940,719 4,684,651
減価償却費 417,828 465,943
のれん償却額 11,815 -
受取利息及び受取配当金 △ 2,162 △ 279
為替差損益（△は益） 67,750 △ 122,943
株式交付費 30 159
投資有価証券売却損益（△は益） - 34,825
売上債権の増減額（△は増加） 220,027 3,806,185
貯蔵品の増減額（△は増加） △ 103,091 △ 251,342
前払費用の増減額（△は増加） △ 166,214 88,768
未収入金の増減額（△は増加） - 1,738,800
仕入債務の増減額（△は減少） 57,910 67,542
未払金の増減額（△は減少） △ 901 △ 662,344
未払費用の増減額（△は減少） 153,218 △ 215,449
前受金の増減額（△は減少） 337,993 241,060
預り金の増減額（△は減少） 817 △ 114,721
△ 19,718 △ 747,409
その他
小計 1,916,021 9,013,446
利息及び配当金の受取額
2,162 279
法人税等の支払額 △ 10,725 △ 2,391,619
164 131
法人税等の還付額
営業活動によるキャッシュ・フロー 1,907,623 6,622,237
投資活動によるキャッシュ・フロー
投資有価証券の売却による収入 - 145,222
関係会社株式の取得による支出 △ 391,445 △ 506,000
関係会社貸付けによる支出 △ 62,805 △ 414,097
長期貸付金の回収による収入 2,600 4,681
補助金の受取額 136,323 136,323
有形固定資産の取得による支出 △ 428,088 △ 1,054,846
無形固定資産の取得による支出 △ 8,350 △ 13,857
- 55
その他
投資活動によるキャッシュ・フロー △ 751,764 △ 1,702,519
財務活動によるキャッシュ・フロー
新株予約権の行使による株式の発行による収入 6,569 44,940
△ 243,582 △ 356
自己株式の取得による支出
財務活動によるキャッシュ・フロー △ 237,013 44,583
現金及び現金同等物に係る換算差額 △ 67,750 122,943
現金及び現金同等物の増減額（△は減少） 851,094 5,087,245
現金及び現金同等物の期首残高 6,986,722 7,149,358
※１ 7,837,817 ※１ 12,236,604
現金及び現金同等物の四半期末残高
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【注記事項】
(会計方針の変更等)
該当事項はありません。
(四半期財務諸表の作成にあたり適用した特有の会計処理)
該当事項はありません。
(四半期貸借対照表関係)
１ 保証債務
下記の会社の国立研究開発法人日本医療研究開発機構(AMED)の医療研究開発革新基盤創成事業として締結された
環境整備契約に基づく債務残高に対して、次のとおり債務保証を行っております。
(単位：千円)
前事業年度 当第３四半期会計期間
( 2020年12月31日 ) ( 2021年９月30日 )
9,000,000
ペプチスター株式会社 9,000,000
9,000,000
計 9,000,000
(注) 塩野義製薬株式会社及び積水化学工業株式会社と連帯保証を行っております。
(四半期キャッシュ・フロー計算書関係)
※１ 現金及び現金同等物の四半期末残高と四半期貸借対照表に掲記されている科目と金額との関係
(単位：千円)
前第３四半期累計期間 当第３四半期累計期間
(自 2020年１月１日 (自 2021年１月１日
至 2020年９月30日 ) 至 2021年９月30日 )
現金及び預金 7,837,817 12,236,604
―
預入期間が３か月を超える定期預金 ―
12,236,604
現金及び現金同等物 7,837,817
(株主資本等関係)
前第３四半期累計期間(自 2020年１月１日 至 2020年９月30日 )
１ 配当金支払額
該当事項はありません。
２ 基準日が当第３四半期累計期間に属する配当のうち、配当の効力発生日が当第３四半期会計期間の末日後となる
もの
該当事項はありません。
当第３四半期累計期間(自 2021年１月１日 至 2021年９月30日 )
１ 配当金支払額
該当事項はありません。
２ 基準日が当第３四半期累計期間に属する配当のうち、配当の効力発生日が当第３四半期会計期間の末日後となる
もの
該当事項はありません。
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(持分法損益等)
(単位：千円)
前事業年度 当第３四半期会計期間
( 2020年12月31日 ) ( 2021年９月30日 )
691,445
関連会社に対する投資の金額 1,197,445
294,927
持分法を適用した場合の投資の金額 620,407
前第３四半期累計期間 当第３四半期累計期間
(自 2020年１月１日 (自 2021年１月１日
至 2020年９月30日 ) 至 2021年９月30日 )
570,524
持分法を適用した場合の投資損失の金額 180,519
(セグメント情報等)
【セグメント情報】
当社の事業セグメントは、アライアンス事業のみの単一セグメントであり重要性が乏しいため、セグメント情報
の記載を省略しております。
(１株当たり情報)
１株当たり四半期純利益金額及び算定上の基礎並びに潜在株式調整後１株当たり四半期純利益金額及び算定上の
基礎は次のとおりであります。
前第３四半期累計期間 当第３四半期累計期間
(自 2020年１月１日 (自 2021年１月１日
項目
至 2020年９月30日 ) 至 2021年９月30日 )
(1) １株当たり四半期純利益金額 5円58銭 26円15銭
(算定上の基礎)
四半期純利益金額(千円) 701,148 3,363,003
普通株主に帰属しない金額(千円) ― ―
普通株式に係る四半期純利益金額(千円) 701,148 3,363,003
128,593,281
普通株式の期中平均株式数(株) 125,651,762
(2) 潜在株式調整後１株当たり四半期純利益金額 5円40銭 25円91銭
(算定上の基礎)
―
四半期純利益調整額(千円) ―
1,226,416
普通株式増加数(株) 4,181,955
希薄化効果を有しないため、潜在株式調整後１株当
たり四半期純利益金額の算定に含めなかった潜在株
―
―
式で、前事業年度末から重要な変動があったものの
概要
(注) 株主資本において自己株式として計上されている信託に残存する自社の株式は、１株当たり四半期純利益金額
ならびに潜在株式調整後１株当たり四半期純利益金額の算定上、期中平均株式数の計算において控除する自己
株式に含めております。
１株当たり四半期純利益金額及び潜在株式調整後１株当たり四半期純利益金額の算定上、控除した当該自己株
式の期中平均株式数は前第３四半期累計期間166,667株、当第３四半期累計期間188,182株であります。
(重要な後発事象)
該当事項はありません。
２ 【その他】
該当事項はありません。
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第二部 【提出会社の保証会社等の情報】
該当事項はありません。
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独立監査人の四半期レビュー報告書
2021年11月12日
ペプチドリーム株式会社
取締役会 御中
有限責任 あずさ監査法人
東京事務所
指定有限責任社員
公認会計士 上 野 直 樹
業務執行社員
指定有限責任社員
公認会計士 猪 俣 雅 弘
業務執行社員
監査人の結論
当監査法人は、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づき、「経理の状況」に掲げられているペプチドリーム
株式会社の2021年１月１日から2021年12月31日までの第16期事業年度の第３四半期会計期間（2021年７月１日から2021
年９月30日まで）及び第３四半期累計期間（2021年１月１日から2021年９月30日まで）に係る四半期財務諸表、すなわ
ち、四半期貸借対照表、四半期損益計算書、四半期キャッシュ・フロー計算書及び注記について四半期レビューを行っ
た。
当監査法人が実施した四半期レビューにおいて、上記の四半期財務諸表が、我が国において一般に公正妥当と認めら
れる四半期財務諸表の作成基準に準拠して、ペプチドリーム株式会社の2021年９月30日現在の財政状態並びに同日を
もって終了する第３四半期累計期間の経営成績及びキャッシュ・フローの状況を適正に表示していないと信じさせる事
項が全ての重要な点において認められなかった。
監査人の結論の根拠
当監査法人は、我が国において一般に公正妥当と認められる四半期レビューの基準に準拠して四半期レビューを行っ
た。四半期レビューの基準における当監査法人の責任は、「四半期財務諸表の四半期レビューにおける監査人の責任」
に記載されている。当監査法人は、我が国における職業倫理に関する規定に従って、会社から独立しており、また、監
査人としてのその他の倫理上の責任を果たしている。当監査法人は、結論の表明の基礎となる証拠を入手したと判断し
ている。
四半期財務諸表に対する経営者及び監査等委員会の責任
経営者の責任は、我が国において一般に公正妥当と認められる四半期財務諸表の作成基準に準拠して四半期財務諸表
を作成し適正に表示することにある。これには、不正又は誤謬による重要な虚偽表示のない四半期財務諸表を作成し適
正に表示するために経営者が必要と判断した内部統制を整備及び運用することが含まれる。
四半期財務諸表を作成するに当たり、経営者は、継続企業の前提に基づき四半期財務諸表を作成することが適切であ
るかどうかを評価し、我が国において一般に公正妥当と認められる四半期財務諸表の作成基準に基づいて継続企業に関
する事項を開示する必要がある場合には当該事項を開示する責任がある。
監査等委員会の責任は、財務報告プロセスの整備及び運用における取締役の職務の執行を監視することにある。
四半期財務諸表の四半期レビューにおける監査人の責任
監査人の責任は、監査人が実施した四半期レビューに基づいて、四半期レビュー報告書において独立の立場から四半
期財務諸表に対する結論を表明することにある。
監査人は、我が国において一般に公正妥当と認められる四半期レビューの基準に従って、四半期レビューの過程を通
じて、職業的専門家としての判断を行い、職業的懐疑心を保持して以下を実施する。
・主として経営者、財務及び会計に関する事項に責任を有する者等に対する質問、分析的手続その他の四半期レビュー
手続を実施する。四半期レビュー手続は、我が国において一般に公正妥当と認められる監査の基準に準拠して実施さ
れる年度の財務諸表の監査に比べて限定された手続である。
・継続企業の前提に関する事項について、重要な疑義を生じさせるような事象又は状況に関して重要な不確実性が認め
られると判断した場合には、入手した証拠に基づき、四半期財務諸表において、我が国において一般に公正妥当と認
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四半期報告書
められる四半期財務諸表の作成基準に準拠して、適正に表示されていないと信じさせる事項が認められないかどうか
結論付ける。また、継続企業の前提に関する重要な不確実性が認められる場合は、四半期レビュー報告書において四
半 期財務諸表の注記事項に注意を喚起すること、又は重要な不確実性に関する四半期財務諸表の注記事項が適切でな
い場合は、四半期財務諸表に対して限定付結論又は否定的結論を表明することが求められている。監査人の結論は、
四半期レビュー報告書日までに入手した証拠に基づいているが、将来の事象や状況により、企業は継続企業として存
続できなくなる可能性がある。
・四半期財務諸表の表示及び注記事項が、我が国において一般に公正妥当と認められる四半期財務諸表の作成基準に準
拠していないと信じさせる事項が認められないかどうかとともに、関連する注記事項を含めた四半期財務諸表の表
示、構成及び内容、並びに四半期財務諸表が基礎となる取引や会計事象を適正に表示していないと信じさせる事項が
認められないかどうかを評価する。
監査人は、監査等委員会に対して、計画した四半期レビューの範囲とその実施時期、四半期レビュー上の重要な発見
事項について報告を行う。
監査人は、監査等委員会に対して、独立性についての我が国における職業倫理に関する規定を遵守したこと、並びに
監査人の独立性に影響を与えると合理的に考えられる事項、及び阻害要因を除去又は軽減するためにセーフガードを講
じている場合はその内容について報告を行う。
利害関係
会社と当監査法人又は業務執行社員との間には、公認会計士法の規定により記載すべき利害関係はない。
以 上
(注) １．上記は四半期レビュー報告書の原本に記載された事項を電子化したものであり、その原本は当社(四半期報
告書提出会社)が別途保管しております。
２．XBRLデータは四半期レビューの対象には含まれていません。
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